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Biochemistry

생체 내피 세포에서 RNA 격리를 위한 리보솜 친화성 정제(TRAP) 번역

Published: May 25, 2019 doi: 10.3791/59624

Summary

우리는 RNA 정화와 결합된 리보솜에 있는 향상된 녹색 형광 단백질 (EGFP)의 EC 특정 유전 꼬리표를 통해 마우스 두뇌, 폐 및 심혼 조직에서 직접 혈관 내피 세포 (Ec)에서 리보솜 결합mRNA를 정화하는 접근을 제시합니다 .

Abstract

많은 연구는 qPCR 및 RNA 염기서열 분석에 의한 전사체 및 유전자 발현의 시험관 내 분석을 위해 동물로부터 시험관 내 세포 분석 및 전체 조직 또는 특정 세포 유형을 분리하는 것으로 제한되었습니다. 복잡한 조직 및 기관에 있는 특정 세포 모형의 포괄적인 전사체 그리고 유전자 발현 분석은 유전자가 통제되는 세포와 분자 기계장치를 이해하고 조직 항상성 및 기관과의 그들의 협회를 이해하는 것이 중요합니다 함수. 이 기사에서는, 우리는 예를 들어 동물 폐의 혈관 내피에서 생체 내에서 직접 리보솜 결합 RNA의 격리를위한 방법론을 보여줍니다. 조직 처리 및 RNA 정제를 위한 특정 물질 및 절차는 동맥 생성 유전자 검정을 위한 RNA 질 및 수율의 평가 뿐만 아니라 실시간 qPCR를 포함하여 기술될 것이다. 리보솜 친화도 정제(TRAP) 기술로 알려진 이 접근법은 복잡한 조직에서 임의의 특정 유형에서 생체 내에서 직접 특정 세포 유형의 유전자 발현 및 전사체 분석의 특성화에 활용될 수 있다.

Introduction

포유류 뇌, 심장 및 폐와 같은 복잡한 조직에서는 높은 수준의 세포 이질성이 전체 조직 샘플에서 파생된 유전자 발현 데이터의 분석을 복잡하게 만듭니다. 생체 내에서 특정 세포 유형에서 유전자 발현 프로파일을 관찰하기 위해, 새로운 방법론이 최근에 개발되었으며, 이는 임의의 유전자 정의 세포 유형의 전체 번역 된 mRNA 보체의 심문을 허용한다. 이 방법론은 리보솜 친화도 정제(TRAP) 기술1,2. 그것은 동물에 있는 그밖 혈관신생 관련 유전자를 유전으로 조작과 결합될 때 내피 세포 생물학 및 혈관 신생을 공부하는 유용한 공구입니다.

혈관신생 PKD-1 신호및 혈관신생 유전자 CD36의 전사가 내피세포(EC) 분화 및 기능성 혈관신생3,4,5,6에중요하다는 것을 보여주었다. 유전자 전사 및 EC 분화에서 혈관 신생 및 대사 신호의 분자 메커니즘을 결정하기 위해 TRAP 기술 1을 기반으로 특별히 삭제 된 혈관 신생 유전자를 사용하여 유전자 조작 TRAP 마우스를 만들었습니다1 , 2. 또한, 우리의 TRAP 동물에서, 뿐만 아니라 그들은 혈관 내피 또는 cd36 유전자의 글로벌 삭제에 pkd-1 또는 cd36 유전자 결핍을 가지고 있지만, 향상된 녹색 형광 단백질 (EGFP)도 유전적으로 태그 EC의 번역 리보솜. TRAP은 표적 조직의 혈관 내피에서 직접 리보솜 결합 mRNA의 친화도 정제를 허용하여 유전자 발현 및 EC 분화와 관련된 새로운 전사체의 식별을 가능하게 하며, 생체 내 조건 하에서 직접 혈관 신생. 우리는 성공적으로 이 유전으로 조작된 동물에 있는 내피에서 리보솜 바인딩된 RNA를 격리했습니다. 정제된 RNA는 EC 분화 및 기능의 조절에서 혈관신생 또는 동맥신생 유전자의 추가 특성화에 사용될 수 있다. 이 프로토콜은 생체 내에서 직접 ECs에서 mRNA의 격리를 위한 TRAP 접근법을 구현하는 단계별 가이드를 제공한다.

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Protocol

동물 실험을 위해, 여기에 기술된 모든 방법은 위스콘신 의과 대학의 기관 동물 관리 및 사용 위원회에 의해 승인되었습니다.

1. 시약 준비

  1. 용해 완충액을 10 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM KCl, 5 mM MgCl2,0.5 mM DTT, 100 mg/mL 사이클로헤오히미드, 프로테아제 억제제 및 재조합 RNase 억제제의 농도로 준비한다.
    1. 다음 시약을 RNase 없는 탈이온수 500 mL에 추가: HEPES 1.19 g, 5.59 g의 KCl, MgCl2,DTT 35 mg, 사이클록색시미드 0.5 mL, NaOH 는 pH 7.4까지 필요, EDTA 무프로테아제 억제제(10mL당 1개의 미니 정제) 및 RNase 억제제(1개 0 μL/mL).
    2. 4°C 냉장고에 최대 1개월 동안 보관하십시오.
  2. 10 mM HEPES, pH 7.4, 350 mM KCl, 5 mM MgCl 2,1 % vol / vol CA-630, 0.5 mM DTT 및 100 mg / mL 사이클로헴 세척 완충제를 준비하십시오.
    1. RNase-free 탈이온수 의 500 mL에 다음 시약을 추가: HEPES의 1.19 g, KCl의 13.05 g, MgCl의 0.24g, 5 nonionic의 5 mL, 비 치성 세제, 5 의 7.7 DTT의 mg 튜브, 그리고 0.5 cyclohexie의 0.5 mL까지.
    2. 4°C 냉장고에 최대 1개월 동안 보관하십시오.
  3. 실험을 시작하기 전에 항 GFP 항체를 단백질 G 자기 구슬에 결합합니다.
    1. 단백질 G 구슬에 PBS 200 mL에 희석 된 항 GFP 항체 10 mg을 추가하십시오.
    2. 실온에서 10 분 동안 끝 끝 회전으로 인큐베이팅하십시오.
    3. 비드를 마그네틱 랙에 놓고 상급을 제거합니다.
    4. 200 mL의 PBS에 구슬을 일시 중단하고 최대 1 주 동안 4 ° C 냉장고에 보관하십시오.
  4. 100 mg/mL 사이클로헵시미드로 차가운 PBS를 준비하세요.
    1. 99개의 얼음 차가운 PBS에 1부의 사이클로착시미드 용액(100 mg/mL)을 추가합니다.

2. 원하는 조직을 분리하고 라이즈합니다.

  1. 케타민 (500 mg / kg / 체중)과 자일라진 (10 mg / kg / 체중)의 IP 주입으로 마우스를 안락사시키고 원하는 조직 (즉, 심장, 폐)을 분리하십시오. 즉시 다음 단계로 진행합니다.
  2. 원하는 조직을 100 mg/mL 사이클로헵시미드와 함께 얼음으로 차가운 PBS 500 mL에 넣습니다.
  3. 모터 구동 균질화 또는 작은 클리어런스 유리 균질화로 세포 현탁액으로 조직을 다진. 모터 구동 균질화를 사용하는 경우, RNA 변성 방지를 위해 저주파수(<15,000 Hz)에서 균질화를 1분 미만으로 제한하십시오.
  4. 파이펫팅하고 버퍼를 여러 번 다시 그려 서 200 mL의 lysis 버퍼에서 셀 펠 릿을 일시 중단 합니다. 또한 스몰 클리어런스 유리 균질화로 10스트로크 또는 모터 구동 균질화기에서 저주파(&15,000Hz)에서 15초 동안 셀 서스펜션을 균질화합니다.
  5. 원심분리기는 4°C에서 2,000 x g에서 10분 동안 균질화하여 펠릿 핵 및 큰 세포 파편을 하고, 상류를 유지한다.
  6. 1% vol/vol 및 DHPC에 1% vol/vol및 DHPC에 30 mM에 비변성, 비변성 세제를 상급에 추가합니다. 얼음에 5분 동안 배양합니다.
  7. 원심분리기는 펠릿 불용성 물질에 16,000 x g에서 10 분 동안 용해됩니다. 향후 단계에 대한 입력으로 명확한 용해의 15 %를 전송하고 유지합니다.

3. 리보솜/mRNA 복합체 분리

  1. 50 mL의 항체 결합 구슬을 세포 용해 상류에 넣고 4 °C에서 혼합물을 배양하고 30 분 동안 끝 부분 회전을 합니다. 이것은 반대로 GFP 항체가 GFP 태그된 리보솜을 묶을 것입니다, 우리가 이 리보솜에서 RNA를 더 격리하는 것을 허용하는 곳에 입니다.
  2. 마그네틱 랙에 구슬을 모으고 고염 폴리섬 세척 버퍼로 5회 세척하십시오.
    1. 구슬이 튜브 의 측면에 수집되면 액체를 그려 폐기합니다. 그런 다음 파이펫을 다시 그리고 200 mL의 고염 폴리섬 세척 버퍼를 여러 번 다시 그립니다. 이 단계를 5번 반복하고 마지막 반복 후 모든 버퍼를 모두 버립니다. 즉시 다음 단계로 진행합니다.

4. mRNA 분리

  1. RLT 버퍼에 구슬을 배치합니다. 다음 단계는 RNeasy 미니 키트 프로토콜에서 직접 수행되며 어떤 방식으로든 확장되지 않았습니다.
    주의: RLT 버퍼에는 구아니딘 염이 포함되어 있습니다. 표백제와 섞지 마십시오.
  2. 원심분리기는 최고 속도 13,000 rpm 또는 4 °C에서 16,000 g에서 3 분 동안 용해됩니다. 파이펫팅을 하여 350 mL의 상류를 조심스럽게 제거하고 새로운 마이크로 퍼지 튜브로 옮김을 옮김. 후속 단계에서이 상급 (용해)만 사용하십시오.
  3. 마이크로 퍼지 튜브에 70% 에탄올의 동일한 부피를 추가합니다.
  4. 형성되었을 수 있는 침전을 포함하여 샘플의 최대 700 mL을 2 mL 수집 튜브에 배치된 스핀 컬럼으로 이송합니다. 뚜껑을 부드럽게 닫고 15초 동안 15초 동안 15초 동안 1,000 x g의 원심분리기를 사용하여 스핀 컬럼 멤브레인을 세척합니다. 흐름을 취소합니다.
  5. 스핀 열에 350mL의 버퍼 RW1을 추가합니다. 뚜껑을 부드럽게 닫고 15초 동안 15초 동안 15초 동안 1,000 x g의 원심분리기를 사용하여 스핀 컬럼 멤브레인을 세척합니다. 흐름 스루를 버리고 다음 단계에서 수집 튜브를 다시 사용합니다.
    주의: 버퍼 RW1에는 구아니딘 염이 포함되어 있습니다. 표백제와 섞지 마십시오.
  6. 스핀 열에 350mL의 버퍼 RW1을 추가합니다. 뚜껑을 부드럽게 닫고 ≥8,000 x g에서 15초 동안 원심분리기를 닫습니다. 흐름을 취소합니다.
  7. 스핀 열에 버퍼 RPE 500mL를 추가합니다. 뚜껑을 부드럽게 닫고 15초 동안 15초 동안 15초 동안 1,000 x g의 원심분리기를 사용하여 스핀 컬럼 멤브레인을 세척합니다. 흐름을 취소합니다.
  8. 스핀 열에 버퍼 RPE 500mL를 추가합니다. 뚜껑을 부드럽게 닫고 ≥8,000 x g에서 2 분 동안 원심 분리기를 사용하여 스핀 컬럼 멤브레인을 씻으십시오. 그런 다음 수집 튜브에서 스핀 컬럼을 조심스럽게 제거하여 컬럼이 흐름 통과에 접촉하지 않도록합니다.
  9. 스핀 컬럼을 새 2mL 컬렉션 튜브에 놓고 흐름 통과가 있는 이전 튜브를 폐기합니다. 뚜껑을 부드럽게 닫고 원심분리기를 최고 속도로 1분간 닫아 잔류 완충장치를 제거합니다.
  10. 스핀 컬럼을 새 1.5mL 컬렉션 튜브에 배치합니다. 30-50 mL의 RNase-free 물을 스핀 컬럼 멤브레인에 직접 추가합니다. 뚜껑을 부드럽게 닫고 RNA를 용해시키기 위해 ≥8,000 x g에서 1 분 동안 원심 분리기를 하십시오.
  11. 예상 RNA 수율이 >30 mg인 경우, RNase가 없는 다른 30-50 mL의 물과 함께 4.10 단계를 반복하거나 4.10 단계 (높은 [RNA]가 필요한 경우)에서 용적물을 사용하십시오. 4.10 단계에서 수집 튜브를 재사용하십시오.
  12. RNA 시퀀싱 또는 실시간 정량적 PCR을 포함한 다운스트림 분석을 위해 정제된 RNA를 사용하거나RNase-free H2 O에 용해된 RNA를 최대 1년간 -80°C에서 저장합니다.

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Representative Results

우리의 이전연구 4,7은 CD36이 LPA/PKD-1 신호 통로를 통해 동맥 분화 및 모세관 동맥화를 위한 스위치로 작동할 수 있다는 것을 건의합니다. LPA/PKD-1-CD36 신호 축이 생체 내 동맥 발생에 필수적인지 여부를 연구하기 위해, 우리는 글로벌 cd36 결핍 또는 내피 특이적 cd36- 또는 pkd-1 결핍뿐만 아니라 선택적 격리를 허용하는 새로운 TRAP 라인을 설립했습니다. GFP에 의한 크레마크 세포 계에서 리보솜 결합 RNA의, 및 cre 활성화형광 리포터2로 유용하다.

유전형 검사를 수행함으로써, 우리는 cd36 유전자가 내피 특이적 cd36 null 마우스에 대한 전 세계적으로 또는 혈관 내피에서 삭제된 것을 관찰하고(데이터는 도시되지 않음), pkd-1 유전자는 또한 혈관 내피에서 삭제되었다. 도 1은 생성된 글로벌 cd36 TRAP 또는 내피특이pkd-1 TRAP 마우스 라인을 나타내는 대표적인 결과이다. 면역형광 현미경 을 사용하여, 우리는 향상된 GFP가 생체 내 내피 세포의 리보솜상에 유전적으로 태그된다는 것을 입증하였다(그림 2). 그런 다음 리보솜 결합 mRNA를 생체 내에서 직접 분리하고 260 nm 및 230 nm의 비율의 측정에 의해 도시된 바와 같이 품질 RNA를 성공적으로 수득하였다(도 3). 실시간 qPCR을 이용한 추가 분석은 특정 동맥내피유전자의 발현이 cd36 null 마우스의 폐 내피에서 업조절되었음을 입증하였다(도 4), TRAP을 이용하여 혈관 내피에서 직접 단리된 RNA가 생체 내에서 분리되었음을 나타낸다. 기술은 다운스트림 연구에 적합합니다. 이 연구 결과는 혈관 내피 세포 분화의 조절을 이해하는 데 필수적인 생리적 및 병리학적 조건의 밑에 mRNA 수준에 있는 유전자 발현의 분석 및 새로운 전사체의 확인을 포함합니다 및 기능성 혈관 신생.

Figure 1
그림 1: 유전자 조작 TRAP 마우스에 대한 유전형 검사의 예. 글로벌 cd36 null TRAP 마우스 또는 조건부 조직 특이적 pkd-1 null TRAP 마우스의 지질형 에 대한 대표적인 결과. VEC-cre 형질전환 마우스는 Cdh5 프로모터 B6의 제어하에 크레재조합아아제 발현; 129-Tg (Cdh5-cre)1Spe/J 마우스는 B6.129S4-Gt(ROSA)26Sor tm1(CAG-EGFP/Rpl10a,-birA)Wtp/J,그리고 B6.129S1 tm1Mfe-cd36/J 또는 pkd-1loP로빵을 하였다. 이중 돌연변이 cd36 TRAP (A) 및 pkd-1 TRAP (B) 마우스를 수득하였고, 이 때 향상된 GFP가 혈관 내피 세포에서 리보솜의 L10a에 태그되고, cd36 유전자가 전 세계적으로 삭제되고 pkd-1 유전자는 혈관 내피에서 특히. 마우스 꼬리는 키트를 사용하여 DNA 추출을 위해 수집하였고, 제조사로부터의 지시에 기초하여, 모든 시료의 DNA를 중합효소 연쇄 반응(PCR)에 의해 증폭시키고, 1-2% 아가로세겔 전기영동에 의해 평가하였다. 사진은 트랩 또는 야생형(WT) 마우스가 있거나 없는 cd36 또는 pkd-1 돌연변이체의 증폭 결과를 보여주는 아가로오스 겔 이미지이다. 마우스 유전자형 패널 A: 레인 1, cd36-/-; 트랩+/-; 레인 2, 트랩+/+; 차선 3, cd36-/-; 트랩+/+; Cdh5+/-; 레인 4, 트랩+/+; Cdh5+/-; 차선 5, cd36-/-; 트랩+/+; Cdh5+/-; 레인 6, cd36-/-; 트랩+/-; Cdh5+/-; 레인 7, 트랩+/+; Cdh5+/-; 레인 8, TRAP+/-; 레인 9, DNA 사다리. 마우스 유전자형 패널 B: 레인 1, pkd-1fl/-; 트랩+/-; Cdh5+/-; 차선 2, pkd-1fl /fl; 트랩+/+; Cdh5+/-; 차선 3, pkd-1fl/-; 트랩 +/+; 레인 4, pkd-1fl /fl; 트랩 +/+; Cdh5+/-; 레인 5, pkd-1fl /fl; 트랩+/+; Cdh5+/-; 레인 6, pkd-1fl/-; 레인 7, DNA 사다리. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

Figure 2
도 2: 형광 현미경 하에서 내피 특이적 강화된 GFP 발현의 예. CD36 녹아웃 TRAP 마우스의 폐 조직에서 혈액 혈관 내피계는 면역형광 현미경 하에서 EGFP 양성(녹색, 상부 패널)이었다. 1차 GFP 항체를 누락하여 음성 대조군(하단 패널)으로 사용하였다. 마우스 조직은 GFP 및 CD31 항체를 적절한 이차 형광 항체(적색)를 사용하여 공동 염색하였다. 형광 현미경 이미징 시스템을 사용하여 획득 한 대표적인 이미지. 막대 = 200 μm. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

Figure 3
도 3: TRAP 마우스의 조직에서 정제되고 직접 추출된 내피 세포의 리보좀-결합 mRNA의 품질 및 양. CD36에서 폐 조직에서 정제된 RNA의 품질 및 농도에 대한 예는 TRAP 마우스를 녹아웃한다. 분광광도계는 추출된 RNA의 양 및 순도의 평가를 위해 사용되었다. 이 그림에 도시된 바와 같이, RNA의 농도는 51.2 ng/μL이다. 260 nm 및 280 nm에서의 흡광도 의 비율은 1.87인 반면 260 nm 및 230 nm의 비율은 2.40이며, 추출된 RNA 샘플의 순도를 나타낸다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

Figure 4
도 4: 실시간 qPCR 분석에 의한 내피세포의 리보솜 결합 RNA에서 혈관신생 유전자 및 노치 리간드의 발현의 예. TRAP 대조군 및 EC 특이적 cd36 결핍 TRAP 마우스에서 폐의 내피 리보솜으로부터의 단리된 mRNA는 실시간 qPCR 검정을 실시하였고, Hey2, 에프린 B2, 및 리간드와 같은 델타를 포함한 생명공학 회사에서 구입한 프라이머를 사용하여 4 (DLL4). 집 유지 유전자 PPIA 정상화에 사용 되었다. 학생 t-test는 통계 분석을 위해 사용되었다. *P & 0.05; **P <0.01.

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Discussion

혈관신생은 복잡한 다단계 과정으로, EC 특이적 혈관신생 유전자 전사 및 발현이 EC 분화 및 혈관신생 재프로그래밍에 필수적인 역할을 하는3,4. 생체 내 분자 수준에서 포유류 혈관 시스템의 기능을 더 잘 이해하기 위한 세포 다양성 및 건축 적 복잡성의 장벽을 극복하기 위해 EC 특이적 CD36과 함께 EC 특이적 TRAP 마우스를 만들었습니다. , EC 특이적 pkd-1 결핍 또는 글로벌 cd36 결핍은 다른 유전자 조작 마우스 라인과 조합하여 Pu 실험실2에서 생성된 다용도 플록스 TRAP 마우스 모델 또는 EGFP-TRAP을 사용하여 결핍을 한다. 이것은 cd36 유전자 발현8에 있는 EC 특정 또는 글로벌 결핍에 의하여 생체 내 온전한 조직에서 혈관 EC의 전체 번역된 mRNA 보체의 검사를 허용할 것입니다8,에 대한 조사에 중요합니다 생리학적 및 병리학적 혈관신생과 관련된 유전자전사 4, 7,9,10. 다른 연구1,2, EC-specific mRNA의 격리에 대한 우리의 접근 방식은 조직 고정, 조직의 해리 또는 조직에서 단일 세포의 분리가 필요하지 않으므로 잠재적 인 유물을 피할 수 있습니다. 이러한 치료에서 결과. 우리는 또한 TRAP 정제를 수행하고 냉동 조직에서 품질 리보솜 결합 mRNA를 추출 할 수 있었습니다. 부가적으로, 정제된 것은 생체 내에서 직접 ECs의 번역된 mRNA 함량이며, 이는 유전자 발현 프로파일을 위한 총 RNA를 사용하는 것에 비해 단백질 함량을 더 잘 나타낼 것이다. 더욱이, TRAP 이식 유전자는 EGFP를 가진 ECs를 유전으로 표지하고, 또한 리보솜 결합mRNA의 추출뿐 아니라 면역 조직화학또는 전기 생리학 연구 결과에 있는 시각화를 위한 또한 허용합니다.

그러나, 접근은 심장 조직에서 또는 이전에 동결된 조직에서 정제된 mRNA를 가진 낮은 RNA 수율을, 특히 보여주었습니다. 따라서 수율을 높이기 위해 조건을 최적화해야 합니다. 그러나, EC 특이적 cd36 결핍 마우스에서 관찰한 바와 같이, 에프린 B2 및DLL4의 수준은 대조군과 비교할 때 폐(도 4) 및 심장(나타내지 않은 데이터) 내피모두에서 유의하게 증가하였다. 이러한 결과는 이전의 시험관 내연구 3,4와일치했으며, 이는 RNA 품질이 다운스트림 분석에 충분하다는 것을 시사한다. 수율은 엄격한 조건으로 인해 낮을 수 있습니다. 이러한 한계를 극복하고 수율을 개선하려면 RNase가 없는 작업 영역을 설정하고 RNase로 오염될 수 있는 작업 표면 및 장비를 오염시키고 품질 RNA를 추출하기 위해 장갑을 자주 교체하는 것이 중요합니다. 또한 친화도 매트릭스에서 GFP 항체의 적절한 농도를 찾아 조직 용해 완충액에서 RNase 억제제의 적절한 농도를 사용하는 것이 중요합니다. RNase-free 플라스틱 도자기 및 시약의 사용은 표적 조직의 내피 리보솜에서 RNA 추출에 유리합니다.

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Disclosures

저자는 이해 상충이 없다고 선언합니다.

Acknowledgments

렌 박사의 작품은 미국 심장 협회 (13SDG14800019)에 의해 지원됩니다. BR), 앤스 호프 재단 (FP00011709; BR), 미국 암 학회 (86-004-26; MCW 암 센터 BR), 그리고 건강의 국립 연구소 (HL136423; BR); 조던 파머는 2018 MCW CTSI 500 스타 인턴십 프로그램에 의해 지원됩니다. P. 모란은 NHLBI (5T35 HL072483-34)의 기관 연구 교육 보조금에 의해 지원됩니다.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
2100 Electrophoresis Bioanalyzer with Nanochips and Picochips Agilent G2939AA, 5067-1511 & 5067-1513
Cell scrapers Sarstedt 83.1832
Homogenizers Fisher Scientific K8855100020
Magnet (Dynamag-2) Invitrogen 123-21D Will depend on purification scale; samples in 1.5-mL tubes can be concentrated on a DynaMag-2
Minicentrifuge Fisher Scientific 05-090-100
NanoDrop 2000C spectrophotometer Thermo Scientific  ND-2000C
Refrigerated centrifuge Eppendorf 5430R with rotor for 1.5-mL microcentrifuge tubes
RNase-free 1.5mL microcentrifuge tubes Applied Biosystems  AM12450
Rnase-free 50-mL conical tubes Applied Biosystems  AM12501
RNase-free 1000-μl filter tips Rainin RT-1000F
RNase-free 200-μl filter tips Rainin  RT-200F
RNase-free 20-μl filter tips Rainin  RT-20F
Rotor for homogenizers Yamato  LT-400D
Tube rotator, Labquake brand Thermo Fisher 13-687-12Q

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Heiman, M., Kulicke, R., Fenster, R. J., Greengard, P., Heintz, N. Cell type-specific mRNA purification by translating ribosome affinity purification (TRAP). Nature Protocols. 9, 1282-1291 (2014).
  2. Zhou, P., et al. Interrogating translational efficiency and lineage-specific transcriptomes using ribosome affinity purification. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110, 15395-15400 (2013).
  3. Best, B., Moran, P., Ren, B. VEGF/PKD-1 signaling mediates arteriogenic gene expression and angiogenic responses in reversible human microvascular endothelial cells with extended lifespan. Molecular and Cellular Biochemistry. 446, 199-207 (2018).
  4. Ren, B., et al. LPA/PKD-1-FoxO1 Signaling Axis Mediates Endothelial Cell CD36 Transcriptional Repression and Proangiogenic and Proarteriogenic Reprogramming. Arteriosclerosclerosis Thrombosis, Vascular Biology. 36, 1197-1208 (2016).
  5. Ren, B. Protein Kinase D1 Signaling in Angiogenic Gene Expression and VEGF-Mediated Angiogenesis. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 4, 37 (2016).
  6. Ren, B. FoxO1 transcriptional activities in VEGF expression and beyond: a key regulator in functional angiogenesis? Journal of Pathology. 245, 255-257 (2018).
  7. Hupe, M., Li, M. X., Gertow Gillner, K., Adams, R. H., Stenman, J. M. Evaluation of TRAP-sequencing technology with a versatile conditional mouse model. Nucleic Acids Research. 42, e14 (2014).
  8. Dong, L., et al. Diet-induced obesity links to ER positive breast cancer progression via LPA/PKD-1-CD36 signaling-mediated microvascular remodeling. Oncotarget. 8, 22550-22562 (2017).
  9. Ren, B., et al. ERK1/2-Akt1 crosstalk regulates arteriogenesis in mice and zebrafish. Journal of Clinical Investigation. 120, 1217-1228 (2010).
  10. Skuli, N., et al. Endothelial HIF-2alpha regulates murine pathological angiogenesis and revascularization processes. Journal of Clinical Investigation. 122, 1427-1443 (2012).

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생화학 문제 147 혈관 신생 동맥 분화 혈관 내피 세포 리보솜 친화도 정제 번역 RNA 추출 실시간 qPCR
생체 내피 세포에서 RNA 격리를 위한 리보솜 친화성 정제(TRAP) 번역
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Moran, P., Guo, Y., Yuan, R.,More

Moran, P., Guo, Y., Yuan, R., Barnekow, N., Palmer, J., Beck, A., Ren, B. Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) for RNA Isolation from Endothelial Cells In Vivo. J. Vis. Exp. (147), e59624, doi:10.3791/59624 (2019).

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