Name: 질병에서 기능 장애 단백질-단백질 상호 작용 매핑 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-24T13:55:00.000+00:00
Duration: 9 min 39 s
Description: 배우세요 질병에서 기능 장애 단백질-단백질 상호 작용을 화학 프로브와 질량 분석법을 이용해 원래 세포와 조직에서 포착하고 식별하는 방법을. 이 프로토콜은 질병 관련 네트워크 변화를 연구하는 데 활용됩니다.

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<ol><li>Liu, Z., Miller, D., Li, F., Liu, X., Levy, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+large+accessory+protein+interactome+is+rewired+across+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">A large accessory protein interactome is rewired across environments.</a> Elife. 9, e62365(2020).</li>
<li>Omranian, S., Nikoloski, Z., Grimm, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+identification+of+protein+complexes+from+network+interactions%3A+Present+state%2C+challenges%2C+and+the+way+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Computational identification of protein complexes from network interactions: Present state, challenges, and the way forward.</a> Comput Struct Biotechnol J. 20, 2699-2712 (2022).</li>
<li>Ginsberg, S. D., Sharma, S., Norton, L., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+stressor-induced+dysfunctions+in+protein-protein+interaction+networks+via+epichaperomes%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Pharmacol+Sci%22%5BJournal%5D)">Targeting stressor-induced dysfunctions in protein-protein interaction networks via epichaperomes.</a> Trends Pharmacol Sci. 44 (1), 20-33 (2023).</li>
<li>Nussinov, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pioneer+in+molecular+biology%3A+Conformational+ensembles+in+molecular+recognition%2C+allostery%2C+and+cell+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Pioneer in molecular biology: Conformational ensembles in molecular recognition, allostery, and cell function.</a> J Mol Biol. 437 (11), 169044(2025).</li>
<li>Lacoste, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pervasive+mislocalization+of+pathogenic+coding+variants+underlying+human+disorders%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Pervasive mislocalization of pathogenic coding variants underlying human disorders.</a> Cell. 187 (23), 6725-6741.e13 (2024).</li>
<li>Liu, X., Abad, L., Chatterjee, L., Cristea, I. M., Varjosalo, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+protein-protein+interactions+by+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Mass+Spectrom+Rev%22%5BJournal%5D)">Mapping protein-protein interactions by mass spectrometry.</a> Mass Spectrom Rev. , (2024).</li>
<li>Luck, K., Sheynkman, G. M., Zhang, I., Vidal, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteome-scale+human+interactomics%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">Proteome-scale human interactomics.</a> Trends Biochem Sci. 42 (5), 342-354 (2017).</li>
<li>Greenblatt, J. F., Alberts, B. M., Krogan, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+and+significance+of+protein-protein+interactions+in+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Discovery and significance of protein-protein interactions in health and disease.</a> Cell. 187 (23), 6501-6517 (2024).</li>
<li>Gonzalez-Avendano, M., Lopez, J., Vergara-Jaque, A., Cerda, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+power+of+computational+proteomics+platforms+to+decipher+protein-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">The power of computational proteomics platforms to decipher protein-protein interactions.</a> Curr Opin Struct Biol. 88, 102882(2024).</li>
<li>Komives, E. A., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Editorial+overview%3A+Protein+networks+in+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Editorial overview: Protein networks in health and disease.</a> Curr Opin Struct Biol. 90, 102953(2025).</li>
<li>Botticelli, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+cross-linking+and+mass+spectrometry+enabled+systems-level+structural+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Chemical cross-linking and mass spectrometry enabled systems-level structural biology.</a> Curr Opin Struct Biol. 87, 102872(2024).</li>
<li>Chakrabarty, S., Wang, S., Roychowdhury, T., Ginsberg, S. D., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Introducing+dysfunctional+protein-protein+interactome+%28dfppi%29+-+a+platform+for+systems-level+protein-protein+interaction+%28ppi%29+dysfunction+investigation+in+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Introducing dysfunctional protein-protein interactome (dfppi) - a platform for systems-level protein-protein interaction (ppi) dysfunction investigation in disease.</a> Curr Opin Struct Biol. 88, 102886(2024).</li>
<li>Pasala, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epichaperomes%3A+Redefining+chaperone+biology+and+therapeutic+strategies+in+complex+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22RSC+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Epichaperomes: Redefining chaperone biology and therapeutic strategies in complex diseases.</a> RSC Chem Biol. 6 (5), 678-698 (2025).</li>
<li>Chu, F., Sharma, S., Ginsberg, S. D., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PTMs+as+molecular+encoders%3A+Reprogramming+chaperones+into+epichaperomes+for+network+control+in+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">PTMs as molecular encoders: Reprogramming chaperones into epichaperomes for network control in disease.</a> Trends Biochem Sci. , (2025).</li>
<li>Chiosis, G., Digwal, C. S., Trepel, J. B., Neckers, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+and+functional+complexity+of+hsp90+in+cellular+homeostasis+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Structural and functional complexity of hsp90 in cellular homeostasis and disease.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 24 (11), 797-815 (2023).</li>
<li>Rodina, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+epichaperome+is+an+integrated+chaperome+network+that+facilitates+tumour+survival%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The epichaperome is an integrated chaperome network that facilitates tumour survival.</a> Nature. 538 (7625), 397(2016).</li>
<li>Rodina, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systems-level+analyses+of+protein-protein+interaction+network+dysfunctions+via+epichaperomics+identify+cancer-specific+mechanisms+of+stress+adaptation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Systems-level analyses of protein-protein interaction network dysfunctions via epichaperomics identify cancer-specific mechanisms of stress adaptation.</a> Nat Commun. 14 (1), 26(2023).</li>
<li>Inda, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+epichaperome+is+a+mediator+of+toxic+hippocampal+stress+and+leads+to+protein+connectivity-based+dysfunction%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">The epichaperome is a mediator of toxic hippocampal stress and leads to protein connectivity-based dysfunction.</a> Nat Commun. 11 (1), 19(2020).</li>
<li>Joshi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pharmacologically+controlling+protein-protein+interactions+through+epichaperomes+for+therapeutic+vulnerability+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Pharmacologically controlling protein-protein interactions through epichaperomes for therapeutic vulnerability in cancer.</a> Commun Biol. 4 (1), 20(2021).</li>
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<li>Moulick, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Affinity-based+proteomics+reveal+cancer-specific+networks+coordinated+by+HSP90%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Affinity-based proteomics reveal cancer-specific networks coordinated by HSP90.</a> Nat Chem Biol. 7 (11), 818-826 (2011).</li>
<li>Kishinevsky, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hsp90-incorporating+chaperome+networks+as+biosensor+for+disease-related+pathways+in+patient-specific+midbrain+dopamine+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Hsp90-incorporating chaperome networks as biosensor for disease-related pathways in patient-specific midbrain dopamine neurons.</a> Nat Commun. 9, 15(2018).</li>
<li>Roychowdhury, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phosphorylation-driven+epichaperome+assembly+is+a+regulator+of+cellular+adaptability+and+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Phosphorylation-driven epichaperome assembly is a regulator of cellular adaptability and proliferation.</a> Nat Commun. 15 (1), 8912(2024).</li>
<li>Roychowdhury, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+native-page+for+the+identification+of+epichaperomes+in+cell+lines%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Use of native-page for the identification of epichaperomes in cell lines.</a> Methods Mol Biol. 2693, 175-191 (2023).</li>
<li>Taldone, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((synthesis%2C+and+evaluation+of+small+molecule+HSP90+probes%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorg+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">synthesis, and evaluation of small molecule HSP90 probes.</a> Bioorg Med Chem. 19 (8), 2603-2614 (2011).</li>
<li>Meier, F., Park, M. A., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trapped+ion+mobility+spectrometry+and+parallel+accumulation-serial+fragmentation+in+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Trapped ion mobility spectrometry and parallel accumulation-serial fragmentation in proteomics.</a> Mol Cell Proteomics. 20, 100138(2021).</li>
<li>Rappsilber, J., Mann, M., Ishihama, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+micro-purification%2C+enrichment%2C+pre-fractionation+and+storage+of+peptides+for+proteomics+using+stagetips%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for micro-purification, enrichment, pre-fractionation and storage of peptides for proteomics using stagetips.</a> Nat Protoc. 2 (8), 1896-1906 (2007).</li>
<li>Kovalchuk, S. I., Jensen, O. N., Rogowska-Wrzesinska, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flashpack%3A+Fast+and+simple+preparation+of+ultrahigh-performance+capillary+columns+for+LC-MS%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Flashpack: Fast and simple preparation of ultrahigh-performance capillary columns for LC-MS.</a> Mol Cell Proteomics. 18 (2), 383-390 (2019).</li>
<li>Sinitcyn, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maxdia+enables+library-based+and+library-free+data-independent+acquisition+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Maxdia enables library-based and library-free data-independent acquisition proteomics.</a> Nat Biotechnol. 39 (12), 1563-1573 (2021).</li>
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<li>Rappsilber, J., Ishihama, Y., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stop+and+go+extraction+tips+for+matrix-assisted+laser+desorption%2Fionization%2C+nanoelectrospray%2C+and+LC%2FMS+sample+pretreatment+in+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Stop and go extraction tips for matrix-assisted laser desorption/ionization, nanoelectrospray, and LC/MS sample pretreatment in proteomics.</a> Anal Chem. 75 (3), 663-670 (2003).</li>
<li>Meier, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diapasef%3A+Parallel+accumulation-serial+fragmentation+combined+with+data-independent+acquisition%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Diapasef: Parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independent acquisition.</a> Nat Methods. 17 (12), 1229-1236 (2020).</li>
<li>Lou, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+commonly+used+software+suites+and+analysis+workflows+for+dia+proteomics+and+phosphoproteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Benchmarking commonly used software suites and analysis workflows for dia proteomics and phosphoproteomics.</a> Nat Commun. 14 (1), 94(2023).</li>
<li>Demichev, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dia-pasef+data+analysis+using+fragpipe+and+dia-nn+for+deep+proteomics+of+low+sample+amounts%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Dia-pasef data analysis using fragpipe and dia-nn for deep proteomics of low sample amounts.</a> Nat Commun. 13 (1), 3944(2022).</li>
<li>Wen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+DDA+library-free+strategies+for+phosphoproteomics+and+ubiquitinomics+data-independent+acquisition+data%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Evaluation of DDA library-free strategies for phosphoproteomics and ubiquitinomics data-independent acquisition data.</a> J Proteome Res. 22 (7), 2232-2245 (2023).</li>
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<li>Demichev, V., Messner, C. B., Vernardis, S. I., Lilley, K. S., Ralser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dia-nn%3A+Neural+networks+and+interference+correction+enable+deep+proteome+coverage+in+high+throughput%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Dia-nn: Neural networks and interference correction enable deep proteome coverage in high throughput.</a> Nat Methods. 17 (1), 41-44 (2020).</li>
<li>Wang, T., Digwal, C. S., Alam, A., Chiosis, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((script+epichaperomics+-+systems-level+analyses+of+protein-protein+interaction+network+dysfunctions+via+epichaperomics+identify+cancer-specific+mechanisms+of+stress+adaptation%5BTitle%5D)+AND+%22Zenodo%22%5BJournal%5D)">script epichaperomics - systems-level analyses of protein-protein interaction network dysfunctions via epichaperomics identify cancer-specific mechanisms of stress adaptation.</a> Zenodo. , https://doi.org/10.5281/zenodo.7416220 (2022).</li>
<li>Chaperomics_ad_2019. , Chiosislab. 
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<li>Chaperomics_controllability_2020. , Chiosislab. 
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<li>Alam, A., Wang, T., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytoscape+files+-+systems-level+analyses+of+protein-protein+interaction+network+dysfunctions+via+epichaperomics+identify+cancer-specific+mechanisms+of+stress+adaptation+%5Bdata+set%5D%5BTitle%5D)+AND+%22Zenodo%22%5BJournal%5D)">Cytoscape files - systems-level analyses of protein-protein interaction network dysfunctions via epichaperomics identify cancer-specific mechanisms of stress adaptation [data set].</a> Zenodo. , https://doi.org/10.5281/zenodo.7433980 (2022).</li>
<li>Kolberg, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((G%3AProfiler-interoperable+web+service+for+functional+enrichment+analysis+and+gene+identifier+mapping+%282023+update%29%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">G:Profiler-interoperable web service for functional enrichment analysis and gene identifier mapping (2023 update).</a> Nucleic Acids Res. 51 (W1), W207-W212 (2023).</li>
<li>Yan, P. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+stressors+engender+protein+connectivity+dysfunction+through+aberrant+n-glycosylation+of+a+chaperone%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">Molecular stressors engender protein connectivity dysfunction through aberrant n-glycosylation of a chaperone.</a> Cell Reports. 31 (13), 27(2020).</li>
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<li>Guzman, U. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultra-fast+label-free+quantification+and+comprehensive+proteome+coverage+with+narrow-window+data-independent+acquisition%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Ultra-fast label-free quantification and comprehensive proteome coverage with narrow-window data-independent acquisition.</a> Nat Biotechnol. 42 (12), 1855-1866 (2024).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>2-머캅토에탄올</td><td>시그마-올드리치</td><td>M6250</td><td>독성, 가연성</td></tr><tr><td>아세토니트릴(ACN) 옵티마 &nbsp;</td><td>피셔 사이언티픽 &nbsp;</td><td>A955-1</td><td>LC/MS 등급 (가연성)</td></tr><tr><td>Affi-Gel 10 활성화 친화도 크로마토그래피 매체</td><td>바이오-래드</td><td>1536099</td><td>PU 비즈 제작과 제어 비즈 (가연성 비드)</td></tr><tr><td>탄산암모늄(ABC)</td><td>시그마-올드리치</td><td>09830-500G</td><td></td></tr><tr><td>오로라 얼티밋 25x75 C18 UHPLC 컬럼</td><td>이온옵틱</td><td>AUR3-25075C18-CSI</td><td></td></tr><tr><td>자동방사선 필름</td><td>유엔-파커 엑스레이 코퍼레이 코퍼레이</td><td>EBA45</td><td>서부 블롯 후 화학발광 신호 검출의 대안</td></tr><tr><td>바이오매셔 미세 조직 균질화</td><td>DWK 라이프 사이언스 킴블</td><td>7496250010</td><td>단백질 추출을 위한 동결된 뇌 조직을 균질화하는 데 사용됩니다</td></tr><tr><td>브로모페놀 블루</td><td>피셔 바이오리시약</td><td>BP115-25</td><td></td></tr><tr><td>1.5 mL 튜브용 원심분리기</td><td>에펜도르프</td><td>5424</td><td></td></tr><tr><td>1.5 mL 튜브용 원심분리기 &nbsp;</td><td>에펜도르프</td><td>5417R</td><td>온도 조절 장치</td></tr><tr><td>15-50 mL 튜브용 원심분리기</td><td>에펜도르프</td><td>5810R</td><td>원뿔 튜브에 사용</td></tr><tr><td>ChemiDoc MP 이미징 시스템</td><td>바이오-래드</td><td>17001402</td><td>젤/블롯 밀도측정에 사용됩니다</td></tr><tr><td>기둥 오븐</td><td>소네이션 GmBH, 독일</td><td>ES071/ES072</td><td>나노 LC 컬럼을 50 & 도수로 유지합니다; C는 일관된 기억을 의미합니다</td></tr><tr><td>원뿔관 (15 mL)</td><td>피셔 사이언티브</td><td>352096</td><td></td></tr><tr><td>컨트롤 비즈</td><td>키오시스 연구소</td><td>해당 없음</td><td>탈도네 외 (PMID:&nbsp; 21459002)</td></tr><tr><td>쿠매시 G-250 스테인 (바이오세이프)</td><td>바이오-래드</td><td>1610786</td><td></td></tr><tr><td>다크 에펜도르프 튜브 (1.5 mL)</td><td>USA 사이언티픽</td><td>1415-2507</td><td></td></tr><tr><td>디티오트레이톨 (DTT)</td><td>로슈</td><td>10197777001</td><td>자극</td></tr><tr><td>이지 nLC 1000</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>이지 nLC 1000</td><td>Q Exactive HF와 함께 사용되는 LC 시스템</td></tr><tr><td>엠포레 고체 상 추출 디스크</td><td>3M 중대</td><td>2215-C18 (옥타데실)</td><td>펩타이드 탈염을 위한 StageTips 준비에 사용; 100% 메탄올로 활성화됨</td></tr><tr><td>향상된 화학발광(ECL) 키트</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>32209</td><td></td></tr><tr><td>에펜도르프 튜브 (1.5 mL)</td><td>피셔 사이언티브</td><td>05-408-129</td><td></td></tr><tr><td>개미산(FA) 옵티마&nbsp;</td><td>피셔 사이언티브</td><td>A117-10X1AMP</td><td>LC/MS 등급</td></tr><tr><td>g:프로파일러 (e111_eg58_p18_f463989d)</td><td>BIIT 그룹-타르투 & 우울; 리쿨</td><td>https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost</td><td>경로 풍부화</td></tr><tr><td>글리세롤</td><td>피셔 바이오리시약</td><td>BP229-1</td><td>분자생물학 등급</td></tr><tr><td>글리신</td><td>피셔 바이오리시약</td><td>BP381-5</td><td>결정 가루</td></tr><tr><td>염소 항생쥐 HRP 결합 2차 항체 (RRID: AB_2619742)</td><td>서던 바이오텍</td><td>1030-05</td><td>H90-10 항체의 2차 질환</td></tr><tr><td>염소 항토끼 HRP 결합 2차 항체 (RRID: AB_2632593)</td><td>서던 바이오텍</td><td>4010-05</td><td>HSP90 & 알파의 부차적 모델; 그리고 HOP 항체</td></tr><tr><td>염소 항쥐 HRP 결합 2차 항체 (RRID: AB_2716837)</td><td>서던 바이오텍</td><td>3030-05</td><td>HSC70 항체의 2차 항체</td></tr><tr><td>가열 궤도 셰이커</td><td>에펜도르프</td><td>ThermoMixer C (2231001127)</td><td></td></tr><tr><td>헬라 단백질 다이제스트 스탠다드-피어스</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>88329</td><td>LC-MS 품질 평가에 사용</td></tr><tr><td>HOP 항체 (Rrid: AB_10828378)</td><td>세포 신호 전달</td><td>5670</td><td>PU-비즈 품질 관리</td></tr><tr><td>HSC70 항체 (RRID: AB_10617277)</td><td>엔조</td><td>SPA-815</td><td>PU-비즈 품질 관리</td></tr><tr><td>HSP90 (H90-10) 항체 (RRID: AB_854214)</td><td>스트레스마크</td><td>SMC-107</td><td>PU-비즈 품질 관리</td></tr><tr><td>HSP90 알파 항체 (RRID: AB_303423)</td><td>앱캠</td><td>Ab2928</td><td>1.2절에 따른 정규화를 위해</td></tr><tr><td>인간 세포주: ASPC1 (RRID:CVCL_0152)</td><td>ATCC</td><td>CRL-1682</td><td>대조 세포주, 에피카페로메 낮음/사페론 높음</td></tr><tr><td>인간 세포주: MDA-MB-468 (RRID: CVCL_0419)</td><td>ATCC</td><td>HTB-132</td><td>대조 세포주, 에피카페롬 높음/샤페론 상승</td></tr><tr><td>ImageJ (v1.54p)</td><td>웨인 라스밴드</td><td>https://imagej.net/ij/</td><td>밀도 측정</td></tr><tr><td>요오도아세트아마이드 (IAA)</td><td>시그마-올드리치</td><td>I1149-5G</td><td>유독</td></tr><tr><td>저단백질 결합 미세원심분리관</td><td>사르스테트</td><td>72.706.600</td><td></td></tr><tr><td>리스-C 프로테아제</td><td>프로메가&nbsp;</td><td>VA1170</td><td>LC/MS 등급</td></tr><tr><td>염화마그네슘</td><td>시그마-올드리치</td><td>63068</td><td>분자생물학 등급</td></tr><tr><td>맥스콴트 (v2.1.1.0)</td><td>막스 플랑크 생화학 연구소</td><td>https://www.maxquant.org/</td><td>펩타이드/단백질 식별 및 라벨 없는 강도 기반 정량화를 위한 MaxDIA 워크플로우</td></tr><tr><td>메탄올</td><td>피셔 케미컬</td><td>A454-4</td><td>HPLC 등급, 가연성, 독성</td></tr><tr><td>미니 프로테아제 억제제 칵테일 정제 (완전)</td><td>로슈</td><td>4693124001</td><td></td></tr><tr><td>미니 트랜스 블롯 전기영동 전달 셀</td><td>바이오-래드</td><td>1703930</td><td></td></tr><tr><td>미니 젤 전기영동 탱크 &nbsp;</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>A25977</td><td>Novex 프리캐스트 젤에 사용</td></tr><tr><td>미니-프로티안 테트라 수직 전기영동 세포 &nbsp;</td><td>바이오-래드</td><td>1658004</td><td>미니-프로티언 프리캐스트 단백질 젤 또는 수작업 주조 젤에 사용됩니다</td></tr><tr><td>미니-프로티안&nbsp; TGX 프리캐스트 단백질 젤 (4&ndash; 20%)</td><td>바이오-래드</td><td>4561094</td><td></td></tr><tr><td>나노드롭</td><td>애질런트</td><td>바이오텍 시너지 H1</td><td>LC-MS 주입 전 펩타이드 농도를 추정하는 데 사용됨</td></tr><tr><td>나노엘루트 2</td><td>브루커</td><td>https://flextra.hu/images/keszulekek/daltonics/nanoelute-brosura_eng.pdf</td><td>diaPASEF 워크플로우에서 사용되는 방법</td></tr><tr><td>나노스프레이 플렉스 소스</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>ES071</td><td>나노스프레이 ESI 결합을 위한</td></tr><tr><td>새로운 객관형 PicoTip Emmiter/PicoFrit SELF/P</td><td>뉴 오브젝티브 주식회사</td><td>PF360-75-10-N-5</td><td>C18 슬러리를 20cm 길이까지 채워 넣었습니다</td></tr><tr><td>니트로셀룰로오스 막</td><td>시티바 아머샴</td><td>10600006</td><td></td></tr><tr><td>무지방 건식 우유</td><td>연구소 사이언티브</td><td>M0841</td><td></td></tr><tr><td>Novex 8% 트리스-글리신 프리캐스트 젤</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>XP00080BOX</td><td></td></tr><tr><td>NP-40</td><td>로슈</td><td>11754599001</td><td></td></tr><tr><td>인산염 완충 식염수 (PBS)</td><td>깁코</td><td>10010023</td><td></td></tr><tr><td>PhosSTOP 인산효소 억제제 칵테일 정제</td><td>로슈</td><td>4906837001</td><td></td></tr><tr><td>피어스 BCA 단백질 분석 키트</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>23225</td><td></td></tr><tr><td>플라스틱 용기</td><td>피셔 사이언티브</td><td>FB0875711A</td><td></td></tr><tr><td>플랫폼 로커</td><td>코 닝</td><td>6705</td><td></td></tr><tr><td>염화칼륨</td><td>피셔 바이오리시약</td><td>BP366-1</td><td>화이트 크리스탈</td></tr><tr><td>파워팩 범용 전원 공급 장치</td><td>바이오-래드</td><td>1645070</td><td></td></tr><tr><td>프리시전 플러스 단백질 만화경 프리스테인 단백질 표준</td><td>바이오-래드</td><td>1610375</td><td></td></tr><tr><td>PU-비즈</td><td>키오시스 연구소</td><td>해당 없음</td><td>탈도네 외 (PMID:&nbsp; 21459002)</td></tr><tr><td>Q 익스액티브 HF 오비트랩 질량분석기</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/CMD/brochures/BR-64052-LC-MS-Q-Exactive-HF-Orbitrap-BR64052-EN.pdf</td><td>DIA-MS에 사용</td></tr><tr><td>ReproSil-Pur 120 C18-AQ, 3 및 마이크로; m</td><td>Dr. Maisch GmbH, 독일</td><td>R13.aq</td><td>펩타이드 분리를 위한 실리카 배지; 분말/메탄올 슬러리 (1:3, v/v)</td></tr><tr><td>회전 유닛(끝 오버 엔드 회전기)</td><td>반스테드와 nbsp; 국제</td><td>400110</td><td></td></tr><tr><td>Sep-Pak C18 카트리지 (100mg)</td><td>워터스 코퍼레이션</td><td>WAT023590</td><td></td></tr><tr><td>도데실 황산나트륨 (SDS)</td><td>피셔 바이오리시약</td><td>BP166-500</td><td>전기영동 등급</td></tr><tr><td>소닉케이터</td><td>브 랜 슨</td><td>2510</td><td></td></tr><tr><td>스펙트라맥스 패러다임 다중 모드 마이크로플레이트 리더</td><td>분자 장치</td><td>스펙트라맥스 패러다임</td><td></td></tr><tr><td>스펙트로노트</td><td>바이오그노시스</td><td>https://biognosys.com/software/spectronaut/</td><td>DirectDIA 워크플로우</td></tr><tr><td>SpeedVac 집중기</td><td>서모 피셔 사이언티픽 &nbsp;</td><td>성가SPD111V</td><td></td></tr><tr><td>흡입 진공</td><td>카디널 헬스</td><td>CDL-65651-320</td><td></td></tr><tr><td>TimsTOF HT 질량분석기</td><td>브루커</td><td>https://www.bruker.com/en/products-and-solutions/mass-spectrometry/timstof/timstof-ht.html</td><td>diaPASEF 분석에 사용됨</td></tr><tr><td>트리플루오르오초아세트산(TFA) 옵티마</td><td>시그마-올드리치</td><td>T6508-10AMP</td><td>LC/MS 등급(부식성 및 가연성)</td></tr><tr><td>트리스</td><td>피셔 바이오리시약</td><td>BP152-5</td><td>결정 분말; 분자생물학 등급</td></tr><tr><td>트리스, pH 6.8 (1 m)</td><td>테크노바</td><td>T1068</td><td></td></tr><tr><td>트리스, pH 7.5 (1 M)</td><td>피셔 바이오리시약</td><td>BP1757-500</td><td>분자생물학 등급</td></tr><tr><td>삼중 완충식염수(20x TBS) 버퍼</td><td>VWR, 생명과학</td><td>97064-338</td><td></td></tr><tr><td>Tris-Glycine-SDS(TGS 10x) 러닝 젤 버퍼</td><td>피셔 바이오리시약</td><td>BP13414</td><td>전기영동</td></tr><tr><td>트립신&nbsp;</td><td>프로메가</td><td>V5111</td><td>시퀀싱 등급</td></tr><tr><td>트립신 골드</td><td>프로메가</td><td>V5280</td><td></td></tr><tr><td>트윈 20세</td><td>피셔 바이오리시약</td><td>BP337-100</td><td></td></tr><tr><td>요소</td><td>시그마-올드리치</td><td>U0631-500G</td><td></td></tr><tr><td>소용돌이</td><td>피셔 사이언티브</td><td>02-215-414</td><td></td></tr><tr><td>물</td><td>피셔 사이언티브</td><td>W6-1</td><td>LC/MS 등급</td></tr></tbody></table>

질병에서 기능 장애 단백질-단백질 상호 작용 매핑

Mapping Dysfunctional Protein-Protein Interactions in Disease

Protein-protein interaction (PPI) networks are dynamically remodeled in disease, yet most systems biology approaches focus on changes in protein ...

mapping-dysfunctional-protein-protein-interactions-in-disease

Research

연구

JoVE Journal

Neuroscience

신경과학

합의 모티프를 기반으로 하는 합성 단백질 서열은 일반적으로 IPD(Interpositional Dependencies)를 암시하는 공진화 잔기를 무시합니다.  IPD는 활동에 필수적일 수 있으며, 이를 무시하는 설계는 차선의 결과를 초래할 수 있습니다.  이 프로토콜은 StickWRLD를 사용하여 IPD를 식별하고 합리적인 단백질 설계에 정보를 제공하여 보다 효율적인 결과를 얻을 수 있습니다.

합성 단백질의 최적화 : Interpositional 종속 관계 확인이 구조적으로 표시 및 / 또는 기능적으로 연결된 잔류

단백질 발현을 제어하는 것은 살아있는 모든 유기체에 필수적일 뿐만 아니라 세포 모델에서 단백질 기능을 조사하는 중요한 전략이기도 합니다. 제시된 프로토콜은 1차 해마 뉴런을 포함한 포유류 세포에 대한 항체 간섭의 적용을 보여주고 단백질 기능 연구에서 3차원 재구성의 사용을 보여줍니다.

공부 단백질 기능 및 항체의 간섭과 3 차원 재건에 의해 변경 단백질 발현의 역할

이 보고서는 웨스턴 블롯 또는 형광 기반 분석법으로 잘못 접힌 단백질의 분해 속도를 측정하기 위한 프로토콜을 설명합니다. 이 방법은 잘못 접힌 다른 단백질의 분석 및 고처리량 스크리닝에 적용할 수 있습니다.

세포의 잘못 폴딩 된 단백질의 분해에 대한 분석

이 프로토콜의 히스톤 포스트 번역 상 수정 (PTM) ALS와 파 킨 슨 병에 관련 된 단백질의 overexpression 관련 하 여 발생 하는 수준에서 게놈 넓은 변화 하는 실험 절차 설명 Saccharomyces cerevisiae 모델입니다. SDS 페이지 분리 후 개별 히스톤 PTM 수준은 통해 서 부 럽 수정-특정 항 체와 검색 됩니다.

효 모 신경 Proteinopathy 모델에서 특성화 히스톤 포스트 번역 상 수정 변경

이 프로토콜의 목표는 인간 질병과 관련된 희귀 유전자 변이체의 기능적 결과를 평가하기 위해 Drosophila melanogaster에서 생체 내 실험의 설계 및 성능을 설명하는 것입니다.

Drosophila를 사용하여 질병 관련 희소한 인간 이체의 생체 내 기능적인 연구

전립선성 감소는 노화의 특징입니다, 신경 퇴행성 질환의 발병을 촉진. 우리는 형광 기자에게 융합 된 폴리 글루타민 반복의 이종 발현을 통해 두 가지 다른 Caenorhabditis elegans 조직에서 프로테오스타시스를 정량적으로 측정하는 프로토콜을 설명합니다. 이 모델은 프로테오스타증의 생체 내 유전 적 분석을 빠르게 허용합니다.

Caenorhabditis 예인단에서 조직 특정 전립선 성 감소를 정량화

샤페론-샤페론과 샤페론 기판 상호 작용을 연구하기 위해, 우리는 온화한 돌연변이와 결합된 RNA 간섭을 사용하여 Caenorhabditis elegans에 있는 합성 상호 작용 스크린을 능력을 발휘하고 chaperones의 과잉 발현및 유기체 수준에서 조직 특정 단백질 기능 장애를 감시합니다.

조직별 샤페론 상호 작용을 위해 검사하기 위해 Caenorhabditis elegans를 사용

생물 의학 보고서에 설명된 대로 미토콘드리아 단백질 및 심혈관 질환과의 연관성을 조사하기 위한 계산 프로토콜인 CaseOLAP LIFT 및 사용 사례가 제시됩니다. 이 프로토콜은 사용자가 선택한 세포 구성 요소 및 질병을 연구하는 데 쉽게 적용할 수 있습니다.

생물의학 보고서를 통해 질병에서 세포 소기관 경로의 역할을 밝히기 위한 지식 그래프 접근 방식

우리는 magnetoencephalography (MEG)와 electroencephalography이 (EEG) 단순한 감각 자극의 처리에 관련된 뇌 영역을지도하기 위해 사용합니다.

동시 MEG와 EEG와 기능 매핑

AD의 병리 학적 특징 중 하나는 아밀로이드 β 단백질의 긍정적인 neuritic plaques의 형성이다. immunohistochemical 감지 thioflavin S 얼룩 방법을 사용하여 ABC​​와 DAB 방법과 형광 검출을 사용하여이 프로토콜에서 우리는 유전자 변형 AD 모델 마우스에서 neuritic plaques를 감지하는 두 가지 방법을 설명합니다.

알츠하이머 질병 마우스 모델에서 Neuritic Plaques의 감지

배우세요 질병에서 기능 장애 단백질-단백질 상호 작용을 화학 프로브와 질량 분석법을 이용해 원래 세포와 조직에서 포착하고 식별하는 방법을. 이 프로토콜은 질병 관련 네트워크 변화를 연구하는 데 활용됩니다.

질병에서 기능 장애 단백질-단백질 상호 작용 매핑

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