Nasze podejście do znakowania wymiany komórkowej oparte na tymidynie ma wiele potencjalnych zastosowań w badaniach biomedycznych. Do tej pory koncentrowaliśmy się na trzustce, ale zastosowaliśmy tę strategię również do badania wymiany komórkowej w skórze, jelitach, wątrobie, nadnerczach, nerkach, jądrach, jajnikach, tarczycy, węzłach chłonnych, hematopoezie oraz mózgu 1. Ponieważ tempo wymiany komórkowej różni się w zależności od tkanki, strategie znakowania powinny być dostosowane w celu uzyskania najbardziej przekonujących informacji z badanego organu. Morrison i współpracownicy stosowali CldU i IdU przez 1 dzień każdy, aby znakować hematopoezę 2. Kuhn i współpracownicy stosują CldU i IdU przez 4 dni każdy, aby wykryć podziały komórkowe w regenerującym się mięśniu sercowym 3. W przeciwieństwie do nich, my stosowaliśmy CldU i IdU przez łącznie do 9 miesięcy, aby znakować wymianę komórek podstawnych w wysepkach trzustkowych, czyli w tkance o minimalnej wymianie komórkowej wraz z wiekiem zwierzęcia 1,4-6. Najbardziej oczywistym potencjalnym zastosowaniem naszej strategii znakowania są badania mające na celu określenie wymiany komórkowej w ramach homeostazy tkankowej. Jednak nasza technika ma kilka innych potencjalnych zastosowań. Na przykład niedawno zastosowaliśmy tę metodę do identyfikacji transformacji onkogennej w tkankach, gdzie ogniskowe obszary zwiększonej replikacji można łatwo zidentyfikować poprzez zwiększone wbudowanie CldU lub IdU 5. Morrison i współpracownicy wykorzystali CldU i IdU przez 1 dzień każdy, aby przetestować zdolność do zatrzymywania znacznika przez hematopoetyczne komórki macierzyste 2. Zastosowaliśmy również sekwencyjne znakowanie analogami tymidyny, aby określić, czy komórki przejściowo amplifikujące przyczyniają się do wzrostu lub odnowy tkanek 1. W tym zastosowaniu sekwencyjna administracja analogów tymidyny stanowi nowatorskie podejście do badania pochodzenia i przeżywalności komórek zaangażowanych w homeostazę tkankową.
Analogów tymidyny nie należy stosować bez zachowania ostrożności. Syntetyczne analogi tymidyny mogą wykazywać toksyczność wobec dzielących się komórek, a ich zastosowanie mogłoby teoretycznie upośledzić wymianę komórkową u rosnących zwierząt. Analogi tymidyny były stosowane jako środki radiouczulające u pacjentów z nowotworami i mogą spowalniać wymianę komórkową. Dlatego zachęcamy badaczy do uważnego sprawdzania potencjalnej toksyczności w analizowanych tkankach. Na przykład Trumpp i współpracownicy odkryli, że systemowe podawanie BrdU może wymusić wejście komórek macierzystych krwi w cykl komórkowy 7. Z kolei Rutter i współpracownicy zaobserwowali, że wysokie dawki analogów tymidyny są toksyczne dla rozwijającej się trzustki 8. Niedawno Hellerstein i współpracownicy z firmy KineMed, Inc. ustalili, za pomocą zastrzeżonej techniki znakowania wodą ciężką, że podawanie BrdU spowalnia proliferację wewnątrzwysepkową o 16-25% 9. Preparaty całych wysepek stosowane przez Hellersteina i współpracowników zawierały wiele innych typów komórek endokrynnych i nieendokrynnych, które mogły stanowić nawet 50% całkowitej masy preparatów wysepek. Jednakże stwierdziliśmy, że przedłużona infuzja BrdU nie wpływa na proliferację komórek beta u młodych dorosłych myszy, co zmierzono poprzez ekspresję ki67 4. Podobnie długotrwałe podawanie CldU i IdU nie wydaje się upośledzać zwiększania masy komórek beta 1. Co więcej, tempo proliferacji komórek beta jest porównywalne u myszy znakowanych BrdU przez długi czas oraz u myszy znakowanych tylko przez kilka godzin (tempo zostało znormalizowane do odpowiadających sobie okresów czasu). Wspólnie wyniki te sugerują, że myszy mogą bezpiecznie znosić długotrwałe podawanie małych dawek analogów tymidyny. Niemniej jednak nie możemy wykluczyć potencjalnej toksyczności analogów tymidyny w odniesieniu do wzrostu komórek beta trzustki. W konsekwencji nadal przeprowadzamy kontrole podczas znakowania myszy analogami tymidyny i zachęcamy innych badaczy, aby również tak postąpili.
Nasza technika sekwencyjnego znakowania analogami tymidyny nie jest wolna od problemów i wyzwań technicznych. W związku z tym szczególnie istotne są preparaty kontrolne. Przygotowaliśmy preparaty kontrolne składające się z różnych tkanek pochodzących od: 1.) myszy znakowanych wyłącznie CldU; 2.) myszy znakowanych wyłącznie IdU; 3.) myszy znakowanych sekwencyjnie najpierw CldU, a następnie IdU; 4.) myszy znakowanych sekwencyjnie w odwrotnej kolejności, najpierw IdU, a potem CldU; 5.) myszy poddanych znakowaniu pozorowanemu przy użyciu samej wody. Podczas nauki znakowania z użyciem CldU i IdU badacze powinni zawsze przeprowadzić cały protokół z wykorzystaniem wszystkich 5 powyższych zestawów preparatów z tkanek będących przedmiotem zainteresowania.
Niewielka reaktywność krzyżowa pomiędzy CldU a IdU jest niefortunną, lecz nieuniknioną wadą znakowania oboma analogami tymidyny. Technika z użyciem CldU i IdU opiera się na różnicach w powinowactwie antisera, które pierwotnie opracowano przeciwko BrdU u różnych gatunków (myszy i szczura). Nasz protokół, choć pracochłonny, został zaprojektowany tak, aby zminimalizować taką reaktywność krzyżową. W związku z tym zalecamy ostrożność badaczom rozważającym pominięcie poszczególnych kroków procedury. W szczególności napotkaliśmy problemy z antisera wtórnymi, które wykazują reaktywność krzyżową między myszą a szczurem. Można to zminimalizować poprzez zastosowanie antisera firmy Jackson, które są w pełni adsorbowane krzyżowo między myszą a szczurem.
Czasami nie udaje się wystarczająco wykryć wbudowania tymidyny. W takich przypadkach kluczowe jest użycie płytek kontroli pozytywnej, aby ustalić, który odczynnik lub etap nie zadziałał. Trudności wynikają zazwyczaj z wadliwych alikwotów antyserów, wyschniętych płytek lub niewystarczającej permeabilizacji jąder. Nie udało nam się skutecznie oznakować rozwijających się embrionów za pomocą IdU. Zatem nie wszystkie tkanki mogą być przepuszczalne dla IdU.
Na horyzoncie pojawiają się alternatywy dla CldU i IdU w podwójnym znakowaniu analogami tymidyny. EdU (5-etynyl-2'-deoksyurydyna) może służyć jako substrat w detekcji opartej na chemii klikowej katalizowanej miedzią 10,11. Metody detekcji EdU nie wymagają rozdzielania nici DNA, przez co są wysoce podatne na analizę metodą cytometrii przepływowej 12. EdU jest kompatybilne z BrdU, ale nie wykazuje z nim reaktywności krzyżowej 10. EdU było wykorzystywane do ilościowego określania wymiany komórek w różnych tkankach myszy, w tym w beta-komórkach trzustki 13, jelitowych komórkach L 14 oraz naskórku 15. EdU jest obecnie dość kosztowne (1000 USD za 500mg). Niemniej jednak detekcja EdU wydaje się być znacznie bardziej czuła niż detekcja BrdU 10. W związku z tym ekonomicznie uzasadnione może być połączenie EdU i BrdU zamiast CldU i IdU. Metoda ta mogłaby również pozwolić na detekcję trzech różnych rund podziałów komórkowych u myszy potrójnie znakowanych EdU, CldU i IdU.
Podsumowując, nasza technika sekwencyjnego znakowania analogami tymidyny jest nowatorskim podejściem do wykrywania obrotu komórkowego. Mamy nadzieję, że nasza metoda umożliwi innym naukowcom dokładniejszą kwantyfikację podziałów komórkowych i oczekujemy, że otworzy ona nowe paradygmaty w badaniach nad homeostazą tkankową.