Name: Baza danych ITS2 (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-03-12T13:00:00.000+00:00
Duration: 16 min 17 s
Description: Poznaj analizę filogenetyczną z wykorzystaniem bazy danych ITS2, integrującej dane sekwencyjne i strukturalne. Narzędzia bioinformatyczne usprawniają adnotację, predykcję struktury i wyrównanie sekwencji.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Serdecznie dziękujemy grupie ITS2 z Biocentrum Uniwersytetu w Würzburgu za obszerne i cenne uwagi. Dziękujemy również Niemieckiej Wspólnocie Badawczej (Deutsche Forschungsgemeinschaft, DFG; grant Mu-2831/1-1) za finansowanie.

1. Prawidłowa adnotacja sekwencji ITS2
<ol>
 <li> Przejdź do panelu filogenetycznego bazy danych ITS2 tutaj: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </li>
 <li> Rozpocznij analizę, klikając ikonę „Annotate” w sekcji „Tools”. Następnie wpisz lub wklej swoją sekwencję do edytora sekwencji u góry strony. Edytor sekwencji automatycznie sprawdza poprawność sekwencji ITS2. </li>
 <li> Wybierz model HMM odpowiedni dla Twoich sekwencji (np. Viridiplantae dla roślin). </li>
 <li> Uruchom proces, klikając „Annotate”. </li>
 <li> Po najechaniu kursorem na ikonę „Hybridize” można wyświetlić obraz hybrydy rRNA 5.8S i 28S w celu potwierdzenia dokładności adnotacji HMM. </li>
 <li> Kliknij zielony znak plus przy wynikowej sekwencji ITS2, aby wybrać metodę przewidywania struktury drugorzędowej: aby przewidzieć strukturę bez znanej matrycy, kliknij „Predict structure”. Jeśli chcesz użyć własnej matrycy do modelowania homologicznego, kliknij „Model structure”. </li>
</ol>
2. Przewidywanie struktury drugorzędowej
<ol>
 <li>Przewidywanie
 <ol>
 <li>Adnotowana sekwencja ITS2 jest automatycznie wklejana do edytora sekwencji.</li>
 <li>Aby rozpocząć przewidywanie struktury drugorzędowej z ustawieniami domyślnymi, kliknij przycisk „Predict structures”.</li>
 <li>Zapisz wynikową sekwencję ITS2 wraz z wymodelowaną strukturą drugorzędową w puli danych, klikając zielony znak plusa, a następnie „Add to pool”. Alternatywnie można dodać ją do puli danych za pomocą funkcji przeciągnij i upuść (Rysunek 1).</li>
 <li>Jeśli sekwencja nie mogła zostać sfałdowana bezpośrednio, wyświetlane są najlepsze wyniki modelowania homologicznego. Zapisz najbardziej odpowiednią sekwencję i strukturę w puli danych za pomocą funkcji przeciągnij i upuść. Alternatywnie zapisz sekwencję i strukturę w puli danych, klikając prawym przyciskiem myszy, a następnie wybierając „Add to pool”.</li>
 </ol>
 </li>
 <li>Modelowanie niestandardowe
 <ol>
 <li>Wpisz lub wklej jeden lub więcej szablonów (o znanej strukturze) do górnego edytora sekwencji.</li>
 <li>Wpisz lub wklej jedną lub więcej sekwencji docelowych (bez struktury) do dolnego edytora sekwencji.</li>
 <li>Kliknij „Predict best template(s)”, aby rozpocząć modelowanie homologiczne z ustawieniami domyślnymi.</li>
 <li>Najlepsze kombinacje szablon-cel są wyświetlane w wynikowej liście.</li>
 <li>Zapisz wybrane wymodelowane sekwencje i struktury za pomocą funkcji przeciągnij i upuść do puli danych lub poprzez kliknięcie prawym przyciskiem myszy i wybranie „Add to pool”.</li>
 </ol>
 </li>
</ol>
3. Wyszukiwanie motywów
<ol>
 <li> Wpisz lub wklej sekwencję zapytania w edytorze sekwencji u góry strony internetowej. </li>
 <li> Wybierz odpowiedni model HMM (np. Viridiplantae dla roślin).
 3.3. Kliknij „Motif search”, aby rozpocząć proces. </li>
 <li> Sekwencje ITS2 z wyróżnionymi motywami są przedstawione na dole strony internetowej.</li>
 <li> Kliknij ikonę obok nagłówka sekwencji, aby wyświetlić motywy wyróżnione w strukturze drugorzędowej. </li>
</ol>
4. Wyszukiwanie i przeglądanie
<ol>
 <li> Wyszukiwanie
 <ol>
 <li> Wpisz nazwę taksonu lub identyfikator GenBank (GI) w polu wyszukiwania u góry strony internetowej.</li>
 <li> Wyszukiwanie według nazwy taksonu jest wspomagane przez pojawiające się pole wyszukiwania na żywo.</li>
 <li> Można przeprowadzić wyszukiwanie wielokrotne, oddzielając zapytania przecinkami.</li>
 <li> Kliknij przycisk „Search”, aby wykonać wyszukiwanie.</li>
 <li> Wyniki zostaną wyświetlone na liście w nowej karcie.</li>
 <li> Kliknij nazwę kolumny, aby posortować wyniki według tej konkretnej kolumny. Możesz również dodawać lub usuwać wybrane kolumny za pomocą menu kolumn. Do menu kolumn można przejść, klikając ikonę strzałki pojawiającą się przy nazwie kolumny.</li>
 <li> Kliknij „Show details”, aby wyświetlić szczegóły struktury sekwencji.</li>
 <li> Zapisz wybraną strukturę lub struktury sekwencji, przeciągając je do puli danych lub klikając prawym przyciskiem myszy i wybierając „Add to pool”.</li>
 <li> Aby zapisać wyniki do pliku zewnętrznego, kliknij „Save selection” lub „Save all”.</li>
 </ol>
 </li>
 <li> Przeglądanie
 <ol>
 <li> Przeglądaj bazę danych ITS2, korzystając ze struktury drzewiastej po lewej stronie strony internetowej.</li>
 <li> Kliknij znak plus, aby wyświetlić taksony na niższym poziomie.</li>
 <li> Kliknij nazwę taksonu, aby otworzyć nową kartę zawierającą każdą strukturę sekwencji tego taksonu.</li>
 <li> Kliknij „Show details”, aby wyświetlić szczegóły pary struktur sekwencji.</li>
 <li> Zapisz wybraną strukturę lub struktury sekwencji, przeciągając je do puli danych lub klikając prawym przyciskiem myszy i wybierając „Add to pool”.</li>
 <li> Aby zapisać wyniki do pliku zewnętrznego, kliknij „Save selection” lub „Save all”.</li>
 </ol>
 </li>
</ol>
5. Blast ITS2
<ol>
 <li> Wpisz lub wklej jedną lub więcej sekwencji zapytania do edytora sekwencji. Sekwencje mogą być zwykłymi sekwencjami nukleotydowymi lub parami sekwencja-struktura. Można również wpisać kilka struktur drugorzędowych poniżej jednej sekwencji. Po zaznaczeniu pola „Serialize XXFASTA sequences” struktury te są wykorzystywane kolejno jako oddzielne zapytania. </li>
 <li> Aby uruchomić BLAST z ustawieniami domyślnymi, kliknij „Blast”. W zależności od charakteru zapytania zostanie wykonany standardowy BLASTN lub BLAST sekwencji-struktury ITS2. </li>
 <li> W pojawiającej się karcie „BLAST Results” zostanie otwarta podkarta dla każdej sekwencji zapytania, a także wyświetlony zostanie przegląd przeprowadzonych wyszukiwań. </li>
 <li> Kliknij „Show Alignments”, aby wyświetlić obliczone dopasowania BLAST. </li>
 <li> Wybrane trafienia BLAST można zapisać, przeciągając je do puli danych (drag and drop) lub klikając prawym przyciskiem myszy i wybierając „Add to pool”. </li>
 <li> Aby zapisać wyniki do pliku zewnętrznego, kliknij „Save selection” lub „Save all”. </li>
</ol>
6. Wielokrotne dopasowanie sekwencji i struktur
<ol>
 <li> Przejrzyj pulę danych, klikając „Manage dataset”, a następnie symbol lupy znajdujący się bezpośrednio obok liczby sekwencji w puli. Alternatywnie można kliknąć ikonę puli danych w lewym dolnym rogu strony internetowej. </li>
 <li> Kliknij parę sekwencja-struktura w puli danych, aby wyświetlić jej szczegóły. </li>
 <li> Aby utworzyć wielokrotne dopasowanie sekwencji i struktur dla wszystkich par sekwencja-struktura w puli, kliknij „Analyze dataset”, a następnie „Sequence &amp; Structure”. </li>
 <li> W tym momencie zostaniesz poproszony o wybranie trybu graficznego dopasowania. Jeśli dopasowanie zawiera tylko kilka sekwencji, odrzuć tryb kompaktowy (slim mode), klikając „No”. W przeciwnym razie wybierz tryb graficzny kompaktowy, klikając „Yes”. </li>
 <li> Po chwili dopasowanie zostanie wyświetlone w nowej karcie (Rysunek 2). Ponadto zostanie ono automatycznie zapisane w puli danych. </li>
 <li> Aby zapisać dopasowanie w pliku zewnętrznym, kliknij „Save alignment”. </li>
</ol>
7. Drzewo filogenetyczne
<ol>
 <li>Aby obliczyć drzewo Neighbor Joining na podstawie sekwencji i struktury dla dopasowania wielokrotnego, kliknij „Analyze Dataset”, a następnie „Neighbor Joining”.</li>
 <li>Wynikowe drzewo zostanie wyświetlone w nowej karcie (Rysunek 3).</li>
 <li>Skaluj drzewo dowolnie za pomocą paska przewijania „Zoom tree”.</li>
 <li> Zmień punkt zakorzenienia drzewa, klikając węzeł lub liść drzewa, a następnie wybierając „Reroot at this node”.</li>
 <li> Jeśli chcesz usunąć takson z puli danych, kliknij liść i wybierz „Remove this node from pool”. Teraz możesz ponownie obliczyć dopasowanie i drzewo z ograniczoną próbką taksonów.</li>
 <li> Kliknij „Save tree”, aby zapisać drzewo filogenetyczne jako końcowy wynik analizy w zewnętrznym pliku NEWICK.</li>
</ol>
8. Dodatkowe oprogramowanie
<ol>
 <li>Kliknij „About this website”-„Tools”, aby znaleźć dodatkowe informacje na temat samodzielnych narzędzi 4SALE oraz ProfDistS.</li>
 <li>Oprócz funkcji dopasowania sekwencji i metody Neighbor Joining dostępnych w interfejsie webowym bazy danych ITS2, można teraz korzystać z kilku nowych funkcji, np. delimitacji gatunków w oparciu o kompensacyjne zmiany zasad (CBCs).</li>
</ol>
9. Reprezentatywne wyniki
Opisany powyżej schemat pracy został z sukcesem zastosowany w kilku przeglądach typu open access3,4. Przykłady można wyświetlić za pomocą poniższych linków:
<ul>
 <li><a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0016931" target="_blank"> Zastosowanie techniki CRISPR/Cas9 do modyfikacji genomu w komórkach macierzystych embrionalnych myszy i w komórkach macierzystych indukowanych pluripotencjalnie ludzi: wydajne tworzenie linii komórkowych z precyzyjnymi modyfikacjami genetycznymi

Streszczenie

Wprowadzenie systemu CRISPR/Cas9 do komórek macierzystych embrionalnych myszy (mESCs) i komórek macierzystych indukowanych pluripotencjalnie ludzi (hiPSCs) umożliwiło precyzyjne i wydajne wprowadzanie modyfikacji w genomie. W niniejszej pracy opisujemy zoptymalizowane protokoły służące do tworzenia linii komórkowych z precyzyjnymi modyfikacjami genetycznymi, w tym nokautów genów oraz precyzyjnych edycji sekwencji, z wykorzystaniem różnych strategii dostarczania komponentów CRISPR/Cas9. Wykazaliśmy, że zastosowanie plazmidów kodujących Cas9 oraz kaset z sgRNA w połączeniu z matrycami donorowymi dla naprawy sterowanej homologią (HDR) pozwala na uzyskanie wysokiej wydajności edycji w obu typach komórek. Opisujemy również metody selekcji i weryfikacji zmodyfikowanych klonów, w tym analizę sekwencjonowaniem oraz testy funkcjonalne. Nasze wyniki dostarczają zestawu narzędzi do szybkiego generowania modeli komórkowych do badań nad funkcjami genów i chorobami genetycznymi.

Słowa kluczowe: CRISPR/Cas9, komórki macierzyste embrionalne myszy, indukowane komórki macierzyste pluripotencjalne, edycja genomu, naprawa sterowana homologią, nokaut genu</a></li>
 <li><a href="http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320" target="_blank"> http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320</a> </li>
</ul>
W tych badaniach na szeroką skalę udało nam się z wysoką rozdzielczością odtworzyć filogenezę Chlorophyta, jak również Hypnales (Bryophyta). W obu przypadkach zgromadzono wyczerpujący dobór taksonów z bazy danych ITS29, które następnie automatycznie wyrównano za pomocą 4SALE15,16, a na koniec przetworzono programem ProfDistS17 w drzewo filogenetyczne. Na wszystkich tych etapach jednocześnie wykorzystywano informacje o sekwencji i strukturze. Wsparcie bootstrap dla szkieletu filogenetycznego uzyskano metodą Profile Neighbor Joining (PNJ)19, która jest dostępna w samodzielnej wersji ProfDistS.
W przypadku mniejszego zestawu par sekwencja-struktura, rysunki 1 do 3 opisują kluczowe etapy tego zautomatyzowanego procesu 5 bezpośrednio w panelu roboczym nowej bazy danych ITS2: próbkowanie taksonów, wielosekwencyjne wyrównanie struktur, a ostatecznie obliczanie drzewa filogenetycznego.
<img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig1.jpg" alt="Schemat predykcji struktury drugorzędowej ITS2; interfejs analizy fałdowania RNA i dopasowania sekwencji." data-altupdatedat="1761809329000" data-alt="Rysunek 1"> 
Rysunek 1. Pobieranie taksonów metodą przeciągnij i upuść. W dowolnym momencie do puli danych można dodać sekwencje lub pary sekwencja-struktura, na przykład za pomocą funkcji przeciągnij i upuść. Tutaj, po przeprowadzeniu predykcji struktury drugorzędowej, dodano parę sekwencja-struktura metodą przeciągnij i upuść. Niebieska elipsa zaznacza obszar, w którym para sekwencja-struktura zostaje przeniesiona do puli danych. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig1large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić obraz w pełnym rozmiarze.</a>
<img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig2.jpg" alt="Schemat wielokrotnego dopasowania sekwencji; porównanie sekwencji DNA; analiza bioinformatyczna." data-altupdatedat="1761809329000" data-alt="Rysunek 2"> 
Rysunek 2. Wielokrotne dopasowanie sekwencji i struktury w pełnym trybie graficznym. Dla niewielkiej liczby sekwencji w puli danych wybrano pełny tryb graficzny. Zasady są kolorowe; pary zasad można wyróżnić czerwonymi okręgami, klikając w jedną zasadę lub nawias pary zasad. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig2large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić obraz w pełnym rozmiarze.</a>
<img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig3.jpg" alt="Schemat drzewa filogenetycznego, gatunki chlorofitów, relacje ewolucyjne." data-altupdatedat="1761809329000" data-alt="Rycina 3"> 
Rycina 3. Drzewo Neighbor Joining oparte na sekwencji i strukturze. Swobodnie skalowalne drzewo obliczone na podstawie wielokrotnego dopasowania sekwencji i struktur siedmiu taksonów może zostać zapisane w formacie NEWICK.

<ol><li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Including+RNA+secondary+structures+improves+accuracy+and+robustness+in+reconstruction+of+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Biology+Direct%22%5BJournal%5D)">Including RNA secondary structures improves accuracy and robustness in reconstruction of phylogenetic trees.</a> Biology Direct. 5, 4-4 (2010).</li>
<li>Schultz, J., Maisel, S., Gerlach, D., Müller, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+common+core+of+secondary+structure+of+the+internal+transcribed+spacer+2+%28ITS2%29+throughout+the+Eukaryota%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 (ITS2) throughout the Eukaryota.</a> RNA. 11, 361-364 (2005).</li>
<li>Buchheim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Internal+Transcribed+Spacer+2+%28nu+ITS2+rRNA%29+Sequence-Structure+Phylogenetics%3A+Towards+an+Automated+Reconstruction+of+the+Green+Algal+Tree+of+Life%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Internal Transcribed Spacer 2 (nu ITS2 rRNA) Sequence-Structure Phylogenetics: Towards an Automated Reconstruction of the Green Algal Tree of Life.</a> PLoS ONE. 6, 16931-16931 (2011).</li>
<li>Merget, B., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+molecular+phylogeny+of+Hypnales+%28Bryophyta%29+inferred+from+ITS2+sequence-structure+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.</a> BMC Research Notes. 3, (2010).</li>
<li>Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ITS2+sequence-structure+analysis+in+phylogenetics%3A+a+how-to+manual+for+molecular+systematics%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Phylogenetics+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics.</a> Molecular Phylogenetics and Evolution. 52, 520-523 (2009).</li>
<li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ITS2+is+a+double-edged+tool+for+eukaryote+evolutionary+comparisons%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Genetics%22%5BJournal%5D)">ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons.</a> Trends in Genetics. 19, 370-375 (2003).</li>
<li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+significance+of+a+coincidence+between+evolutionary+landmarks+found+in+mating+affinity+and+a+DNA+sequence%5BTitle%5D)+AND+%22Protist%22%5BJournal%5D)">The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence.</a> Protist. 151, 1-9 (2000).</li>
<li>Müller, T., Philippi, N., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinguishing+species%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Distinguishing species.</a> RNA. 13, 1469-1472 (2007).</li>
<li>Koetschan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ITS2+Database+III-sequences+and+structures+for+phylogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">The ITS2 Database III-sequences and structures for phylogeny.</a> Nucleic Acids Research. 38, 275-279 (2010).</li>
<li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((5.8+S-28S+rRNA+interaction+and+HMM-based+ITS2+annotation%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">5.8 S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation.</a> Gene. 430, 50-57 (2009).</li>
<li>Benson, D., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D., Ostell, J., Sayers, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GenBank%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">GenBank.</a> Nucleic Acids Research. 39, 32-37 (2011).</li>
<li>Markham, N., Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Software+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Software for nucleic acid folding and hybridization.</a> Methods in Molecular Biology. , 453-453 (2008).</li>
<li>Wolf, M., Achtziger, M., Schultz, J., Dandekar, T., Müller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Homology+modeling+revealed+more+than+20%2C000+rRNA+internal+transcribed+spacer+2+%28ITS2%29+secondary+structures%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Homology modeling revealed more than 20,000 rRNA internal transcribed spacer 2 (ITS2) secondary structures.</a> RNA. 11, 1616-1623 (2005).</li>
<li>Altschul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST%3A+a+new+generation+of+protein+database+search+programs%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Research. 25, 3389-3402 (1997).</li>
<li>Seibel, P., Müller, T., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synchronous+visual+analysis+and+editing+of+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignments+using+4+SALE%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">Synchronous visual analysis and editing of RNA sequence and secondary structure alignments using 4 SALE.</a> BMC Research Notes. 1, (2008).</li>
<li>Seibel, P., Müller, T., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((4+SALE+-+A+tool+for+synchronous+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignment+and+editing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">4 SALE - A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing.</a> BMC Bioinformatics. 7, (2006).</li>
<li>Wolf, M., Ruderisch, B., Dandekar, T., Schultz, J., Müller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ProfDistS%3A%28profile-%29+distance+based+phylogeny+on+sequence-structure+alignments%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ProfDistS:(profile-) distance based phylogeny on sequence-structure alignments.</a> Bioinformatics. 24, 2401-2402 (2008).</li>
<li>Saitou, N., Nei, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+neighbor-joining+method%3A+a+new+method+for+reconstructing+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.</a> Molecular Biology and Evolution. 4, 406-425 (1987).</li>
<li>Müller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accurate+and+robust+phylogeny+estimation+based+on+profile+distances%3A+a+study+of+the+Chlorophyceae+%28Chlorophyta%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Evolutionary+Biology%22%5BJournal%5D)">Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta.</a> BMC Evolutionary Biology. 4, (2004).</li>
<li>Ludwig, W. olfgang <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ARB%3A+a+software+environment+for+sequence+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">ARB: a software environment for sequence data.</a> Nucleic Acids Research. 32, 1363-1371 (2004).</li>
<li>Néron, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mobyle%3A+a+new+full+web+bioinformatics+framework%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Mobyle: a new full web bioinformatics framework.</a> Bioinformatics. 25, 3005-3011 (2009).</li>
<li>Camin, J. H., Sokal, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+method+for+deducing+branching+sequences+in+phylogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Evolution%22%5BJournal%5D)">A method for deducing branching sequences in phylogeny.</a> Evolution. 19, 311-326 (1965).</li>
<li>Felsenstein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolutionary+trees+from+DNA+sequences%3A+a+maximum+likelihood+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Molecular+Evolution%22%5BJournal%5D)">Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.</a> Journal of Molecular Evolution. 17, 368-376 (1981).</li>
</ol>

Nie zgłoszono żadnych konfliktów interesów.

Baza danych ITS2 jest kompletnym i w pełni funkcjonalnym narzędziem do filogenetyki opartej na sekwencjach i strukturach wewnętrznego transkrybowanego odstępnika 2. Strona internetowa działa bardzo szybko i intuicyjnie. Podczas gdy inne internetowe narzędzia filogenetyczne, takie jak ARB20 czy Mobyle21, umożliwiają pracę jedynie na informacjach o sekwencjach i/lub strukturze konsensusowej, Baza danych ITS29 analizuje jednocześnie sekwencje i indywidualne struktury drugorzędowe dla każdego taksonu. Jednak ze względu na ograniczenia mocy obliczeniowej serwera WWW, w przypadku dużych zbiorów danych wysoce zaleca się stosowanie samodzielnych narzędzi do wyrównywania wielosekwencyjnego i obliczeń metodą Neighbor Joining18, odpowiednio 4SALE15,16 oraz ProfDistS17. Poza podstawowym schematem analizy filogenetycznej sekwencji i struktur ITS25, narzędzia te oferują kilka dodatkowych funkcji, takich jak obliczanie replik bootstrap, Profile Neighbor Joining (PNJ)19 czy delimitacja gatunków w oparciu o kompensacyjne zmiany zasad (CBCs)8. Są one dostępne do pobrania wraz ze szczegółowymi informacjami w sekcji „About this website”-„Tools”. Aby korzystać z 4SALE i ProfDistS, konieczne jest zawsze doprowadzenie plików do odpowiedniego formatu. Próbki taksonów przetwarzane przez 4SALE muszą posiadać rozszerzenie .fasta lub .txt, natomiast wyrównanie sekwencji i struktur stanowiące dane wejściowe dla ProfDistS musi kończyć się rozszerzeniem .xfasta.
Obecnie wdrażamy alternatywne metody rekonstrukcji drzew filogenetycznych w bazie danych ITS2, a także w powiązanych narzędziach. W związku z tym w przyszłości dostępne będą takie metody jak Maximum Parsimony22 i/lub Maximum Likelihood23 w oparciu o sekwencję i strukturę.

<table><tbody><tr><td>Dostęp do Internetu</td><td></td><td></td><td>Preferowany szybki dostęp</td></tr><tr><td>Baza danych ITS2&lt;sup&gt;9&lt;/sup&gt;</td><td>Uniwersytet w Würzburgu</td><td></td><td>Strona internetowa: &lt;a href=&quot;http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de&lt;/a&gt;</td></tr><tr><td>Oprogramowanie: 4SALE&lt;sup&gt;15,16&lt;/sup&gt;</td><td>Uniwersytet w Würzburgu</td><td></td><td>Pobieranie: &lt;a href=&quot;http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/">http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/&lt;/a&gt;</td></tr><tr><td>Oprogramowanie: ProfDistS&lt;sup&gt;17&lt;/sup&gt;</td><td>Uniwersytet w Würzburgu</td><td></td><td>Pobieranie: &lt;a href=&quot;http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/">http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/&lt;/a&gt;</td></tr></tbody></table>

baza danych its2

The ITS2 Database

Wewnętrzny transkrybowany spacer 2 (ITS2) jest wykorzystywany jako marker filogenetyczny od ponad dwóch dekad. Ponieważ badania nad ITS2 koncentrowały się głównie na bardzo zmiennej sekwencji ITS2, marker ten ograniczano jedynie do filogenetyki niskiego poziomu. Jednakże połączenie sekwencji ITS2 i jej wysoce konserwatywnej struktury drugorzędowej poprawia rozdzielczość filogenetyczną1 i umożliwia wnioskowanie filogenetyczne na wielu poziomach taksonomicznych, w tym w zakresie delimitacji gatunków2-8.
Baza danych ITS29 przedstawia wyczerpujący zestaw danych sekwencji wewnętrznego transkrybowanego łącznika 2 pochodzących z NCBI GenBank11, które zostały precyzyjnie ponownie adnotowane10. Po adnotacji z wykorzystaniem profilowych ukrytych modeli Markowa (HMMs), przewidywana jest struktura drugorzędowa każdej sekwencji. Najpierw sprawdzane jest, czy fałdowanie oparte na minimalnej energii12 (fałdowanie bezpośrednie) prowadzi do prawidłowej konformacji czterech helis. Jeśli tak nie jest, struktura jest przewidywana za pomocą modelowania homologicznego13. W modelowaniu homologicznym znana już struktura drugorzędowa jest przenoszona na inną sekwencję ITS2, której struktura drugorzędowa nie mogła zostać prawidłowo sfałdowana w procesie fałdowania bezpośredniego.
Baza danych ITS2 nie służy jedynie do przechowywania i pobierania struktur sekwencji ITS2. Udostępnia ona również szereg narzędzi do przetwarzania własnych sekwencji ITS2, w tym adnotację, przewidywanie struktury, wykrywanie motywów oraz wyszukiwanie BLAST14 w oparciu o połączone informacje o sekwencji i strukturze. Ponadto integruje ona przycięte wersje programów 4SALE15,16 i ProfDistS17 do obliczania wielokrotnego dopasowania sekwencji i struktur oraz rekonstrukcji drzew metodą Neighbor Joining18. Wspólnie tworzą one spójny potok analizy, prowadzący od początkowego zestawu sekwencji do filogenezy opartej na sekwencji i strukturze drugorzędowej.
Mówiąc w skrócie, to środowisko pracy upraszcza wstępne analizy filogenetyczne do zaledwie kilku kliknięć myszą, zapewniając jednocześnie narzędzia i dane niezbędne do przeprowadzania kompleksowych analiz na dużą skalę.

Baza danych ITS2 to środowisko pracy służące do wnioskowania filogenetycznego z jednoczesnym uwzględnieniem sekwencji i struktury drugorzędowej wewnętrznego transkrybowanego odstępnika 2. Obejmuje ona gromadzenie danych z dokładną adnotacją, przewidywanie struktury, wielokrotne dopasowanie sekwencji i struktur oraz szybkie obliczanie drzew. W skrócie, to narzędzie sprowadza wstępne analizy filogenetyczne do kilku kliknięć.

Baza danych ITS2

Wewnętrzny odstęp transkrybowany 2 (ITS2) jest wykorzystywany jako marker filogenetyczny od ponad dwóch dekad. Ponieważ badania nad ITS2 koncentrowały się głównie na bardzo...

Wewnętrzny odstęp transkrybowany drugi genu rybosomalnego, czyli ITS2, jest jednym z najważniejszych markerów w systematyce molekularnej. Badania z ostatnich 20 lat koncentrowały się głównie na wykorzystaniu sekwencji ITS2 do rekonstrukcji filogenetycznej. Niemniej jednak, ze względu na szereg przyczyn, struktura drugorzędowa ITS2 jest coraz częściej stosowana w dziedzinie wnioskowania filogenetycznego.Analiza struktury drugorzędowej rozszerza zastosowanie taksonomiczne tego markera, podczas gdy szybko ewoluująca i w związku z tym bardzo zmienna sekwencja ITS2 nadaje się głównie do analizy filogenetycznej na poziomie gatunkowym lub niższym. Dodanie informacji strukturalnych umożliwia jednoczesną analizę na wyższym poziomie taksonomicznym dzięki silnie zakonserwowanej strukturze drugorzędowej ITS2, składającej się z czterech charakterystycznych elementów ESS. W związku z tym wyniki analizy struktury drugorzędowej mogą poprawić rozdzielczość filogenetyczną uzyskaną z sekwencji pierwotnej.Witam, drodzy koledzy, nazywam się Matthias Wolf. Pracuję w I ts two proof od około ośmiu lat. Pracuję tutaj w Katedrze Bioinformatyki w centrum biologicznym na Uniwersytecie w Würzburgu w Niemczech.Dzisiaj chcielibyśmy zaprezentować krótki film na temat korzystania z bazy danych ITS2. Cześć, jestem y Chu. Celem tego filmu jest pokazanie, że baza danych ITS2 nie służy w rzeczywistości jedynie do przechowywania danych, ale udostępniamy w niej również wiele narzędzi, które pozwalają usprawnić analizy filogenetyczne.W tym filmie chcemy pokazać Państwu, jak korzystać z tych narzędzi oraz w jaki sposób je ze sobą połączyć. Prawidłowe wyznaczenie granic sekwencji ITS2 może mieć kluczowe znaczenie dla przewidywania struktury. W związku z tym wdrożono interfejs internetowy służący do adnotacji w oparciu o ukryty model Markowa.Aby uzyskać prawidłową adnotację sekwencji ITS2, można wkleić je do edytora sekwencji u góry strony internetowej. Zostało to zademonstrowane poprzez załadowanie przykładowych sekwencji roślin. Edytor sekwencji sam sprawdza, czy sekwencje ITS2 są poprawne, i wyświetla komunikaty o błędach.Na przykład, przy użyciu znaków spoza PAC, po wyborze odpowiedniego HMM, można rozpocząć proces, klikając annotate. Każdy fragment 5.8 s oraz 28 SRNA, który został zidentyfikowany przez program, jest usuwany, pozostawiając poprawnie adnotowane sekwencje ITS2, które znajdowały się pomiędzy nimi. W rezultacie wyświetlane są wyznaczone sekwencje ITS2, a także przewidywany hybryd 5.8 s i 28 S-R-R-N-A. Aby potwierdzić dokładność adnotacji HMM po adnotacji nowo zachowanych sekwencji ITS2, struktury drugorzędowe można wyznaczyć na dwa sposoby.Pierwszą predykcję można przeprowadzić za pomocą modelowania homologicznego, wykorzystując kompletny zestaw sekwencji i struktur z bazy danych jako szablony. Aby przewidzieć strukturę zaznaczonej sekwencji, należy kliknąć przycisk predict structure. Jeśli zaznaczona sekwencja może bezpośrednio zwinąć się w typową strukturę drugorzędową, wynik zostanie wyświetlony natychmiast.Można teraz wybrać jedną z kilku opcji dalszego przetwarzania struktury sekwencji, w tym dodanie jej do puli danych. Jeśli sekwencje nie mogą zostać bezpośrednio sfałdowane, przeprowadzane jest przeszukiwanie BLAST w bazie danych. Wynikowa strona pokazuje najlepsze trafienia BLAST, w tym modelowanie homologiczne dla każdego plastiku jako szablonu.Po kliknięciu znaku plus wyświetlane są szczegóły; można wybrać wybrane pary sekwencja-struktura i dodać je do puli danych, przeciągając i upuszczając lub korzystając z menu kontekstowego poprzez kliknięcie prawym przyciskiem myszy. Drugim podejściem jest ręczne wprowadzenie jednej lub wielu sekwencji, wraz z ich strukturami drugorzędowymi jako szablonami, aby przenieść najbardziej odpowiednie struktury drugorzędowe do sekwencji zapytania. Zostało to zademonstrowane poprzez załadowanie pliku przykładu dla wielu szablonów.Klikając Predict best templates, wykonują Państwo modelowanie homologiczne z ustawieniami domyślnymi. Program do modelowania homologicznego obliczy wszystkie kombinacje struktur i wyświetli najlepsze pary szablon-zapytanie. W otrzymanej tabeli można sprawdzić, które szablony z sukcesem wykorzystały swoją strukturę drugorzędową do wymodelowania jednej lub kilku sekwencji zapytania.Ponownie, szczegóły wyników można otworzyć, klikając znak plus, ponieważ pełne podejście do modelowania homologicznego jest niezależne od I TS two. Można go użyć do przewidywania struktury drugorzędowej dowolnego RNA, pod warunkiem posiadania cząsteczki homologicznej o znanej strukturze. Ponadto wynikowe pary sekwencja-struktura mogą zostać dodane do puli danych za pomocą funkcji przeciągnij i upuść lub poprzez menu kontekstowe, które otwiera się prawym przyciskiem myszy.Oprócz ogólnej struktury, dla ITS2 opisano konserwatywne motywy, takie jak sekwencja A-U-G-G-U poprzedzająca wierzchołek trzeciej helisy oraz niedopasowanie typu piramidy w drugiej helisie. To niedopasowanie UU jest otoczone dwoma motywami: jednym po lewej stronie helisy drugiej i jednym po prawej, pomiędzy helisą drugą a trzecią, z dodatkowym potrójnym nukleotydem A. Po przekształceniu tych motywów sekwencyjnych w hms, przedstawiamy teraz identyfikację tych motywów w analizowanych sekwencjach.Aby wyszukać te motywy, wprowadź zapytanie sekwencyjne w polu wyszukiwania i wybierz odpowiedni model. Ponownie, zostaje to zademonstrowane poprzez załadowanie pliku przykładu dla planów. Aby rozpocząć obliczenia, kliknij wyszukiwanie motywów.Dwa motywy ITS zostały adnotowane i wyróżnione w sekwencjach zapytania. Jednym ze sposobów na pobranie dwóch par struktury sekwencji ITS z bazy danych ITS dwa jest funkcja wyszukiwania. Pozwala ona użytkownikowi na wyszukiwanie struktur sekwencji według nazwy taksonu lub identyfikatora GenBank.Aby wyszukać strukturę sekwencji za pomocą identyfikatora GenBank, należy wpisać numer GI w polu wyszukiwania i kliknąć przycisk wyszukiwania. Lista wyników pojawi się w nowej karcie. Szczegóły struktury sekwencji można wyświetlić, klikając przycisk pokaż szczegóły.Można również wyświetlić bezpośrednie sekwencje S wszystkich trafień w danej karcie, klikając opcję pokazuj strukturę sekwencji metodą przeciągnij i upuść lub korzystając z menu kontekstowego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy, dzięki czemu wybrane struktury sekwencji można dodać do puli danych. Oprócz wyszukiwania par struktura sekwencji według gi, w polu wyszukiwania można wpisać nazwę taksonu, co jest wspierane przez pojawiające się pole wyszukiwania na żywo. Po pojawieniu się nowej karty z listą wszystkich trafień, można korzystać z tych samych funkcji co wcześniej.Na przykład, dodawanie zaznaczenia do puli danych za pomocą funkcji przeciągnij i upuść. Drugą możliwością pobrania par sekwencja-struktura z bazy danych jest funkcja przeglądania. Tutaj teksty są posortowane.Zgodnie z bazą taksonomiczną NCBI, dane są dostępne poprzez strukturę drzewiastą po lewej stronie witryny. Klikając znak plus, można wyświetlić tekst na poziomie niższym.Kliknięcie nazwy taksonu otwiera nową kartę zawierającą każdą strukturę sekwencji oraz parę danego taksonu. Oprócz wyszukiwania sekwencji i struktur za pomocą identyfikatorów banku CEM lub informacji o gatunkach, baza danych I Ts two umożliwia również przeszukiwanie oparte na algorytmie BLAST. Należy jednak pamiętać, że standardowe procedury BLAST często nie są w stanie zidentyfikować odległych pokrewieństw.Są to dwie sekwencje ze względu na wysoką dywergencję sekwencji. Aby pokonać tę przeszkodę, wdrożyliśmy wyszukiwanie BLAST oparte na sekwencji i strukturze, które w wyszukiwaniu homologii uwzględnia informacje o wysoce konserwatywnej strukturze. Odbywa się to poprzez przetłumaczenie struktury sekwencji na 12-literową pseudosekwencję białkową.W związku z tym pobieranie próbek gatunków, które rozpoczyna się od dowolnej sekwencji zainteresowania i obejmuje szerokie zakresy taksonomiczne, stało się tak proste, jak wyszukiwanie BLAST. Aby przeprowadzić wyszukiwanie BLAST, można wpisać zapytania sekwencyjne do edytora sekwencji.Jeśli sekwencja zapytania jest zwykłą sekwencją nukleotydową bez struktury, do sekwencji obejmujących ich struktury drugorzędowe stosowany jest algorytm blast n. Interfejs internetowy wykorzystuje algorytm I Ts two blast. Rozpocznij proces, klikając blast.Po chwili wyniki wyszukiwania BLAST zostaną wyświetlone w nowej zakładce. Tutaj widoczna jest jedna zakładka dla każdej sekwencji zapytania. Po kliknięciu przycisku „pokaż dopasowania” (show alignments) można przejrzeć dopasowania BLAST. Podobnie jak wcześniej, można wybrać interesujące pary struktura-sekwencja i dodać je do puli danych.Podczas pracy z bazą danych ITS two, Twoja pula danych może zostać wypełniona wieloma strukturami sekwencji. Dostęp do puli danych oraz możliwość wyświetlenia jej zawartości są możliwe w dowolnym momencie. Kolejnym krokiem analizy jest wielokrotne dopasowanie struktur sekwencji.Kliknij przycisk analyze dataset, a następnie sequence and structure, aby przeprowadzić dopasowanie sekwencji i struktury. Teraz zostaniesz poproszony o wybranie trybu graficznego dopasowania. W przypadku dużego zestawu sekwencji zaleca się wybranie wersji slim.Ponieważ nasza pula danych zawiera tylko kilka struktur sekwencji, wybieramy pełny tryb graficzny. Po zakończeniu obliczeń dopasowanie zostaje dodane do puli danych. Podświetlenie jednej strony pary zasad automatycznie podświetla jej odpowiednik.Na koniec można zapisać dopasowanie, klikając przycisk safe alignment. Po upewnieniu się, że jakość dopasowania struktury sekwencji jest zadowalająca, można obliczyć filogenetyczne drzewo metodą neighbor joining, klikając analyze data set, a następnie neighbor. Wynikowe drzewo neighbor joining pojawi się w nowej karcie.Można dowolnie zmieniać skalę drzewa za pomocą paska przewijania oraz zmieniać punkt zakorzenienia drzewa, klikając w dowolny węzeł lub liść drzewa, a następnie wybierając opcję zmiany zakorzenienia w tym węźle. Aby usunąć takson z puli danych, należy kliknąć w liść i wybrać opcję Usuń ten węzeł z puli.Teraz możesz przeliczyć dopasowanie i drzewo przy zredukowanej próbie taksonów, klikając „save tree”. Możesz zapisać swoje drzewo filogenetyczne w formacie NU. Kliknij „about this website”, a następnie „tools”, aby znaleźć dodatkowe informacje o dostępnych do sprzedaży samodzielnych narzędziach oraz wersji pro.Oprócz dopasowania metodą Neighbor joining, dostępnego również w interfejsie webowym bazy danych ITS2, mogą Państwo teraz korzystać z kilku nowych funkcji, na przykład z ograniczania gatunków (species Del Limitation) w oparciu o zmiany kompensacyjne. W ciągu ostatnich minut chcieliśmy zaprezentować kilka sposobów na ulepszenie analizy filogenetycznej. Pokazaliśmy, jak pobrać dane z bazy danych ITS2, dopasować je za pomocą programu four cell, a na koniec obliczyć drzewa w programie Pro S. Na każdym z tych etapów braliśmy pod uwagę nie tylko sekwencję, ale sekwencję i strukturę. Oczywiście.Mamy nadzieję, że nasza krótka prezentacja oraz żmudne budowanie drzewa były dla Państwa interesujące. Dobranoc.

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Opracowano bazę danych onkologii klatki piersiowej, która ma służyć jako kompleksowe repozytorium danych klinicznych i laboratoryjnych na potrzeby badań translacyjnych. Baza danych będzie służyć badaczom nowotworów w ramach Programu Badań nad Onkologią Klatki Piersiowej. Niniejsza baza danych jest możliwa do dostosowania do innych modeli nowotworowych, jak również do innych chorób ludzkich.

Tworzenie kompleksowej bazy danych onkologii klatki piersiowej – narzędzie do badań translacyjnych

Opisano wytyczne dotyczące komputerowej charakterystyki strukturalnej i funkcjonalnej białka z wykorzystaniem potoku I-TASSER. Wychodząc od sekwencji białka zapytania, generowane są modele 3D przy użyciu wielokrotnych dopasowań wątkowych oraz iteracyjnych symulacji montażu strukturalnego. Następnie wyciągane są wnioski funkcjonalne na podstawie dopasowań do białek o znanej strukturze i funkcjach.

Protokół komputerowego przewidywania struktury i funkcji białek

Wykorzystanie lucyferazy oraz systemów obrazowania in vivo (IVIS) jako nowej metody identyfikacji punktów końcowych choroby przed wystąpieniem objawów klinicznych. IVIS pozwolił nam na wizualizację w czasie rzeczywistym inwazji wirusów zapalenia mózgu przez wiele dni, co zapewnia dokładniejszy model choroby do przyszłych badań. Pozwoliło to również na szybszą identyfikację potencjalnych właściwości ochronnych leków przeciwwirusowych i szczepionek niż w przypadku obecnie stosowanych modeli...

Wykrywanie neuroinwazyjnego wirusa zapalenia mózgu za pomocą systemów obrazowania In Vivo (IVIS)

Wielu badaczy generuje dane "średniej wielkości", o niskiej prędkości i wielowymiarowe, które mogą być efektywniej zarządzane za pomocą baz danych niż arkuszy kalkulacyjnych. W tym miejscu przedstawiono koncepcyjny przegląd baz danych, w tym wizualizację danych wielowymiarowych, łączenie tabel w strukturach relacyjnych baz danych, mapowanie półautomatycznych potoków danych i używanie bazy danych do wyjaśniania znaczenia danych.

Bazy danych do efektywnego zarządzania średniej wielkości, wielowymiarowymi danymi o niskiej prędkości w inżynierii tkankowej

TBase łączy elektroniczną dokumentację medyczną z innowacyjną bazą danych badawczych dla biorców przeszczepów nerek. Baza TBase jest zbudowana na platformie bazy danych w pamięci, podłączona do różnych systemów szpitalnych i używana do regularnej opieki ambulatoryjnej. Automatycznie integruje wszystkie istotne dane kliniczne, w tym dane specyficzne dla przeszczepu, tworząc unikalną bazę danych badawczych.

TBase - Zintegrowana Elektroniczna Dokumentacja Medyczna i Baza Danych Badawczych dla Biorców Przeszczepu Nerki

Biobanki są kluczowymi zasobami dla badań biomedycznych, a Biobank dla Jednostki Medycyny Translacyjnej i Cyfrowej w Europejskim Instytucie Onkologii jest wzorem w tej dziedzinie. W tym miejscu przedstawiamy szczegółowy opis standardowych procedur operacyjnych biobanków w zakresie zarządzania różnymi rodzajami próbek biologicznych pobranych od ludzi.

Biobank medycyny translacyjnej: Standardowe procedury operacyjne dla optymalnego zarządzania próbkami

Obrazowanie wiązką jonów (MIBI) jest często używane do obrazowania mikromacierzy tkanek i sąsiadujących, sąsiadujących ze sobą obszarów tkanek, ale obecne oprogramowanie do konfiguracji tych eksperymentów jest kłopotliwe. Interfejs kafelków/SED/tablicy to intuicyjne, interaktywne narzędzie graficzne opracowane w celu znacznego uproszczenia i przyspieszenia konfiguracji uruchamiania MIBI.

Szybka konfiguracja obrazowania mikromacierzy tkankowej i obszaru kafelkowego w mikroskopie obrazowania z multipleksowaną wiązką jonów za pomocą interfejsu Tile/SED/Array

To badanie analizowało transkryptomy pojedynczych jąder trzydziestu trzech osób z chorobą Alzheimera (AD), ujawniając specyficzne dla płci DEG w komórkach glejowych. Analiza wzbogacenia funkcjonalnego uwypukliła szlaki synaptyczne, neuronalne i związane z hormonami. Zidentyfikowano kluczowe geny, a mianowicie NLGN4Y i jego regulatory, a także zaproponowano potencjalnych kandydatów terapeutycznych dla choroby Alzheimera specyficznej dla płci.

Identyfikacja biomarkerów swoistości płciowej choroby Alzheimera na podstawie profili transkryptomu glejowego

Projektowanie białek polega na budowie sekwencji aminokwasów i włączaniu określonych motywów w celu stworzenia funkcjonalnych wariantów. Takie podejście ma kluczowe znaczenie dla opracowania peptydów przeciwdrobnoustrojowych (AMP) do zwalczania patogenów opornych na antybiotyki. W artykule przedstawiono procedurę budowy białek z wykorzystaniem różnych narzędzi bioinformatycznych.

Zastosowanie I TASSER, trRosetta, UCSF Chimera, serwera HADDOCK i lorii HEX do projektowania białek De Novo i In Silico

Prezentujemy technikę wstrzykiwania dosytniewnego u dorosłych rybek danio-ostrobramkowych. Używamy mikrosyringi NanoFil o pojemności 10 μl, sterowanej za pomocą kontrolera Micro4 oraz pompy UltraMicroPump III. Demonstracja obejmuje wykorzystanie zimnej wody jako środka znieczulającego.

Wtryskiwanie doszpikowe u dorosłych danio prążkowanych

Poznaj analizę filogenetyczną z wykorzystaniem bazy danych ITS2, integrującej dane sekwencyjne i strukturalne. Narzędzia bioinformatyczne usprawniają adnotację, predykcję struktury i wyrównanie sekwencji.

Baza danych ITS2

Przeglądaj więcej filmów