Name: Düşük Tutarlı Holotomografi ile Bağırsak Organoidlerinin Etiketsiz, Yüksek Çözünürlüklü 3D Görüntüleme ve Makine Öğrenmesi Analizi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-12T13:15:00.000+00:00
Duration: 10 min 40 s
Description: Öğrenin, düşük tutarlı holotomografi ve makine öğrenmesi ile bağırsak organoidlerinin etiketsiz, yüksek çözünürlüklü 3D görüntülenmesini. Bu yöntem, ilaç yanıtlarını canlı hücrelerde invaziv olmayan şekilde değerlendirmeyi sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Kim, J., Koo, B. K., Knoblich, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+organoids%3A+model+systems+for+human+biology+and+medicine%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Human organoids: model systems for human biology and medicine.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 21 (10), 571-584 (2020).</li>
<li>Schwank, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+repair+of+CFTR+by+CRISPR%2FCas9+in+intestinal+stem+cell+organoids+of+cystic+fibrosis+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+stem+cell%22%5BJournal%5D)">Functional repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in intestinal stem cell organoids of cystic fibrosis patients.</a> Cell stem cell. 13 (6), 653-658 (2013).</li>
<li>Arjmand, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advancement+of+organoid+technology+in+regenerative+medicine%5BTitle%5D)+AND+%22Regen+Eng+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Advancement of organoid technology in regenerative medicine.</a> Regen Eng Transl Med. 9 (1), 83-96 (2023).</li>
<li>Zhang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Patch+grafting+of+organoids+of+stem%2Fprogenitors+into+solid+organs+can+correct+genetic-based+disease+states%5BTitle%5D)+AND+%22Biomaterials%22%5BJournal%5D)">Patch grafting of organoids of stem/progenitors into solid organs can correct genetic-based disease states.</a> Biomaterials. 288, 121647(2022).</li>
<li>Hofer, M., Lutolf, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineering+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mater%22%5BJournal%5D)">Engineering organoids.</a> Nat Rev Mater. 6 (5), 402-420 (2021).</li>
<li>Park, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Artificial+intelligence-enabled+quantitative+phase+imaging+methods+for+life+sciences%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">Artificial intelligence-enabled quantitative phase imaging methods for life sciences.</a> Nat Meth. 20 (11), 1645-1660 (2023).</li>
<li>Fei, K., Zhang, J., Yuan, J., Xiao, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Present+application+and+perspectives+of+organoid+imaging+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Bioengineering%22%5BJournal%5D)">Present application and perspectives of organoid imaging technology.</a> Bioengineering. 9 (3), 121(2022).</li>
<li>Fujii, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+method+for+histopathological+evaluation+of+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22J+Toxicol+Pathol%22%5BJournal%5D)">A simple method for histopathological evaluation of organoids.</a> J Toxicol Pathol. 31 (1), 81-85 (2018).</li>
<li>Yoshimoto, S., Taguchi, M., Sumi, S., Oka, K., Okamura, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+of+a+novel+protocol+for+formalin-fixed+paraffin-embedded+organoids+and+spheroids%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+Open%22%5BJournal%5D)">Establishment of a novel protocol for formalin-fixed paraffin-embedded organoids and spheroids.</a> Biol Open. 12 (5), bio059882(2023).</li>
<li>Badder, L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+imaging+of+colorectal+cancer+organoids+identifies+responses+to+Tankyrase+inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">3D imaging of colorectal cancer organoids identifies responses to Tankyrase inhibitors.</a> PLoS One. 15 (8), e0235319(2020).</li>
<li>Lacin, M. E., Yildirim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+multiphoton+microscopy+in+imaging+cerebral+and+retinal+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Applications of multiphoton microscopy in imaging cerebral and retinal organoids.</a> Front Neurosci. 18, 1360482(2024).</li>
<li>Brémond Martin, C., Simon Chane, C., Clouchoux, C., Histace, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+trends+and+perspectives+in+cerebral+organoids+imaging+and+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Fronti+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Recent trends and perspectives in cerebral organoids imaging and analysis.</a> Fronti Neurosci. 15, 629067(2021).</li>
<li>Smits, L. M., Schwamborn, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Midbrain+organoids%3A+a+new+tool+to+investigate+Parkinson%27s+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Midbrain organoids: a new tool to investigate Parkinson's disease.</a> Front Cell Dev Biol. 8, 359(2020).</li>
<li>Huisken, J., Swoger, J., Del Bene, F., Wittbrodt, J., Stelzer, E. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optical+sectioning+deep+inside+live+embryos+by+selective+plane+illumination+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Optical sectioning deep inside live embryos by selective plane illumination microscopy.</a> Science. 305 (5686), 1007-1009 (2004).</li>
<li>Delgado-Rodriguez, P., Brooks, C. J., Vaquero, J. J., Munoz-Barrutia, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innovations+in+ex+vivo+light+sheet+fluorescence+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Prog+Biophys+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Innovations in ex vivo light sheet fluorescence microscopy.</a> Prog Biophys Mol Biol. 168, 37-51 (2022).</li>
<li>Masson, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-resolution+in-depth+imaging+of+optically+cleared+thick+samples+using+an+adaptive+SPIM%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">High-resolution in-depth imaging of optically cleared thick samples using an adaptive SPIM.</a> Sci Rep. 5 (1), 16898(2015).</li>
<li>Kopper, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+organoid+platform+for+ovarian+cancer+captures+intra-and+interpatient+heterogeneity%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Med%22%5BJournal%5D)">An organoid platform for ovarian cancer captures intra-and interpatient heterogeneity.</a> Nat Med. 25 (5), 838-849 (2019).</li>
<li>Renner, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+fully+automated+high-throughput+workflow+for+3D-based+chemical+screening+in+human+midbrain+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22elife%22%5BJournal%5D)">A fully automated high-throughput workflow for 3D-based chemical screening in human midbrain organoids.</a> elife. 9, e52904(2020).</li>
<li>Laperrousaz, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+transfection+of+clonal+organoids+in+Matrigel+microbeads%3A+a+promising+approach+toward+organoid-based+genetic+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Nucl+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Direct transfection of clonal organoids in Matrigel microbeads: a promising approach toward organoid-based genetic screens.</a> Nucl Acids Res. 46 (12), e70-e70 (2018).</li>
<li>Susaki, E., Takasato, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perspective%3A+Extending+the+Utility+of+Three-Dimensional+Organoids+by+Tissue+Clearing+Technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Perspective: Extending the Utility of Three-Dimensional Organoids by Tissue Clearing Technologies.</a> Front Cell Dev Biol. 9, 1-12 (2021).</li>
<li>Park, Y., Depeursinge, C., Popescu, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+phase+imaging+in+biomedicine%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Photon%22%5BJournal%5D)">Quantitative phase imaging in biomedicine.</a> Nat Photon. 12 (10), 578-589 (2018).</li>
<li>Kim, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Holotomography%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Meth+Primers%22%5BJournal%5D)">Holotomography.</a> Nat Rev Meth Primers. 4 (1), 51(2024).</li>
<li>Wolf, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+structure+determination+of+semi-transparent+objects+from+holographic+data%5BTitle%5D)+AND+%22Optics+Comm%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional structure determination of semi-transparent objects from holographic data.</a> Optics Comm. 1 (4), 153-156 (1969).</li>
<li>Kim, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+holotomography+and+deep+learning+for+rapid+detection+of+NPM1+mutations+in+AML%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Integrating holotomography and deep learning for rapid detection of NPM1 mutations in AML.</a> Sci Rep. 14 (1), 23780(2024).</li>
<li>Kim, S. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Label-free+imaging+and+evaluation+of+characteristic+properties+of+asthma-derived+eosinophils+using+optical+diffraction+tomography%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+BiophysRes+Comm%22%5BJournal%5D)">Label-free imaging and evaluation of characteristic properties of asthma-derived eosinophils using optical diffraction tomography.</a> Biochem BiophysRes Comm. 587, 42-48 (2022).</li>
<li>Kim, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA-mediated+demixing+transition+of+low-density+condensates%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">RNA-mediated demixing transition of low-density condensates.</a> Nat Comm. 14 (1), 2425(2023).</li>
<li>Kim, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+species+identification+of+pathogenic+bacteria+from+a+minute+quantity+exploiting+three-dimensional+quantitative+phase+imaging+and+artificial+neural+network%5BTitle%5D)+AND+%22Light+Sci+Appl%22%5BJournal%5D)">Rapid species identification of pathogenic bacteria from a minute quantity exploiting three-dimensional quantitative phase imaging and artificial neural network.</a> Light Sci Appl. 11 (1), 190(2022).</li>
<li>Hugonnet, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiscale+label-free+volumetric+holographic+histopathology+of+thick-tissue+slides+with+subcellular+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Photon%22%5BJournal%5D)">Multiscale label-free volumetric holographic histopathology of thick-tissue slides with subcellular resolution.</a> Adv Photon. 3 (2), 026004-026004 (2021).</li>
<li>Lee, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-term+three-dimensional+high-resolution+imaging+of+live+unlabeled+small+intestinal+organoids+via+low-coherence+holotomography%5BTitle%5D)+AND+%22Exp+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Long-term three-dimensional high-resolution imaging of live unlabeled small intestinal organoids via low-coherence holotomography.</a> Exp Mol Med. 56 (10), 2162-2170 (2024).</li>
<li>Wang, D., Lippard, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellular+processing+of+platinum+anticancer+drugs%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Cellular processing of platinum anticancer drugs.</a> Nat Rev Drug Discov. 4 (4), 307-320 (2005).</li>
<li>Berg, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ilastik%3A+interactive+machine+learning+for+%28bio%29+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">Ilastik: interactive machine learning for (bio) image analysis.</a> Nat Meth. 16 (12), 1226-1232 (2019).</li>
<li>Sbrana, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Label-free+three-dimensional+imaging+and+quantitative+analysis+of+living+fibroblasts+and+myofibroblasts+by+holotomographic+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Microscopy+Res+Tech%22%5BJournal%5D)">Label-free three-dimensional imaging and quantitative analysis of living fibroblasts and myofibroblasts by holotomographic microscopy.</a> Microscopy Res Tech. 87 (11), 2757-2773 (2024).</li>
<li>Zhao, H., Brown, P. H., Schuck, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+distribution+of+protein+refractive+index+increments%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys+J%22%5BJournal%5D)">On the distribution of protein refractive index increments.</a> Biophys J. 100 (9), 2309-2317 (2011).</li>
<li>Wallaeys, C., Garcia-Gonzalez, N., Libert, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Paneth+cells+as+the+cornerstones+of+intestinal+and+organismal+health%3A+a+primer%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Paneth cells as the cornerstones of intestinal and organismal health: a primer.</a> EMBO Mol Med. 15 (2), e16427(2023).</li>
<li>Hooper, L. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epithelial+cell+contributions+to+intestinal+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Immunol%22%5BJournal%5D)">Epithelial cell contributions to intestinal immunity.</a> Adv Immunol. 126, 129-172 (2015).</li>
<li>Atanga, R., Singh, V., In, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intestinal+enteroendocrine+cells%3A+present+and+future+druggable+targets%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Intestinal enteroendocrine cells: present and future druggable targets.</a> Int J Mol Sci. 24 (10), 8836(2023).</li>
<li>Dicarlo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quercetin+exposure+suppresses+the+inflammatory+pathway+in+intestinal+organoids+from+winnie+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Quercetin exposure suppresses the inflammatory pathway in intestinal organoids from winnie mice.</a> Int J Mol Sci. 20 (22), 5771(2019).</li>
<li>Miura, S., Suzuki, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generation+of+mouse+and+human+organoid-forming+intestinal+progenitor+cells+by+direct+lineage+reprogramming%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Generation of mouse and human organoid-forming intestinal progenitor cells by direct lineage reprogramming.</a> Cell Stem Cell. 21 (4), 456-471.e5 (2017).</li>
<li>Barer, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+dry+mass%2C+thickness%2C+solid+and+water+concentration+in+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Determination of dry mass, thickness, solid and water concentration in living cells.</a> Nature. 172 (4389), 1097-1098 (1953).</li>
<li>Popescu, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optical+imaging+of+cell+mass+and+growth+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Optical imaging of cell mass and growth dynamics.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 295 (2), C538-C544 (2008).</li>
<li>Shin, S., Kim, D., Kim, K., Park, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+three-dimensional+fluorescence+and+optical+diffraction+tomography+of+live+cells+using+structured+illumination+generated+by+a+digital+micromirror+device%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Super-resolution three-dimensional fluorescence and optical diffraction tomography of live cells using structured illumination generated by a digital micromirror device.</a> Sci Rep. 8 (1), 9183(2018).</li>
<li>Kim, Y. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combining+three-dimensional+quantitative+phase+imaging+and+fluorescence+microscopy+for+the+study+of+cell+pathophysiology%5BTitle%5D)+AND+%22Yale+Biol+Med%22%5BJournal%5D)">Combining three-dimensional quantitative phase imaging and fluorescence microscopy for the study of cell pathophysiology.</a> Yale Biol Med. 91 (3), 267(2018).</li>
<li>Liu, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+dual-contrast+three-dimensional+imaging+in+live+cells+via+optical+diffraction+tomography+and+fluorescence%5BTitle%5D)+AND+%22Photonics+Res%22%5BJournal%5D)">Simultaneous dual-contrast three-dimensional imaging in live cells via optical diffraction tomography and fluorescence.</a> Photonics Res. 7 (9), 1042-1050 (2019).</li>
<li>Schlüßler, R., et al. Combined fluorescence, optical diffraction tomography and Brillouin microscopy. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchl%C3%BC%C3%9Fler%2C+R+%22bioRvix%22">bioRvix</a>. , (2020).</li>
<li>Chowdhury, S., Eldridge, W. J., Wax, A., Izatt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structured+illumination+multimodal+3D-resolved+quantitative+phase+and+fluorescence+sub-diffraction+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed+Optics+Exp%22%5BJournal%5D)">Structured illumination multimodal 3D-resolved quantitative phase and fluorescence sub-diffraction microscopy.</a> Biomed Optics Exp. 8 (5), 2496-2518 (2017).</li>
<li>Jo, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Label-free+multiplexed+microtomography+of+endogenous+subcellular+dynamics+using+generalizable+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Label-free multiplexed microtomography of endogenous subcellular dynamics using generalizable deep learning.</a> Nat Cell Biol. 23 (12), 1329-1337 (2021).</li>
<li>Oh, C., Hugonnet, H., Lee, M., Park, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Digital+aberration+correction+for+enhanced+thick+tissue+imaging+exploiting+aberration+matrix+and+tilt-tilt+correlation+from+the+optical+memory+effect%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Digital aberration correction for enhanced thick tissue imaging exploiting aberration matrix and tilt-tilt correlation from the optical memory effect.</a> Nat Comm. 16 (1), 1685(2025).</li>
<li>Yasuhiko, O., Takeuchi, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In-silico+clearing+approach+for+deep+refractive+index+tomography+by+partial+reconstruction+and+wave-backpropagation%5BTitle%5D)+AND+%22Light+Sci+Appl%22%5BJournal%5D)">In-silico clearing approach for deep refractive index tomography by partial reconstruction and wave-backpropagation.</a> Light Sci Appl. 12 (1), 101(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>48-kuyucuklu plaka&nbsp;</td><td>Corning</td><td>3548</td><td>Kültür yemeği</td></tr><tr><td>Hücre geri kazanım çözümü&nbsp;</td><td>Corning</td><td>354253</td><td>Matrigel bozulması&nbsp;</td></tr><tr><td>Sisplatin</td><td>Supelco</td><td>PHR1624</td><td>YOK</td></tr><tr><td>Dimetil sülfoksit (DMSO)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D2650 Serisi</td><td>Araç</td></tr><tr><td>Eppendorf tüpü</td><td>Corning</td><td>MCT-175-CS</td><td>YOK</td></tr><tr><td>HTX işleme sunucusu</td><td>Tomocube Inc., Kore</td><td>YOK</td><td>Veri işleme sunucusu</td></tr><tr><td>HT-X1</td><td>Tomocube Inc., Kore</td><td>YOK</td><td>İşletim yazılımı</td></tr><tr><td>İlastik</td><td>YOK</td><td>YOK</td><td>Makine öğrenimi tabanlı segmentasyon araç seti</td></tr><tr><td>Görüntüleme kabı kap tutucu&nbsp;</td><td>Tomocube Inc., Kore</td><td>YOK</td><td>Görüntüleme çanak tutucusu</td></tr><tr><td>IntestiCult Organoid Büyüme Ortamı (Fare)</td><td>STEMCELL Teknolojileri</td><td>#06005</td><td>Ticari olarak mevcut önceden hazırlanmış kültür ortamı&nbsp;</td></tr><tr><td>Matlab</td><td>Matematik İşleri</td><td>Matlab 2024a</td><td>Görüntü işleme yazılımı</td></tr><tr><td>Matris</td><td>Corning</td><td>356231</td><td>3D organoidler için ECM</td></tr><tr><td>Millipore&nbsp; Steritop&nbsp; Vakumlu Şişe Üstü Filtre</td><td>Merck</td><td>S2GPT05RE</td><td>0.22 &mu; Orta sterilizasyon için M filtre ünitesi</td></tr><tr><td>Fare Bağırsak Organoidleri</td><td>STEMCELL Teknolojileri</td><td>#70931</td><td>YOK</td></tr><tr><td>Refraktometre</td><td>ATAGO</td><td>R-5000 Serisi</td><td>Kırılma indisi hesaplayıcısı</td></tr><tr><td>TomoDish</td><td>Tomocube Inc., Kore</td><td>901002-02</td><td>#1.5 Lamel-tabanlı görüntüleme çanağı</td></tr><tr><td>TomoStudio X</td><td>Tomocube Inc., Kore</td><td>YOK</td><td>Görüntüleme yazılımı</td></tr><tr><td>TrypLE</td><td>Gibco</td><td>12604</td><td>Tek hücre ayrışması</td></tr></tbody></table>

düşük tutarlı holotomografi ile bağırsak organoidlerinin etiketsiz, yüksek Çözünürlüklü 3d görüntüleme ve makine Öğrenmesi analizi

Label-free, High-Resolution 3D Imaging and Machine Learning Analysis of Intestinal Organoids via Low-Coherence Holotomography

Şekil 1, 4D görüntüleme ve sIO'ların kantitatif analizi için şematik iş akışını göstermektedir. Bu protokol, dört aşamalı bir süreçle sürekli canlı görüntüleme ve sIO'ların kapsamlı bir şekilde değerlendirilmesini sağlar: Kültür, 4D Görüntüleme, Görüntü İşleme ve Kantitatif Analiz (Şekil 1D).
5 günlük bir inkübasyon süresinden sonra, olgun sIO'lar düşük koherens holotomografi (HT) kullanılarak görselleştirme için lamel tabanlı görüntü...

Düşük Tutarlı Holotomografi ile Bağırsak Organoidlerinin Etiketsiz, Yüksek Çözünürlüklü 3D Görüntüleme ve Makine Öğrenmesi Analizi

Accurate, label-free imaging of intestinal organoids is crucial for studying their morphology, growth dynamics, and responses to environmental stimuli. ...

label-free-high-resolution-3d-imaging-machine-learning-analysis

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Lensfree optik tomografi &lt;1 um arasındaki konumsal bir çözünürlüğe sahip bir üç-boyutlu mikroskopi tekniktir x &lt;1 um x 15-100 mm arasında geniş bir görüntüleme-hacmi içinde, sırasıyla, x, y ve z, boyutları, içinde &lt;3...

Çok açılı Aydınlatma ve Pixel Super çözünürlüklü istihdam Lensfree On-chip Tomografik Mikroskopi

Optik koherens tomografi (OCT), üç boyutlu görüntüleme teknolojisi, izlemek ve çok hücreli tümör pulcuklarının büyüme kinetik karakterize etmek için kullanıldı. Tümör pulcuklarının yaklaşım ve içsel optik zayıflama Karşıtlık'dayalı pulcuklarının etiket içermeyen ölü dokuyu algılama sayma Voksel kullanarak hassas hacimsel miktar gösterdi.

Boyuna morfolojik ve fizyolojik izleme optik koherens tomografi kullanarak üç boyutlu tümör pulcuklarının

Organoidlerin tüm 3Boyutlu yapısı ve hücresel içeriği nin yanı sıra orijinal dokuya olan henotipik benzerlikleri burada açıklanan tek hücreli çözünürlükte 3D görüntüleme protokolü kullanılarak yakalanabilir. Bu protokol, kökeni, büyüklüğü ve şekli değişen çok çeşitli organoidlere uygulanabilir.

Bozulmamış Organoidlerin Tek Hücreli Çözünürlükte Üç Boyutlu Görüntülemesi

Seri bölümlerin şeritlerinin hazırlanmasını ve taramalı elektron mikroskobundaki otomatik görüntüleme prosedürleriyle birlikte Dizi Tomografi örnekleri olarak kullanılmak üzere büyük aktarım desteği üzerine toplanmasını açıklıyoruz. Protokol, yerel, nadir olayların taranmalarına, alınmasına ve hedeflenen görüntülemesine ve büyük veri birimlerinin alınmasına izin verir.

TaramaLı Elektron Mikroskopisi Kullanılarak Hacim Bilgilerinin Hedefli Edinimi için Dizi Tomografi İş Akışı

Burada, 100 μm'den birkaç milimetreye kadar değişen sabit üç boyutlu hücre kültürü modellerinin boyama ve hücre altı çözünürlükte görüntülenmesini gerçekleştirmek için ayrıntılı, sağlam ve tamamlayıcı protokoller sunuyoruz, böylece morfolojilerinin, hücre tipi bileşimlerinin ve etkileşimlerinin görselleştirilmesini sağlıyoruz.

Üç Boyutlu Organoid ve Küresel Modellerin Boyama ve Yüksek Çözünürlüklü Görüntülenmesi

Bu yazıda, organoidlerin yüksek çözünürlüklü mikroskopi kullanılarak kültürlenebildiği ve gözlemlenebildiğimm2 başına yüzlerce mikro konteynere sahip yeni bir kültür substratı türü için bir üretim protokolü sunulmaktadır. Hücre tohumlama ve immün boyama protokolleri de detaylandırılmıştır.

Organoidlerin kültürü ve 3D görüntülenmesi için yüksek verimli bir platform

Bu protokol, orta ila yüksek verimli organoid ilaç taramaları için yarı otomatik bir yöntemi ve intratümör heterojenitesini yakalamak için multiparametrik, tek organoid ilaç yanıtlarını ölçmek ve görselleştirmek için mikroskoptan bağımsız, otomatik görüntü analiz yazılımını açıklamaktadır.

Toplu ve Tek-Organoid Analizi için Geniş Alan Canlı Hücre Görüntüleme Kullanılarak Multiparametrik Tümör Organoid İlaç Taraması

Burada, enfeksiyon sırasında patojenik bakterilerin organ çapında tespit edilmesini ve floresan raportör aktivitelerinin miktarını belirlemeyi sağlayan bir prosedürü açıklıyoruz.

Mikrobiyal enfeksiyonların yüksek çözünürlüklü üç boyutlu tüm organ tomografisi

Bu protokol, tam montajlı retinal organoidlerin tam hacimli konfokal görüntülemesi için optik temizleme ve immün etiketlemeyi birleştirir. 3D yapıyı koruyarak, temel nöronal yolların ayrıntılı görselleştirilmesini sağlar, retina olgunlaşması, mekansal organizasyon ve hastalık modellemesi ve kişiselleştirilmiş tıptaki potansiyel uygulamalarının incelenmesini geliştirir.

Hücresel Çözünürlük ile Tam Montajlı Retinal Organoid Görselleştirme

Etiket lignin bitki hücre duvarlarında görselleştirme ve farklı dokuları, numune veya türlerin lignification karşılaştırılması sağladığını konfokal Raman mikroskobu dayalı bir yöntem sunulmaktadır.

Etiket- In situ</emBitki Hücre Duvarlar Lignification> Görüntüleme

Öğrenin, düşük tutarlı holotomografi ve makine öğrenmesi ile bağırsak organoidlerinin etiketsiz, yüksek çözünürlüklü 3D görüntülenmesini. Bu yöntem, ilaç yanıtlarını canlı hücrelerde invaziv olmayan şekilde değerlendirmeyi sağlar.

Düşük Tutarlı Holotomografi ile Bağırsak Organoidlerinin Etiketsiz, Yüksek Çözünürlüklü 3D Görüntüleme ve Makine Öğrenmesi Analizi (Video) | JoVE Journal

Düşük Tutarlı Holotomografi ile Bağırsak Organoidlerinin Etiketsiz, Yüksek Çözünürlüklü 3D Görüntüleme ve Makine Öğrenmesi Analizi

Daha fazla video keşfet