Summary
Nous décrivons une technique pour l'utilisation de cellules souches embryonnaires de souris pour générer deux ou trois dimensions des corps embryoïdes. Nous expliquons alors comment induire la différenciation neuronale des cellules du corps embryoïdes par l'acide rétinoïque, et comment analyser leur état de différenciation par immunofluorescence marqueur de cellules progénitrices et immunoblotting.
Abstract
Souris des cellules souches embryonnaires (CSE) isolées de la masse interne du blastocyste (typiquement à E3.5 jour), peut être utilisé comme système modèle in vitro pour étudier le développement embryonnaire précoce. En l'absence de facteur inhibiteur de leucémie (LIF), CES différencient par défaut dans les cellules précurseurs neurales. Ils peuvent être amassés dans un agrégat sphérique en trois dimensions (3D) appelé corps embryoïdes (EB) en raison de sa similitude avec l'embryon à un stade précoce. EB peuvent être ensemencées sur des lamelles revêtues de fibronectine, où ils se détendent en cultivant deux extensions dimensions (2D), ou implantés dans des matrices de collagène 3D où ils continuent de plus en plus sous forme de sphéroïdes, et se différencient en trois couches germinales: endodermique, mésodermique et ectodermique. La culture de collagène 3D imite l'environnement in vivo plus près que la 2D SRU. La culture 2D EB facilite l'analyse par immunofluorescence et immunoblot pour suivre la différenciation. Nous avons développé une differentia neuronale en deux étapesProtocole de tion. Dans la première étape, EBS sont générées par la technique de la goutte suspendue, et, simultanément, sont induites à se différencier par l'exposition à l'acide rétinoïque (RA). Dans la seconde étape, le produit de différenciation de neurones dans un format 2D ou 3D, en l'absence de RA.
Introduction
Proviennent de la CES masse cellulaire interne blastocyste. Ces cellules sont pluripotentes, à savoir qu'ils ont la capacité de se différencier en n'importe quel type de cellule de l'organisme d'origine. ESC différenciation in vitro est d' un grand intérêt en tant que système expérimental pour étudier les voies de développement et les mécanismes. Il offre un système de modèle puissant et flexible pour tester de nouvelles approches thérapeutiques pour la correction du dysfonctionnement des cellules et des tissus. Récapitulent de nombreux aspects EBs de la différenciation cellulaire au cours de l'embryogenèse précoce. En particulier EbS peuvent être utilisés lorsque l' embryon rend la létalité difficile de déterminer la base cellulaire des défauts embryonnaires 1, 2. EB peuvent être formés soit par des techniques de suspension goutte suspendue ou liquides 3. L'avantage de la première est la capacité de générer des EBs de taille uniforme et de densité, facilitant ainsi la reproductibilité expérimentale.
4.
RA est un petit métabolite lipophile de la vitamine A qui induit la différenciation des neurones 5, 6. De fortes concentrations de RA favorisent l' expression du gène de neurones et réprime l' expression du gène mésodermique pendant la formation EB 7, 8. RA est produite par oxydation de la vitamine A rétinaldéhyde soit par l'alcool déshydrogénase ou rétinol, suivie d' une oxydation de rétinaldéhyde pour le produit final par le rétinaldéhyde déshydrogénase 9. différenciation neurale nécessite le transport de la PR du cytoplasme au noyau par la protéine de liaison cellulaire RA-2 (CRABP2). Dans le noyau, RA se lie à son récepteur apparenté complexe consistant en un hétérodimère RAR-RXR 10. Cela se traduit par le recrutement de co-activateurs de transcription et l'initiation de la transcription 9, 11. En outre, RA favorise la dégradation de phosphorylé (active) SMAD1, ainsi antagoniser la signalisation BMP et SMAD 12. En plus de ces activités, RA augmente l' expression de Pax6, un facteur de transcription qui favorise la différenciation des neurones 13. La signalisation de la PR est modulée par sirtuines-1 (Sirt1), une nicotinamide adénine dinucléotide nucléaire (NAD +) - enzyme dépendante qui désacétyle CRABP2, en interférant avec sa translocation vers le noyau, et donc avec RA liaison à l'hétérodimère RAR-RXR 14, 15, 16.
e_content "> Notre objectif dans la conception du protocole EB-traité RA décrit ici est d'optimiser la différenciation neuronale afin de faciliter l' analyse in vitro des voies de signalisation qui régulent la différenciation ESC dans les cellules précurseurs neuronaux. L' un des avantages de ce protocole est la facilitation de l'analyse de la fonction des cellules par immunofluorescence. 3D EB ne sont pas bien pénétré par les anticorps et sont difficiles à image. dissociation EB dans une monocouche 2D à des moments spécifiques au cours de la différenciation neuronale facilite l'immunomarquage et l'imagerie des cellules par microscopie confocale.Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
1. La culture de fibroblastes embryonnaires de souris (FAE)
- Préparer le milieu MEF, le milieu de Eagle modifié par Dulbecco (DMEM, à haute glucose), supplémenté avec 15% de sérum de fœtus bovin (FBS).
- Manteau de 100 mm des boîtes de culture cellulaire avec une solution de gélatine à 0,5% pendant 30 min à température ambiante (RT).
- Count en utilisant un cytomètre FAE. Retirer la solution de gélatine et verser immédiatement milieu MEF pré-chauffé à 37 ° C. Décongeler rapidement des flacons de mitomycine C-MEF traitée dans un bain d'eau à 37 ° C pendant 2 min, puis ensemencer 2,8 x 10 6 par MEF 100 mm plat revêtues de gélatine. Régler le nombre de cellules en conséquence si vous utilisez des plats d'autres tailles. Incuber MEFs nuit à 37 ° C, 5% CO 2.
- Changer le support le lendemain. Culture pendant 2-3 jours jusqu'à ce que la couche MEF est confluentes.
2. Souris ESC Culture
- Préparer complété avec 15% de FBS et 10 milieu ESC, modifié le milieu de Dulbecco d'Iscove (IMDM)3 facteur inhibiteur de la leucémie U / mL (LIF), 0,1 mM d' acides aminés non essentiels, 55 mM de 2-mercaptoéthanol, de la pénicilline (100 U / ml), de la streptomycine (100 ug / ml), de la gentamicine (200 pg / ml) et 0,2% antibiotique mycoplasmes.
- Retirer le milieu MEF du plat préparé à l'étape 1 et le remplacer par 37 ° C préchauffé moyen ESC.
- Décongeler un flacon ESC et les cellules de semence au-dessus de la couche MEF. Incuber à 37 ° C, 5% CO 2, jusqu'à ce que les CES atteignent la confluence.
- Préparer de nouvelles boîtes de culture cellulaire contenant une monocouche confluente de FAE. Pour le passage CES, laver une fois avec du PBS et on détache avec 0,25% de trypsine / EDTA pendant 2 à 5 min à 37 ° C, 5% CO 2. Arrêter le traitement à la trypsine en ajoutant fraîche IMDM avec 15% de FBS pour les cellules de détachement, transférer la suspension cellulaire à un tube de 15 ml, et centrifuger à 160 g pendant 5 min à température ambiante.
- Retirer le surnageant, remettre en suspension avec de CES IMDM frais et un cinquième passage des cellules à chaque nouveau plat revêtu MEF; incuber jusqu'à ce que les cellulesatteindre la confluence (habituellement 4-5 jours).
3. Prélever et culture FAE sur des plaques CES enduits Gélatine
- Une fois CEMA a atteint la confluence, détacher les et MEF avec 0,25% de trypsine / EDTA comme dans l'étape 2.4, remettre en suspension les cellules dans du milieu IMDM frais, le transfert à une boîte de Petri bactériologiques non-adhésif, et incuber pendant 40 min à 37 ° C, 5% CO 2.
- transférer soigneusement CES et MEF milieu contenant une nouvelle plaque revêtue de gélatine à l'aide d'une pipette de 5 ml, en évitant pipetage répété. Les cellules restantes dans les boîtes de Pétri sont FAE, car ne respectent pas les CES.
- Passage les 3-4 jours tous les CES. Moins fréquents passages peut réduire ESC pluripotence. Ne pas dépasser la confluence de 60%, car il peut favoriser la différenciation.
- Répétez les étapes 3.2-3.3 trois fois ou plus, au besoin, jusqu'à ce que les FAE ne sont plus détectables par un microscope de culture cellulaire, en utilisant un objectif 20X, de faire MEFs sûr ne sont pas présents.
- Vérifiez ESC pluripotence en vérifiant ESCculture pour voir si les cellules forment des colonies denses ayant une morphologie polygonale ESC typique (Figure 1A). Stemness de cellule de test par réaction en chaîne de la polymérase de la transcriptase inverse quantitative (qRT-PCR) 17, 17 immunotransfert ou immunofluorescence de la transcription de la pluripotence de base des facteurs 17 (Figure 2).
4. Formation EB
- Préparer tout-trans-RA solution mère à 10 mM dans le DMSO, et aliquote dans 1,5 ml microtubes de protection de lumière. La solution est stable à -80 ° C pendant jusqu'à deux semaines. Protéger de la lumière.
- Trypsiniser CES que dans l'étape 2.4; replate dans IMDM frais sans LIF, comme une suspension à cellule unique.
- Compter les cellules à l' aide d' un hémocytomètre, et de préparer une suspension de 5 x 10 5 cellules / ml dans IMDM avec 0,5 uM de RA.
- Plate 100 20 ul de gouttes par boîte de Pétri de 100 mm avec une pipette à 8 canaux et 200 uL de conseil, inverserles plats, et de remplir le couvercle renversé avec du PBS pour éviter que des gouttes suspendues de séchage. Protéger les milieux de culture contenant de la PR de la lumière.
- Culture EBs en accrochant des gouttes à 37 ° C, 5% CO 2 pendant 4 jours.
5. 2D EB Culture
- Manteau de 12 mm des lamelles en verre circulaire avec 30 ug / ml de fibronectine pendant 30 min à température ambiante. Placez chaque lamelle dans un puits d'une plaque de 24 puits et ajouter 1 ml IMDM par puits.
- Récolte 3 goutte suspendue adulte jour un par un EBs avec 200 ul embouts de pipette et les graines sur les lamelles revêtues de fibronectine, 20 par puits ballasts électroniques, en utilisant les mêmes embouts de pipette.
NOTE: 3 jours EBs sont préférables à 4 jours EBs parce qu'ils adhèrent mieux aux lamelles. - Continuer avec la culture IMDM-15% FBS sans LIF. Remplacez moyenne tous les 3-4 jours. Recueillir le moyen utilisé pour l'analyse de la sécrétion de la protéine au besoin.
6. La détection des protéines sécrétées
- Transfert 500 pi de EB medium à filtres centrifuges 10 kDa, d'arrêt de rotation à 20 000 xg pendant 60 min à 4 ° C.
- Examinez le milieu restant à l'intérieur des filtres centrifuges toutes les 15-20 minutes pour éviter un enrichissement excessif. Arrêt centrifugation lorsque le volume du milieu restant est tombé à 25 pi.
- Recueillir le milieu concentré restant après l'inversion du filtre et centrifugation à 160 xg à 4 ° C, en suivant les instructions du fabricant.
- Détecter les protéines sécrétées par immunotransfert avec des anticorps spécifiques 17.
7. Culture 3D EB
- Recueillir les EBs cultivées pendant 4 jours en gouttes pendantes comme décrit à l'étape 5.2, et les placer dans des tubes de centrifugeuse de 1,5 ml (30 ebs par tube).
- Préparer la solution de gel de collagène en suivant les instructions du kit de culture de collagène 3D (voir Matériaux / Matériel Table). Diluer volumes appropriés de solution de collagène et 5x DMEM (un composant du kit); ajouter le nsolution eutralization (un composant du kit) et bien mélanger immédiatement et garder ce sur la glace.
- Pipeter un volume approprié de solution de collagène froide dans le tube de 1,5 ml contenant l'EBS, et le transfert en douceur pour les puits d'une plaque à 6 puits en utilisant une pipette de 1 ml. Évitez de faire des bulles.
- Transférer immédiatement la plaque à 37 ° C, 5% de CO 2, pendant 60 minutes pour initier la polymérisation du collagène.
- Superposer la plaque contenant de l'IMDM avec EB.
- Changer moyenne tous les 3-4 jours.
8. EB Dissociation
- Recueillir le jour 4 EB (de l'étape 4) une par une, avec 200 uL embouts de pipette et les transférer sur une boîte de Petri bactériologiques non adhésive contenant de l'IMDM avec 15% de FBS; culture à 37 ° C, 5% CO 2 pendant 4 jours supplémentaires . Vérifiez la deux fois par jour EBs pour vous assurer qu'ils ne se fixent pas au fond; doucement secouer la cuvette pour empêcher la fixation EB vers le bas.
- Centrifuger les EB à 185 xg pendant 5 min àRT, dans une centrifugeuse de paillasse.
- Retirez les surnageants. Le culot ne doit pas dépasser 100 pi dans chaque tube.
- Ajouter à granulés EB 1 ml de type I à 0,25% de collagénase par tube, complété avec 20% de FBS dans du PBS.
- Incuber le mélange EB-collagénase pendant 1 h à 37 ° C, 5% CO 2, pipetant doucement toutes les 20 minutes, en utilisant 1 mL embouts de pipette.
- Laver les cellules doucement 3x avec du PBS. Si les agrégats de cellules sont présentes, utiliser un tamis cellulaire avec un maillage de 100 um pour les supprimer.
- Réensemencement les cellules sur des plats de 60 mm revêtues de gélatine dans de l'IMDM. Puis incuber à 37 ° C, 5% CO 2.
9. Transfection de dissociées EBs
- Pour qRT-PCR et immunotransfert, un manteau de plaque à 6 puits avec 0,5% de gélatine.
- Par immunofluorescence, des lamelles de verre d'enveloppe avec 30 ug / ml de fibronectine pendant 30 min à température ambiante. Placez chaque lamelle dans un puits d'une plaque de 24 puits. Ajouter IMDM.
- Graine 4,75 x 10 5 ou 1 x 10 5
- Cultiver les cellules à 70% de confluence avant la transfection.
- Transfecter les cellules par un réactif de cellules souches optimales lipide nonliposomal 17 (voir Matériaux / Matériel Table), en suivant les instructions du fabricant.
NOTE: Le réactif que nous avons utilisé généralement atteint un rendement de transfection de 50% (voir résultats représentatifs). - Analyser les échantillons par qRT-PCR ou par immunotransfert 17 2 ou 3 jours après la transfection, respectivement.
10. L'analyse de Différenciation EB par immunofluorescence
- Laver 2D EB ou EB 3D dissocié avec du PBS et fixer avec 4% de paraformaldehyde dans du PBS pendant 30 min à température ambiante. Laver les cellules fixées 3x avec du PBS pour éliminer les débris cellulaires flottant.
NOTE: Le paraformaldéhyde est un irritant pour la peau et les yeux; soyez prudent lors de la manipulation. Ajouter 1% triton X-100 dans du PBS pour perméabiliser les cellules pendant 20 minutes à la température ambiante, puis laver 3 fois avec du PBS. - Retirer le PBS et bloquer avec 5% de BSA dans du PBS pendant 30 min.
- Préparer une dilution de l'anticorps primaire dans 1% de BSA / PBS additionné de 0,03% de triton X-100. Remplacer la solution de blocage par la solution d'anticorps primaire. Incuber pendant 3 h à température ambiante, ou pendant une nuit à 4 ° C, puis laver les cellules 3 fois avec du PBS.
- Appliquer l'anticorps secondaire dans du PBS selon les instructions du fabricant. Incuber pendant 1 h à TA, puis laver les cellules 3 fois avec du PBS.
- Mont de lamelles de verre sur des lames avec un milieu anti-fade pour la microscopie optique.
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Representative Results
Oct4, Nanog, et SOX2 sont les facteurs de transcription de base qui confèrent ESC auto-renouvellement et la pluripotence. Nous avons appliqué le protocole ci - dessus pour comparer la différenciation neuronale des CES de type sauvage et d'une souche de souris génétiquement modifiées où Syx, un gène codant pour le facteur d'échange spécifique de RhoA Syx, est perturbé. Nous avions impliqués dans l' angiogenèse Syx 18. Nous avons remarqué des différences dans les comportements des agrégés de Syx EBs + / + et Syx - / - SESC et a procédé à tester si la différenciation neuronale des Syx - / - est plus rapide que CES celle de leurs homologues Syx + / +.
Pour comparer l'état initial de Syx + / + et Syx - / - CES, nous avons quantifié dans chaque génotype les abondances de Oct4, Nanog et SOX2, les facteurs de transcription de base tchapeau confère ESC auto-renouvellement et la pluripotence. Comme cela est décrit dans l'étape 10 du protocole, les CES ont été immunomarquées par Oct4, Sox2, Nanog et des anticorps. Les abondances des 3 facteurs de transcription dans Syx + / + et - / - Syx CES étaient similaires, comme déterminé par immunofluorescence (Figure 2) et immunotransfert 17 (Figure 2).
EB implantés dans une matrice de collagène 3D (figure 1B) commencent à germer extensions cellulaires qui sont visibles sur un microscope pour la culture cellulaire avec un objectif 10X, 2 jours après l' implantation. Le jour 6, entre 5 et 10 pousses de 200 um ou moins peuvent être normalement observés dans Syx + / + ballasts électroniques, alors que dans Syx - / -, EbS 30-50 germes sont fréquemment observés, dont la plupart sont plus de 200 um (Figure 1C).
Syx - / - que de Syx + / + 2D sur EbS (figure 3A). Pour comparer le taux de différenciation neuronale des cellules qui ont étendu du Syx + / + et Syx - / - EbS, nous les immunomarquées après 6 jours de culture 2D par le marqueur des cellules souches neurales nestine, une protéine régulatrice du filament intermédiaire 19. L'abondance de la nestine était nettement plus élevée dans les cellules étendant à partir de Syx - / - EB (figure 3B). Nous avons ensuite comparé l'abondance des β3 nestine et tubuline (Tubβ3), une protéine axonale cytosquelette 20, dans les cellules dissociées de la 2D 13 EBs journée. Les deux protéines étaient plus abondants dans les cellules dissociées de Syx - / - EbS que dans leurs homologues Syx + / + (figure 3C). Nous avons obtenu des résultats similaires par quantification de immunobloPrép des mêmes protéines 17.
La figure 4 montre des cellules transfectées par la protéine fluorescente verte constitutivement (GFP) -fused actif RhoA (RhoA-Q63L) en utilisant un réactif de transfection de cellules souches optimales (voir Matériaux / Matériel Table).
Figure 1: Sprout Emergence de Syx + / + et Syx - / - EBS Culture 3D. (A) Syx + / + et Syx - / - CES a augmenté dans les colonies groupées avant l'induction de la différenciation neuronale. (B et C) des images d'EBS formées dans gouttes pendantes avec 0,5 uM de RA, puis insérés dans une matrice de collagène 3D sans RA, comme décrit dans les étapes 7.1-7.4. Les images ont été capturées le jour 6 par les objectifs indiqués (échelle b ars = 100 pm A et C, 200 pm B). S'il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de ce chiffre.
Figure 2: Présence de la pluripotence les principaux facteurs de transcription. Des images représentatives montrant les abondances des marqueurs de pluripotence principaux indiqués dans Syx + / + et Syx - / - CES (barre d'échelle = 50 pm). Voir Yang et al. 17 pour les détails de la méthode d'immunomarquage (barre d'échelle = 50 pm; DAPI, le 2- (4-amidinophényl) -1H-indole-6-carboxamidine). S'il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de ce chiffre.
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Figure 3: Visualisation des marqueurs dans les cellules Neuro - Différenciation EB. (A) des images de phase en 2D de bords EB montrant que les cellules développées plus rapidement de Syx - / - que de Syx + / + EB (barre d'échelle = 200 um). (B) des images d'immunofluorescence montrant que la nestine marqueur de différenciation de neurones est plus abondant dans les cellules en expansion à partir de 6 jours 2D Syx - / - ebs que de leurs homologues Syx + / + (barre d'échelle = 50 pm). (C) des images d'immunofluorescence montrent que les marqueurs de différenciation neurale nestine et Tubβ3 étaient plus abondants dans les cellules dissociées à partir de 13 jours 3D Syx - / - EBS que de leurs homologues Syx + / + (barre d'échelle = 50 pm). S'il vous plaît cliquer ici pour viewa version plus grande de ce chiffre.
Figure 4: Visualisation de l'efficacité du réactif de transfection. Trois répliques d'images d'immunofluorescence montrant CES transfectées par RhoA constitutivement active fusionnée à la GFP pour illustrer l'efficacité de transfection du réactif utilisé à l'étape 9.5 du protocole (barre d'échelle = 50 pm). S'il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de ce chiffre.
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Discussion
Dans ce protocole, nous présentons une méthode relativement simple et accessible pour étudier la différenciation neuronale des souris CES. Dans les protocoles précédents, RA a été ajouté au milieu au jour 2 ou 4 jours de la tenture-drop EB 8 ou par culture en suspension 7, respectivement, ou immédiatement après l'agrégation goutte suspendue EB 21. Dans le protocole que nous avons conçu, RA a été ajouté plus tôt. En dépit de la première introduction de RA à EB formé par une culture en suspension, ce protocole a produit plus élevé expression de marqueurs de différenciation de neurones 8.
Ici, nous avons privilégié l'application RA et induire la différenciation neuronale au début de la culture goutte suspendue. Cette modification permet égale l'exposition de RA aux CES quand ils sont encore dans une suspension cellulaire unique, avant l'agrégation EB. Lorsque RA est ajouté à EBs agrégées, les cellules de la masse interne EB sont susceptibles de détecter un niveau inférieur à RA concentrations dsur celle des cellules dans la couche externe. Application de RA au début de l' agrégation EB est également avantageux car il supprime le développement de la couche germe endodermique et mésodermique en faveur de la différenciation neuronale de la couche ectodermique 7, 8. Nous avons confirmé que le traitement RA une différenciation neuronale en examinant l'abondance de près de 10 marqueurs 17.
Il y a trois considérations essentielles dans ce protocole. La première est l'élimination maximale des cellules nourricières MEF pour atteindre une population ESC de haute pureté. La seconde est la sensibilité à la lumière de la polyarthrite rhumatoïde: la solution mère et les gouttes de suspension doivent être protégés de la lumière après l'application RA. solution mère RA est stable pendant deux semaines, après quoi une solution fraîche doit être préparée. La troisième considération est la concentration RA. Dans nos expériences pilotes, nous avons constaté que, à une concentration de 10 uM RA croissance cellulaire retardée et produit EB de plus petite taille par rapport à des concentrations plus faibles, probablement parce que RA peuvent provoquer l' apoptose à haute conncentrations 22, 23, 24. Nous avons observé que la concentration de 0,5 uM RA produit un plus grand nombre de ballasts électroniques bien formés que à chaque hausse de 25 ou plus faibles concentrations, et en ce que l'EBS a atteint un diamètre moyen d'environ 200 um. Plus grands dépassent la taille EBs de champ d'un objectif 10X et sont, par conséquent, plus difficile à l'image. Par conséquent, nous avons choisi 0,5 uM comme concentration optimale de la polyarthrite rhumatoïde.
Analyse par immunofluorescence de la 3D qu'EbS est problématique, car ils sont trop fragiles pour la coupe congelés. De plus, nous avons constaté que les articles EB congelés ne collent pas bien aux diapositives sans revêtement de verre électrostatiquement traités. Préparation de la culture 2D EB nécessite l'agrégation de gouttes supplémentaires suspendues, parce que certains ne se fixent pas EBs bien au substrat. EB dissociation, qui est relativement lent, peut être accélérée par pipetage EBS haut en bas dans un tube de microcentrifugation de 1,5 ml au cours de leur incubation avec de la collagénase.
Neurale différenciés peuvent être CES utilisés pour remplacer les cellules endommagées endogènes, par exemple les neurones dopaminergiques perdus dans la substantia nigra dans le cerveau des patients atteints de la maladie de Parkinson 26. Bien que les techniques actuelles de différenciation ESC humaine ne nécessitent pas de formation EB (ibid.), EbS encore un outil utile pour l' analyse détaillée de la différenciation neuronale au niveau moléculaire.
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Disclosures
Les auteurs déclarent qu'ils ont pas d'intérêts concurrents ou financiers
Acknowledgments
Cette étude a été soutenue par subvention du NIH R01 HL119984 AH
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Materials | |||
| MEFs | EMD Millipore | PMEF-CF | ESC feeder layer |
| ESC | EMD Millipore | CMTI-2 | |
| Cell culture dish (60 mm) | Eppendorf | 30701119 | Cell culture |
| Cell culture dish (100 mm) | Falcon | 353003 | Cell culture |
| Petri dish (100 mm) | Corning | 351029 | Hanging drops |
| 24-well plate | Greiner Bio-One | 662160 | 2D EBs |
| 6-well plate | Eppendorf | 30720113 | Transfection |
| Dark 1.5 mL centrifuge tube | Celltreat Scientific Products | 229437 | RA stock solution |
| Microscope cover-glass | Fisherbrand | 12-545-80 | Circular, 12 mm diameter |
| Superfrost-plus microscope slides | Fisherbrand | 12-550-15 | |
| 3D collagen culture kit | EMD Millipore | ECM675 | 3D culture |
| Effectene Transfection Reagent | Qiagen | 301427 | Stem cell transfection |
| Microcon Centrifugal Filters (10 kDa) | EMD Millipore | MRCPRT010 | Protein concentration |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Reagents | |||
| DMEM | Lonza | 12-709F | MEFs culture |
| IMDM | Gibco | 12440-046 | ESCs culture |
| Fetal bovine serum (FBS) | EMD Millipore | ES-009-B | ESCs culture |
| Gelatin | Sigma-Aldrich | G2625 | Dish coating |
| LIF | R&D Systems | 8878-LF-025 | To maintain ESC pluripotency |
| MEM Non-Essential Amino Acids Solutions | Gibco | 11140050 | Cell culture |
| 2-Mercaptoethanol | Gibco | 21985023 | Cell culture |
| Penicillin-Streptomycin | Gibco | 15140122 | Cell culture |
| Gentamicin | Gibco | 15750060 | Cell culture |
| MycoZap Plus-PR | Lonza | VZA-2022 | Cell culture |
| 0.25% Trypsin-EDTA | Gibco | 25200-072 | Cell culture |
| DMSO | Sigma-Aldrich | D2650 | |
| All-trans-retinoic acid | Sigma-Aldrich | R2625-50MG | Induction of neural differentiation |
| Bovine Serum Albumin | Sigma-Aldrich | A7030-50G | Blocking and antibody dilution |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | T8787-100ML | Cell membrane permeabilization |
| Cell strainer | Corning | 352360 | |
| Prolong Gold anti-fade reagent with DAPI | Life Tech. | P36931 | Mounting reagent |
| 16% Paraformaldehyde | Electron Microscopy Sciences | 15710 | Cell fixation |
| Fibronectin | R&D Systems | 1030-FN | Dish coating |
| PBS | Gibco | 10010049 | |
| Collagenase type I | Worthington Biochem. Corp | LS004196 | EB dissociation |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Primary Antibodies | |||
| Nestin (Rat-401) | Santa Cruz Biotech | sc-33677 | Detection of neural differentiation |
| Oct4 | Santa Cruz Biotech | sc-5279 | Detection of neural differentiation |
| Nanog | Bethyl Laboratories | A300-398A | Detection of neural differentiation |
| Sox2 | Cell Signaling | 3579 | Detection of neural differentiation |
| Tubulin b3 (AA10) | Santa Cruz Biotech | sc-80016 | Detection of neural differentiation |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Secondary Antibodies | |||
| Donkey anti-Mouse-Alexa555 | Life Tech. | A31570 | Immunofluorescence |
| Donkey anti-mouse-Alexa488 | Life Tech. | A21202 | Immunofluorescence |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Instruments | |||
| Wide-field microscope | Nikon | Eclipse TS100 | Cell culture imaging |
| Confocal microscope | Nikon | C2 | Immunofluorescence imaging |
References
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