Un protocole simple, rapide et partiellement automatisé pour l’isolement de noyaux uniques à partir de tissus de mammifères congelés pour le séquençage d’un seul noyau

Cette recherche vise à soutenir les études de découverte de médicaments utilisant le séquençage de l’ARN à noyau unique pour étudier l’efficacité et l’innocuité de traitements potentiels. C’est pourquoi nous développons des protocoles standardisés d’extraction de noyaux pour des échantillons de tissus frais congelés provenant de divers organes. Notre objectif était d’automatiser et de standardiser l’extraction des noyaux afin d’obtenir des résultats cohérents et fiables en réduisant la variabilité non biologique.

L’avantage est l’automatisation partielle grâce à l’utilisation d’un dissociateur robotisé et le flux de travail simple et court qui peut être appliqué sur divers échantillons de tissus de différentes espèces. Le fait d’avoir des protocoles normalisés peut nous aider à répondre aux questions sur la biodistribution des médicaments, ainsi qu’à explorer les mécanismes sous-jacents aux signaux de sécurité que nous pourrions observer. À l’avenir, nous testerons l’applicabilité de notre protocole à d’autres applications en aval, telles que ATAC-seq ou multiomique.

Nous tenterons également d’établir des protocoles pour détecter les transgènes exprimés de manière virale dans des noyaux uniques.