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3.3:

Modelos Moleculares

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Chemistry
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JoVE Core Chemistry
Molecular Models

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La composición y la arquitectura molecular de una sustancia química se pueden visualizar y comprender mejor más eficazmente mediante el uso de modelos moleculares tridimensionales. El modelo de bola y palo y el modelo de llenado de espacio son dos tipos estándar de modelos moleculares que muestran la disposición geométrica de los átomos en un compuesto químico, de plástico o madera, o como simulaciones virtuales por computadora. El modelo de bola y palo utiliza esferas o bolas para representar los átomos.Las varillas o palos que conectan las esferas representan los enlaces químicos, y el ángulo entre las varillas coincide con el ángulo de unión dentro del compuesto real. Dos o tres varillas normalmente representan enlaces dobles y triples, respectivamente. La distancia entre los centros de cada bola es proporcional a la distancia exacta entre los núcleos de los átomos correspondientes.Las bolas suelen estar pintadas con colores para distinguir los átomos de diferentes elementos. Los colores se asignan para cumplir con la convención de coloración CPK introducida por los químicos Robert Corey, Linus Pauling y Walter Koltun. Por ejemplo, las bolas blancas, negras y rojas representan átomos de hidrógeno, carbono y oxígeno, respectivamente.El modelo de llenado de espacio es más realista y utiliza esferas de tamaño completo para representar los átomos. Las esferas, sin embargo, enmascaran los enlaces químicos y los ángulos de enlace presentes entre los átomos. Las esferas se preparan proporcionales a los tamaños relativos de los átomos y proporcionan una idea clara sobre la apariencia real y el espacio ocupado por cada átomo.Los códigos de color utilizados en este modelo de relleno de espacio también siguen el esquema de colores CPK.

3.3:

Modelos Moleculares

Los modelos físicos que representan arquitecturas moleculares de compuestos químicos desempeñan un papel esencial en la comprensión de la química. El uso de modelos moleculares facilita la visualización de las estructuras y formas de los átomos y moléculas.

Modelo esquelético

Las representaciones bidimensionales más simples de compuestos químicos se logran usando modelos esqueléticos. La ilustración muestra sólo el marco molecular o los enlaces sin mostrar explícitamente los átomos. En esta representación, muchos de los átomos de carbono y de hidrógeno no se muestran explícitamente. Sin embargo, las posiciones de los átomos están implícitas en las uniones o extremos de los enlaces. Este modelo ayuda a representar estructuras químicas más grandes y complejas.

Modelo de barras y esferas

Los modelos de barras y esferas son modelos tridimensionales, donde los átomos se representan como bolas o esferas codificadas por colores, específicos para diferentes elementos. Los enlaces químicos que conectan los átomos son representados por barras y son más fáciles de visualizar. Al hacerlo, los tamaños de las esferas se hacen relativamente más pequeños, comprometiendo así la correlación proporcional con el tamaño atómico real. Sin embargo, el modelo de barras y esferas define los ángulos entre átomos, representando claramente la geometría molecular de estructuras simples a más complejas en comparación con otros modelos moleculares.

Modelo compacto

Los modelos de espacio lleno son más realistas, donde los átomos se escalan en tamaño para llenar el espacio entre sí. El tamaño y la posición de un átomo en este modelo están determinados por sus propiedades de unión y el radio de Van der Waals, o distancia de contacto. El radio de van der Waals describe cómo dos átomos pueden acercarse uno al otro cuando un enlace covalente no los vincula. Las esferas en este modelo ilustran el espacio relativo ocupado por cada átomo dentro de un compuesto, mientras que los ángulos entre átomos no son claramente visibles 

Diseñado primero por los químicos Robert Corey y Linus Pauling, y posteriormente mejorado por Walter Koltun, la convención de coloración CPK designa colores específicos a los átomos de cada elemento. Por ejemplo, según la convención CPK, todos los átomos de hidrógeno son de color blanco, los átomos de carbono son negros, los átomos de nitrógeno son azules, los átomos de oxígeno son rojos, los átomos de azufre son de color amarillo profundo y los átomos de fósforo son de color púrpura. Los metales alcalinotérreos están representados por el verde oscuro, y los metales alcalinos están indicados por el violeta.

Como un ejemplo, diferentes modelos moleculares del ácido acético (CH3COOH) pueden ser representados de las siguientes maneras:

Image1 Image2 Image3
Modelo esquelético Modelo de barra y esfera Modelo compacto

 

Este texto está adaptado de: Openstax, Química 2e, Sección 2.4: Fórmulas Químicas.

Suggested Reading

  1. Berg, Jeremy M. “Appendix: Depicting Molecular Structures.” Biochemistry. 5th edition. U.S. National Library of Medicine, January 1, 1970.