A Simple, Quick, and Partially Automated Protocol for the Isolation of Single Nuclei from Frozen Mammalian Tissues for Single Nucleus Sequencing

Lucas Stalder; Fabian Koechl; Kerstin Hahn; Marc Sultan; Megana K. Prasad

doi:10.3791/65611

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Biology

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単一核の配列のための凍結した哺乳類ティッシュからの単一核の隔離のための簡単で、速く、部分的に自動化されたプロトコル

A Simple, Quick, and Partially Automated Protocol for the Isolation of Single Nuclei from Frozen Mammalian Tissues for Single Nucleus Sequencing

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A Simple, Quick, and Partially Automated Protocol for the Isolation of Single Nuclei from Frozen Mammalian Tissues for Single Nucleus Sequencing

単一核の配列のための凍結した哺乳類ティッシュからの単一核の隔離のための簡単で、速く、部分的に自動化されたプロトコル

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07:12 min

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July 28, 2023

DOI:

10.3791/65611-v

DOI:

10.3791/65611-v

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07:12 min

July 28, 2023

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Lucas Stalder¹, Fabian Koechl¹, Kerstin Hahn¹, Marc Sultan¹, Megana K. Prasad¹

¹Roche Pharma Research and Early Development, Pharmaceutical Sciences,Roche Innovation Centre Basel

Transcript

本研究は、一核RNAシーケンシングを用いた創薬研究を支援し、治療法の有効性と安全性を調査することに焦点を当てています。そのため、様々な臓器からの新鮮な凍結組織サンプルのための標準化された核抽出プロトコルを開発しています。私たちの目標は、核抽出を自動化および標準化し、非生物学的変動性を低減することで一貫性のある信頼性の高い結果を達成することでした。

利点は、ロボット解離器の使用による部分的な自動化と、異なる種のさまざまな組織サンプルに適用できるシンプルで短いワークフローです。標準化されたプロトコルを持つことで、薬物の生体内分布に関する疑問に答えるだけでなく、観察される可能性のある安全性シグナルの根底にあるメカニズムを探ることができます。将来的には、ATAC-seqやマルチオミクスなど、他のダウンストリームアプリケーションへのプロトコルの適用性をテストする予定です。

また、単一核でウイルス発現した導入遺伝子を検出するためのプロトコルの確立にも取り組みます。