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21.10:

Appariement des bases de l'ADN

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Chemistry
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DNA Base Pairing

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L’ADN ressemble à une échelle tordue. Et les échelons de l’échelle d’ADN sont des paires complémentaires de bases azotées. Selon les règles d’appariement des bases, l’adénine, une purine, se couple avec la thymine, une pyrimidine, avec deux liaisons hydrogène.Et la guanine, une purine, apparaît avec la cytosine, une pyrimidine, avec trois liaisons hydrogène. Mais pourquoi les purines sont-elles toujours associées aux pyrimidines? En raison de contraintes stériques imposées par des restrictions spatiales par le squelette sucre-phosphate de l’ADN, seul un espace de 10, 85 angströms est disponible pour la base paires dans une double hélice d’ADN.Les purines ont une structure à double anneau. Par conséquent, deux purines ensemble seront trop grand pour tenir dans cet espace. D’un autre côté, si nous mettons deux pyrimidines ensemble, qui ne contiennent qu’un seul anneau, la distance entre eux sera trop grand pour former des liaisons hydrogène, qui mesurent environ deux angströms.Cependant, si nous associons une purine et une pyrimidine ensemble, ils s’intègrent parfaitement dans l’hélice d’ADN et sont suffisamment proches pour former des liaisons hydrogène. Les liaisons hydrogène peuvent se former lorsqu’un atome d’hydrogène est approximativement à deux angströms d’un atome électronégatif, comme l’oxygène ou l’azote. Adénine a un atome d’hydrogène proche d’un oxygène et de la thymine.Et la thymine a un hydrogène proche à un azote et à l’adénine. Cela conduit à la formation de deux liaisons hydrogène. L’adénine ne peut pas former de liaisons hydrogène avec la cytosine, parce que la cytosine a un atome d’hydrogène où l’oxygène et la thymine le serait.Et l’atome d’hydrogène présent dans la thymine est absent de la cytosine. Un phénomène similaire se produit dans la base de paire cytosine guanine où un oxygène dans la guanine, et un oxygène et un azote dans la cytosine sont chacun positionnés en face d’un hydrogène, conduisant à la formation de trois liaisons hydrogène, qui ne se produit pas dans l’appariement de base guanine thymine. La grande spécificité de l’appariement de bases, avec l’aide d’enzymes de réplication de l’ADN, c’est pourquoi l’adénine s’associe toujours à la thymine et la guanine s’apparie toujours à la cytosine.

21.10:

Appariement des bases de l'ADN

Les règles d’Erwin Chargaff sur l’équivalence de l’ADN ont ouvert la voie à la découverte de l’appariement des bases dans l’ADN. Les règles de Chargaff stipulent que dans une molécule d’ADN double brin,

  1. la quantité d’adénine (A) est égale à la quantité de thymine (T) ;
  2. la quantité de guanine (G) est égale à la quantité de cytosine (C) ; et
  3. la somme des purines, A et G, est égale à la somme des pyrimidines, C et T (c’est-à-dire A+G = C+T).

Des travaux ultérieurs de Watson et Crick ont révélé que dans l’ADN double brin, A forme toujours deux liaisons hydrogène avec T et G forme toujours trois liaisons hydrogène avec C.  Cet appariement de bases maintient une largeur constante de la double hélice d’ADN, car les paires A-T et C-G sont de 10,85 & 197; de longueur et s’insère parfaitement entre les deux squelettes sucre-phosphate.

Les appariements de bases rendent les bases azotées inaccessibles aux autres molécules jusqu’à ce que les liaisons hydrogène se séparent. Cependant, des enzymes spécifiques peuvent facilement rompre ces liaisons hydrogène pour effectuer les processus cellulaires nécessaires, tels que la réplication et la transcription de l’ADN. Comme une paire G-C a plus de liaisons hydrogène qu’une  paire A-T, l’ADN avec un pourcentage élevé de paires G-C aura besoin d’une énergie plus élevée pour la séparation de deux brins d’ADN qu’un avec un pourcentage similaire de paires A-T. 

Les analogues de base comme médicament

Un appariement correct des bases est essentiel pour la réplication fidèle de l’ADN. Les analogues de bases sont des molécules qui peuvent remplacer les bases d’ADN standard lors de la réplication de l’ADN. Ces analogues sont des agents antiviraux et anticancéreux efficaces contre des maladies telles que l’hépatite, l’herpès et la leucémie. L’acyclovir, également connu sous le nom d’acycloguanosine, est une base analogue de la guanine et est couramment utilisé dans le traitement du virus de l’herpès simplex.  La partie guanine de l’acyclovir s’apparie avec l’adénine comme d’habitude lors de la réplication de l’ADN ; cependant, comme il n’a pas d’extrémité 3’ du nucléotide, l’ADN polymérase ne peut pas continuer à former des paires de bases et la réplication se termine.