Demonstracja narzędzia do dopasowywania sekwencji w celu przewidywania podatności różnych gatunków w celu szybkiej oceny zachowania białek

4.8K wyświetleń

Cytowano 3 razy

16:02 min.

10 lutego 2023

10.3791/63970-v

10 lutego 2023

4.8K wyświetleń

Sara M. F. Vliet¹ , Monique Hazemi² , Donovan Blatz² , Marissa Jensen³ , Sally Mayasich⁴ , Thomas R. Transue⁵ , Cody Simmons⁵ , Audrey Wilkinson⁵ , Carlie A. LaLone⁶

¹Office of Research and Development, Center for Computational Toxicology and Exposure, Scientific Computing and Data Curation Division, U.S. Environmental Protection Agency, ²Oak Ridge Institute for Science and Education, ³Swenson College of Science and Engineering, Department of Biology, University of Minnesota Duluth, ⁴University of Wisconsin-Madison Aquatic Sciences Center, ⁵General Dynamics Information Technology, Research Triangle Park, ⁶Office of Research and Development, Center for Computational Toxicology and Exposure, Great Lakes Toxicology and Ecology Division, U.S. Environmental Protection Agency

Tutaj prezentujemy protokół wykorzystujący najnowszą wersję narzędzia Agencji Ochrony Środowiska USA do przewidywania podatności gatunków (SeqAPASS). Protokół ten demonstruje zastosowanie narzędzia online do szybkiej analizy konserwacji białek i dostarczania konfigurowalnych i łatwych do interpretacji prognoz podatności chemicznej u różnych gatunków.

Przeglądaj więcej filmów

Podatność międzygatunkowa

przewidywanie toksyczności

dopasowanie aminokwasów

analiza domen białkowych

wizualizacja danych

przewidywanie podatności

mutogeneza celowana

białka bioakumulacyjne

Chapters in this video