La digestión de proteínas comienza principalmente en el estómago, donde gracias a los fuertes ácidos se rompen las estructuras proteínicas, exponiendo los enlaces peptídicos de una cadena de péptidos. Por ejemplo, la pepsina, enzima del estómago, rompe los enlaces para formar fragmentos de péptidos, cadenas más cortas de aminoácidos. Cuando los péptidos se dirigen al duodeno, el quimo activa muchas otras enzimas, como la tripsina, que continúa separando los enlaces peptídicos, dando lugar a una gran variedad de péptidos más cortos. La superficie epitelial del intestino delgado secreta diversas peptidasas, enzimas que rompen cadenas cortas de péptidos y las convierten en aminoácidos. Estos aminoácidos, absorbidos por el torrente sanguíneo, son llevados a todo el cuerpo y sirven para sintetizar proteínas, o llegan directo al hígado, donde se aprovechan para producir energía.