Name: インクリメントコアのサンプリングとデジタイズのための新しいワークフロー (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-09-27T14:05:00.000+00:00
Duration: 7 min 5 s
Description: 学ぶ3DプリントホルダーとSkippyシステムを用いた樹木年輪インクリメントコアの高解像度デジタル化手法。厳しい現場条件での効率的なサンプリングと大規模データセットの迅速な生成を実現する。

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>年輪生態学的研究におけるフィールドからラボへのツリーリングデジタル化のためのプロトコル

<ol><li>Wimmer, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Arthur+Freiherr+von+Seckendorff-Gudent+and+the+early+history+of+tree-ring+crossdating%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Arthur Freiherr von Seckendorff-Gudent and the early history of tree-ring crossdating.</a> Dendrochronologia. 19 (1), 153-158 (2001).</li>
<li>McGraw, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Andrew+Ellicott+Douglass+and+the+giant+sequoias+in+the+founding+of+dendrochronology%5BTitle%5D)+AND+%22Tree-Ring+Res%22%5BJournal%5D)">Andrew Ellicott Douglass and the giant sequoias in the founding of dendrochronology.</a> Tree-Ring Res. 59 (1), 21-27 (2003).</li>
<li>Schweingruber, F. H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchweingruber%2C+FH+%22Tree+Rings+and+Environment%3A+Dendroecology%22">Tree Rings and Environment: Dendroecology</a>. , Paul Haupt Publishers. Bern. (1996).</li>
<li>Amoroso, M. M., Daniels, L. D., Baker, P. J., Camarero, J. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAmoroso%2C+MM+%22Dendroecology%3A+Tree-Ring+Analyses+Applied+to+Ecological+Studies+%28Vol.231%29%22">Dendroecology: Tree-Ring Analyses Applied to Ecological Studies (Vol.231)</a>. 231, Springer. (2017).</li>
<li>Lopez-Saez, J., Corona, C., Von Arx, G., Fonti, P., Slamova, L., Stoffel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tree-ring+anatomy+of+Pinus+cembra+trees+opens+new+avenues+for+climate+reconstructions+in+the+European+Alps%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Total+Environ%22%5BJournal%5D)">Tree-ring anatomy of Pinus cembra trees opens new avenues for climate reconstructions in the European Alps.</a> Sci Total Environ. 855, 158605(2023).</li>
<li>Björklund, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fennoscandian+tree-ring+anatomy+shows+a+warmer+modern+than+medieval+climate%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Fennoscandian tree-ring anatomy shows a warmer modern than medieval climate.</a> Nature. 620 (7972), 97-103 (2023).</li>
<li>Camarero, J. J., Colangelo, M., Rodriguez-Gonzalez, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tree+growth%2C+wood+anatomy+and+carbon+and+oxygen+isotopes+responses+to+drought+in+Mediterranean+riparian+forests%5BTitle%5D)+AND+%22Forest+Ecol+Manag%22%5BJournal%5D)">Tree growth, wood anatomy and carbon and oxygen isotopes responses to drought in Mediterranean riparian forests.</a> Forest Ecol Manag. 529, 120710(2023).</li>
<li>Huang, R., Xu, C., Grießinger, J., Feng, X., Zhu, H., Bräuning, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rising+utilization+of+stable+isotopes+in+tree+rings+for+climate+change+and+forest+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22JForestry+Res%22%5BJournal%5D)">Rising utilization of stable isotopes in tree rings for climate change and forest ecology.</a> JForestry Res. 35, 13(2024).</li>
<li>Schneider, L., Gärtner, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Additive+manufacturing+for+lab+applications+in+environmental+sciences%3A+pushing+the+boundaries+of+rapid+prototyping%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Additive manufacturing for lab applications in environmental sciences: pushing the boundaries of rapid prototyping.</a> Dendrochronologia. 76, 126015(2022).</li>
<li>Björklund, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scientific+merits+and+analytical+challenges+of+tree-ring+densitometry%5BTitle%5D)+AND+%22Rev+Geophys%22%5BJournal%5D)">Scientific merits and analytical challenges of tree-ring densitometry.</a> Rev Geophys. 57, 1224-1264 (2019).</li>
<li>Katzenmaier, M., Garnot, V. S. F., Björklund, J., Schneider, L., Wegner, J. D., von Arx, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+ROXAS+AI%3A+Deep+learning+for+faster+and+more+accurate+conifer+cell+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Towards ROXAS AI: Deep learning for faster and more accurate conifer cell analysis.</a> Dendrochronologia. 81, 126126(2023).</li>
<li>Gärtner, H., Lucchinetti, S., Schweingruber, F. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+sledge+microtome+to+combine+wood+anatomy+and+tree-ring+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22IAWA+J%22%5BJournal%5D)">A new sledge microtome to combine wood anatomy and tree-ring ecology.</a> IAWA J. 36 (4), 452-459 (2015).</li>
<li>Gärtner, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+technical+perspective+in+modern+tree-ring+research+-+how+to+overcome+dendroecological+and+wood+anatomical+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">A technical perspective in modern tree-ring research - how to overcome dendroecological and wood anatomical challenges.</a> J Vis Exp. 97 (e52337), (2015).</li>
<li>Gärtner, H., Banzer, L., Schneider, L., Schweingruber, F. H., Bast, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparing+micro+sections+of+entire+%28dry%29+conifer+increment+cores+for+wood+anatomical+time-series+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Preparing micro sections of entire (dry) conifer increment cores for wood anatomical time-series analyses.</a> Dendrochronologia. 34, 19-23 (2015).</li>
<li>Gärtner, H., Schneider, L., Lucchinetti, S., Cherubini, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+workflow+for+taking+high-quality+increment+cores+-+new+techniques+and+devices%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Advanced workflow for taking high-quality increment cores - new techniques and devices.</a> J Vis Exp. (193), e64747(2023).</li>
<li>Wang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acoustic+measurements+on+trees+and+logs%3A+a+review+and+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Wood+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Acoustic measurements on trees and logs: a review and analysis.</a> Wood Sci Technol. 47, 965-975 (2013).</li>
<li>Steenkamp, C. J., Van Rooyen, M. W., Van Rooyen, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+non-destructive+sampling+method+for+dendrochronology+in+hardwood+species%5BTitle%5D)+AND+%22South+Afr+For+J%22%5BJournal%5D)">A non-destructive sampling method for dendrochronology in hardwood species.</a> South Afr For J. 186, 5-7 (1999).</li>
<li>Toole, E. R., Gammage, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Damage+from+increment+borings+in+bottomland+hardwoods%5BTitle%5D)+AND+%22J+For%22%5BJournal%5D)">Damage from increment borings in bottomland hardwoods.</a> J For. 57, 909-911 (1959).</li>
<li>Grissino-Mayer, H. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+manual+and+tutorial+for+the+proper+use+of+an+increment+borer%5BTitle%5D)+AND+%22Tree-Ring+Res%22%5BJournal%5D)">A manual and tutorial for the proper use of an increment borer.</a> Tree-Ring Res. 59 (2), 63-79 (2003).</li>
<li>Griffin, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gigapixel+macro+photography+of+tree+rings%5BTitle%5D)+AND+%22Tree-Ring+Res%22%5BJournal%5D)">Gigapixel macro photography of tree rings.</a> Tree-Ring Res. 77, 86-94 (2021).</li>
<li>, LINTAB-Precision ring by ring. , Rinntech. At
 <a target="_blank" href="https://rinntech.info/products/lintab/">https://rinntech.info/products/lintab/</a> (2003).</li>
<li>Cybis Dendrochronology. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.cybis.se/forfun/dendro/">http://www.cybis.se/forfun/dendro/</a> (2024).</li>
<li>Regent Instruments. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://regentinstruments.com">https://regentinstruments.com</a> (2024).</li>
<li>De Micco, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intra-annual+density+fluctuations+in+tree+rings%3A+How%2C+when%2C+where%2C+and+why%5BTitle%5D)+AND+%22IAWA+J%22%5BJournal%5D)">Intra-annual density fluctuations in tree rings: How, when, where, and why.</a> IAWA J. 37, 232-259 (2016).</li>
<li>Edwards, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intra-annual+climate+anomalies+in+northwestern+North+America+following+the+1783-1784+CE+Laki+eruption%5BTitle%5D)+AND+%22J+Geophys+Res+Atmos%22%5BJournal%5D)">Intra-annual climate anomalies in northwestern North America following the 1783-1784 CE Laki eruption.</a> J Geophys Res Atmos. 126, e2020JD033544(2020).</li>
<li>Levanič, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ATRICS-A+new+system+for+image+acquisition+in+dendrochronology%5BTitle%5D)+AND+%22Tree-Ring+Res%22%5BJournal%5D)">ATRICS-A new system for image acquisition in dendrochronology.</a> Tree-Ring Res. 63 (2), 117-122 (2007).</li>
<li>García-Hidalgo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CaptuRING%3A+A+do-it-yourself+tool+for+wood+sample+digitization%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Ecol+Evol%22%5BJournal%5D)">CaptuRING: A do-it-yourself tool for wood sample digitization.</a> Methods Ecol Evol. 13 (6), 1185-1191 (2022).</li>
<li>Rodriguez, D. R. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+wood+anatomy%2C+density+and+chemistry+profiles+to+understand+the+tree-ring+formation+in+Amazonian+tree+species%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Exploring wood anatomy, density and chemistry profiles to understand the tree-ring formation in Amazonian tree species.</a> Dendrochronologia. 71, 125915(2022).</li>
<li>Gärtner, H., Farahat, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cambial+activity+of+Moringa+peregrina+%28Forssk.%29+Fiori+in+arid+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Cambial activity of Moringa peregrina (Forssk.) Fiori in arid environments.</a> Front Plant Sci. 12, 760002(2021).</li>
<li>Gärtner, H., Lucchinetti, S., Schweingruber, F. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+perspectives+for+wood+anatomical+analysis+in+dendrosciences%3A+the+GSL1-microtome%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">New perspectives for wood anatomical analysis in dendrosciences: the GSL1-microtome.</a> Dendrochronologia. 32, 47-51 (2014).</li>
<li>Maeglin, R. R. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMaeglin%2C+RR+%22Increment+Cores%3A+How+to+Collect%2C+Handle%2C+and+Use+Them+%28Vol.+25%29%22">Increment Cores: How to Collect, Handle, and Use Them (Vol. 25)</a>. , General Technical Report, US Department of Agriculture, Forest Service, Forest Products Laboratory Madison, WI. (1979).</li>
<li>Agee, J. K., Huff, M. H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAgee%2C+JK+%22The+Care+and+Feeding+of+Increment+Borers%22">The Care and Feeding of Increment Borers</a>. , National Park Service. Seattle, WA. (1986).</li>
<li>Phipps, R. L., , <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3a+Phipps%2C+RL+%22Collecting%2C+Preparing%2C+Crossdating%2C+and+Measuring+Tree+Increment+Cores+%28No.+85-4148%29%22">Collecting, Preparing, Crossdating, and Measuring Tree Increment Cores (No. 85-4148)</a>. , US Department of the Interior, Geological Survey, USGS Publications Warehouse. (1985).</li>
<li>Cole, D. M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aCole%2C+DM+%22Protection+and+Storing+Increment+Cores+in+Plastic+Straws%22">Protection and Storing Increment Cores in Plastic Straws</a>. 216, Department of Agriculture, Forest Service, Intermountain Forest and Range Experiment Station. Ogden, Utah. (1977).</li>
<li>Rossi, S., Anfodillo, T., Menardi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trephor%3A+a+new+tool+for+sampling+microcores+from+tree+stems%5BTitle%5D)+AND+%22IAWA+J%22%5BJournal%5D)">Trephor: a new tool for sampling microcores from tree stems.</a> IAWA J. 27 (1), 89-97 (2006).</li>
<li>Schneider, L., Gärtner, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+advantage+of+using+a+starch+based+non-Newtonian+fluid+to+prepare+micro+sections%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">The advantage of using a starch based non-Newtonian fluid to prepare micro sections.</a> Dendrochronologia. 31, 175-178 (2013).</li>
<li>Gärtner, H., Nievergelt, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+core-microtome%3A+A+new+tool+for+surface+preparation+on+corse+and+time+series+analysis+of+varying+cell+parameters%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">The core-microtome: A new tool for surface preparation on corse and time series analysis of varying cell parameters.</a> Dendrochronologia. 28 (2), 85-92 (2010).</li>
<li>McCarroll, D., Pettigrew, E., Luckman, A., Guibal, F., Edouard, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Blue+reflectance+provides+a+surrogate+for+latewood+density+of+high-latitude+pine+tree+rings%5BTitle%5D)+AND+%22Arct+Antarct+Alp+Res%22%5BJournal%5D)">Blue reflectance provides a surrogate for latewood density of high-latitude pine tree rings.</a> Arct Antarct Alp Res. 34 (4), 450-453 (2002).</li>
<li>Björklund, J., Seftigen, K., Kaczka, R. J., Rydval, M., Wilson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+standard+definition+and+terminology+for+Blue+Intensity+from+conifers%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">A standard definition and terminology for Blue Intensity from conifers.</a> Dendrochronologia. 85, 126200(2024).</li>
<li>Van den Bulcke, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+X-ray+CT+scanning+can+boost+tree+ring+research+for+earth+system+sciences%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Bot%22%5BJournal%5D)">Advanced X-ray CT scanning can boost tree ring research for earth system sciences.</a> Ann Bot. 124 (5), 837-847 (2019).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>コアミクロトーム</td><td>WSL</td><td>https://www.wsl.ch/en/services-produkte/microtomes/</td> <td>インクリメントコアからマイクロ切片を切り取るミクロトーム</td></tr><tr><td>Epson Expression 10000XL&nbsp;</td><td>EPSON</td><td>https://epson.com/Support/Scanners/Expression-Series/Epson-Expression-10000XL---Graphic-Arts/s/SPT_E10000XL-GA</td><td>フラットベッド</td></tr><tr><td>スキャナーGSC</td><td>ホルダーWSL</td><td>社内</td><td>3Dプリントマウントで、輸送、準備、分析、および保管用のコアを固定します</td></tr><tr><td>Skippy画像キャプチャシステム</td><td>WSL</td><td>https://www.wsl.ch/en/services-produkte/skippy/)&nbsp;</td><td>61MPカメラ(Sony Alpha 7R IVおよびSony FE 90mm f / 2.8 Macroレンズ)を搭載したWSLで開発された画像キャプチャシステム</td></tr></tbody></table>

インクリメントコアのサンプリングとデジタイズのための新しいワークフロー 

A New Workflow for Sampling and Digitizing Increment Cores

GSCホルダー コアホルダーは(デフォルトとして)35cmの長さでプリントされており、これは使用する3Dプリンターの最大プリントサイズ(Original Prusa XL、ビルドボリューム36cm×36cm×36cm)にほぼ対応しています。より長いコアを使用する場合は、すべてのホルダーの両端にあるくぼみを介して小さな接続部品でホルダーを接続することにより、ホルダーを追加のホルダーで拡張できます(図2A)。
フィールドワークを行う場合、芯を直接ホルダーに保管する時間は、単に芯をストローなどの包装材に入れるのに匹敵します。コアをホルダーに押し込む前に、各コアのファイバー方向を尊重する必要がありますが(図2)、この追加時間はわずか数秒であり、レンズを使用してサポートできます。私たちの経験では、必要な余分な時間 (もしあれば) は、10 個のコアで合計すると約 1 分になります。この最小限の延長時間は、壊れたコアも指します。折れた芯を一つ一つ藁に詰めるのではなく、これらの芯を一つ一つホルダーに入れて押し込むだけです。
現場やラボへのコアの安全な輸送を保証するために、コアを含むホルダー用の特別な輸送ボックスを設計し、印刷しました(図3)。ホルダーは、ホルダーの両端のくぼみに正確に収まる小さな膨らみによって安定しているボックスに簡単に配置できます。その後、ボックスの側面の溝に押し込まれるカバーでボックスを閉じることができます。
新しいホルダーの真の利点は、実験室で明らかになります。ストロー(または他の容器)からコアを取り出し、手がかりを持って木製のマウントを準備し、マウントにコアを固定し、ラベルを新しいマウントに貼り付け、接着剤が乾燥して安定した状態でさらに処理できるようになるまで少なくとも数時間待つ代わりに、ホルダーのコアを直接(i)コアミクロトームに固定してプレーンな表面を切断するか、(ii)サンディングで直接サンディングすることができますそれ以上の準備プロセスを必要としない機械。ラベルを新しいマウントに転送する必要がないため、特に伝送エラーの可能性を回避できます。
ホルダーは任意のコア径に設計できるため、「標準」の5mmコアに必要であろうと、10mmまたは12mmコアに必要であろうと、同位体やその他の化学分析に必要かどうかは関係ありません。
同位体分析や化学分析に関連して、ホルダーの利点は、接着剤や固定媒体を必要とせずにコアが固定されることです。そのため、コアは汚染されておらず、より具体的な分析のためにホルダーから簡単に取り外すことができます。また、木材の解剖学的解析に関しては、ホルダーからコアを簡単に取り外すことができるため、マイクロセクションを準備するためのコアを簡単に取り扱うことができます。
オプションでホルダーに固定されたコアを埋め込むことができるため、細胞壁が薄い細胞は切断中に壊れやすいため、敏感な構造を安定させることができます。多くの場合、コアをパラフィンに埋め込んで安定化させることは、単にコーンスターチ溶液を追加するよりも効率的です。
また、後の検査や再解析のためにコアを保管する必要がある場合にも、別の利点があります。ホルダーは特別に設計されたラック(図4)に設置でき、輸送ボックス内の保管に匹敵する3Dプリンタを使用して印刷することもできます。コア付きのGSCホルダーは、そのままラックに収納でき、どこにでも収納できます。ラックの幅、つまり1つのラックに固定できるコアの数は、棚や保管室のスペースによって異なります。ラックモデルは、特定のニーズに合わせて適合させ、それに応じて印刷することができます。
コアまたはディスク表面のデジタイズ WSLで開発された画像キャプチャシステム(図5)は、年輪のデジタル化(自動画像キャプチャ)を可能にし、インクリメントコアまたはディスクの高解像度画像を作成して、時間効率の良いデジタルベースの年輪幅測定をサポートします。このシステムは、ネジ付きロッドに固定されたプレートで構成され、サンプルを61MPカメラ(Sony Alpha 7R IV)の対物レンズ(Sony FE 90 mm f / 2.8 Macro)の下に0.1〜1cmの事前定義されたステップで移動させます。画像は、カメラのオートフォーカスシステムを使用して撮影され、焦点が合った単一の画像を保証します。カメラの解像度により、SilverFast解像度ターゲット(USAF 1951)を使用してテストされた6500dpiの各画像の実際の解像度が可能になります。これは、指定された解像度が4800dpiのフラットベッドスキャナーの公式解像度と比較すると、少し低く聞こえるかもしれません。しかし、Epson XLスキャナーで撮影した同じターゲットの画像を4800dpiの解像度でテストしたところ、結果の画像は実際の解像度が1825dpiしか示しませんでした(図6)。画像の高解像度により、単一細胞を鮮明に見ることができ、これにより、画像にキャプチャされたリング境界を明確に定義できます(図7)。使用するコアやディスクの表面が十分に準備されていれば、元のサンプルに戻って構造を再度確認する必要はありません。単一の画像をスティッチングした後、得られたコア画像は、好ましい分析ソフトウェアを使用して分析できます。
また、この画像キャプチャシステムでは、透過光を使用して、最大40cmの長さのマイクロセクションから画像を撮影することもできます。この特徴は、例えば、反応木材の発生や、全体の木のコアの微小な部分における他の特定の特徴を特定するための年輪地形学的なアプリケーションにとって興味深いものです(図8)。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig01v2.jpg"> 図1: Larix decidua ミルのスキャン画像。 フラットベッドスキャナーを使用してさまざまな解像度でスキャンされた年輪。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig01large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig02v2.jpg"> 図2:GSCホルダーの概略図(A)ホルダーの両端の開口部により、2つのホルダーを小さなポールで接続して、長いコアを固定できます。緑色の矢印は、ホルダーをコアミクロトームに固定したときの圧力方向を示しています。左:白い矢印は、空気または液体(埋め込み用)の循環を可能にする開口部を示しています。右:芯を押し込んだGSCホルダー。(B)コアの繊維方向は直立している必要があります。(C)白い線はコアの切断面を示しています。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig02large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig03.jpg"> 図3:GSCホルダーを保管し、コアを現場に保管および輸送するための輸送ボックス。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig03large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig04v2.jpg"> 図4:アーカイブに最終的なストレージとしてGSCホルダーを配置するためのストレージフレーム。 フレームを積み重ねてスペースを節約できます。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig04large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig05.jpg"> 図5:WSLで開発された画像キャプチャシステム。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig05large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig06.jpg"> 図6:フラットベッドスキャナーと画像キャプチャシステム間の画像解像度の比較(A)SilverFast解像度ターゲット(USAF 1951)。(B)指定された解像度4800dpi(補間)のフラットベッドスキャナーでスキャンされた画像と、以下のそれぞれのセクションの拡大。(C)画像キャプチャシステムで撮影した画像と、以下の各セクションの拡大。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig06large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig07.jpg"> 図7: Larix decidua Mill.インクリメントコアの合成画像(上の画像)と下のそれぞれのセクションの拡大。 合成物の単一画像は、画像キャプチャシステムで撮影されました。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig07large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig08.jpg"> 図8:インクリメントコア全体のマイクロセクション(Larix decidua Mill.)とそれぞれのセクション拡大の合成画像。 合成物の単一画像は、画像キャプチャシステム(透過光)で撮影されました。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig08large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>

Here we present a new workflow from taking increment cores in the field, storing and transporting them to the lab, to digitizing their tree rings for ...

a-new-workflow-for-sampling-and-digitizing-increment-cores

Research

JoVE Journal

Environment

環境

ここでは、木の標本をその成長構造の全体的な評価のためにサンプリングする方法を概説するプロトコルを提示します。十分に複製され、高分解能の木材解剖学的および樹状生態学的データセットを生成するために必要なマクロおよびミクロの調製および視覚化技術について説明します。...

現代の木リング研究の技術的な観点 -  Dendroecologicalと木材解剖課題を克服する方法

較正されたねじ付きロッドを使用して、押出法は、水生堆積物コアのミリメートルスケールのサブサンプリングを可能にする、提示されています。ミリスケールのサンプリングは完全に土砂レコードに最近のイベント層序を特徴付けることが必要です。...

キャリブレーション済み、スレッドロッドを用いたミリ解像度での堆積物コアの押出法

本研究では、地下水文学、地球化学、および土壌ライシメータの微生物学的異質性を調査するための掘削方法を提示します。ライシメータは、均一の条件で最初にあったと18ヶ月の期間中に灌漑の8サイクルにわたって水の約5000ミリメートルを施した人工hillslopeをシミュレートします。...

結合水文学、地球化学、および微生物学的調査のための土壌ライシメータ発掘

ヒトの女性の前部からSRμCT実験用に均一な大きさの皮質骨標本を調達するために、地質学的(スコア)サンプリングプロトコルを用いた。この方法は、最小限の破壊的で効率的な結果、不規則なサンプル形状からのイメージングアーティファクトを最小限に抑え、マイクロアーキテクチャの可視化と分析を改善する円筒形の標本を生み出します。...

高スループットコルティカル骨サンプルの採取と分析のための断面化、スコアリング、画像処理ガイド

ここでは、トルクマルチプライヤー付きのコードレスドリルを適用して、ツリーをコアリングする際の問題を最小限に抑えることにより、インクリメントコアのマイクロクラックを回避する方法と、長いマイクロセクションの準備への影響に関するプロトコルを紹介します。このプロトコルには、現場でコアラーを研ぐ手順も含まれています。...

高品質のインクリメントコアを取得するための高度なワークフロー - 新しい技術とデバイス

ここでは、X線CTツールチェーンを使用してツリーコアを処理する方法を示します。一部の目的での化学的抽出を除き、それ以上の物理的な実験室での治療は必要ありません。このツールチェーンは、バイオマスの推定、MXD/年輪幅データの取得、および定量的な木材解剖学的データの取得に使用できます。...

X線CTによるツリーコア解析

このプロトコルは、サンゴ礁コミュニティの構造的複雑さ、コミュニティ構成、および人口統計の指標を抽出するために使用される4段階の大面積イメージング調査方法論をカバーしています。収集された画像の品質およびソース画像への統合アクセスは、プロトコルの各ステップ内で優先順位が付けられます。...

大面積イメージングによる水中環境の構造・組成・変化の測定

私たちは、 エノコログサ（S.エノコログサ ）で十字を実行するための方法論を開発しました。方法は、従来の実行可能な花粉を殺すために熱水処理に穂を剪定することを含む。 ×印は、よく制御された成長政権後に実施し、典型的には、1穂当たりの種子/ Sクロス受粉7の回復につながるされています。...

に十字架を実行するためのメソッド<em&gt;エノコログサ</em草のために&gt;、新モデルシステム

昆虫病原性線虫、昆虫の広い範囲に寄生する土壌に生息する回虫です。それぞれ、土壌サンプル、感染昆虫死体から線虫の回復のために、昆虫苦しませると変更されたホワイトトラップ：我々は2つ​​の技術を使用した土壌からこれらの線虫を分離するために使用されるサンプリング方法を示しています。...

土壌のサンプリングと昆虫病原線虫の分離（Steine​​rnematidae、Heterorhabditidae）

このプロトコルは、海水から採取された微生物バイオマスからのタンパク質とDNAの抽出と濃縮、その後のタンデム質量分析に基づくプロテオミクス分析に適したトリプシンペプチドの生成のためのものです。...

水生微生物Metaproteomicsワークフロー：細胞からのトリプシンペプチドのタンデム質量分析ベースの分析に適し

学ぶ3DプリントホルダーとSkippyシステムを用いた樹木年輪インクリメントコアの高解像度デジタル化手法。厳しい現場条件での効率的なサンプリングと大規模データセットの迅速な生成を実現する。

インクリメントコアのサンプリングとデジタイズのための新しいワークフロー

さらに動画を探す