يمكن وصف الجزيء نفسه في عدد من الترتيبات الهيكلية لإبراز وظائف محددة. يُسمى النموذج الأكثر شيوعاًبنية وهو تمثيل ثنائي الأبعاد يلاحظ الذرات مع رمزها الكيميائي وروابطها الإلكترونية بينها كخطوط. تمثل النقاط أي أزواج غير مشاركة من الإلكترونات.يتم تبسيط هياكل خطوط الروابط عن طريق إزالة الكربونات والهيدروجين. ويعد وجودها ضمنياًفي زوايا الروابط. يمكن أن تكون مفيدة في الكيمياء العضوية،حيث تحتوي العديد من الجزيئات على أعمدة كربون طويلة أو هياكل دائرية.الترتيب الأكثر دقة هو نموذج الكرة والعصا،وهو تفسير ثلاثي الأبعاد يُوضح الذرات في شكل كرات ملونة وروابطها باستخدام العصي. في هذه الحالة،يتم بسهولة تصور الزوايا الرابطة ومراكزها النسبية في الفراغ. وبالمثل،في النماذج المليئة بالفراغ،يتم الحفاظ على الترميز اللوني للذرات،ولكن الحجم الثلاثي الأبعاد للذرات الفردية،يمثّل الآن نصف قطرها الذري النسبي.يُشار إلى الروابط بين الذرات عن طريق التقارب من جزيء واحد إلى آخر.