محلل الطماطم : تطبيق برامج مفيدة لجمع بيانات دقيقة ومفصلة المورفولوجية واللونية من ثنائي الأبعاد كائنات

Published 3/16/2010
7 Comments
  CITE THIS  SHARE 
Biology
 

Summary

محلل الطماطم (TA) الكمي سمات شكلين الأبعاد والألوان بطريقة متكررة ودقيقة. ووصف الإجراء خطوة بخطوة للحصول على صور رقمية عالية الجودة من الفواكه الطماطم والتحليلات المورفولوجية ولون هذه الصور والعديد من التطبيقات باستخدام البيانات التي تم إنشاؤها من خلال هذا البرنامج.

Cite this Article

Copy Citation

Rodríguez, G. R., Moyseenko, J. B., Robbins, M. D., Huarachi Morejón, N., Francis, D. M., van der Knaap, E. Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects. J. Vis. Exp. (37), e1856, doi:10.3791/1856 (2010).

Please note that all translations are automatically generated through Google Translate.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

قياس الفواكه وصفات مورفولوجية لون محاصيل الخضر والفاكهة بطريقة موضوعية وقابلة للتكرار من المهم لتحاليل مفصلة المظهري من هذه الصفات. محلل الطماطم (TA) هو برنامج 37 الذي يقيس سمات المتصلة ثنائية الأبعاد في شكل 1،2 بطريقة شبه آلية واستنساخه. كثير من هذه الصفات ، مثل الزوايا في نهايات القاصي والداني من الفاكهة ومناطق المسافة البادئة ، يصعب تحديدها يدويا. ويتم تنظيم السمات في عشر فئات في داخل البرنامج : القياس الأساسية ، أثمر مؤشر الشكل ، Blockiness ، والتجانس ، الدانية الشكل الأخير فواكه ، البعيدة الشكل الأخير فواكه ، اتناظر ، انحراف المركز الداخلي ، وقسم خطوط العرض وMorphometrics. والفئة الأخيرة لا يتطلب معرفة مسبقة أو أفكار محددة سلفا من سمات الشكل ، وتحليل العروض morphometric ذلك خيارا غير المنحازة التي يمكن تكييفها لأفضل التحليلات عالية الإنتاجية من تحليل السمة. TA يقدم أيضا تطبيق اختبار اللون الذي تم تصميمه لجمع القياسات لون من الصور الممسوحة ضوئيا وتسمح أجهزة المسح الضوئي التي يمكن معايرتها باستخدام معايير اللون 3.

TA يوفر خيارات عديدة لتصدير وتحليل السمة الشكل ، morphometric وبيانات اللون. ويمكن تصدير البيانات إلى ملف Excel في الوضع الدفعي (أكثر من 100 من الصور في وقت واحد) أو تصديرها كصور فردية. يمكن للمستخدم الاختيار بين الإخراج الذي يعرض المتوسط ​​لكل سمة للكائنات في كل صورة (بما في ذلك الانحراف المعياري) ، أو الإخراج الذي يعرض القيم سمة لكل كائن في الصورة. وقد TA أداة قيمة وفعالة لفيمكنه الطماطم والفواكه مؤكدا الامكنه شكل سمة الكمية (QTL) ، فضلا عن أداء تحليلات متعمقة لتأثير الجينات شكل المفتاح الفاكهة على مورفولوجيا النبات. أيضا ، يمكن أن تستخدم لتصنيف موضوعي TA الفاكهة في شكل مختلف الفئات. أخيرا ، يمكن تقييمها شكل الفاكهة وصفات اللون في الأنواع النباتية الأخرى فضلا عن الأجهزة النباتية الأخرى مثل أوراق الشجر والبذور مع TA.

Protocol

تم تصميم محلل الطماطم (TA) والبرمجيات في التعرف على القطع من حجم معين ودقة وضوح الصورة ، ويقاس في النقاط (بكسل) في البوصة (نقطة في البوصة). البرنامج تلقائيا يحدد حدود الفاكهة في الصورة الممسوحة ضوئيا. يتم تحديد الكائن من خلال تتبع الحدود كفاف ، والذي ينتج في قائمة من النقاط الحدودية المتاخمة تصف كائن في صورة ما. وتحسب جميع القياسات شكل الفاكهة على أساس الحدود. تم تصميم وحدة اختبار اللون "لون الطماطم محلل اختبار" لتحديد معالم اللون داخل حدود معترف بها من قبل البرنامج. وتستند القياسات لون على لون الفضاء RGB : R (أحمر) ، G (أخضر) ، وباء (الأزرق). يتم أخذ متوسط ​​قيم RGB لكل بكسل وحدة اختبار اللون وترجمت بعد ذلك إلى فضاء اللون الذي يستخدم CIELAB L * و* ، ب * لوصف الألوان بطريقة تقترب الإدراك البصري الإنسان. وحدة اختبار اللون بحساب هوى واصفات اللون كروما على أساس و* ب *.

يوصف بروتوكول خطوة بخطوة لاستخدام التكنولوجيا الرقمية في الطماطم والفواكه لاحقة شبه التلقائي تحليل مورفولوجيا وسمات اللون باستخدام حزمة البرامج TA. وينقسم البروتوكول إلى ثمانية الخطوات التالية : 1) اختيار وإعداد المواد النباتية ، 2) جمع الصور ، 3) تثبيت البرامج ، 4) تحليل الصور والمعايرة لاختبار اللون TA ، 5) تعديل دليل سمات ، 6) من قبل المستخدم إعدادات محددة ، 7) حفظ وتصدير البيانات ، و 8) أمثلة على تحليل البيانات.

1. اختيار وإعداد المواد النباتية

  1. يجب أن تكون نظيفة والفواكه الجافة.
  2. وينبغي أن لا يكون ثمرة ناضجة لحمي بسبب تليين قد يسبب تشوه الشكل عند قطع الفاكهة.
  3. قطع الفاكهة بسكين حادة مسننة أو شفرة حلاقة جديدة. اعتمادا على نوع من التحليل والصفات التي سيتم تقييمها ، ينبغي قطع الفاكهة طوليا أو بالعرض من خلال المركز. ويمكن تطبيق تحليل اللون لقطع طولي أو مستعرض الفاكهة فضلا عن أقسام أخرى مصممة لتسليط الضوء على ميزات معينة.
  4. تجفيف الجزء الداخلي من الفاكهة التي النشاف مع المناشف الورقية أو الأنسجة إذا غض الفاكهة جدا.

2. جمع الصور

  1. قطع الفاكهة ومكان على الماسح الضوئي مع الجانب قطعها. وضع المسطرة أعلاه ، وأدناه تسمية الفاكهة. يستخدم المسطرة للتحقق من أنه تم تحديد دقة المسح الضوئي الصحيح ، والمهم لقياس دقيق للسمات الفاكهة. الإنتاجية العالية للتحليل البيانات ، فمن الضروري تفحص الفاكهة من مصنع واحد فقط (أو النمط الجيني) في وقت واحد ومسح الفواكه التي يتم إما قطع طولي أو بالعرض ولكن ليس على خليط من كليهما على نفس الفحص. الفواكه مكان قريبة من بعضها البعض ، ولكن تجنب لمس المتاخمة الفاكهة. أيضا تجنب المساحات الفارغة كبيرة بين الفواكه على الماسح الضوئي. إذا كانت الكائنات هي بعيدة جدا بعيدا عن بعضها البعض ، لا بد من معالجته في صورة باستخدام التصوير البرمجيات مثل أدوبي فوتوشوب أو الأعرج قبل التحليل مع TA.
  2. منذ TA يستخدم البرنامج لقياس دقة وضوح الصورة بشكل دقيق الحجم ، واختيار المناسب من هذا القرار المهم فحص لتحليلها لاحقا.
    1. وكقاعدة عامة ، إذا كانت الكائنات هي بين 1 و 8 سم ، ومسح على 200 أو 300 نقطة في البوصة (بكسل / بوصة). إذا كانت الكائنات> 8 سم ، والمسح الضوئي عند 100 نقطة في البوصة. للكائنات صغيرة جدا (<1 سم) مثل البذور ، وبنحو 750 نقطة في البوصة تفحص أو أعلى. عندما يتم التخطيط تحليل الدفعي (أنظر أدناه) ، وحجم الثمرة ليست متغير بدرجة كبيرة بين النباتات المختلفة ، وأنها مريحة لاختيار واحد إعداد دقة الماسح الضوئي لجميع الصور التي سيتم جمعها للتجربة نفسها.
    2. اختبار للون ، تعيين دقة من الماسح الضوئي إلى 200 نقطة في البوصة إذا الثمار <8 سم. إذا كانت الثمار> 8 سم ، والمسح الضوئي عند 100 نقطة في البوصة. أيضا ، وضبط حجم الصور الانتاج في أكبر عدد من الألوان المتاحة في الماسحة الضوئية.
  3. ينبغي فحص الكائنات مع خلفية سوداء أو داكنة جدا لمنع الظلال التي من شأنها أن تتداخل مع هذا التحليل. ويمكن الحصول على خلفية داكنة عن طريق وضع صندوق من الورق المقوى على الماسحة الضوئية بحيث يقتصر كل الضوء من الشاشة. إذا تم استخدام خلفية بيضاء ، وسوف تفشل في TA الدالة لأن التطبيق الأمثل لاستخدام خلفية داكنة.
  4. وينبغي أن اقتصاص الصورة بعد الفحص الأولي (قبل حفظ الصورة) لتجنب المساحات الفارغة الكبيرة. إذا لم يتم اقتصاص الصورة في هذه المرحلة ، يجب قصها باستخدام أي برنامج التصوير مثل أدوبي فوتوشوب أو الأعرج قبل التحليل مع TA.
  5. لتحليل اللون ، والماسح الضوئي تحتاج إلى معايرة إذا كان المستخدم ينوي ترجمة القيم RGB إلى L * العالمي ، وهو و* ب * الحجم. يجب أن تفحص مدقق اللون ، الشكل (1) تحدث قبل أو أثناء المسح من الفواكه. يجب حفظ المدقق اللون الممسوحة ضوئيا في نفس المجلد مثل الصور الفاكهة. معايرة الماسحة الضوئية ضروري لأن الماسحات الضوئية تختلف في كيفية التقاط اللون دقد آتا ومصدر الضوء تتغير مع مرور الوقت مع الاستخدام المتكرر.
    1. معايير الحصول على لون والمسح الضوئي وينبغي اختيار. لون المعايير استنادا إلى مجموعة واسعة من الألوان التي لوحظت في محصول الفائدة. في هذا المثال ، اخترنا مستوى التخطيط تسليم 24 لونا (ColorChecker ، X - شعيرة ، وغراند رابيدز ، مي ، الشكل 1). الفحص المدقق اللون كما تفعل مسح الفواكه. وأوضح معايرة الماسحة الضوئية في القسم 4.7.
  6. حفظ الصورة الممسوحة ضوئيا كملف JPEG.
    ملاحظة : كن حذرا ودقيقا عند وضع الكائنات على الماسح الضوئي خلال جمع الصور الخطوة. أفضل يتم محاذاة الكائنات ، فإن التكيف أقل دليل الضروري عند تحليل الفاكهة في TA. وترد أمثلة على صور ذات جودة منخفضة وعالية في الشكل 2.

3. برنامج التثبيت

  1. ويمكن تحميل الطماطم محلل (TA) الإصدار 2.2.0.0 من http://www.oardc.osu.edu/vanderknaap/tomato_analyzer.htm . و دليل المستخدم محلل الطماطم والطماطم لون محلل المختصر اختبار متوفرة أيضا من هذا الموقع.
  2. TA يتطلب نظام التشغيل ويندوز (نسخة 2000 أو أعلى).

4. تحليل الصور والمعايرة لاختبار اللون TA

  1. يجب وضع المجلد مع الصور على القرص الصلب ، وليس في مجلد "المستندات" أو على ملقم بعيد. خلاف ذلك ، سوف لا TA حفظ الصور المعدلة في نفس المجلد مثل الصور الأصلية. تأكد من أن الصور المعدلة مع التمديد. TMT هي في نفس المجلد مثل الأصلي. الصور JPG (راجع الخطوة 6.1.1).
  2. اطلاق برنامج TA كما تفعل أي تطبيق برامج أخرى عن طريق النقر المزدوج على الرمز.
  3. يجب على المستخدم تعيين نقطة في البوصة ووحدات القياس إلى الإعدادات المناسبة عن طريق اختيار "سكانر DPI" من القائمة "إعدادات". يجب أن يكون الإعداد نقطة في البوصة نفس ملف الصورة بحيث قياسات الحجم (الطول ، العرض ، المحيط ، المنطقة) دقيقة. "الوحدات المستخدمة" في مربع الحوار تحديد وحدات (سم ، ملم ، في ، أو بكسل) لإخراج البيانات. في مربع الحوار نفسه ، قد تحتاج إلى سطوع تعدل عند الكائنات مظلمة نسبيا.
    ملاحظة : يمكن أيضا أن تكون وحدات إدارة شؤون الإعلام وتعديلها بعد إجراء تعديلات اليدوي أو بعد تحليل الصور.
  4. يمكن للمستخدم تحديد سمات أن يقاس من خلال تحديد "قياس المحفوظة" من القائمة "إعداد". ويمكن القيام بذلك في أي وقت أثناء أو بعد التحليل. يتم تجميع السمات في عشر فئات (أي القياس الأساسية ، أثمر مؤشر الشكل ، Blockiness ، Homogenity ، الدانية الشكل الأخير فواكه ، البعيدة الشكل الأخير فواكه ، اتناظر ، انحراف المركز الداخلي ، وقسم خطوط العرض وMorphometrics). يمكن تحديد سمات الفرد أو جماعة بأكملها أو قياس محدد من خلال النقر على مجموعة أو السمة. يمكن أن تظهر جميع سمات مجموعة القياس من خلال النقر على "+". يتم عرض السمات المحددة حسب الفئة في إطار في الزاوية اليمنى السفلي من الشاشة كما هو مبين في الشكل 3.
  5. للبدء ، انقر على "فتح صورة" الزر وحدد ملف الصورة من مربع حوار منبثق. سيتم عرض الصور المختارة في الإطار الأيسر.
  6. لتحليل صورة فتح ، انقر على "تحليل" الزر. عند الانتهاء ، سيتم تسليط الضوء على محيط كل الفاكهة مع خط أصفر ، وسوف يتم عرض البيانات في إطار البيانات الأيمن السفلي. يقوم البرنامج تلقائيا إلغاء كائنات كبيرة جدا أو صغيرة ، مثل مسطرة أو التسمية. وسيتم تسليط الضوء على الكائنات محدد مع الخط الأزرق. ويمكن إلغاء تحديد الفواكه إضافية الحق النقر على صورتها. وسيتم عرض البنود الواردة في الصفراء فقط في إطار البيانات وتصديرها (الشكل 3). ولن البنود الواردة في الزرقاء ستدرج في التحليلات. يتم عرض الكائنات الفردية في الإطار الأيمن العلوي من قبل اليسار بالضغط عليها بالماوس.
    ملاحظة : لا تظهر البيانات من لون وحدة اختبار في الإطار الأيمن السفلي البيانات.
  7. تحليل مدقق لتحليل اللون لون.
    1. المدقق اللون وجمع L * و* ، ب * القيم. افتح المدقق اللون تفحص وتحليل الصور كما هو موضح للفاكهة. تأكد TA يعترف كل التصحيح ككائن لتحليل (الحدود الصفراء). إذا كنت تستخدم المدقق الألوان القياسية ، قد لا يكون البرنامج قادرا على التعرف على مساحات أكثر قتامة. ولن تكون هذه الألوان المدرجة في المعايرة. ضمن القائمة إعدادات ، حدد "اختبار اللون". سوف يظهر مربع الحوار. تأكد من أن يتم تعيين القيم إلى 1 لتصحيح المنحدر (مربعات اليسار) و 0 ل(مربعات اليمين) التقاطع y. يجب تعيين قيمة الحد الأدنى إلى 0 الأزرق ، ويمكن تجاهل المعلمات 1 و 2. انقر على زر تحليل ضمن مربع الحوار لون الاختبار. سوف تظهر نافذة جديدة لحفظ اله إخراج وثيقة "CSV" الذي يمكن فتحه في Excel. تحديد اسم والدليل لملف البيانات. سيكون ملف البيانات الناتج تحتوي على قيم RGB ؛ L * و* ، ب * القيم ؛ وحسابات للهوى وصفاء لكل تصحيح الألوان.
    2. تحديد قيم التصحيح لمعايرة. مؤامرة L * و* ، ب * القيم لكل لون التصحيح ضد القيم مقياس الألوان ل* L * ، أ ، ب * والتي تتوفر من الشركة المصنعة أو اللون أو المدقق في الجدول 1. تحديد معادلة الانحدار وتسجيل اعتراض المنحدر و y - لكل معلمة. في مربع الحوار ، أدخل العكسي المنحدر والعكس للدلالة على قيمة التقاطع y ل* L * ، أ ، و ب *. وتستخدم هذه القيم باعتبارها قيما لتصحيح الإعدادات "لون اختبار".
  8. لون الاختبار يتيح للمستخدم تحديد معلمتين التقرير أن نسبة (٪) من البيكسلات التي تقع ضمن نطاقات محددة من القيم هوى المختارة. لتحليل الطماطم ، وعلى سبيل المثال ، القيم الدنيا والعليا للمعلمة 1 هي 70 و 100 على التوالي ، والتي تتوافق مع لون اللحم غير مرغوب فيها الأصفر والأخضر والأصفر. القيم الدنيا والعليا للمعلمة هي 0 2 و 50 وتتوافق مع اللون الأحمر المطلوب. حفظ الإعدادات لهذه القيم. وسيتم تطبيق هذه القيم لجميع الصور التي يجري تحليلها حتى يتم إغلاق البرنامج. عن الصور الممسوحة ضوئيا ، حدد "إنارة 2 ° C" الخيار. في "إنارة D65 10 درجة" يتم تطبيق الخيار الوحيد للصور المكتسبة في الضوء الطبيعي.
  9. نتائج التصور (انظر الشكل 3) : كل صف من البيانات في النافذة اليمنى السفلى البيانات يتوافق مع كائن معين في الصورة. يتم عرض البيانات في ترتيب نفس الكائنات في الصورة. الصف الأول يعرض قيم الكائن في الزاوية اليسرى العليا وصف البيانات الأخير يعرض القيم للكائن في الزاوية اليمنى السفلى من الصورة. انقر على صف لعرض الفاكهة المقابلة في الإطار العلوي على اليمين. بدلا من ذلك ، انقر على الفاكهة وسيتم تسليط الضوء على صف البيانات المناظرة. بالنقر على التبويب سمة في الإطار الأيمن السفلي من الممكن لعرض الكيفية التي يتم بها قياس سمة لكل فاكهة معينة. على سبيل المثال ، عن طريق النقر على الزاوية البعيدة نهاية ، فسوف يظهر في زاوية تقاس البرنامج على الفاكهة في الإطار الأيسر. هذه الميزة مفيدة جدا عند تحديد الكائنات التي تتطلب التعديل اليدوي لقياس أكثر دقة.
    الشكل 4 يظهر صورة لتحليل اختبار مع وحدة اللون. ومع ذلك ، لا ينظر إلى النتائج في إطار البيانات. لا يمكن إلا أن البيانات يمكن الوصول إليها في ملف Excel بعد حفظ التحليل.

5. دليل تعديل سمات

في بعض الأحيان لم يتم العثور على الحدود من الفاكهة والغايات القريبة والبعيدة بشكل صحيح من قبل TA. أيضا ، إذا وضعت في زاوية الفاكهة على الماسح الضوئي ، لا بد من تعديل الصورة للحصول على قياسات صحيحة. يمكن تصحيح هذه وغيرها من الميزات من خلال التعديل اليدوي من الصور بعد التحليل الأولي. التعديلات المتاحة تظهر تحت "تنقيح" زر القائمة وتشمل : استدارة ، الحدود ، نهاية الدانية ، نهاية البعيدة ، و Auto - تدوير ، وضبط القطع الناقص ، ضبط نتوء البعيدة ، القشرة ضبط الحدود ، الحدود القشرة الافتراضي.

ملاحظة : إذا لم يتم إدخال تعديلات على القيام بها ، وضبط الحدود لأول مرة ، تليها التناوب. ويمكن إجراء جميع التعديلات الأخرى في أي أمر من هذه التعديلات التالية اثنين. التعديل المحدد ضمن القائمة المختارة تنقح يبقى حتى يتم اختيار التكيف مختلفة. وهذا يسمح للمستخدم إمكانية إجراء التعديل نفسه على سلسلة من الشرائح عن طريق النقر على صورة شريحة والنقر على زر تنقيح. أدناه ، وترد تفاصيل التعديلات دليل على سمات فاكهة مختلفة.

  1. حدود
    1. غادر انقر على الفاكهة في الإطار الأيسر. وسوف تظهر في النافذة اليمنى العليا.
    2. انقر فوق السهم بجانب الزر "تنقيح" وحدد "الحدود" من القائمة المنسدلة في الإطار الأيمن العلوي. تحديد موقع الحدود التي يمكن تعديلها من قبل اليسار بالضغط على نقطة بداية ونقطة نهاية الحدود غير صحيحة. ونتيجة لذلك ، سيتم إزالة الحدود محدد.
    3. إضافة إلى الحدود الجديدة ، انقر فوق اليسار من نقطة البداية نحو نقطة النهاية. مواصلة الضغط لمتابعة كفاف المطلوب. والنقر على الحق في التراجع عن التعديل السابق. يمكن التراجع عن التعديلات التي نقرات متعددة الحق على التوالي.
    4. لتأكيد الحدود الجديدة ، اضغط على مفتاح "Enter". خلاف ذلك ، اضغط على "حساب الضمان" مفتاح لإلغاء هذه العملية.
    5. انقر على "إعادة ترسيم الحدود" للعودة إلى الإعداد الحدود الأصلية.
  2. تدوير. يتم استخدام هذه الميزة عند كائن ليس الرأسي تماما.
    1. انقر على الفاكهة المناسبة في الإطار الأيسر. وسوف تظهر في النافذة العلوية اليمنى.
    2. انقر فوق السهم بجانب الزر "تنقيح" وحدد "استدارة"من القائمة المنسدلة.
    3. وسوف يتم عرض في إطار المحور الأيمن العلوي. اسحب مربع أخضر في نهاية المحور والفاكهة وتدوير وفقا لذلك.
    4. انقر مرتين داخل إطار أو اضغط على مفتاح "Enter" لإنهاء.
    5. انقر على "إعادة التدوير" للعودة الى محاذاة الأصلي.
  3. ضبط نهاية القريبة. إذا كان هناك خطأ في وضع نهاية الداني ، فإن قياسات المستمدة من هذه الميزة قد تكون غير صحيحة. اختيار الفاكهة التي تتطلب تعديلات بحيث يظهر في الإطار على اليمين. المقبل ، حدد "نهاية الفاكهة الدانية الشكل" علامة التبويب ، و "الدانية الجزئي أو الكلي زاوية" في المقطع بيانات الناتج أقل من الفاكهة المختارة. سيتم الآن الزوايا القريبة سيظهر لكل فاكهة في الصورة على اليسار. بهذه الطريقة ، يمكن تحديد الزوايا التي تبدو غير عادية. لتغيير الموقف في نهاية الداني ، اتبع الخطوات التالية :
    1. انقر على الثمرة المرجوة في الإطار الأيسر. وسوف تظهر في النافذة اليمنى العليا.
    2. انقر فوق السهم بجانب الزر "تنقيح" وحدد "النهاية الدانية" من القائمة المنسدلة.
    3. في الإطار الأيمن العلوي ، انقر فوق واسحب المؤشر قنة إلى الموضع الصحيح.
    4. انقر مرتين أو اضغط على مفتاح "Enter" لإنهاء.
  4. ضبط نهاية البعيدة. ويمكن أيضا موقف نهاية البعيدة للكائن يمكن تغييرها يدويا. العثور على كفاءة الفواكه التي تحتاج إلى تعديلات نهاية البعيدة ، اتبع الإجراء نفسه في نهاية القريبة.
    1. انقر على الثمرة المرجوة في الإطار الأيسر. سوف تظهر في الزاوية العليا اليمنى.
      انقر فوق السهم بجانب الزر "تنقيح" وحدد "النهاية البعيدة" من القائمة المنسدلة.
    2. في الإطار الأيمن العلوي ، انقر فوق واسحب المؤشر قنة إلى الموضع الصحيح.
    3. انقر مرتين أو اضغط على مفتاح "Enter" لإنهاء.
  5. القاصي نهاية نتوء. هذه الوظيفة تتيح للمستخدم تحديد النقاط النهائية على حدود الطرف.
    1. تحت عنوان "نهاية الفاكهة البعيدة الشكل" علامة التبويب ، حدد العمود المسمى "نتوء النهاية البعيدة" ، وحدد الكائن على التكيف.
    2. انقر فوق السهم بجانب الزر "تنقيح" وحدد "ضبط نتوء البعيدة" من القائمة المنسدلة.
    3. سحب النقاط التي تظهر على مواقع على طول الحدود المرغوبة.
    4. اضغط على مفتاح Enter لإنهاء. سوف يظهر خط يبين قطع من المنطقة وإعادة حساب طرف على طرف المنطقة. وسوف تظهر النتائج في العمود الأخير نتوء البعيدة. تلميح إذا كانت المنطقة ليست في الموضع المطلوب ، واختيار "نتوء البعيدة إعادة تعيين" تحت زر "تنقيح" إعادة تعيين نقاط لمواقفها المبدئية. إذا تم العثور على طرف المنطقة ولكن ينبغي أن لا وجود ، واختيار "القضاء على نتوء البعيدة" من الزر "مراجعة" نقل إلى أسفل نقطة من الفاكهة ، مما أدى إلى قيمة 0.0 للعمود "نهاية البعيدة النتوء".
  6. لصناعة السيارات في تدوير. وضعت خصيصا لهذه المهمة بذور الطماطم بحيث يمكن أن الانحياز تلقائيا مع نهاية أشار تواجه نفس الاتجاه. في هذا الوقت ، لصناعة السيارات في تدوير الوظيفة لا تعمل على الكائنات الأخرى مثل الفاكهة.
  7. ضبط القطع الناقص. هذه الوظيفة تسمح للمستخدم لتغيير و / أو نقل القطع الناقص الداخلية لتحديد المناطق الداخلية الفاكهة. يتم استخدام هذه السمة للدالة انحراف المركز الداخلية والفاكهة السمة مؤشر الشكل الداخلي للTA.
    1. حدد علامة التبويب انحراف المركز الداخلية ، ومن ثم تحديد أي من الأعمدة في التبويب. اختيار "الافتراضي حجم القطع الناقص" من القائمة "إعدادات".
    2. حدد كائن ، وانقر على زر "تنقيح". اختر "ضبط القطع الناقص" من القائمة المنسدلة.
    3. سوف تظهر نقطتين يمثل نقطة أعلى واليسار من القطع الناقص. نقلها على حد سواء ، وإعادة تغيير حجم مراكز القطع الناقص ، فيما يتعلق نقطتين جديدة.
    4. بمجرد أن يتم تعيين هذه النقاط إلى مواقعها المطلوبة ، اضغط على مفتاح Enter. وسوف يتم إعادة رسم القطع الناقص. إذا كان الموقف غير مقبول ، وأدخل الصحافة مرة أخرى وسوف يتم تحديث القيم في الأعمدة.
    5. إذا كان القطع الناقص الداخلي يحتاج إلى أن تنقل من دون إعادة تشكيلها ، وانقر على مركز للكائنات ، حيث كانت نقطة. سوف سطرين وثلاث نقاط خضراء تظهر. نقل نقطة تقريبا المتمركزة في وسط الثمرة إلى موقع جديد لنقل القطع الناقص دون تغيير حجم عليه.
    6. اضغط Enter لإنهاء.
  8. القشرة ضبط الحدود. هذه الوظيفة تتيح للمستخدم تحديد منطقة القشرة ويجب أن تعدل عندما "يتم اختيارها في" القشرة المنطقة "و" سمك القشرة خطوط العرض التبويب "المقطع.
    ملاحظة : للفواكه التي تم الإفراط في ناضجة ، فإنه قد يكون من الصعب أو من المستحيل التمييز بين القشرة من تبقى من الفاكهة.
    1. حدد كائن ، وانقر على قطرة ماء "تنقيح" لتسقط لينو. حدد "حدود القشرة الافتراضي" وتعيين الافتراضي الذي يناسب القشرة.
    2. لمزيد من التعديلات ، حدد "ضبط الحدود القشرة" من القائمة المنسدلة "تنقيح" أسفل القائمة.
    3. في الإطار العلوي الأيمن ، حدد موقع الحدود القشرة التي تحتاج إلى تعديل. ويتم تحقيق هذا عن طريق النقر على اليسار نقطة بداية ونقطة نهاية الحدود غير صحيحة. ونتيجة لذلك ، سيتم إزالة الحدود محدد. للحصول على أفضل النتائج ، ينبغي اختيار المقطع أصغر ممكن من الحدود في أي وقت واحد.
    4. إضافة إلى الحدود الجديدة ، غادر من فوق النقطة الثانية مرة أخرى إلى النقطة الأولى. مواصلة الضغط لمتابعة كفاف المطلوب. والنقر على الحق في التراجع عن التعديل السابق. يمكن التراجع عن التعديلات التي نقرات متعددة الحق على التوالي.
      ملاحظة : العديد من التعديلات حدود القشرة قد يؤدي إلى تحطمها من البرنامج.
    5. لتأكيد الحدود الجديدة ، اضغط على مفتاح "Enter". خلاف ذلك ، اضغط على "حساب الضمان" مفتاح لإلغاء هذه العملية.
    6. حدد "إعادة تعيين الحدود بين القشرة" للعودة إلى حدود موقعها الأصلي.
  9. لتحليل اللون ، عند حدود الجسد ليس على حافة الصورة الفواكه (مثل قطع عرضية عند الكتف الفاكهة ، وتظهر على الجلد من الفاكهة فوق قطع عرضية كما هو مبين في الشكل 4) ، المستخدم يحتاج إلى فتح "اختبار اللون" مربع الحوار تحت قائمة "إعدادات". في مربع الحوار هذا ، الحد الأدنى لقيمة الأزرق يحتاج إلى تعيين 30 وحفظها. إذا كانت الثمار <3 سم ، وتعيين الحد الأدنى لقيمة الأزرق إلى 20. قد تكون هذه القيمة ضرورة أن تعدل مرة أخرى إذا لم يجد صعوبة في العثور TA حدود الصحيح.

6. المعرفة إعدادات

بالنسبة لبعض الصفات ، ويحتاج المستخدم لتحديد الإعدادات التي ينبغي أن تؤخذ في القياس. يمكن القيام بذلك قبل او بعد التحليل وسيتوقف ما إذا كانت التجربة هي أن يتكرر في نفس الإعدادات كما كانت تستخدم في السابق أو ما إذا كان المستخدم يريد أن يفعل التحليلات استكشافية من أجل تحديد الإعداد المناسب لتحليل جديد.

  1. وضع blockiness القاصي والداني نهاية. كما يتم احتساب Blockiness نسبة العرض على نسبة محددة من قبل المستخدم من ارتفاع الأقرب إلى نهاية البعيدة / القريبة من الفاكهة إلى العرض في منتصف (الشكل 5A). هذا يسمح للمستخدم لتحديد أو تغيير الموقع على الكائن حيث يتم أخذ القياس. ويمكن ان تتغير المواقف blockiness العليا والسفلى عن طريق إدخال قيمة جديدة في "موقف Blockiness" تحت زر "إعداد".
  2. تحديد زوايا الجزئي والكلي. وتستخدم هذه الإعدادات لحساب الزوايا في مختلف المواقف من طرفي الفاكهة (الشكل 5B). وعادة ما تستخدم لإعداد الماكرو الزوايا 5-40 ٪ على طول الحدود ، ويستخدم الإعداد الجزئي لمدة 2 إلى 10 ٪ على طول الحدود.
  3. عدد من النقاط morphometric. هذه الوظيفة تجد نقطة على طول الحدود بين كل كائن في الصورة المحملة. تستخدم القاصي والداني ينتهي كنقاط المعالم لكل كائن في الصورة. ويمكن تحديد عدد من نقاط قياس على طول الحدود من قبل "# نقاط morphometric" تحت قائمة "إعدادات". يمكن اختيار ما بين 4 و 30 نقطة. يقوم البرنامج تلقائيا تقسيم عدد من النقاط المحددة في النصف وتوزيعها بالتساوي على كل جانب منها من الفاكهة بين طرفي القاصي والداني.

7. توفير البيانات وتصديرها

  1. حفظ البيانات
    1. بعد التعديلات اليدوية للتحليل الصورة والصورة عن طريق المساعدة الفنية ، وانقر على زر "حفظ الفاكهة". سيتم حفظ جميع المعلومات الحالية ، بما في ذلك التعديلات اليدوية والكائنات غير محدد ، في ملف جديد يحمل نفس الاسم وذلك اعتبارا من الصورة الأصلية وتمديد TMT. في كل مرة يتم اختيار الملف ، الملف تلقائيا TMT حفظها مع نفس الاسم يمكن فتح لأنها مرتبطة إلى الملف الأصلي. ومع ذلك ، ينبغي أن يتم تخزين ملف TMT في نفس المجلد مثل ملف صورة JPG (انظر القسم 4.1). إذا كان البرنامج لا تقم بتخزين الملفات TMT وjpg في نفس المجلد ، نقل المجلد الصور إلى محرك الأقراص C.
    2. العودة إلى ملف الصورة الأصلية ، من دون أي تعديلات ، ببساطة حذف ملف TMT المرتبطة بها. بديل هو لتحديد "تحليل" وreanalyze الصورة الأصلية. ومع ذلك ، سوف تكون على علم بأن أي TMT يزال يحمل نفس الاسم والصورة تترافق مع الصورة في المرة التالية التي يتم فتح الملف ما لم يكن ، بطبيعة الحال ، يتم حفظ التعديلات على ملف TMT.
  2. بيانات الصادرات
    1. يمكن للمستخدم تصدير بيانات عن صورة الفرد عن طريق تحديد الزر "تصدير". وسيتم تصدير البيانات إلى ملف Excel وعرض القيم السمة لكل الفواكه والمتوسط ​​والانحراف المعياري.
    2. يمكن أيضا تصدير TA تطبيق القيم السمة من اثنين أو أكثر من صور ("الدفعة التحليل" وظيفة).
      1. لستاغ يصل تحليل الدفعي ، انقر على "فتح صورة" الزر.
      2. حدد ملفات الصور إلى أن الدفعة التي تم تحليلها. ويتم اختيار ملفات متعددة باستخدام "التحول" أو "السيطرة" مفتاح حين اختيار ملفات إضافية. بعد تحديد الملفات ، انقر على مفتاح "فتح".
      3. وسيطلب من المستخدم لتحديد نوع الإخراج تحليل الدفعي : "متوسط ​​فقط" ، "متوسط ​​الانحراف وستاندرد" أو "القياسات الفردية لكل صورة". ويرد مثال على طريقتين للتصدير في الشكل 6.
      4. اختيار اسم للملف Excel الذي سيتم إنشاء وانقر على مفتاح "حفظ". يقوم البرنامج تلقائيا فتح الملفات والبدء في تحليل الدفعي. إذا كانت ملفات الصور التي سبق تحليلها وحفظها بواسطة TA ، سيتم فتح حفظ الملفات. TMT لتحليل الدفعي. إذا لم تكن الملفات التي سبق تحليلها ، يقوم البرنامج بتنفيذ تحليل الصور من دون دليل التسويات وdeselections. TA يمكن إجراء تحليل مجموعة من الصور لا يقل عن 100 في 600 نقطة في البوصة.
      5. تحليل دفعة لتحليل اللون. فتح "اختبار اللون" الخيار ضمن القائمة الإعداد. تحقق دفعة وتحليل تحليل فوق. سوف تظهر نافذة جديدة لتحديد الصور للتحليل. في الإطار التالي تحديد اسم والدليل لملف البيانات. انقر فوق حفظ. سيكون ملف الإخراج تحتوي على اسم كل صورة (على أساس اسم الملف) والقيم المتوسط ​​لكل لون الفاكهة على الصورة. وشملت المعلمات في الإخراج هي : المعلمة 1 ، المعلمة 2 ، R ، G ، B والقيم ، لمعان ، L * ، أ ، ب * والقيم ، فضلا عن القيم هوى وصفاء. يمكن اختبار وحدة اللون القيام بتحليل مجموعة من الصور يصل إلى 100 الفاكهة بالاعتماد على الأجهزة الكمبيوتر ق.

8. أمثلة لتحليل البيانات

ويمكن استخدام الإخراج التي تم إنشاؤها بواسطة TA للعديد من التطبيقات. في الدراسات الوراثية ، يتم استخدام الانتاج للكشف عن شكل الفاكهة QTL (الامكنه سمة الكمي) في العديد من سكان عزل المستمدة من الصلبان بين مختلف أصناف الطماطم المزروعة (S. lycopersicum) والأنواع البرية س. pimpinellifolium الانضمام LA1589 1،4،5. ويمكن أيضا أن تستخدم TA لتصنيف فئات الفاكهة في شكل (6) وتحليل تلون لون الطماطم فاكهة بسبب اضطراب الفسيولوجية "الكتف الصفراء" 3. وعلاوة على ذلك ، فقد تم استخدام البرنامج لتحليل أجهزة النباتية الأخرى مثل أوراق وبذور 7 8،9.

9. ممثل النتائج

وقد استخدمت إخراج TA لتطبيقات متنوعة على نطاق واسع. دراسات في شكل الفاكهة QTL ، تم جمع الصور الفاكهة (8 إلى 10 محطة في الفاكهة في صورة واحدة) من إجمالي 96-130 النباتات في كل السكان. في وقت لاحق ، وقد تم تحليل هذه الصور بواسطة TA 4،5. للكشف عن العلاقة بين الظواهر والأنماط الجينية ، وأجريت تحاليل QTL باستخدام مركب تعيين الفاصل 10،11 ومن خلال رسم الخرائط multitrait الفاصل المركبة لمجموعات فرعية من السكان في كل سمات 12 نتيجة لذلك ، تم تحديد العديد من المناطق في شكل ثمرة الطماطم الجينوم المسيطر. وكانت بعض هذه المناطق موجودة في العديد من السكان ، في حين أن الآخرين كانوا فريدة لأحد السكان. بينما كانت تعرف بعض QTLs شكل الفاكهة (مثل بيضوي ، والشمس ، وfs8.1) من الدراسات رسم الخرائط السابقة ، تم اكتشافها حديثا مواضع أخرى عديدة. في المجموع ، تم اكتشاف 17-36 QTLs السيطرة على سمات شكل الفاكهة في ثلاث عزل السكان 2،4.

كما كانت البيانات التي تم إنشاؤها بواسطة TA تحليلها باستخدام تحليل المكونات الرئيسية (PCA). في دراسة واحدة ، تعرض سمات الشكل خمسة عشر إلى محكمة التحكيم الدائمة ، وبعد ذلك تم تعيين أول ثلاثة عناصر رئيسية (PC) والصفات. وتشير البيانات إلى أن تتداخل مع QTLs PC QTLs السمة التي كانت تسهم في العنصر 4. واستخدمت أيضا عزل السكان مقارنة مع تحديد QTL morphometrics إلى QTL مع تحديد سمات الشكل. مرة أخرى ، ويظهر morphometrics QTL ليتزامن مع QTL شكل الفاكهة والسيطرة على حجم سمات في 93 ٪ من الحالات 2. هذه النتائج تظهر بوضوح صحة واستنساخ البيانات التي تنتجها TA في تحليل مورفولوجيا الفاكهة.

تطبيق آخر لTA هو خلق نظام تصنيف الفاكهة الشكل لتحديد أصناف الطماطم على أساس القياسات الهدف شكل الفاكهة. وقد تم تقييم مجموعة الأصول الوراثية للانضمام ~ الطماطم 350 من أصل متنوعة والتشكل الفاكهة. وقد يتحول إلى نحو ثمانية من كل فاكهة النباتية وتحليلها مع TA. قيمت نظامان التصنيف القائمة ، IPGRI 13 و 14 UPOV ، ومقارنة به مقارنات بصرية لصور الفاكهة في مجموعتنا. نحن تعديل تصنيف المورفولوجية من هذين النظامين من خلال الجمع بين عدة فئات من خلال خلق واثنين من البلدان الجديدة 6. العلاقات العامةفئات هي oposed obovoid شقة ، الجولة ، طويلة ، مستطيلة ، الإهليلجي ، والقلب ، وoxheart. الفئات الثماني الجديدة مقتبسة من IPGRI 13 و 14 UPOV نظم أكثر بصريا مميزا ، وجرى اختبار باستخدام القياسات TA. تعرض الإخراج TA من 37 سمات كل من الانضمام إلى اتفاقية الشراكة والتعاون والتحليل الخطي Discriminant (LDA) لتحديد القياسات التي تحدد كل فئة أفضل شكل الفاكهة ، وكذلك لتقييم مدى دقة سمات الممي شرح البصرية تصنيف كل الانضمام. وطلب واحد ممكن لهذا النظام تصنيف الفاكهة الشكل يمكن استخدام الناتج من الانضمام الى الكتلة TA استنادا إلى بيانات المظهري ، وتحديد الجمعيات بين مختلف فئات شكل الفاكهة.

ومقارنة وحدة الألوان في اختبار لقياس اللون TA اتخذت مع مقياس الألوان (CR300) في السكان الفطرية (IBC) تزاوج تبادلي المستمدة من الصلبان بين S. أصناف تجهيز lycopersicum 3. * للتر ، على * و ب * القيم من مقياس الألوان كانت مماثلة للقيم التي تم الحصول عليها من ثلاثة ألوان مختلفة مع الماسحات الضوئية TA. ومع ذلك ، لوحظت اختلافات بين الماسحات الضوئية three بسبب الأجهزة والبرامج ، أو nonstandardized القيم RGB. وبالتالي ، تم تنفيذ خيار لإدخال قيم التصحيح في اختبار للسماح للمعايرة اللون الماسح الضوئي. في دراسة وراثية باستخدام اختبار لون من TA ، كان التباين الوراثي للون ولون التوحيد أعلى بكثير مما كانت عليه عندما تم الحصول على تلك القيم من مقياس الألوان. هذه الاختلافات هي نتيجة لمعلمات TA قياس لون السطح بأكمله في حين أن مقياس الألوان تحليلات بضع نقاط فقط على السطح. أخيرا ، تم اختبار عتريسي ، وكان قادرا على تحليل اللون وتجانس الألوان في محاصيل أخرى مثل البطاطا والخيار والشمام والفريز 3.

الشكل 1
الشكل 1. الموحدة المدقق اللون لاختبار وحدة اللون لمعايرة قيم الألوان التي تم الحصول عليها من الماسحات الضوئية ومختلفة في أوقات مختلفة.

الشكل 2
الشكل 2. مطلوبة صور رقمية عالية الجودة لحسن سير العمل TA. أ) مثال على صورة ذات جودة منخفضة. سوف TA محاولة العثور على كائنات خلال الصورة. عندما تكون هناك مثل هذه المساحات الفارغة كبيرة كما هو موضح هنا ، قد لا تعمل بشكل صحيح TA أو تعطل. لم نشف بعض الفواكه الجافة ، وعصير الماسحة الضوئية على الشاشة سوف يمنع من الاعتراف TA الحدود الفاكهة الصحيح. أيضا ، عندما كان معظم من الثمار غير صحيح الموجهة عموديا ، لن سمات كثيرة تحسب بشكل صحيح. وهذه الصور ذات نوعية رديئة بطء ملحوظ بانخفاض تحليل شكل الفاكهة بسبب التعديلات اليدوية الواسعة التي سيتعين بذل قبل التحليل. ب) مثال على صورة ذات جودة عالية. الثمرة هي موجهة عموديا بشكل صحيح ، على مقربة متباعدة في حين لا لمس كل منهما الآخر ونشف الجافة.

الشكل 3
الشكل 3. قطة الشاشة من برنامج المساعدة الفنية. الإطار العلوي يبين أزرار الأدوات المتاحة لعدة (أي صورة مفتوحة ، حفظ الفاكهة ، وبيانات الصادرات وحجم يناسب وتحليل ومراجعة). وقد تم تحديد الكائن في الإطار الأيمن العلوي لإجراء تعديلات يدوية ويتم عرض البيانات في الإطار الأيمن السفلي. وسلط الضوء على قيم هذه الفاكهة في الرمادي في إطار البيانات أسفل اليمين. وسوف تدرج الأشياء المبينة باللون الأصفر في النافذة اليسرى في حين لا يحلل الأشياء المبينة في الزرقاء ستدرج في التحليلات.

الشكل 4
الشكل 4. صورة المستخدمة لمحلل الطماطم -- لون تطبيق اختبار.

الشكل 5
الشكل 5. المعرفة من قبل المستخدم الإعدادات. أ) سمات Blockiness. يستخدم الموقف العليا لحساب والداني blockiness نهاية سمات المثلث. الإعداد لموقف يحدد العليا حيث يتم قياس X (= 10 ٪ في الشكل). يتم استخدام أقل موقف لحساب القاصي وسمات blockiness نهاية المثلث. الإعداد لموقف يحدد السفلى حيث يقاس Y (= 90 ٪ في الشكل). القيم لهذه المناصب يساوي نسبة ارتفاع من الجزء العلوي من الفاكهة. ب) سمات زاوية ماكرو. خطوط خضراء تمثل نسبة (20 ٪ = في الشكل) على طول الحدود من نهاية (مربع أسود في الشكل) حيث سيتم قياس الزاوية. يقوم البرنامج تحديد المنحدر باستخدام + / -- 5 ٪ من القيمة المحددة. لزوايا صغيرة يقوم البرنامج تحديد المنحدر باستخدام + / -- 2 ٪ من القيمة المحددة.

الشكل 6
الشكل 6. أظهر مثال على إخراج البيانات التي تم الحصول عليها باستخدام أداة تصدير من الصورة في الشكل 3. أ) إخراج عرض القيم السمة لكل الفاكهة ، والمتوسط ​​والانحراف المعياري. ب) إخراج عرض القيم السمة المتوسط ​​والانحراف المعياري للأصناف الطماطم 10.

  L * أ * ب *
1 37.986 13.555 14.059
2 65.711 18.13 17.81
3 49.927 -4.88 -21.925
4 43.139 -13.095 21.905
5 55.112 8،844 -25.399
6 70.719 -33.397 -0.199
7 62.661 36.067 57.096
8 40.02 10.41 -45.964
9 51.124 48.239 16.248
10 30.325 22.976 -21.587
11 72.532 -23.709 57.255
12 71.941 19.363 67.857
13 28.778 14.179 -50.297
14 55.261 -38.342 31.37
15 42.101 53.378 28.19
16 81.733 4،039 79.819
17 51.935 49.986 -14.574
18 51.038 -28.631 -28.638
19 96.539 -0.425 1،186
20 81.257 -0.638 -0.335
21 66.766 -0.734 -0.504
22 50.867 -0.153 -0.27
23 35.656 -0.421 -1.231
24 20.461 -0.079 -0.973

الجدول 1. L * و* ، ب * القيم لكل رقعة من المدقق اللون (انظر الشكل 1). وكان مصدر إنارة D50 وزاوية المراقب هو 2 درجة.

Discussion

تقييم الإنتاجية العالية ودقة الجهاز مورفولوجيا النبات ولون صعب بسبب طبيعته الكمية وتقدير ذاتي في كثير من الأحيان. TA توفر قياسات موضوعية ودقيقة من الصفات المورفولوجية وعدة أنواع من الفاكهة اللونية بطريقة عالية الإنتاجية وشبه التلقائي. وقد برهنت على جدوى TA في الدراسات التي أدت إلى التعرف على شكل فاكهة الطماطم QTL 2،4،5. بالإضافة إلى ذلك ، تم تقييم وتصنيف cultivars6 وتصنيف مجموعة من الأنواع باستخدام إخراج TA 15،16. عالية تعبيرا عن النتائج شكل ثمرة الطماطم أحد الجينات في 17 الفاكهة ممدود. TA به ، ونبات فلقة تم تحديد شكل خطوط في التعبير عن أحد إلى مستوى عال 7 ، مما يدل على أنه يمكن استخدام التطبيق الفعال لقياس مورفولوجيا النبات الأجهزة الأخرى كذلك. وعلاوة على ذلك ، فقد تم TA أهمية حاسمة في تحديد الأساس الجيني لحجم البذور في الطماطم وعباد الشمس 8،9. أخيرا ، وحدة اختبار اللون تنفيذها في TA هو أكثر دقة ودقة ، وأقل كلفة من الأساليب الأخرى لتحليل اللون الفاكهة في الطماطم. باختصار ، لقد أصبح TA أداة رئيسية لتقييم موضوعية وموثوقة من التشكل وتباين الألوان لأجهزة المحطة.

Acknowledgements

وأيد هذا البحث من قبل مؤسسة العلوم الوطنية (DBI 0227541).

References

  1. Brewer, M. T. Development of a controlled vocabulary and software application to analyze fruit shape variation in tomato and other plant species. Plant Physiol. 141, (1), 15-25 (2006).
  2. Gonzalo, M. J. Tomato Fruit Shape Analysis Using Morphometric and Morphology Attributes Implemented in Tomato Analyzer Software Program. Journal of the American Society for Horticultural Science. 134, (1), 77-87 (2009).
  3. Darrigues, A. Tomato analyzer-color test: A new tool for efficient digital phenotyping. Journal of the American Society for Horticultural Science. 133, (4), 579-586 (2008).
  4. Brewer, M. T., Moyseenko, J. B., Monforte, A. J., van der Knaap, E. Morphological variation in tomato: a comprehensive study of quantitative trait loci controlling fruit shape and development. J Exp Bot. 58, (6), 1339-1349 (2007).
  5. Gonzalo, M. J., Knaap, E. vander A comparative analysis into the genetic bases of morphology in tomato varieties exhibiting elongated fruit shape. Theor Appl Genet. 116, (5), 647-656 (2008).
  6. Rodríguez, G. R. Diversity of SUN, OVATE and FAS in the tomato germplasm and their effect on fruit morphology (in preparation. Forth Coming Forthcoming.
  7. Wu, S. Masters Thesis. The Ohio State University. (2009).
  8. Orsi, C. H., Tanksley, S. D. Natural variation in an ABC transporter gene associated with seed size evolution in tomato species. PLoS Genet. 5, (1), e1000347-e1000347 (2009).
  9. Yue, B., Cai, X., Yuan, W., Vick, B., Hu, J. Mapping quantitative trait loci (QTL) controlling seed morphology and disk diameter in sunflower (Helianthus annuus L). Helia. 32, 17-35 (2009).
  10. Zeng, Z. B. Theoretical Basis for Separation of Multiple Linked Gene Effects in Mapping Quantitative Trait Loci. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 90, (23), 10972-10976 (1993).
  11. Zeng, Z. B. Precision Mapping of Quantitative Trait Loci. Genetics. 136, (4), 1457-1468 (1994).
  12. Jiang, C. J., Zeng, Z. B. Multiple-Trait Analysis of Genetic-Mapping for Quantitative Trait Loci. Genetics. 140, (3), 1111-1127 (1995).
  13. International Plant Genetic Resources Institute. IPGRI Descriptors for Tomato (Lycopersicon spp.). Roma, Italy. 47-47 (1996).
  14. International Union for the Protection of New Varieties of Plants. UPOV Guidelines for the Conduct of Tests for Distinctness, Uniformity, and Stability. TOMATO (Lycopersicon Lycopersicum (L.) Karsten Ex Farw.). Geneva. 51-51 (2001).
  15. Depypere, L., Chaerle, P., Mijnsbrugge, K. V., Goetghebeur, P. Stony endocarp dimension and shape variation in Prunus section Prunus. Annals of Botany. 100, (7), 1585-1597 (2007).
  16. Depypere, L., Chaerle, P., Breyne, P., Mijnsbrugge, K. V., Goetghebeur, P., P, A combined morphometric and AFLP based diversity study challenges the taxonomy of the European members of the complex Prunus L. section Prunus. Plant systematics and evolution. 279, (1-4), 219-231 (2009).
  17. Xiao, H., Jiang, N., Schaffner, E., Stockinger, E. J., van der Knaap, E. A retrotransposon-mediated gene duplication underlies morphological variation of tomato fruit. Science. 319, (5869), 1527-1530 (2008).

Comments

7 Comments

  1. pleas tell me a bout can we use digital camera or scanner only ?

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 5, 2010 - 9:06 AM
  2. It is best to use scanned images. However, you can use images taken by a digital camera. The background needs to be black and without shadows. Be aware that all the values for size (length, width, area etc) will be wrong.

    Reply
    Posted by: Esther v.
    July 6, 2010 - 10:56 AM
  3. is there any organization that start to use this software?

    Reply
    Posted by: Yung Yung C.
    August 19, 2010 - 3:45 AM
  4. How can I get the Standard color checker for Color Test module, and the reference values of L,a and b? I´m participating on a research about morpholgical diversity of tomato (Solanum betacea) and I´d like to use this tool. ¿Can I use this software as a colorimeter? ¿What are the limitations of doing so? Thanks for your answers.

    Reply
    Posted by: Anonymous
    December 13, 2010 - 10:11 PM
  5. How can I get the standard color checker for Color Test module, and the reference values of L,a and b? The color checker can be purchased through:


    www.xrite.com/home.aspx (X-Rite now owns Gretag Macbeth Color).


    Can I use this software as a colorimeter?
    The values estimated with TomatoAnalyzer Color Test will show good-excellent linear correlations to values from a colorimeter.


    ¿What are the limitations of doing so?
    Limitations relate to the fact that scanners and computers interpret color with different versions of RGB color space. Also, RGB is a non-linear color space to begin with. Using the calibration functions will avoid some of the limitations.

    Reply
    Posted by: Esther v.
    December 20, 2010 - 11:01 AM
  6. i need a color chart to use with y analyzer. can someone help

    Reply
    Posted by: Anonymous
    September 8, 2011 - 3:17 AM
  7. sir, please suggest me from where i can purchase the color chart. thanks.

    Reply
    Posted by: senjam s.
    January 21, 2014 - 8:49 AM

Post a Question / Comment / Request

You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

Video Stats