– Los árboles filogenéticos representan las relaciones evolucionarias entre organismos. Las relaciones adoptan la forma de un árbol con puntas, ramas, nodos y una raíz. Las puntas de los árboles representan taxones existentes o vivos. Y las ramas denotan cambios evolutivos entre antepasados y descendientes, como el cambio en la secuencia de ADN, o la evolución de una característica como las plumas. Grupos que comparten un antepasado común inmediato, taxón hermano, son sus parientes más cercanos y comparten nodos, puntos de encuentro de ramas, como lagartijas, pájaros, roedores y humanos. Un nodo basal corresponde al antepasado común más reciente de todos los organismos en el árbol. Los árboles filogenéticos agrupan organismos descendientes de un antepasado común. Cuando un grupo contiene el antepasado común más reciente y todos sus descendientes, se llama un clado o un grupo monofilético. Por ejemplo, todos los vertebrados vivos con plumas se consideran pájaros. Un grupo parafilético incluye una especie ancestral común y algunos de sus descendientes. Por ejemplo, los animales escamosos de 4 patas son reptiles con exclusión de mamíferos y aves. Históricamente, los biólogos también han clasificado algunos organismos como polifiléticos. Esta denominación abandonada agrupa a los organismos que no comparten un antepasado común inmediato. Por ejemplo, los insectívoros no tienen dientes, mamíferos que se alimentan de insectos. Las relaciones evolutivas entre los organismos puede determinarse comparando los datos morfológicos o rasgos genéticos. Para construir árboles filogenéticos precisos, los científicos usaron métodos como la máxima parsimonia y máxima probabilidad. Usando la máxima parsimonia, uno asume la menor cantidad de cambio entre organismos. Considere el arreglo de alces, salmones y ballenas en un árbol filogenético. Tanto el salmón como la ballena son animales marinos. Parecería la explicación más simple que el salmón y las ballenas son un grupo monofilético. Una mirada más cercana a su anatomía, sin embargo, revela que la ballena y el alce están más relacionados. Poner a los alces y a las ballenas juntos supone menos cambios evolutivos, un escenario menos complicado que es el objetivo del análisis de la máxima parsimonia. Un enfoque alternativo, máxima probabilidad, tiene en cuenta que no todas las modificaciones son igualmente probables. Así que uno puede construir un árbol filogenético basado en el escenario más probable que conduzca a los organismos observados. Por ejemplo, los científicos que construyen el árbol filogenético de las secuencias de ADN, podría tener en cuenta que la adenina es más fácil de reemplazar por guanina que por tiamina. Sofisticados algoritmos informáticos ayudan a construir árboles filogenéticos más parsimoniosos y más probables.
