Em muitos casos, as enzimas exigem moléculas adicionais chamadas cofatores para funcionar. Estas as moléculas ajudantes podem ser classificadas como iões metálicos ou moléculas orgânicas não proteicas. Por exemplo, durante a primeira etapa da glicólise, o cofator magnésio liga-se ao ATP, estreitando o vínculo entre dois dos grupos fosfatos.Esta ação permite que o último grupo fosfato seja liberado mais facilmente pela enzima hexoquinase, transformando glicose em glicose 6-fosfato. Portanto, o magnésio, como um cofator, liga e aumenta a eficiência do ATP. O outro subconjunto de cofatores coenzimas são compostos orgânicos, geralmente derivados de vitaminas.Por exemplo, a vitamina C é uma coenzima importante na síntese de da proteína de colágeno. Quando uma hidroxilase liga-se ao colágeno, a vitamina C facilita a hidroxilação de resíduos no colágeno. Com a ajuda de vitamina C, a hidroxilase promove a mudança na forma do colágeno à sua estrutura helicoidal tripla final, que é essencial para a manutenção de importantes tecidos do corpo.