При большом количестве бактериофагов, они могут войти в альтернативный репликативный режим, лизигенный цикл, где фаги могут воспроизводиться, не убивая своего хозяина. Этот цикл начинается практически как литический цикл. Фаг сначала прикрепляется к клетке-хозяину и вводит свою ДНК.Однако, находясь внутри, ДНК фага рекомбинируется и интегрируется с бактериальным геномом, формируя профаг. Сам профаг неактивен и не способствует производству новых фагов. Вместо этого, когда клетка-хозяин делится, он реплицируется вместе с ДНК хозяина.