Name: 발견 중심의 숙주-병원균 상호 작용을 위한 라벨 프리 정량적 프로테오믹스 워크플로우 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2020-10-20T14:30:00.000+00:00
Duration: 5 min 37 s
Description: 탐색하세요 Cryptococcus neoformans와 대식세포 간 숙주-병원균 상호 작용을 질량 분석 기반 라벨 프리 프로테오믹스로 분석하는 방법을. 이 파이프라인은 감염 관련 단백질 발견과 면역 반응 연구에 활용됩니다.

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저자는 생물 정보학 솔루션 Inc.의 조나단 크리거 박사에게 대표적인 실험을 위한 질량 분광계를 운영한 것에 대해 감사하고, 실험적인 설정 및 원고 피드백에 대한 지원을 Geddes-McAlister 그룹의 구성원에게 감사드립니다. 저자는 밴팅 연구 재단에서 자금 지원을 인정, 부분적으로, - Jarislowsky 펠로우십 디스커버리 상, 뉴 프론티어 연구 기금 - 탐사 (NFRFE-2019-00425), J.G.M에 대한 캐나다 혁신 재단 (JELF 38798), 뿐만 아니라 NSERC 캐나다 대학원 장학금 – 석사 및 온타리오 대학원.B 장학금.

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저자는 이해 상충을 선언하지 않습니다.

프로토콜의 중요한 단계는 세포에 최소한의 중단을 가진 단백질 처리를 위한 대식세포 의 준비 그리고 공동 배양 견본의 집합을 포함합니다. 수집하기 전에 세포의 불필요한 용해를 방지하기 위해 씻고, 접종하고, 부착 된 대식세포 세포를 부드럽고 신중하게 제거하는 단계를 수행하는 것이 중요합니다. 실험에 대한 올바른 MOI를 확립하는 것은 지나치게 높은 MOI로 접종하면 급속한 대식세포 사망과 MS에 대한 샘플 수집 및 처리의 어려움을 야기할 수 있으므로, 반대로, 낮은 MOI 숫자는 더 적은 phagocytosed 곰팡이 세포와 생물학적 시스템에서 곰팡이 단백질의 제한된 검출으로 이어질 것입니다. 이러한 한계를 극복하기 위해, 우리는 다양한 MOI를 가진 시험 실험을 수행하는 것이 좋습니다, 세포 사멸 분석 (예를 들어, LDH 정량화)에 의해 지원 호스트 응답을 시작하지만 수집하기 전에 숙주 세포를 죽이지 않는 곰팡이 세포의 수를 정의합니다. 실험을 위해, 우리는 고도로 풍부한 숙주 단백질 중 곰팡이 단백질을 적절하게 검출하기 위해...

침습적 곰팡이 감염의 보급은 크게 증가하고 면역 결핍 성소1을가진 개별에서 가장 일반적으로 보고된 받아들일 수 없을 정도로 높은 사망률과 상관관계가 있습니다. Cryptococcus neoformans는 호스트 대식세포 세포 내의 세포 내 생존을 할 수 있는 악명 높은 기회성 곰팡이 병원체입니다. 부적절한 항진균 개입은 곰팡이 보급과 크립토 코칼 뇌막염 및 뇌막염2,3의생명을 위협하는 증상을 초래합니다. 면역 손상 상태의 글로벌 증가는 항진균제의 사용에 병렬 증가를 요구하고있다, 있는 많은 곰팡이 종, C. neoformans를 포함하여, 점점4,5,6을향해 저항을 진화하고있다. 따라서 호스트 방어 반응 및 미생물 병인에 관한 중요한 생물학적 질문에 답하기 위해 강력하고 효율적인 기술을 구현하는 것이 필수적입니다.
강력한 전산 및 생물정보 파이프라인 의 생성을 포함한 질량 분광법(MS)의 기술 발전의 새로운 시대는 호스트 병원체 연구7,8의대규모 분석을 위한 통합 비전의 토대를 제공한다. 기존의 병원성 중심의 프로테오믹 분석은 일반적으로 단백질 상관 관계 프로파일링, 프로테오믹스와 결합된 친화성 크로마토그래피, 및 상호작용제9와같은 포괄적인 방법론을 포함하여 숙주 또는 병원체 원근으로부터의 감염의 시야를 프로파일링한다. 호스트 시스템에 있는 위험한 병원체의 독성에 대한 조사는 엄청난 임상 중요성입니다; 그러나 단일 실험에서 이중 원근 분석을 적용한 것은 이전에는 달성할 수 없는 것으로 간주되었습니다. 예를 들어, 감염을 향한 병원균의 관점은 종종 풍부하게 풍부한 숙주 단백질에 의해 압도되어 저농축 곰팡이 단백질7의검출을 위한 감도가 감소한다. 더욱이, 높은 견본 복잡성은 단 하나 실험 시스템에서 조사하기 위하여 많은 표적을 초대하고 특정 병원체 단백질을 위한 행동의 기계장치를 해명하기 위하여 도전적이다는 것을 증명합니다.
상향식 프로테오믹스는 펩타이드가 서열 특이적 효소 소화에 의해 생성되는 관리식 시료 준비를 가능하게 하는 인기 있는 MS 기법이며, 이어서 MS10,11에의한 액체 크로마토그래피 분리, 식별 및 정량화가 뒤따릅니다. 여기서는 감염 기반 프로테오메 또는 '감염성'의 편견없는 커버리지를 달성하기 위한 데이터 의존적 획득 전략을 보여주는 방법을 제시합니다. 구체적으로, 라벨없는 정량화(LFQ)는 여러 프로테옴에 걸쳐 단백질 수준 변화를 견고하고 정확하게 식별하기 위해 화학 물질 또는 대사 라벨에 대한 의존도를 떨어뜨리고, 샘플 처리 및 처리단계(12,13)를감소시킵니다. 이 보편적인 응용 프로그램은 어떤 예상 된 단백질 생산과 는 별개로 세포 내에서 주어진 순간에 단백질을 생산; 따라서, 감염에 중요한 새로운 통찰력이 발견될 수 있습니다.
본 명세서에 기재된 워크플로우는 숙주 면역 세포를 가진 감염 모방 조건 동안 C. neoformans의 단백질 수준 변화를 탐구하도록 최적화된다(그림1). 세포 모형의 분리 및 분리에 의지하는 대신, 이 접근은 호스트와 병원체 proteome를 함께 추출하고, 종 특정 단백질 생산을 구별하기 위하여 2개의 유기체 특정 데이터베이스를 사용하여 생물정보 분리를 이용합니다. 이 방법은 동위원소 기반 라벨링 연구 또는 분수에 필요한 추가 비용이 많이 드는 준비 단계 없이 무제한의 샘플을 처리할 수 있는 이점을 제공합니다. 또한, 이 워크플로우는 숙주 면역 세포를 표적으로 하고 감염시킬 수 있는 광범위한 곰팡이 및 세균성 병원체로 이전할 수 있는 최적화된 단백질 추출 프로토콜을 지원합니다. 전반적으로, 이 프로토콜은 고분해능 MS를 위한 편견없는 단백질 추출 및 샘플 처리를 완료하는 단계를 설명하고, 그 다음에 는 데이터 및 통계 분석이 선행된 호스트 방어 반응의 포괄적인 프로파일링과 결합된 감염에 중요한 곰팡이 단백질에 대한 풍부한 지식을 제공할 수 있는 단계입니다.

<table><tbody><tr><td>100 mM Tris-HCl, pH 8.5</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP152-1</td><td>4°C 유지; C</td></tr><tr><td>60 x 15 mm 접시, Nunclon Delta</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>174888</td><td></td></tr><tr><td>6웰 세포 배양 플레이트</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>140675</td><td></td></tr><tr><td>아세토니트릴, MS 등급</td><td>Pierce</td><td>TS-51101</td><td></td></tr><tr><td>아세트산</td><td>Sigma Aldrich</td><td>1099510001</td><td></td></tr><tr><td>아세톤</td><td>Sigma Aldrich</td><td>34850-1L</td><td></td></tr><tr><td>암모늄 중탄산염(ABC)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>A643-500</td><td>실온에서 최대 1개월 동안 안정적인 50mM ABC 용액을 준비합니다.</td></tr><tr><td>벨 아트 &트레이드; HiFlow 진공 흡입기 수집 시스템</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-717-300</td><td>필수는 아니며 혈청학 피펫을 사용하여 매체를 제거할 수 있습니다.</td></tr><tr><td>C18 수지</td><td>3M Empore</td><td>3M2215</td><td></td></tr><tr><td>세포 스크레이퍼</td><td>VWR</td><td>10062-906</td><td>필수는 아니며 대식 세포 세포를 방출하는 다른 방법을 사용할 수 있습니다.</td></tr><tr><td>Centrifugal vaccuum concentrator</td><td>Eppendorf</td><td>07-748-15</td><td></td></tr><tr><td>Complete Filtration Unit</td><td>VWR</td><td>10040-436</td><td></td></tr><tr><td>Conical falcon tubes (15 mL)</td><td>Fisher Scientific</td><td>05-539-12</td><td></td></tr><tr><td>Countess II Automated Cell Counter</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMQAX1000</td><td>필수는 아니며 혈구계를 대안으로 사용할 수 있습니다.</td></tr><tr><td>CytoTox 96 비방사성 세포 독성 분석</td><td>Promega</td><td>G1780</td><td></td></tr><tr><td>디티오트레이톨(DTT)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>R0861</td><td>1M DTT의 벌크 저장 용액을 준비하고 급속 냉동 및 -20°C에서 보관합니다. C를 사용할 때까지. 사용 후에는 폐기하십시오(반복적으로 동결-해동하지 마십시오).</td></tr><tr><td>DMEM, 고포도당, GlutaMAX 보충제</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>10566016</td><td></td></tr><tr><td>Fetal Bovine Serum (FBS)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>12483020</td><td>60°C에서 배양하여 열 비활성화; C를 30분 동안 누릅니다. 50ml의 부분 표본과 급속 냉동을 준비합니다. 매체 준비 전 해동</td></tr><tr><td>혈구계</td><td>VWR</td><td>15170-208</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Sigma Aldrich</td><td>H3375</td><td>40 mM HEPES/8 M 요소를 벌크 재고 용액으로 준비, 플래시 냉동, -20°C에서 보관; C를 사용할 때까지. 사용 후에는 폐기하십시오(반복적으로 동결-해동하지 마십시오).</td></tr><tr><td>고성능 액체 크로마토그래피 시스템</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>LC140</td><td>그래디언트 길이는 시료 복잡성을 기반으로 하며, 감염체 시료에 권장되는 120분 그래디언</td></tr>트입니다.<tr><td>고분해능 질량 분석기</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>726042</td><td></td></tr><tr><td>Iodoacetamide (IAA)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>I6125</td><td>0.55 M 벌크 재고 용액 준비, 플래시 냉동, -20°deg에서 보관; C를 사용할 때까지. 사용 후에는 폐기하십시오(반복적으로 동결-해동하지 마십시오).</td></tr><tr><td>L-글루타민</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>25030081</td><td>부분 표본 및 냉동하여 보관할 수 있습니다. 미디어 준비 전에 해동하십시오.</td></tr><tr><td>LoBind Microcentrifuge tubes</td><td>Eppendorf</td><td>13-698-794</td><td></td></tr> MaxQuant https://maxquant.org/ MaxQuant는 대규모 MS 데이터 세트 <tr><td>Microcentrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>13864457</td><td></td></tr> Penicillin : Streptomycin 10k/10k VWR CA12001-692<tr><td></td><td>의 컴퓨터 분석 단계를 설명하는 MaxQuant Summer School과 같은 튜토리얼을 제공하는 공개 플랫폼입니다</td>.<td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td>저장을 위해 분취 및 냉동 할 수 있습니다. 미디어 준비 전에 해동하십시오.</td></tr><tr><td>펩타이드 분리 컬럼</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>ES803</td><td></td></tr><tr><td>Perseus 소프트웨어</td><td>http://maxquant.net/perseus/</td><td></td><td></td></tr> <tr><td>인산염 완충 식염수</td><td>VWR</td><td>CA12001-676</td><td>Puchase는 필요하지 않습니다. PBS도 준비할 수 있지만 사용하기 전에 멸균 여과를 수행해야 합니다.</td></tr><tr><td>Pierce BCA 단백질 분석</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>&nbsp; 23225</td><td></td></tr><tr><td>피펫, 일회용 혈청학적(10mL)</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-678-11E</td><td></td></tr><tr><td>피펫, 일회용 혈청학적(25mL) Basix</td><td>Fisher Scientific</td><td>14955235</td><td></td></tr><tr><td>프로브 sonciator</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>100-132-894</td><td></td></tr><tr><td>프로테아제 억제제 칵테일 정제</td><td>Roche</td><td>4693159001</td><td></td></tr><tr><td>Sodium dodecyl sulfate</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>28364</td><td>20% (w/v)</td></tr><tr><td>분광광도계(나노드롭)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>ND-2000</td><td></td></tr><tr><td>STAGE tipping centrifuge</td><td>Sonation</td><td>STC-V2</td><td></td></tr><tr><td>Thermal Shaker</td><td>VWR</td><td>NO89232-908</td><td></td></tr><tr><td>Trifluoroacetic acid</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>85183</td><td></td></tr><tr><td>Trypsin/Lys-C 프로테아제 혼합물, MS 등급</td><td>피어싱</td><td>A40007</td><td>-20°C에서 유지</td></tr><tr><td>초음파 욕조</td><td>Bransonic</td><td>A89375-450</td><td>냉장실 보관 (4C)</td></tr> <tr><td>우레아</td><td>Sigma Aldrich</td><td>U1250-1KG</td><td>벌크 재고 용액에 40 mM HEPES / 8 M 우레아를 준비, 플래시 냉동, -20 °°C에서 보관; C를 사용할 때까지. 사용 후에는 폐기하십시오(반복적으로 동결-해동하지 마십시오).</td></tr><tr><td>효모 추출물 펩톤 포도당 육수</td><td>BD Difco</td><td>BM20</td><td></td></tr></tbody></table>

발견 중심의 숙주-병원균 상호 작용을 위한 라벨 프리 정량적 프로테오믹스 워크플로우

Label-Free Quantitative Proteomics Workflow for Discovery-Driven Host-Pathogen Interactions

질량 분석법 (MS)기반 정량 적 프로테오믹스의 기술적 성과는 다양한 조건에서 유기체의 글로벌 프로테오메를 분석하기위한 많은 알려지지 않은 길을 열어줍니다. 원하는 숙주로 미생물 병원체의 상호 작용에 적용되는 이 강력한 전략은 감염에 대한 두 관점을 포괄적으로 특성화합니다. 본 명세서에서, 워크플로우는 불멸의 대식세포 세포의 존재에서 치명적인 질병 크립토코코시스의 원인성 제제인 크립토코커스 네오포만의 감염체의 라벨없는 정량화(LFQ)를 설명한다. 이 프로토콜은 단일 실험 내에서 병원균 과 포유류 세포 모두에 적합한 단백질 제제 기술을 자세히 설명하여 액체 크로마토그래피 (LC)-MS / MS 분석을위한 적절한 펩타이드 제출을 초래합니다. LFQ의 높은 처리량 일반 특성은 광범위한 동적 단백질 식별 및 정량화뿐만 아니라 모든 숙주 병원체 감염 설정으로의 전달 가능성을 허용하여 극도의 감도를 유지합니다. 이 방법은 감염 모방 조건 내에서 병원균의 광범위하고 편견없는 단백질 풍부 프로파일을 카탈로그화하도록 최적화되어 있습니다. 구체적으로, 여기서 입증된 방법은 독성에 필요한 단백질 생산과 같은 C. neoformans 병인에 대한 필수 정보를 제공하고 미생물 침입에 대응하는 중요한 숙주 단백질을 식별한다.

위에서 설명한 프로토콜은 단일 실험에서 곰팡이 병원균, C. neoformans및 숙주, 대식세포 세포 모두에서 파생된 단백질의 식별 및 정량화를 가능하게 합니다. 공동 배양에 이어, 세포는 수집 및 처리되며 각 종에 특정한 펩타이드 프로파일을 기반으로 생체정보학적으로 분리된다. 이것은 감염 도중 호스트 병원체 관계의 상호 작용을 정의하기 위한 강력한 접근입니다. 실험에서 확인된 단백질의 수는 시작 재료, 샘플 준비, 그라데이션 길이, MS 계측 및 생물 정보 학적 워크플로우에 따라 달라집니다. 본 명세서에 기재된 프로토콜을 사용하여, 우리는 전형적으로, 1,500C neoformans 단백질 및 6,500개의 숙주 단백질을 가진 실험에서 대략 8,000개의 단백질을 확인합니다. 데이터 집합의 처리에 따라, 우리는 우리의 분석을 구동 하는 중요 한 요인을 관찰 하는 주 성분 분석 (PCA) 플롯을 생성(그림 2A). 여기서, 우리는 실험 설계(...

여기서, 우리는 질량 분광계 기지를 둔 proteomics에 의하여 감염 도중 호스트와 병원체 사이 상호 작용을 프로파일기 위하여 프로토콜을 제시합니다. 이 프로토콜은 단일 실험에서 호스트(예를 들어, 대식세포)와 병원체(예를 들어, Cryptococcus neoformans)의단백질 풍부도의 변화를 측정하기 위해 라벨이 없는 정량화를 사용합니다.

The technological achievements of mass spectrometry (MS)-based quantitative proteomics opens many undiscovered avenues for analyzing an organism&#8217;s ...

당사의 프로토콜은 숙주와 병원체의 관점에서 진균 감염을 조사하여 질병에 중요한 생물학적 시스템 간의 상호 작용을 식별합니다. 한 번의 실험으로 진균 단백질과 숙주 단백질을 모두 검출할 수 있으며, 감염 중에만 생성되는 진균 단백질을 식별하여 새로운 감염 관련 단백질을 나타낼 수 있습니다. 우리는 치료를 위한 새로운 항독성 전략을 발견하여 진균 감염을 치료하는 데 중점을 두고 있지만, 당사의 단백질체학 및 생물정보학 파이프라인은 보편적이며 많은 생물학적 시스템에 적용될 수 있습니다.우리의 접근 방식은 다양한 병원체와 수많은 면역 반응에 대한 연구의 토대를 마련하며 크립토코커스와 선천면역 체계 간의 관계에 대한 새로운 통찰력을 제공하는 데 사용할 수 있습니다. 병원체에 대한 대식세포 반응과 충분한 진균 단백질을 검출하는 것이 중요합니다. 따라서 각 종에 대한 MOI와 시점을 테스트하고 최적화하는 것이 좋습니다.대식세포와 진균 세포 배양은 어려울 수 있으므로 공동 배양 후 무엇을 기대할 수 있는지 아는 것이 중요합니다. 시각화는 연구자에게 절차 구현에 대한 확신을 제공합니다. 대식세포 감염에 대비하여 진균 세포를 준비하려면 중장상 배양에서 C neoformans 세포를 수집하고 원심분리한 다음 동일한 원심분리기 조건에서 1ml의 실온 PBS로 3회 부드럽게 세척합니다.마지막 세척 후, 항생제 무 세포 배양 밀리리터당 8번째 세포의 1.2 배 10에서 8번째 세포, 중간 농도로 진균 세포를 재현탁시키고 70%에서 80% 컨플루언스 6웰 대식세포 배양 플레이트의 4웰 각각에 1밀리리터의 진균 세포 현탁액을 첨가합니다. 그런 다음 플레이트를 세포 배양 인큐베이터에 3시간 동안 넣습니다. 플레이트를 조심스럽게 기울여 세척당 웰당 1밀리리터의 PBS로 각 웰을 세 번 부드럽게 세척할 수 있도록 합니다.마지막 세척 후 감염 숙련도를 측정하려면 6웰 플레이트의 각 웰에 1ml의 무항생제 배지를 추가하고 플레이트를 세포 배양 인큐베이터에 넣습니다. 적절한 실험 시점에서 각 웰에서 상층액을 수집하고 표준 프로토콜에 따라 각 웰의 LDH 양을 측정합니다. 동시에 감염되지 않은 대식세포 세포를 용해하여 최대 세포 독성 값을 결정합니다.그런 다음 표시된 공식을 사용하여 세포 독성을 계산할 수 있습니다. 감염되지 않은 대식세포 수집 및 공동 배양을 위해 감염되지 않은 대식세포의 각 웰에 1ml의 차가운 PBS를 추가합니다. 1분 후 플레이트를 부드럽게 두드려 웰 바닥에서 세포를 분리하고 세포 현탁액을 단일 15ml 튜브에 모읍니다.원심분리로 세포를 수집하고 상등액을 완전히 제거하여 액체 질소에서 펠릿을 즉시 급속 동결하여 영하 80도 보관을 가능하게 합니다. 데이터 세트에 대한 프로세스의 주성분 분석에 따르면 예상대로 데이터 간 분리의 가장 큰 구성 요소는 감염된 샘플과 감염되지 않은 샘플인 것으로 나타났습니다. 샘플의 두 번째 특징은 생물학적 다양성입니다.Pearson 상관관계를 유클리드 거리에 의한 계층적 클러스터링과 결합하면 복제 재현성이 95%에서 96% 사이인 감염된 샘플과 감염되지 않은 샘플의 뚜렷한 클러스터링을 보여줍니다.Benjamini-Hochberg False Discovery Rate를 사용하여 다중 가설 테스트를 위해 보정된 학생 테스트를 수행하여 감염되지 않은 대조군과 비교하여 감염 중 풍부도에 상당한 차이가 있는 단백질을 식별할 수 있습니다. 이 분석에서 감염 시 발현의 상당한 변화를 보여주는 117개의 숙주 단백질이 확인되었습니다. 특히, 감염 중에 예상되는 대로 진균 단백질의 풍부함이 크게 증가하는 것도 관찰되었습니다.대식세포를 공동 배양, 세척 및 검체 채취 중에 부드럽게 다루는 것이 중요합니다. 병원체가 숙주에 어떻게 적응하고 숙주가 감염으로부터 스스로를 방어하는지 정의함으로써 미생물학 및 면역학 분야에 대한 새로운 통찰력을 얻을 수 있습니다.

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Research

연구

JoVE Journal

Immunology and Infection

면역학 및 감염학

이 문서에서는 호스트와 두 개의 직교 방법의 조합을 사용 병원균의 단백질 사이의 높은 자신감 상호 작용 집합의 식별에 초점을 맞추고 효모 두 하이브리드 HT-GPCA이라는 포유 동물 세포에서 높은 처리량의 상호 작용 분석에 의해 따랐다.

호스트 병원체 단백질 - 단백질 상호 작용의 풍경의 특성을 비교 접근

우리는 정확 하 게 액체 크로마토그래피 고해상도 질량 분석기에 인터페이스와 isobaric 라벨, 광범위 한 분류, 생물 정보학 도구, 그리고 품질 관리 단계에에서는 단백질을 quantitate 프로토콜을 제시.

깊은 프로테옴 Isobaric 라벨, 광범위 한 액체 크로마토그래피, 질량 분석 및 소프트웨어 기반 정량화 하 여 프로 파일링

기재된 단백질 은 관심 있는 주어진 단백질및 무표지 질량 분석법의 면역친화성 농축을 사용하여 핵 세포 분획으로부터 단백질 상호작용 파트너를 식별하기 위한 프로테오믹스 워크플로우이다. 워크플로우에는 세포외 분획, 면역 침전, 필터 보조 시료 준비, 오프라인 정리, 질량 분석 법 및 다운스트림 생물 정보학 파이프라인이 포함됩니다.

대규모 핵 상호 작용 프로파일링을 위한 라벨 없는 면역 침전 질량 분광 워크플로우

여기에 제시된 프로토콜은 고급 통계 분석 접근법에 품질 관리 및 전처리 단계를 포함하여 원시 읽기에서 기능 분석에 RNA-시퀀싱 전사 데이터를 분석하는 완전한 파이프라인을 설명합니다.

호스트-병원체 상호 작용을 조사하기 위한 고처리량 전사 분석

우리는 데이터 전처리, 공동 발현 클러스터링, 경로 농축 및 단백질 - 단백질 상호 작용 네트워크 분석을 포함한 상세한 프로토콜과 함께 정량적 단백체학 데이터에 대한 네트워크 분석을 수행하고 시각화하는 시스템 생물학 도구 JUMPn을 제시합니다.

JUMPn: 프로테오믹스의 단백질 공동 발현 클러스터링 및 네트워크 분석을 위한 간소화된 응용 프로그램

임상 메타단백질체학(Clinical metaproteomics)은 인간 마이크로바이옴과 질병에 대한 기여에 대한 통찰력을 제공합니다. 당사는 Galaxy 플랫폼의 컴퓨팅 파워를 활용하여 복잡한 질량 분석 기반 메타단백질체 분석 및 질병 연구와 관련된 다양한 임상 샘플 유형의 특성화를 용이하게 하는 모듈식 생물정보학 워크플로우를 개발했습니다.

인간 질병의 기저에 있는 숙주-마이크로바이옴 상호작용을 분석하기 위해 Galaxy Bioinformatics 플랫폼 내에서 구현된 임상 메타단백질체학 워크플로우

여기에서는 포르말린 고정, 파라핀 포매 조직 절편에서 분리된 관심 영역을 사용하여 질량 분석 기반 단백질체학 방법을 확립합니다. 이 프로토콜은 보관된 포르말린 고정, 파라핀 포매 조직 절편의 특정 조직 영역에서 단백질체를 분석하는 데 사용됩니다.

선택된 조직 영역을 사용하는 질량 분석 기반 단백질체학을 위한 간소화된 접근법

질량 분석 기반 단백질체 데이터는 개방형 데이터베이스에서 사용할 수 있으며 무료 도구를 사용하여 액세스할 수 있습니다. 데이터베이스 검색 및 설명의 복잡성을 감안할 때 많은 생물학자들은 이러한 데이터 세트를 활용할 수 있는 지식이 부족합니다. 여기에서는 기본 단백질체 데이터 검색을 위한 무료 도구 사용에 대한 가이드를 제공합니다.

무료 계산 도구를 사용하여 질량 분석 기반 단백질체 데이터 탐색

여기에서는 화학 프로브 및 질량 분석법을 사용하여 천연 세포 및 조직에서 질병 특이적 단백질-단백질 상호 작용을 포착하고 식별할 수 있는 프로토콜을 제시합니다. 결과 상호 작용 데이터 세트는 전용 웹 기반 플랫폼을 통해 분석되어 질병과 관련된 동적 네트워크 기능 장애 및 경로 변경을 밝힙니다.

질병에서 기능 장애 단백질-단백질 상호 작용 매핑

방법을 개별적으로 선택 조작 설명 및 이미지 라이브 병원균은 회전 디스크 현미경을 결합 광학 트랩을 사용하고 있습니다. 광학 트랩은 생물의 공간적 시간적 및 제어를 제공하며, 호스트 세포에 인접 장소. 형광 현미경은 세포에 최소한의 섭동와 역동적인 세포 상호 작용을 캡처합니다.

동적 라이브 셀 이미징에 대한 호스트 병원체 상호 작용 연구를위한 광학 트랩의 사용

탐색하세요 Cryptococcus neoformans와 대식세포 간 숙주-병원균 상호 작용을 질량 분석 기반 라벨 프리 프로테오믹스로 분석하는 방법을. 이 파이프라인은 감염 관련 단백질 발견과 면역 반응 연구에 활용됩니다.

발견 중심의 숙주-병원균 상호 작용을 위한 라벨 프리 정량적 프로테오믹스 워크플로우

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