Een eenvoudig, snel en gedeeltelijk geautomatiseerd protocol voor de isolatie van afzonderlijke kernen uit ingevroren zoogdierweefsels voor sequencing van één kern

Dit onderzoek richt zich op het ondersteunen van geneesmiddelenontdekkingsstudies met behulp van single nuclei RNA-sequencing om de werkzaamheid en veiligheid van potentiële behandelingen te onderzoeken. Daarom ontwikkelen we gestandaardiseerde protocollen voor het extraheren van kernen voor vers ingevroren weefselmonsters van verschillende organen. Ons doel was om de extractie van kernen te automatiseren en te standaardiseren om consistente en betrouwbare resultaten te bereiken door niet-biologische variabiliteit te verminderen.

Het voordeel is de gedeeltelijke automatisering door het gebruik van een robotdissociator en de eenvoudige en korte workflow die kan worden toegepast op verschillende weefselmonsters van verschillende soorten. Het hebben van gestandaardiseerde protocollen kan ons helpen vragen over de biologische distributie van geneesmiddelen te beantwoorden, en de mechanismen te onderzoeken die ten grondslag liggen aan eventuele veiligheidssignalen die we zouden kunnen waarnemen. In de toekomst zullen we de toepasbaarheid van ons protocol testen voor andere downstream-toepassingen, zoals ATAC-seq of multiomics.

We zullen ook proberen protocollen op te stellen om viraal tot expressie gebrachte transgenen in afzonderlijke kernen te detecteren.