Wenn eine große Anzahl von Bakteriophagen vorhanden ist, können sie in einen alternativen Replikationsmodus wechseln, den lysogenen Zyklus, in dem sich Phagen vermehren können, ohne ihren Wirt zu töten. Dieser Zyklus beginnt ähnlich wie der Lysezyklus. Der Phage bindet sich zuerst an die Wirtszelle und injiziert deren DNA. Sobald sie sich jedoch im Inneren befinden, rekombiniert die Phagen-DNA und integriert sich mit dem Bakteriengenom, wodurch ein Prophage entsteht. Der Prophage selbst ist nicht aktiv und treibt die Produktion neuer Phagen nicht an. Wenn sich die Wirtszelle teilt, wird sie vielmehr zusammen mit der Wirts-DNA repliziert.