Name: Análise de dados de microscopia multidimensional usando Cell-ACDC (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-07T13:40:00.000+00:00
Duration: 6 min 17 s
Description: Aprenda a usar o software Cell-ACDC para análise de dados de microscopia multidimensional com modelos de IA. Esta ferramenta de código aberto facilita a segmentação, rastreamento e quantificação de ciclos celulares.

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<ol><li>Cuny, A. P., Schlottmann, F. P., Ewald, J. C., Pelet, S., Schmoller, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Live+cell+microscopy%3A+from+image+to+insight%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys+Rev%22%5BJournal%5D)">Live cell microscopy: from image to insight.</a> Biophys Rev. 3, 021302(2022).</li>
<li>Hugelier, S., Colosi, P. L., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+single-molecule+localization+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biophys%22%5BJournal%5D)">Quantitative single-molecule localization microscopy.</a> Annu Rev Biophys. 52, 139-160 (2023).</li>
<li>Tavakoli, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Light-microscopy-based+connectomic+reconstruction+of+mammalian+brain+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Light-microscopy-based connectomic reconstruction of mammalian brain tissue.</a> Nature. 642, 398-410 (2025).</li>
<li>Seal, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+painting%3A+a+decade+of+discovery+and+innovation+in+cellular+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Cell painting: a decade of discovery and innovation in cellular imaging.</a> Nat Methods. 22, 254-268 (2025).</li>
<li>Robertson, M. J., Meyerowitz, J. G., Skiniotis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Drug+discovery+in+the+era+of+cryo-electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">Drug discovery in the era of cryo-electron microscopy.</a> Trends Biochem Sci. 47, 124-135 (2022).</li>
<li>Al-Refaie, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fasting+shapes+chromatin+architecture+through+an+mTOR%2FRNA+Pol+I+axis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Fasting shapes chromatin architecture through an mTOR/RNA Pol I axis.</a> Nat Cell Biol. 26, 1903-1917 (2024).</li>
<li>Ueda, H. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue+clearing+and+its+applications+in+neuroscience%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Tissue clearing and its applications in neuroscience.</a> Nat Rev Neurosci. 21, 61-79 (2020).</li>
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<li>Vitacolonna, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+multiparametric+analysis+including+single-cell+and+subcellular+feature+assessment+reveals+differential+behavior+of+spheroid+cultures+on+distinct+ultra-low+attachment+plate+types%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Bioeng+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">A multiparametric analysis including single-cell and subcellular feature assessment reveals differential behavior of spheroid cultures on distinct ultra-low attachment plate types.</a> Front Bioeng Biotechnol. 12, 1422235(2024).</li>
<li>Qian, N., Weinstein, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomic+imaging+of+an+intact+organism+using+volumetric+DNA+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomic imaging of an intact organism using volumetric DNA microscopy.</a> Nat Biotechnol. , (2025).</li>
<li>Wallace, C. T., St. Croix, C. M., Watkins, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Data+management+and+archiving+in+a+large+microscopy-and-imaging%2C+multi-user+facility%3A+microscopy+and+data+management%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Reprod+Dev%22%5BJournal%5D)">Data management and archiving in a large microscopy-and-imaging, multi-user facility: microscopy and data management.</a> Mol Reprod Dev. 82, 630-634 (2015).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9, 676-682 (2012).</li>
<li>Bankhead, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QuPath%3A+open+source+software+for+digital+pathology+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">QuPath: open source software for digital pathology image analysis.</a> Sci Rep. 7, 16878(2017).</li>
<li>Sofroniew, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((napari%3A+a+multi-dimensional+image+viewer+for+Python%5BTitle%5D)+AND+%22Zenodo%22%5BJournal%5D)">napari: a multi-dimensional image viewer for Python.</a> Zenodo. , (2025).</li>
<li>Padovani, F., Mairhörmann, B., Falter-Braun, P., Lengefeld, J., Schmoller, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Segmentation%2C+tracking+and+cell+cycle+analysis+of+live-cell+imaging+data+with+Cell-ACDC%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biol%22%5BJournal%5D)">Segmentation, tracking and cell cycle analysis of live-cell imaging data with Cell-ACDC.</a> BMC Biol. 20, 174(2022).</li>
<li>Piñeiro López, C., Rodrigues Neves, A. R., Čavka, I., Gros, O. J., Köhler, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Segmentation+of+C.+elegans+germline+nuclei%5BTitle%5D)+AND+%22microPubl+Biol%22%5BJournal%5D)">Segmentation of C. elegans germline nuclei.</a> microPubl Biol. , (2023).</li>
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<li>Goldsborough, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((InstanSeg%3A+an+embedding-based+instance+segmentation+algorithm+optimized+for+accurate%2C+efficient+and+portable+cell+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">InstanSeg: an embedding-based instance segmentation algorithm optimized for accurate, efficient and portable cell segmentation.</a> arXiv. , (2024).</li>
<li>Pietsch, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determining+growth+rates+from+bright-field+images+of+budding+cells+through+identifying+overlaps%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Determining growth rates from bright-field images of budding cells through identifying overlaps.</a> Elife. 12, e79812(2023).</li>
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<li>Lugagne, J. B., Lin, H., Dunlop, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DeLTA%3A+automated+cell+segmentation%2C+tracking%2C+and+lineage+reconstruction+using+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">DeLTA: automated cell segmentation, tracking, and lineage reconstruction using deep learning.</a> PLoS Comput Biol. 16, e1007673(2020).</li>
<li>Kirillov, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Segment+anything%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">Segment anything.</a> arXiv. , (2023).</li>
<li>Weigert, M., Schmidt, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nuclei+instance+segmentation+and+classification+in+histopathology+images+with+StarDist%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE+Int+Symp+Biomed+Imaging+Challenges+%28ISBIC%29%22%5BJournal%5D)">Nuclei instance segmentation and classification in histopathology images with StarDist.</a> IEEE Int Symp Biomed Imaging Challenges (ISBIC). , (2022).</li>
<li>Dietler, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+convolutional+neural+network+segments+yeast+microscopy+images+with+high+accuracy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">A convolutional neural network segments yeast microscopy images with high accuracy.</a> Nat Commun. 11, 5723(2020).</li>
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<li>Doersch, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TAPIR%3A+tracking+any+point+with+per-frame+initialization+and+temporal+refinement%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">TAPIR: tracking any point with per-frame initialization and temporal refinement.</a> arXiv. , (2023).</li>
<li>Zargari, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DeepSea+is+an+efficient+deep-learning+model+for+single-cell+segmentation+and+tracking+in+time-lapse+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep+Methods%22%5BJournal%5D)">DeepSea is an efficient deep-learning model for single-cell segmentation and tracking in time-lapse microscopy.</a> Cell Rep Methods. 3, 100500(2023).</li>
<li>O'Connor, O. M., Alnahhas, R. N., Lugagne, J. B., Dunlop, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DeLTA+2.0%3A+a+deep+learning+pipeline+for+quantifying+single-cell+spatial+and+temporal+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">DeLTA 2.0: a deep learning pipeline for quantifying single-cell spatial and temporal dynamics.</a> PLoS Comput Biol. 18, e1009797(2022).</li>
<li>Chatzitheodoridou, D., Bureik, D., Padovani, F., Nadimpalli, K. V., Schmoller, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decoupled+transcript+and+protein+concentrations+ensure+histone+homeostasis+in+different+nutrients%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Decoupled transcript and protein concentrations ensure histone homeostasis in different nutrients.</a> EMBO J. 43, 5141-5168 (2024).</li>
<li>Schmoller, K. M., Turner, J. J., Kõivomägi, M., Skotheim, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dilution+of+the+cell+cycle+inhibitor+Whi5+controls+budding-yeast+cell+size%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Dilution of the cell cycle inhibitor Whi5 controls budding-yeast cell size.</a> Nature. 526, 268-272 (2015).</li>
<li>Moore, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OME-Zarr%3A+a+cloud-optimized+bioimaging+file+format+with+international+community+support%5BTitle%5D)+AND+%22Histochem+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">OME-Zarr: a cloud-optimized bioimaging file format with international community support.</a> Histochem Cell Biol. 160, 223-251 (2023).</li>
<li>Seshadri, A., Badrinarayanan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exonuclease+action+of+replicative+polymerase+gamma+drives+damage-induced+mitochondrial+DNA+clearance%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Rep%22%5BJournal%5D)">Exonuclease action of replicative polymerase gamma drives damage-induced mitochondrial DNA clearance.</a> EMBO Rep. 26, 1385-1405 (2025).</li>
<li>Dengler, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((When+mitochondria+fall+apart%3A+unbalanced+mitochondrial+segregation+triggers+loss+of+mtDNA+in+the+absence+of+mitochondrial+fusion%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">When mitochondria fall apart: unbalanced mitochondrial segregation triggers loss of mtDNA in the absence of mitochondrial fusion.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Xiao, J., Turner, J. J., Kõivomägi, M., Skotheim, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whi5+hypo-+and+hyper-phosphorylation+dynamics+control+cell-cycle+entry+and+progression%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Whi5 hypo- and hyper-phosphorylation dynamics control cell-cycle entry and progression.</a> Curr Biol. 34, 2434-2447.e5 (2024).</li>
<li>Roussou, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+assessment+of+mitochondrial+DNA+heteroplasmy+dynamics+at+the+single-cell+level%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Real-time assessment of mitochondrial DNA heteroplasmy dynamics at the single-cell level.</a> EMBO J. 43, 5340-5359 (2024).</li>
<li>Padovani, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SpotMAX%3A+a+generalist+framework+for+multi-dimensional+automatic+spot+detection+and+quantification%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">SpotMAX: a generalist framework for multi-dimensional automatic spot detection and quantification.</a> bioRxiv. , (2024).</li>
<li>Lanz, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome+dilution+by+cell+growth+drives+starvation-like+proteome+remodeling+in+mammalian+and+yeast+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Genome dilution by cell growth drives starvation-like proteome remodeling in mammalian and yeast cells.</a> Nat Struct Mol Biol. 31, 1859-1871 (2024).</li>
<li>Kukhtevich, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+origin+of+septin+ring+size+control+in+budding+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">The origin of septin ring size control in budding yeast.</a> bioRxiv. , (2024).</li>
<li>Chadha, Y., Kukhtevich, I. V., Padovani, F., Schneider, R., Schmoller, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+imaging+reveals+a+key+role+of+Bck2+in+budding+yeast+cell+size+adaptation+to+nutrient+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Single-cell imaging reveals a key role of Bck2 in budding yeast cell size adaptation to nutrient challenges.</a> bioRxiv. , (2024).</li>
<li>Seel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+with+cell+size+ensures+mitochondrial+DNA+homeostasis+during+cell+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Regulation with cell size ensures mitochondrial DNA homeostasis during cell growth.</a> Nat Struct Mol Biol. 30, 1549-1560 (2023).</li>
<li>Schuh, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Altered+expression+response+upon+repeated+gene+repression+in+single+yeast+cells%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">Altered expression response upon repeated gene repression in single yeast cells.</a> PLoS Comput Biol. 18, e1010640(2022).</li>
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<li>Freitag, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-molecule+experiments+reveal+the+elbow+as+an+essential+folding+guide+in+SMC+coiled-coil+arms%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys+J%22%5BJournal%5D)">Single-molecule experiments reveal the elbow as an essential folding guide in SMC coiled-coil arms.</a> Biophys J. 121, 4702-4713 (2022).</li>
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<li>Ershov, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TrackMate+7%3A+integrating+state-of-the-art+segmentation+algorithms+into+tracking+pipelines%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">TrackMate 7: integrating state-of-the-art segmentation algorithms into tracking pipelines.</a> Nat Methods. 19, 829-832 (2022).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>BEBÊ</td><td>Julian Pietsch</td><td>10.7554/eLife.79812</td><td>Software de segmentação e rastreamento, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>Rastreador bayesiano</td><td>Kristina Ulicna</td><td>10.3389/fcomp.2021.734559</td><td>Softwares de rastreamento, opcionais, podem ser instalados automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>Cell-ACDC</td><td>Francesco Padovani</td><td>10.1186/s12915-022-01372-6</td><td>Software</td></tr><tr><td>Núcleos da linha germinativa do cellpose</td><td>Cristina Pi&ntilde; eiro L&oacute; pez / Ana Rita Rodrigues Neves / Ivana <img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/68954/68954eq1.jpg" style="margin: auto; "/>avka</td><td>10.17912/MICROPUB. BIOLOGY.001062</td><td>O software de segmentação, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>Cellpose versão 2</td><td>Carsen Stringer</td><td>10.1038/s41592-020-01018-x</td><td>O software de segmentação, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>Cellpose versão 3</td><td>Carsen Stringer</td><td>10.1038/s41592-025-02595-5</td><td>O software de segmentação, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>Cellpose versão 4 (Cellpose-SAM)</td><td>Marius&nbsp; Pachitariu</td><td>10.1101/2025.04.28.651001</td><td>O software de segmentação, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>Computador</td><td>-</td><td>-</td><td>Veja as especificações recomendadas abaixo</td></tr><tr><td>Computador - CPU</td><td>Qualquer</td><td>-</td><td>Mínimo recomendado de 4 núcleos, 2,5Ghz&nbsp;</td></tr><tr><td>Computador - GPU</td><td>Nvidia (preferido)&nbsp;</td><td>-</td><td>(Opcional) Mínimo recomendado de 8GB de VRAM</td></tr><tr><td>Computador - Espaço no disco rígido</td><td>Qualquer</td><td>-</td><td>4GB + 3 x tamanho do arquivo de microscopia</td></tr><tr><td>Computador - Sistema Operacional</td><td>Microsoft, Apple, outros</td><td>-</td><td>Windows, MacOS e Linux são suportados</td></tr><tr><td>Computador - RAM</td><td>Qualquer</td><td>-</td><td>3 x tamanho de arquivo de uma única posição, mínimo 16GB</td></tr><tr><td>DeepSea</td><td>Abolfazl&nbsp; Zargari</td><td>10.1016/j.crmeth.2023.100500</td><td>Software de segmentação e rastreamento, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>DeLTA & nbsp;</td><td>Jean-Baptiste Lugagne / Owen M. O' Connor</td><td>10.1101/720615 / 10.1371/journal.pcbi.1009797</td><td>Software de segmentação e rastreamento, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>InstanSeg</td><td>Thibaut Goldsborough</td><td>10.48550/arXiv.2408.15954</td><td>O software de segmentação, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>Miniforge</td><td>Conda-Forge</td><td>-</td><td>Link para baixar o instalador no site da Miniforge: https://conda-forge.org/download/</td></tr><tr><td>Omnipose</td><td>Kevin Cutler</td><td>10.1038/s41592-022-01639-4</td><td>O software de segmentação, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>pomBseen</td><td>Makoto Ohira</td><td>10.1371/journal.pone.0291391</td><td>O software de segmentação, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>SAM (Modelo de Segmento de Qualquer Coisa)</td><td>Alexander Kirillov</td><td>10.48550/arXiv.2304.02643</td><td>O software de segmentação, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>StarDist</td><td>Uwe Schmidt / Martin Weigert</td><td>10.1007/978-3-030-00934-2_30 / 10.1109/WACV45572.2020.9093435 / 10.1109/ISBIC56247.2022.9854534</td><td>O software de segmentação, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>ANTA</td><td>Carl Doersch</td><td>10.48550/arXiv.2306.08637</td><td>Softwares de rastreamento, opcionais, podem ser instalados automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>Trackastra</td><td>Benjamin Gallusser</td><td>https://doi.org/10.48550/arXiv.2405.1570</td><td>Softwares de rastreamento, opcionais, podem ser instalados automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>Trackpy</td><td>Daniel Allan</td><td>10.5281/zenodo.1213240</td><td>Softwares de rastreamento, opcionais, podem ser instalados automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>YeastMate</td><td>David Bunk</td><td>10.1093/bioinformática/btac107</td><td>O software de segmentação, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr><tr><td>YeaZ</td><td>Nicola Dietler</td><td>10.1038/s41467-020-19557-4</td><td>Software de segmentação e rastreamento, opcional, pode ser instalado automaticamente com o Cell-ACDC</td></tr></tbody></table>

análise de dados de microscopia multidimensional usando cell-acdc

Analysis of Multidimensional Microscopy Data Using Cell-ACDC

Análise de dados de microscopia multidimensional usando Cell-ACDC

Recent advances in quantitative microscopy for the life sciences have enabled experimental biologists to probe cells with unprecedented resolution and ...

analysis-of-multidimensional-microscopy-data-using-cell-acdc

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Micropadrões adesivo que normalize arquitetura celular pode ser usado para aumentar a sensibilidade na detecção de efeitos de drogas, melhorar a reprodutibilidade e simplificar a aquisição de imagem e análise automatizada. Essa tecnologia irá beneficiar os ensaios de drogas / siRNA triagem, realizada em apoia a cultura convencional de células e, conseqüentemente, sofrendo de variabilidade célula a célula-excessiva.

Visualização melhorada e Análise Quantitativa dos Efeitos de Drogas Usando Células micropatterned

Nós desenvolvemos uma plataforma de software que utiliza Imaris Neuroscience, ImarisXT e MATLAB para medir as alterações na morfologia de uma forma indefinida retirado tridimensional fluorescência confocal de células individuais. Esta nova abordagem pode ser utilizada para quantificar as alterações na forma da célula após a activação do receptor e, portanto, representa um instrumento adicional possível para a descoberta de drogas.

Uma ferramenta analítica que quantifica Alterações morfologia celular de imagens tridimensionais de fluorescência

Apresentado é um informática fluxo de trabalho flexível permitindo uma análise baseada em imagem multiplexado de células marcadas com fluorescência. O fluxo de trabalho quantifica marcadores nucleares e citoplasmáticos e calcula marcador translocação entre esses compartimentos. Os procedimentos são fornecidos por perturbação das células utilizando metodologia de siRNA e fiável para a detecção do marcador através de imunofluorescência indirecta em formatos de 96 poços.

Fluxo de trabalho para de alta conteúdo, Quantificação de células individuais de marcadores fluorescentes de Microscópio Universal Data, apoiada pela Open Source Software

diferenciação celular é regulada por uma série de fatores do microambiente, incluindo ambas as propriedades da composição da matriz e material de substrato. Descrevemos aqui uma técnica utilizando microarrays de células em conjunto com microscopia de força de tracção para avaliar tanto a diferenciação de células e as interacções célula-substrato biomecânicas como uma função do contexto microambiental.

Um de alta capacidade: Plataforma celular Microarray para Análise correlativa da diferenciação celular e forças de tração

Este trabalho apresenta um fluxo de trabalho de microscopia de alto conteúdo para a quantificação simultânea dos níveis intracelulares de ROS, bem como o potencial e morfologia da membrana mitocondrial, denominados conjuntamente como morfofunção mitocondrial, em células vivas aderentes, 6) -clorometil-2 ', 7'-diclorodihidrofluoresceína, éster acetilico (CM-H 2 DCFDA) e éster metílico de tetrametilrodamina (TMRM).

Redox Cellular Profiling Usando Microscopia de Alto Conteúdo

Este artigo descreve a metodologia detalhada para preparar uma matriz multiplexado Artificial celular microambiente (MACME) para manipulação de alta produtividade de física e química sugestões imitando na vivo o microambiente celular e para Identifica o ambiente celular ideal para as células-tronco pluripotentes humanas (hPSCs) com perfis de célula única.

Fabricação de uma matriz de microambiente celular Artificial multiplexado

O método aqui apresentado utiliza micropadronização em conjunto com a imagem quantitativa para revelar a organização espacial dentro das culturas de mamíferos. A técnica é fácil de estabelecer em um laboratório de biologia celular padrão e oferece um sistema tratável para estudar padronização in vitro.

Mapeando a organização espacial emergente de células de mamíferos usando Micropatterns e imagens quantitativas

Aqui, é apresentado um protocolo para extração óptica e catalogação de assinaturas de fluorescência celular inata (ou seja, autofluorescência celular) de cada célula viva individual distribuída em um espaço tridimensional. Este método é adequado para estudar a assinatura de fluorescência inata de diversos sistemas biológicos em uma resolução unicelular, incluindo células de bactérias, fungos, leveduras, plantas e animais.

Reconstrução de assinaturas de fluorescência inata de células únicas por microscopia confocal

Apresentamos um método, que utiliza uma abordagem de análise de imagem generalizada baseada em área para identificar a contagem de células. A análise de diferentes populações celulares explorou as diferenças significativas de altura celular e estrutura entre tipos de células distintas dentro de um algoritmo adaptativo.

Algoritmo de análise de imagem baseado em área para quantificação de coculturas de macênfago-fibroblasto

A plataforma Integrative Toolkit to Analyze Cellular Signals (iTACS) automatiza o processo de medição simultânea de uma grande variedade de sinais químicos e mecânicos em células aderentes. O iTACS foi projetado para facilitar o desenvolvimento orientado pela comunidade e permitir que os pesquisadores usem todos os recursos da plataforma, independentemente de sua formação educacional.

Kit de ferramentas integrativas para analisar sinais celulares: forças, movimento, morfologia e fluorescência

A microscopia dinâmica diferencial (DDM) combina características de dispersão dinâmica de luz e microscopia. Aqui, é apresentado o processo de utilização do DDM para caracterizar redes de citoesqueleto reconstituídas quantificando a dinâmica subdiffusiva e enjaulada de partículas em redes de vimentina e o movimento balístico de compostos ativos de actin-microtubulos movidos a miose.

Quantificando a Dinâmica do Citoesqueleto usando microscopia dinâmica diferencial

Aprenda a usar o software Cell-ACDC para análise de dados de microscopia multidimensional com modelos de IA. Esta ferramenta de código aberto facilita a segmentação, rastreamento e quantificação de ciclos celulares.

Análise de dados de microscopia multidimensional usando Cell-ACDC

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