A Simple, Quick, and Partially Automated Protocol for the Isolation of Single Nuclei from Frozen Mammalian Tissues for Single Nucleus Sequencing

Lucas Stalder; Fabian Koechl; Kerstin Hahn; Marc Sultan; Megana K. Prasad

doi:10.3791/65611

Journal

/

Biology

/

פרוטוקול פשוט, מהיר ואוטומטי חלקית לבידוד גרעינים בודדים מרקמות יונקים קפואים לצורך ריצוף גרעין יחיד

JoVE Journal
Biology

This content is Free Access.

JoVE Journal Biology

A Simple, Quick, and Partially Automated Protocol for the Isolation of Single Nuclei from Frozen Mammalian Tissues for Single Nucleus Sequencing

פרוטוקול פשוט, מהיר ואוטומטי חלקית לבידוד גרעינים בודדים מרקמות יונקים קפואים לצורך ריצוף גרעין יחיד

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

2,882 Views

•

01:58 min

•

July 28, 2023

DOI:

10.3791/65611-v

DOI:

10.3791/65611-v

•

01:58 min

July 28, 2023

•

40 Views

Lucas Stalder¹, Fabian Koechl¹, Kerstin Hahn¹, Marc Sultan¹, Megana K. Prasad¹

¹Roche Pharma Research and Early Development, Pharmaceutical Sciences,Roche Innovation Centre Basel

Transcript

מחקר זה מתמקד בתמיכה במחקרי גילוי תרופות המשתמשים בריצוף RNA של גרעינים בודדים כדי לחקור את היעילות והבטיחות של טיפולים פוטנציאליים. לכן, אנו מפתחים פרוטוקולים סטנדרטיים למיצוי גרעינים עבור דגימות רקמות קפואות טריות מאיברים שונים. מטרתנו הייתה להפוך את מיצוי הגרעינים לאוטומטי ולתקנן אותו כדי להשיג תוצאות עקביות ואמינות על ידי הפחתת השונות הלא ביולוגית.

היתרון הוא אוטומציה חלקית באמצעות שימוש בדיסוציאטור רובוטי וזרימת העבודה הפשוטה והקצרה שניתן ליישם על דגימות רקמה שונות של מינים שונים. פרוטוקולים סטנדרטיים יכולים לעזור לנו לענות על שאלות בנוגע להפצה ביולוגית של תרופות, כמו גם לחקור את המנגנונים העומדים בבסיס כל אותות הבטיחות שאנו עשויים לראות. בעתיד, נבדוק את תחולת הפרוטוקול שלנו עבור יישומים אחרים במורד הזרם, כגון ATAC-seq או multiomics.

כמו כן, ננסה לקבוע פרוטוקולים לזיהוי טרנסגנים המתבטאים באופן ויראלי בגרעינים בודדים.