特定の機能を 強調するために、同じ分子を構造的な配置で 描くことができます。最も一般的なモデルはルイスドット構造と呼ばれています。原子を化学記号とそれらの間の 電子結合の線で表す 二次元表現です。ドットは、非共有電子対を表します。結合線構造は、炭素と水素を 除去することによって単純化されます。この元素の存在は結合の角度に含まれています。多くの分子が長炭素骨格または環構造をもっている 有機化学において 結合線構造は役に立ちます。球棒モデルはより正確です。これは、原子を色付きの球として強調し、棒を使ってそれらの結合を強調する三次元表現です。この場合、結合角とそれらの空間的な相対位置は 簡単に視覚化できます。同様に、空間充填モデルでも、原子の色分けは維持されていますが、個々の原子の3Dサイズは、相対的な原子半径を表しています。原子間の結合は、分子同士の 近さによって示されます。