Name: レーザーマイクロダイセクションRNA-のSeqのための実験デザイン：トウモロコシ葉の開発の分析からの教訓 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-03-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 8 s
Description: 学ぶレーザーマイクロダイセクションRNA-seq法でトウモロコシ葉の特定細胞領域における転写産物蓄積を定量化する技術。この方法は発生生物学における器官領域の決定や変異体の遺伝子発現への影響を解明するのに有用である。

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著者はコラボレーションを継続的かつ小舌開発について議論を刺激するためのS.メルルーサに感謝します。この作品は、国立科学財団助成MCB 105205​​1およびIOS-1848478によってサポートされています。

注：組織は、LMのために固定されるのと同時に、組織学的分析のために組織を修正しました。後でLM案内します形態学的特徴のために染色した切片を調べます。野生型と変異体を比較すると、目的の遺伝子を（この場合LG1に）発現されるドメインを定義するために、in situハイブリダイゼーションまたは免疫学的に行います。 1.組織固定および処理<ol><li>標準的な条件6の下で旧2週間にトウモロコシ苗の干潟を成長させます。 </li><li>側部（ 図4）のための茎頂を解剖。 <ol><li>ちょうど土ライン以下の物品税の苗。 </li><li>カミソリの刃を使用して、1または2の成熟葉に囲ま稈の楕円形が見える（ 図4B）になるまで、ステム（カット1、 図4A）の基部から薄いスライスを削除します。 </li><li>約10mmベース（2をカットし、 図4A）の上に別のカットを行います。この10ミリメートルのセグメントは、SAMと若い葉原基が含まれています。 </li><li>ベースが上を向いているので、10ミリメートルのセグメントをオンにします。 2-3 mm厚の組織切片を（切断3、及び図4、 図4B）が得られるように、2つの切り込みは、横軸に平行します。外側の2つの部分を破棄し、固定および包埋のために中央のスライスを保持しています。 注：外葉をトリミングして廃棄することができます。 </li></ol></li><li>埋め込むための組織とプロセスを修正しました。 <ol><li>その後の工程で使用するすべての材料がRNaseフリーであることを確認します。 （溶液1リットル当たり1ミリリットルDEPC時々振盪し、オートクレーブで一晩インキュベート）ジエチルピロカーボネート（DEPC）の溶液を扱います。少なくとも6時間、200℃以上のオーブン中でガラス製品焼くおよびRNaseの除染液でプラスチックウェアを扱います。 </li><li> 1日目：氷上のガラスバイアル中（酢酸：1エタノール3）ファーマーズ修正〜10ミリリットルで組織切片を浸し。すべてのサンプルが解剖された後、vacuu適用M気泡を除去し、固定液の浸透を支援します。ゆっくり真空を解放した後、10分間真空下で保持します。固定液を交換し、穏やかに振盪しながら4℃で一晩インキュベートします。 </li><li> 2日目：各〜10ミリリットル、ソリューションの次のシリーズでインキュベート1時間ごと、穏やかに振盪しながら、すべての。 4℃、4℃、4℃、4℃、4℃、100％エタノールでの100％エタノールでの100％エタノールで95％エタノール、1 85％エタノール：1エタノール：室温でキシレン、室温で100％のキシレン、室温で100％のキシレン。 注：キシレンは接触および吸入による毒性があります。ドラフト内で作業し、適切な手袋を使用しています。 </li><li>キシレンの約半分の体積に培地ペレットをパラフィン包埋組織を追加し、穏やかに振盪しながら室温で一晩インキュベートします。 </li><li> 3日目：ペレットが溶融するまで60℃のオーブンにバイアルを転送します。ソリューションを捨て、新鮮な溶融組織包埋剤と交換してください。培地を2回以上変更日中。 </li><li> 4日目：午前中に一度メディアを埋め込む変更組織。午後になるまで60℃のオーブンに戻ります。 </li></ol></li><li>キャスト・ブロック<ol><li>組織埋め込みステーションのホットプレート上に埋め込む金型を置きます。切断面を下に向けて、埋め込み型への組織サンプルを転送するために鉗子を使用してください。溶融パラフィンで金型を補充し、金型の上に埋め込みリングを配置します。パラフィンが凝固するまでコールドプレートに移します。シリカゲルと密閉容器に4℃でパラフィンブロックを格納します。 </li></ol></li></ol> 2.セクショニングと準備をスライドさせ<ol><li>ミクロトーム25に10μmの切片をカットします。 </li><li>リボンを調べ、中央値のセクションを選択します。中央値のセクションでは、葉原基に囲まれた細胞のドームのように表示されるSAMを、記載されたものです。 </li><li>スライド上のマウントセクション。 <ol><li> LMのに適している場所スライド（いずれかのRNaseを含みませんか、焼成）42°Cの暖かいスライド及びスライドをカバーするために、50％エタノール溶液の数滴を加えます。 </li><li>セクションが展開するまでエタノール溶液のセクションをフロート。 注：フローティングエタノール溶液のセクションではなく、水はRNA分解を減少させる沈殿した状態でRNAを保持します。 </li><li>スライドを傾け、使い捨てのトランスファーピペットで吸引により過剰のエタノール溶液を除去。追加のエタノール溶液を移送するようにリントフリーワイプを使用してください。 </li><li>数時間または一晩42℃で乾燥したスライド。ストアは、シリカゲルで密閉容器中、4℃で摺動します。 </li></ol></li><li>脱パラフィンは、使用当日にスライドします。 <ol><li>含む3ガラスコプリンジャーを準備し; 100％キシレン（キシレンI）、100％キシレン（キシレンII）、および100％エタノール（〜各溶液50ml）。 </li><li>スライドを転送するためにクリーンな鉗子を使用して、Iは2分間、2分間、キシレンII、および1分間の100％エタノール、キシレンにスライドを浸します。 </li><li>ドレインにスライド室温でリントフリーワイプ、空気乾燥にエス。 </li></ol></li></ol> Plastochron 7葉の原基からブレード、小舌とシースサンプルの3顕微解剖<ol><li> LM顕微鏡のステージ上にスライドを固定します。スライドごとに5つのセクションを利用し、各反復のために5または6のスライドを使用してください。 注：単一の反復のための組織のプールは、図5に示されています。 </li><li>スライドを調べ、中央の参照点としてSAM頂点を使用して、各スライド上に5つの最も中央値のセクションを識別します。 注：これは、低倍率で行うことができ、通常5倍対物レンズで十分です。 </li><li> 10倍または20倍対物レンズを使用して、各セクションのplastochron 7葉原基に小舌の位置を特定します。小舌は、葉原基の向軸面から突出するバンプとして表示されます。 LMソフトウェアの描画ツールを使用してこの位置をマークします。鉛筆アイコンを選択し、適切なPOSITIにカーソルを移動上および描画するマウスをクリックしてドラッグします。 注：10Xや20Xの目的は、この以降に適しています。横方向のセクションを使用する場合は、各リーフ原基の両側には、各区画（ 図2A）に存在します。 </li><li>定規ツールと長方形の描画ツールを使用して、各セクション（赤長方形、 図2A、2B）の小舌を中心に100μmの高長方形を測定します。これらは、「小舌」のサンプルになります。 <ol><li>定規ツールを使用すること。定規のアイコンを選択し、測定対象物の一方の端にカーソルを移動し、クリックして、オブジェクトを測定するためにドラッグします。定規の長さが画面に表示されます。 </li><li>四角形を描画するには、 、四角形のアイコンを選択し、長方形の一角であることをクリックして、適切な大きさの四角形を描画するためにドラッグしますポイントにカーソルを移動します。また、直線描画ツールを選択して、4本の直線を引きます。 </li><li>メジャー100μmの矩形は50μmの「小舌」の長方形の上方と下方に位置します。 注：これらは、「ブレード」と「シース」のサンプル、それぞれ（緑と青の長方形、 図2A、2B）となります。我々の組織学的データに基づいて、100μmの矩形は、全小舌の領域を包含する。ブレードシースの等価なサイズの部分は、組織の同様の量が毎に収集されたことを確認するために選択しました。 50μmのスペーサーには小舌地域組織が不注意ブレードまたはシースmicrodissectionsに含まれていないことを確認するために使用されました。 </li></ol></li><li>顕微解剖測定長方形（ 図2D - 2F）7、8、9、別々のチューブに小舌、ブレードシースサンプルを収集。選択したドメインの輪郭に沿って組織切片を切断するためにレーザーカット機能を使用してください。 CATAを使用してくださいスライドオフとチューブの蓋（ - 2F 図2D）に組織の矩形を推進するPULT機能。 </li></ol> Plastochron 7葉の原基からブレード、小舌とシース向軸表皮サンプルの4顕微解剖<ol><li>セクションを選択して、セクション3（上記）に記載されているように、plastochron 7小舌を中心に100μmの高いセグメントを測定するために、定規ツールを使用します。 <ol><li>描画ツールでアウトラインによって向高い各100μmの表皮細胞「ブレード」と「シース」セグメント（緑と青の選択、 図2C）のみを選択します。表皮は、外側の細胞層です。向軸側は、SAMに最も近いものです。 </li><li> 3.3節（赤選択、 図2C）に記載されているように「小舌」のサンプルについては、新興の小舌のバンプの細胞のみを選択します。 </li></ol></li><li>ブレード、小舌とシェイ収集顕微解剖選択された領域、セクション3.5で説明したように別々のチューブ内番目表皮サンプル、。 </li></ol> LG1-Rおよび野生型兄弟からPlastochron 6葉の原基の5顕微解剖<ol><li>変異体（LG1-R）および野生型植物の家族を分離育てます。 </li><li>セクション1.2から1.4で説明したように、LMのための茎頂を修正し、プロセス。分離それらを維持するために、別々のバイアル中の野生型および変異シュート頂点を修正しました。同じ植栽からの試料を固定し、in situハイブリダイゼーションのために処理されるべきです。 </li><li> LG1は、in situハイブリダイゼーション6、26、27 にLG1を実行することにより、野生型の兄弟で転写されている場所を特定。複数のサンプル（ 図1E）で葉原基のベースからLG1転写産物の蓄積の位置を測定します。 </li><li> in situハイブリダイゼーションデータに基づき、リーフプリモの一部を選択しますLG1が転写された領域を包含するrdium。この場合、plastochron 6葉原基（紫の長方形、 図2A）のベース400から900ミクロン。 </li><li>セクション3.5で説明したように顕微解剖は、別々のチューブにLG1-Rおよび野生型サンプルを収集、葉原基の部分を選択しました。 </li></ol> 6. RNA抽出バッファーを適用します。 <ol><li>顕微解剖された組織に50μlのRNA抽出緩衝液を適用し、RNA抽出を進めます。参照6で説明したようにRNA抽出、RNA増幅、ライブラリー構築、シーケンシングとバイオインフォマティクス解析を続行します。 </li></ol>

<ol><li>Becraft, P. W., Bongard-Pierce, D. K., Sylvester, A. W., Poethig, R. S., Freeling, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+liguleless-1+gene+acts+tissue+specifically+in+maize+leaf+development%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">The liguleless-1 gene acts tissue specifically in maize leaf development.</a> Dev Biol. 141 (1), 220-232 (1990).</li>
<li>Sylvester, A. W., Cande, W. Z., Freeling, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Division+and+differentiation+during+normal+and+liguleless-1+maize+leaf+development%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Division and differentiation during normal and liguleless-1 maize leaf development.</a> Development. 110 (3), 985-1000 (1990).</li>
<li>Moreno, M. A., Harper, L. C., Krueger, R. W., Dellaporta, S. L., Freeling, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((liguleless1+encodes+a+nuclear-localized+protein+required+for+induction+of+ligules+and+auricles+during+maize+leaf+organogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Dev%22%5BJournal%5D)">liguleless1 encodes a nuclear-localized protein required for induction of ligules and auricles during maize leaf organogenesis.</a> Genes Dev. 11 (5), 616-628 (1997).</li>
<li>Emerson, R. A. The inheritance of the ligule and auricle of corn leaves. Neb. Agr. Exp. Sta. An. Rep. 25, 81-85 (1912).</li>
<li>Moon, J., Candela, H., Hake, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Liguleless+narrow+mutation+affects+proximal-distal+signaling+and+leaf+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">The Liguleless narrow mutation affects proximal-distal signaling and leaf growth.</a> Development. 140 (2), 405-412 (2013).</li>
<li>Johnston, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptomic+Analyses+Indicate+That+Maize+Ligule+Development+Recapitulates+Gene+Expression+Patterns+That+Occur+during+Lateral+Organ+Initiation%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Transcriptomic Analyses Indicate That Maize Ligule Development Recapitulates Gene Expression Patterns That Occur during Lateral Organ Initiation.</a> Plant Cell. 26 (12), 4718-4732 (2014).</li>
<li>Schmid, M. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+powerful+method+for+transcriptional+profiling+of+specific+cell+types+in+eukaryotes%3A+laser-assisted+microdissection+and+RNA+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">A powerful method for transcriptional profiling of specific cell types in eukaryotes: laser-assisted microdissection and RNA sequencing.</a> PLoS One. 7 (1), e29685(2012).</li>
<li>Kerk, N. M., Ceserani, T., Tausta, S. L., Sussex, I. M., Nelson, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Laser+capture+microdissection+of+cells+from+plant+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Laser capture microdissection of cells from plant tissues.</a> Plant Physiol. 132 (1), 27-35 (2003).</li>
<li>Nakazono, M., Qiu, F., Borsuk, L. A., Schnable, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Laser-capture+microdissection%2C+a+tool+for+the+global+analysis+of+gene+expression+in+specific+plant+cell+types%3A+identification+of+genes+expressed+differentially+in+epidermal+cells+or+vascular+tissues+of+maize%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Laser-capture microdissection, a tool for the global analysis of gene expression in specific plant cell types: identification of genes expressed differentially in epidermal cells or vascular tissues of maize.</a> Plant Cell. 15 (3), 583-596 (2003).</li>
<li>Marioni, J. C., Mason, C. E., Mane, S. M., Stephens, M., Gilad, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA-seq%3A+an+assessment+of+technical+reproducibility+and+comparison+with+gene+expression+arrays%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">RNA-seq: an assessment of technical reproducibility and comparison with gene expression arrays.</a> Genome Res. 18 (9), 1509-1517 (2008).</li>
<li>Wang, Z., Gerstein, M., Snyder, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA-Seq%3A+a+revolutionary+tool+for+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.</a> Nat Rev Genet. 10 (1), 57-63 (2009).</li>
<li>Brooks, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microdissection+of+shoot+meristem+functional+domains%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Microdissection of shoot meristem functional domains.</a> PLoS Genet. 5 (5), e1000476(2009).</li>
<li>Cai, S., Lashbrook, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stamen+abscission+zone+transcriptome+profiling+reveals+new+candidates+for+abscission+control%3A+enhanced+retention+of+floral+organs+in+transgenic+plants+overexpressing+Arabidopsis+ZINC+FINGER+PROTEIN2%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Stamen abscission zone transcriptome profiling reveals new candidates for abscission control: enhanced retention of floral organs in transgenic plants overexpressing Arabidopsis ZINC FINGER PROTEIN2.</a> Plant Physiol. 146 (3), 1305-1321 (2008).</li>
<li>Li, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+developmental+dynamics+of+the+maize+leaf+transcriptome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">The developmental dynamics of the maize leaf transcriptome.</a> Nat Genet. 42 (12), 1060-1067 (2010).</li>
<li>Eveland, A. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulatory+modules+controlling+maize+inflorescence+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Regulatory modules controlling maize inflorescence architecture.</a> Genome Res. 24 (3), 431-443 (2014).</li>
<li>Takacs, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ontogeny+of+the+maize+shoot+apical+meristem%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Ontogeny of the maize shoot apical meristem.</a> Plant Cell. 24 (8), 3219-3234 (2012).</li>
<li>Aida, M., Ishida, T., Tasaka, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shoot+apical+meristem+and+cotyledon+formation+during+Arabidopsis+embryogenesis%3A+interaction+among+the+CUP-SHAPED+COTYLEDON+and+SHOOT+MERISTEMLESS+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Shoot apical meristem and cotyledon formation during Arabidopsis embryogenesis: interaction among the CUP-SHAPED COTYLEDON and SHOOT MERISTEMLESS genes.</a> Development. 126 (8), 1563-1570 (1999).</li>
<li>Ishida, T., Aida, M., Takada, S., Tasaka, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Involvement+of+CUP-SHAPED+COTYLEDON+genes+in+gynoecium+and+ovule+development+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Involvement of CUP-SHAPED COTYLEDON genes in gynoecium and ovule development in Arabidopsis thaliana.</a> Plant Cell Physiol. 41 (1), 60-67 (2000).</li>
<li>Takada, S., Hibara, K., Ishida, T., Tasaka, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+CUP-SHAPED+COTYLEDON1+gene+of+Arabidopsis+regulates+shoot+apical+meristem+formation%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">The CUP-SHAPED COTYLEDON1 gene of Arabidopsis regulates shoot apical meristem formation.</a> Development. 128 (7), 1127-1135 (2001).</li>
<li>Nardmann, J., Ji, J., Werr, W., Scanlon, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+maize+duplicate+genes+narrow+sheath1+and+narrow+sheath2+encode+a+conserved+homeobox+gene+function+in+a+lateral+domain+of+shoot+apical+meristems%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">The maize duplicate genes narrow sheath1 and narrow sheath2 encode a conserved homeobox gene function in a lateral domain of shoot apical meristems.</a> Development. 131 (12), 2827-2839 (2004).</li>
<li>Bonner, W. A., Hulett, H. R., Sweet, R. G., Herzenberg, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+activated+cell+sorting%5BTitle%5D)+AND+%22Rev+Sci+Instrum%22%5BJournal%5D)">Fluorescence activated cell sorting.</a> Rev Sci Instrum. 43 (3), 404-409 (1972).</li>
<li>Birnbaum, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+gene+expression+map+of+the+Arabidopsis+root%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A gene expression map of the Arabidopsis root.</a> Science. 302 (5652), 1956-1960 (2003).</li>
<li>Brady, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high-resolution+root+spatiotemporal+map+reveals+dominant+expression+patterns%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A high-resolution root spatiotemporal map reveals dominant expression patterns.</a> Science. 318 (5851), 801-806 (2007).</li>
<li>Carter, A. D., Bonyadi, R., Gifford, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+fluorescence-activated+cell+sorting+in+studying+plant+development+and+environmental+responses%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">The use of fluorescence-activated cell sorting in studying plant development and environmental responses.</a> Int J Dev Biol. 57 (6-8), 545-552 (2013).</li>
<li>Ruzin, S. E. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aRuzin%2C+SE+%22Plant+microtechnique+and+microscopy%22">Plant microtechnique and microscopy</a>. , Oxford University Press. New York; Oxford. (1999).</li>
<li>Jackson, D., Veit, B., Hake, S. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/43253604_Expression_of_maize_KNOTTED1_related_homeobox_genes_in_the_shoot_apical_meristem_predicts_patterns_of_morphogenesis_in_the_vegetative_shoot">Expression of maize KNOTTED1 related homeobox genes in the shoot apical meristem predicts patterns of morphogenesis in the vegetative shoot.</a> Development. 120, 405-413 (1994).</li>
<li>Javelle, M., Marco, C. F., Timmermans, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+hybridization+for+the+precise+localization+of+transcripts+in+plants%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">In situ hybridization for the precise localization of transcripts in plants.</a> J Vis Exp. (57), e3328(2011).</li>
<li>Day, R. C., McNoe, L., Macknight, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+global+RNA+amplification+and+its+use+for+high-throughput+transcript+analysis+of+laser-microdissected+endosperm%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Plant+Genomics%22%5BJournal%5D)">Evaluation of global RNA amplification and its use for high-throughput transcript analysis of laser-microdissected endosperm.</a> Int J Plant Genomics. , 61028(2007).</li>
</ol>

著者らは開示するものは何もない。

実験計画は、RNA-seqの実験において重要な要因です。重要な考慮事項は、正確なドメイン（複数可）および発生段階（複数可）を分析するために、どのような比較が行われるです。出力は、典型的には2つ以上の条件との間でDEされている遺伝子のリストであるので、比較の観点から考えることが重要です。すべての実験と同様に、一度に1つの変数を変更することが重要です。例えば、比較すべきであると同じ条件下で増殖させ、異なる葉のドメイン、同じ年齢や発達段階の葉を、比較します。 これらの実験の目的は、具体的に上方または野生型の葉の原基の小舌の領域にダウンレギュレートされる遺伝子を同定するために、野生型と比較してLG1-R変異体においてDEである遺伝子を同定することでした。私たちは、第1の現像葉原基の形態とLG1転写産物の蓄積のパターンを研究しました。これらの形態学的および分子のランドマークワットEREは、LM 14、15、16</su...

それは遺伝的解剖（ 図1A）の影響を受けやすいブレードとシースとの間に明確な境界を持っているとして、トウモロコシの葉は、形態形成の間に発達フィールドの形成を研究するための理想的なモデルです。葉の開発、より小さなセルの線形バンド、preliguleバンド（PLB）の初期段階で、事前ブレードおよびプレシースドメインに葉原基を細分化します。フリンジのような小舌と三角耳介は、PLB（ 図1A、C、D）から発生します。遺伝子スクリーニングは、ブレード・シース境界を崩壊させる変異を同定しました。例えば、劣性liguleless1（LG1）の変異は、小舌と耳介1、2、3、4（ 図1B）を削除します。 in situハイブリダイゼーションLG1転写物がPに蓄積することを明らかにしましたそれ小舌の開発5、6のための優れたマーカー（ 図1E）作りLBと新興小舌、。 <img alt="図1" src="/files/ftp_upload/55004/55004fig1.jpg" /> 図1：野生型と liguleless1-R トウモロコシの葉。 （A）小舌と耳介の構造を示す成熟した野生型の葉のブレードシース境界領域。小舌と耳介の構造が存在しないことを示す成熟liguleless1-Rの葉の（B）ブレード・シース界領域。 AとBでの葉は中肋に沿って半分にカットされています。 （C）野生型の葉の原基の縦断面図。サンプルを処理し、組織学的分析のために染色されています。開始小舌は葉（矢じり）の面から突出するバンプとして明らかです。 （D）縦宗派野生型の葉の原基を介してイオン。本文中に記載されているように、サンプルは、LMのために処理されています。アローヘッドは、小舌を開始示しています。シュート頂側面縦断面のin situハイブリダイゼーション（E）LG1。アスタリスクは、P6の葉原基のPLBでLG1転写産物の蓄積を示しています。矢印は、P6原基のベースを示しています。バーでは、PLBへの原基のベースから測定値を示しています。 AとBの中のスケールバーは20ミリメートルを=。 CEでのスケールバー=100μmです。この図は、参照6（植物生物学者の著作権協会）から変更されています。 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55004/55004fig1large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a> 本研究では、LM RNA-のSeqを差動葉原基の他の部分に、IDEにブレードシース境界相対で（DE）に発現する遺伝子群を同定しました<html>野生型の兄弟に比べてLG1-R変異体でDEですntify遺伝子。 LM-RNAのSeqは、特定の細胞または細胞のドメイン7に転写物の蓄積を定量化する方法です。直動システムは、レーザーやデジタルカメラと顕微鏡を組み合わせます。切片組織は、スライド上にマウントし、顕微鏡を通して見られます。 LMソフトウェアは、典型的には、ユーザが顕微解剖のために任意の選択した領域を概説することを可能にする描画ツールが含まれています。線に沿って、レーザーカット、および選択された組織は、スライドをオフに放り出さし、スライド上に懸架チューブにされています。 LMは、ユーザが特定の細胞層を含む正確なドメイン、さらには単一細胞8,9を顕微解剖することができます。次いで、RNAを顕微解剖組織から抽出することができます。その後、RNA-のSeq成分が抽出されたRNA 10から生成されたcDNAライブラリーを配列決定するために、次世代シーケンシングを利用して、= &quot;外部参照&quot;&gt; 11。 LM RNA-seqのの主な利点は、転写物の正確に定義されたドメイン内の蓄積と同時に全体のトランスクリプトーム7のプロファイルを作成する能力を定量する能力です。技術は、関心領域は、多くの場合、微小な初期発生イベントをプローブに特に適しています。以前の研究は、植物9の発生過程を研究するためのマイクロアレイ技術、12、13と組み合わさLMを利用しています。 RNA-SEQが低発現される遺伝子を含む、広いダイナミックレンジにわたって転写を定量化するという利点を有し、かつ事前配列情報は、11を 10に必要とされません。また、LM RNA-のSeqは、遺伝子冗長性または喪失型の致死性に突然変異誘発画面でミスの可能性があることを発育に重要な遺伝子を強調するために可能性を秘めています機能変異体。 このような狭いsheath1（NS1）とカップ状cotyledon2（CUC2）などの発達に重要な遺伝子は、多くの場合、ただ1つまたは少数の細胞17の特異的な発現パターンを持っている18、19、20。多くは成熟した臓器に発生初期の段階でのみ発現し、されていません。全体の臓器や大規模なドメインを分析すると、これらの細胞特異的転写産物が希釈され、より多くの従来の分析で検出されない場合があります。正確に定義されたドメインの分析を可能にすることにより、LM RNA-のSeqは、これらの組織特異的遺伝子を同定し、定量化することを可能にします。 ここに記載した実験の成功に重要な要因は、分析のための適切な発達段階とドメインの選択を導いた徹底的な組織学的分析、および正確なmeasuremeましたLMための細胞組織のドメインのヌクレオチド。同等のドメインは、すべての複製のためにサンプリングしたことを確認するために、組織は、同じ発達段階での葉原基から回収し、顕微解剖されたドメインは、新興小舌（ 図2）のような形態学的なランドマークと比較して測定しました。いくつかの遺伝子は、葉の基部の先端からの勾配で発現することが知られています。葉の近位-遠位軸に沿った異なる場所からサンプリングの正確なドメイン、変化を測定することにより、最小値（ 図3A）に維持しました。同じサイズのドメインをmicrodissectingすることにより、細胞特異的転写物の希釈差によるばらつきも（ 図3B）に減少しました。茎頂の側面縦断面は全てmicrodissectionsのために使用しました。これらは、（ 図4）中肋マージンの軸に垂直な部分です。 SAMを含むセクションのみを使用することと同等の横方向の領域を確保し葉原基が分析されます。 処理され、LMのために切片サンプルでは、小舌伸長の最初の形態学的兆候が原因向軸表皮（ 図1D、 図2）における周縁の細胞分裂に向軸側のバンプです。新興小舌を確実plastochron 7段葉原基で識別することができることを判断しました。私たちは、新興小舌と耳介を形成することになるすぐ遠位の細胞を含む全小舌の領域で発現する遺伝子、に興味を持っていました。同等の組織の選択が行われたことを確実にするために、小舌のバンプは、形態学的ランドマークとして使用し、小舌バンプを中心100μmの矩形はLM（ 図2A、2B）のために選択しました。前ブレードとプレシースの同等サイズの矩形が同じ葉原基から選択されました。 liguleless変異植物の分析は異なるchalleを発表しましたNGE; LG1-R変異体は、したがって、この形態学的特徴は、LMための領域を選択するために使用することができなかった、小舌を形成しません。代わりに、野生型の葉の原基におけるLG1転写物の蓄積の領域を決定し、このドメインを含むであろう領域を定義しました。以前の研究は、PLBの位置は、成長条件に依存して変化することを示したので、これらの予備的な分析は、最終的な分析のために使用したのと同じ植え付けから苗木上で実施しました。 in situハイブリダイゼーションはLG1転写物がPLB P6の葉原基（ 図1E）に蓄積することが示されました。私たちは、LG1式（紫の長方形、 図2A）のドメインを包含し、野生型とLG1-R植物からこれらの同等の領域を撮影した葉原基のベースからドメイン400〜900ミクロンを選択しました。 transcripを比較した場合、遺伝的背景と成長条件の変化を最小限に抑えるために、LG1-R及び野生型植物におけるT蓄積は、変異体と野生型同胞の分離ファミリーを使用しました。

<table><tbody><tr><td>ジエチルピロカーボネート</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>159220</td> 溶液のかみそりの刃<td>のRNase処理に使用</td></tr><tr><td>&nbsp;</td><td>電子顕微鏡科学</td><td>72000</td><td></td></tr><tr><td>RNase Zap</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>R2020-250ML</td><td>RNase 除染溶液</td></tr><tr><td>エタノール絶対 200 プルーフ</td><td>フィッシャーサイエンティフィ</td><td></td>ック BP28184 <td></td></tr><tr><td>酢酸、氷河</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A6283</td><td></td></tr><tr><td>ガラスバイアル - 22 ml</td><td>VWR</td><td>470206-384</td><td></td></tr><tr><td>キシレン、組織学的グレード</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>534056-4L</td><td></td></tr><tr><td>パラプラス</td>ト <td>Sigma-Aldrich</td><td>P3683-1KG</td><td></td></tr><tr><td>使い捨てベースモールド、15 mm x 15 mm x 5 mm</td><td>VWR</td><td>15154-072</td><td></td></tr><tr><td>埋め込みリング</td><td>VWR</td><td>15154-303</td><td></td></tr><tr><td>シリカゲルパケット</td><td>電子顕微鏡科学</td><td>71206-01</td><td>パラフィンブロックの保管用乾燥剤</td></tr><tr><td>オーブン</td><td>フィッシャーサイエンティフィック</td><td>15-103-0503</td><td>オーブンは60°Cの温度を維持する必要があります。C</td></tr><tr><td>パラフィン埋入ステーション</td><td>Leica&nbsp;</td><td>EG1160</td><td></td></tr><tr><td>ミクロトーム</td><td>ライカ&nbsp;</td><td>RM2235</td><td></td></tr><tr><td>スライドウォーマー</td><td>電子顕微鏡科学</td><td>71317-10</td><td></td></tr><tr><td>Coplinジャー電子</td><td>顕微鏡科学</td><td>70316-02</td><td></td></tr><tr><td>レーザーmicrodissector</td><td>ツァイス</td><td></td><td></td></tr><tr><td>KIMWIPES&trade;デリケートなタスクワイパー</td><td>キンバリークラークプロフェッショナル</td><td>34120</td><td>顕微鏡スライドから余分な溶液を吸い上げるための糸くずの出ないワイプ</td></tr><tr><td>メンブレンスライド1.0 PEN</td><td>Zeiss</td><td>415190-9041-000</td><td>レーザーマイクロダイセクション用スライド</td></tr><tr><td>接着剤キャップ200不透明</td><td>ツァイス</td><td>415190-9181-000</td>レーザー<td>マイクロダイセクション用チューブ</td></tr><tr><td>PicoPure RNAアイソレーションキット</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>KIT0204</td><td></td></tr></tbody></table>

レーザーマイクロダイセクションrna-のseqのための実験デザイン：トウモロコシ葉の開発の分析からの教訓

Experimental Design for Laser Microdissection RNA-Seq: Lessons from an Analysis of Maize Leaf Development

開発に重要な役割を持つ遺伝子は、しばしば、空間的および/または一時的に制限された発現パターンを有します。多くの場合、これらの遺伝子転写物は検出されないか、または差動で全体の植物器官のトランスクリプトーム解析に（DE）表現として識別されていません。レーザーマイクロダイセクションRNA-のSeq（LM RNA-のSeq）は、特定の発達のドメインにDEされる遺伝子を同定するための強力なツールです。しかし、顕微解剖と比較するための細胞ドメインの選択、およびmicrodissectionsの精度は、実験の成功に不可欠です。ここでは、2つの例は、トランスクリプトミクス実験のための設計上の考慮事項を説明します。 DEは、トウモロコシの葉の近位-遠位軸、及びliguleless1-R（LG1-R）でのDE遺伝子を同定するための第二の実験に沿っている遺伝子を同定するためのLM-RNA配列分析 変異体は、野生型と比較しました。これらの実験の成功に貢献の重要な要素は、組織学的およびSIで詳述しました。TUのハイブリダイゼーションは、同等の発生段階の葉原基の選択、分析されるべき領域の顕微解剖のための領域を選択するための形態学的なランドマークの使用を分析し、正確に測定されたドメインの顕微解剖。本稿では、LM、RNAのSeqによって発達ドメインの分析のための詳細なプロトコルを提供します。ここに示されたデータは、顕微解剖のために選択された領域が得られた結果にどのように影響するかを示しています。

約1,000,000-1,500,000μm2の組織のそれぞれのために回収した。図2に概説LM方式を使用すると、すべてのセル-層LMに（ 図5）を複製し、20万平方 μmあたりは、向軸表皮LMのために複製します。それぞれがLG1-Rおよび野生型葉原基のLMで複製するための約組織の250万μm2で収集しました。リニアRNA増幅の2ラウンドの各反復のためのRNAのマイクログラム量が得られました。任意の顕微解剖から得られたRNAの量は、細胞の大きさおよび転写活性ならびに捕捉された組織の量に依存するであろう。 RNAの完全性は、RNA増幅の効率に影響を与えます。 転写産物の蓄積は、すべてのブレードの細胞層、小舌とシース領域および2359 DE GENの合計で分析しましたESは、偽発見率（F...

多くの発生的に重要な遺伝子は、細胞または組織特異的な発現パターンを持っています。この論文では、野生型と比較して、トウモロコシの葉身と鞘の境界で発現が異なる遺伝子とlg1-R変異体で発現が異なる遺伝子を特定するためのLM RNA-seq実験について説明します。ここで説明する実験的考察は、他の発生現象のトランスクリプトーム解析にも当てはまります。

レーザーマイクロダイセクションRNA-のSeqのための実験デザイン：トウモロコシ葉の開発の分析からの教訓

Genes with important roles in development frequently have spatially and/or temporally restricted expression patterns. Often these gene transcripts are not ...

この方法の全体的な目標は、特定の細胞または細胞ドメインにおける転写産物の蓄積を定量化し、変異型サンプルと野生型サンプルの異なるドメイン間または同等のドメイン間で比較できるようにすることです。この方法は、臓器ドメインがどのように特定されるか、特定の突然変異が遺伝子発現にどのように影響するかなど、発生生物学における重要な質問に答えるのに役立ちます。この手法の主な利点は、転写産物の蓄積を、手で解剖するには小さすぎる、細かく定義されたドメインで定量化できることです。この手順を開始する前に、標準的な条件下でトウモロコシの苗のフラットを生後2週間まで育てます。横方向のセクションのシュートアピスを解剖するには、まず土壌線のすぐ下にある苗を切除します。次に、かみそりの刃を使用して、1つまたは2つの成熟した葉に囲まれた落ち着いた楕円形が見えるまで、茎の付け根から薄いスライスを取り除きます。ベースから約10ミリメートル上に別のカットを行います。この10ミリメートルのセグメントには、若い葉の原基にシュートの頂端分裂組織が含まれています。10mmのセグメントを回して、ベースが上を向くようにします。横軸に平行に2つのカットを行い、厚さ2〜3ミリメートルの組織のスライドを取得します。外側の2つの部分を破棄し、固定と埋め込みのために中央のスライスを保持します。ティッシュスライスを約10ミリリットルの農家が氷の上のガラスバイアルに固定します。すべてのサンプルを解剖した後、真空を適用して気泡を取り除き、固定液の浸透を助けます。掃除機を10分間保持してから、ゆっくりと掃除機を離します。固定液を交換し、摂氏4度で一晩、穏やかに振とうしながらインキュベートします。翌日、テキストプロトコルに記載されているように、埋め込み用の組織の処理を続けます。パラフィンブロックを鋳造するには、組織包埋ステーションのホットプレートに包埋型を置き、鉗子を使用して、切断面を下に向けて組織サンプルを包埋型に移します。埋め込みリングを金型の上部に置きます。各型に溶かしたパラフィンを補充します。パラフィンが固まるまで、金型をコールドプレートに移します。パラフィンブロックをシリカゲルを入れた密閉容器に4°Cで保管します。切片は標準的な手順に従ってミクロトーム上のパラフィンブロックから切り取り、シュート頂端分裂組織を含む中央切片をマウント用に選択します。切片をスライドに取り付けるには、RNaseを含まないスライドまたは焼きたてのスライドを摂氏42度のスライドウォーマーに置きます。各スライドを覆うように50%エタノール溶液を数滴塗布します。スライド上に切片をそっと置き、切片が膨張するまでエタノール溶液上に浮かせます。次に、スライドを傾け、使い捨てのトランスファーピペットで吸引して余分なエタノール溶液を取り除きます。糸くずの出ないワ

experimental-design-for-laser-microdissection-rna-seq-lessons-from-an

Research

JoVE Journal

Biochemistry

生物化学

レーザーマイクロダイセクションは、ローカライズされたRNAi実験に供ショウジョウバエの翅のディスクの特定のコンパートメントでの遺伝子発現プロファイリングの解析に適用した...

から細胞のサブセットの遺伝子発現プロファイリングへの応用レーザーマイクロダイセクションショウジョウバエウィングディスク

このビデオ、記事では、単一または複数単離するための方法を提示...

のレーザーキャプチャーマイクロダイセクションショウジョウバエ末梢ニューロン

二本鎖RNA干渉（dsRNAi）技術は、より低い植物リグニン含量にトウモロコシシンナモイル補酵素Aレダクターゼ（ZmCCR1）遺伝子をダウンレギュレートするために採用される。細胞壁からのリグニンのダウンレギュレーションは、顕微鏡分析によって可視化しクラソン法により定量される。ヘミセルロースおよび結晶セルロース中の組成変化を分析する。...

のリグニンダウンレギュレーション<em&gt;トウモロコシ</em&gt; dsRNAiとクラソンリグニン分析によって

ここでは、転写プロファイリングのための特定の植物細胞タイプのレーザー支援マイクロダイセクションのためのプロトコルを提示します。このプロトコルはさまざまな種や細胞タイプに適していますが、焦点は、アブラナ科Boechera属の有性生殖およびアポミティック生殖に重要な雌性生殖細胞の非常にアクセスしにくい細胞にあります。...

個々の細胞タイプの転写プロファイリングのためのツールと​​してのレーザ支援顕微解剖（LAM）

細胞の分裂と増殖を定量化することは、全植物の成長を理解するために非常に重要です。ここでは、トウモロコシの葉の成長速度を決定する細胞パラメータを計算するためのプロトコルを提示し、発生段階特異的なサンプリング戦略を指示することにより、これらのデータを分子成長調節メカニズムを調査するために使用することを強調します。...

細胞分裂と拡張の動解析：成長とサンプリング発達ゾーンの細胞基礎での定量化<em&gt;トウモロコシ</em&gt;葉

普通マイクロ断層レントゲン写真撮影スキャンに適したトウモロコシ組織の x 線吸収コントラストを改善する新たな方法を提供します。CT 画像を用いた異材トウモロコシ...

X 線マイクロ断層レントゲン写真撮影に基づいてトウモロコシの維管束のミクロン スケール表現型解析技術

このプロトコルは、マウス胚の新鮮な凍結切片から軟骨および骨を分離するためのレーザー捕捉マイクロセクションを記述する。軟骨および骨はクレシルバイオレット染色によって急速に視覚化され、正確に集めることができるので、トランスクリプト工学的分析のための高品質のRNAを得ることができます。...

遺伝子発現解析のためのマウス胚軟骨と骨のレーザー捕捉微小分片

ここに示されているのが、植物組織のレーザー捕捉マイクロ解剖(LCM)のプロトコルです。LCMは、汚染のない方法で組織の領域を単離するための顕微鏡的な技術です。手順は、組織固定、パラフィン埋め込み、切片、LCMおよびRNA抽出を含む。RNAは、下流組織特異的な、一時的に分解されたトランスクリプトムの分析に使用される。...

植物における空間的および時間的組織特異的な遺伝子発現解析のためのレーザー捕捉マイクロ解離RNAシーケンシング

レーザーマイクロダイセクションを使用してRNAシーケンシングのために個々の線虫組織を単離するプロトコルが記載されている。このプロトコルは、種固有の遺伝子ツールキットを必要とせず、単一組織サンプルのレベルで異なる種間で遺伝子発現プロファイルを比較することを可能にする。...

種にとらわれない単一組織アプリケーションのためのレーザーマイクロダイセクション

トウモロコシの葉の原基は深く覆われて転がされているため、研究が困難です。ここでは、蛍光および共焦点イメージングのために、トウモロコシの葉の原基の横断切片と展開されたマウント全体を準備するための方法を紹介します。...

蛍光および共焦点イメージングのためのトウモロコシ葉原基の横断切片および展開されたマウント全体を調製するための改善された方法

学ぶレーザーマイクロダイセクションRNA-seq法でトウモロコシ葉の特定細胞領域における転写産物蓄積を定量化する技術。この方法は発生生物学における器官領域の決定や変異体の遺伝子発現への影響を解明するのに有用である。

レーザーマイクロダイセクションRNA-のSeqのための実験デザイン：トウモロコシ葉の開発の分析からの教訓

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