A Simple, Quick, and Partially Automated Protocol for the Isolation of Single Nuclei from Frozen Mammalian Tissues for Single Nucleus Sequencing

Lucas Stalder; Fabian Koechl; Kerstin Hahn; Marc Sultan; Megana K. Prasad

doi:10.3791/65611

/

Um Protocolo Simples, Rápido e Parcialmente Automatizado para o Isolamento de Núcleos Únicos de Tecidos Congelados de Mamíferos para Sequenciamento de Núcleo Único

A Simple, Quick, and Partially Automated Protocol for the Isolation of Single Nuclei from Frozen Mammalian Tissues for Single Nucleus Sequencing

JoVE Journal
Biology

This content is Free Access.

JoVE Journal Biology

A Simple, Quick, and Partially Automated Protocol for the Isolation of Single Nuclei from Frozen Mammalian Tissues for Single Nucleus Sequencing

Um Protocolo Simples, Rápido e Parcialmente Automatizado para o Isolamento de Núcleos Únicos de Tecidos Congelados de Mamíferos para Sequenciamento de Núcleo Único

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

3,900 Views

•

07:12 min

•

July 28, 2023

DOI:

10.3791/65611-v

DOI:

10.3791/65611-v

•

07:12 min

July 28, 2023

•

41 Views

Lucas Stalder¹, Fabian Koechl¹, Kerstin Hahn¹, Marc Sultan¹, Megana K. Prasad¹

¹Roche Pharma Research and Early Development, Pharmaceutical Sciences,Roche Innovation Centre Basel

Transcript

Esta pesquisa se concentra em apoiar estudos de descoberta de drogas usando o sequenciamento de RNA de núcleo único para investigar a eficácia e a segurança de tratamentos potenciais. Portanto, estamos desenvolvendo protocolos padronizados de extração de núcleos para amostras de tecido fresco congelado de vários órgãos. Nosso objetivo era automatizar e padronizar a extração de núcleos para alcançar resultados consistentes e confiáveis, reduzindo a variabilidade não biológica.

A vantagem é a automação parcial através do uso de um dissociador robótico e o fluxo de trabalho simples e curto que pode ser aplicado em várias amostras de tecidos de diferentes espécies. Ter protocolos padronizados pode nos ajudar a responder a perguntas sobre a biodistribuição de medicamentos, bem como explorar os mecanismos subjacentes a quaisquer sinais de segurança que possamos observar. No futuro, testaremos a aplicabilidade do nosso protocolo para outras aplicações downstream, como ATAC-seq ou multiômica.

Também tentaremos estabelecer protocolos para detectar transgenes expressos viricamente em núcleos únicos.

Summary

O estudo descreve um protocolo simples, rápido e parcialmente automatizado para isolar núcleos de alta qualidade de tecidos congelados de mamíferos para sequenciamento de RNA de núcleo único a jusante.