النظم الإيكولوجية الملوثة بشدة يمكن إزالة السموم منها عن طريق الكائنات الحية مثل البكتيريا،والفطريات والنباتات. في عملية تسمى المعالجة البيولوجية. على سبيل المثال،بعد تسرب النفط،يمكن للعلماء تحفيز نمو أنواع تحدث بشكل طبيعي من البكتيريا الزائفة،عن طريق إضافة المواد الغذائية إلى البيئة والتي يمكن استخدامها لكسر الهيدروكربونات البترولية من التسرب.ومع ذلك،فإن العديد من هذه البكتيريا سوف تحلل الهيدروكربونات إلى ثاني أكسيد الكربون،وهو ملوث رئيسي آخر. لكن بعض العلماء يقومون الآن بتعديل عمليات الأيض في البكتيريا الزرقاء لزيادة إنتاج الجلوكوز وبالتالي زيادة إزالة ثاني أكسيد الكربون من الجو.