Summary
在本文中, 我们演示了使用自定义微流控装置的单个蠕虫的实时成像。在该装置中, 多个蠕虫单独局限于单独的分庭, 允许多路纵向监测各种生物过程。
Abstract
在过去十年中, 微流控技术已被应用于研究小动物, 包括线虫秀丽线虫, 并证明是有用的, 作为一个方便的实时成像平台提供能力, 精确控制实验条件的实时性。在本文中, 我们演示了使用 WormSpa, 以前发布的自定义微流控装置的单个蠕虫的实时成像。在该装置中, 多个蠕虫单独局限于单独的分庭, 允许多路纵向监测各种生物过程。为了说明这种能力, 我们进行了实验验证, 其中蠕虫感染了致病细菌, 并连续监测免疫应答基因和产卵的表达动态动物。该设备的简单设计和操作使其适合于以往没有经验的微流控实验的用户。我们建议, 这种方法将是有益的, 许多研究人员感兴趣的纵向观察生物过程在明确的条件下。
Introduction
环境条件的变化可能导致基因程序的激活, 同时诱导和抑制特定基因的表达1,2。这些动态变化可能是不同的组织之间的相同的动物和动物之间。因此, 对这种基因计划的研究要求采用允许对个别动物进行纵向成像的方法, 并提供精确的动态控制环境条件。
近年来, microfabricated 射流装置已被用来研究小动物的反应和行为的许多方面, 包括蠕虫, 苍蝇, 水熊和更多的3,4,5,6, 7。例如, 应用包括深分型、optogenetic 记录神经元活动以响应化学刺激和跟踪马达行为, 如运动和泵浦 8, 9, 10,11。
基于微流控的方法拥有许多性能, 可以帮助对环境线索的长期纵向成像, 包括对局部微环境的精确动态控制, 灵活的设计, 使维护单独的动物在分开的处所和有利属性为成像。然而, 在微流控腔中维持动物很长一段时间, 对他们的良好生命有最小的不利影响是一个挑战, 这需要特别小心的设计, 微流控装置和在执行实验。
在这里, 我们演示了使用 WormSpa, 一个微流控装置的纵向成像的秀丽线虫。5单个蠕虫被限制在腔室中。恒定的低流量的液体和细菌悬浮, 保证蠕虫是良好的喂养和足够活跃, 以保持良好的健康和缓解压力, 和结构的商会允许蠕虫产卵。WormSpa 的设计和操作的简单性应该允许研究人员没有在微流体的经验, 把这一装置纳入他们自己的研究计划。
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Protocol
下面的协议使用 WormSpa5, 以前描述的微流控器用于对蠕虫进行纵向成像。WormSpa 的制作 (从 CAD 文件开始, 可以根据要求从作者获得) 是简单的, 但需要一些专门知识。在大多数情况下, 制造可以很容易地由核心设施或提供此类服务的商业公司完成。在制作设备时, 请确保指定特征的高度为50µm。
1. 实验设置
- 将微流控装置安装在具有机动化阶段的倒置荧光显微镜上。
- 将一个轨道振动筛靠近显微镜, 但要确保振动筛的振动不会直接影响显微镜。例如, 将振动筛放在固定在墙上的搁板上, 使其与光学表没有接触。
- 将注射器泵放在轨道振动筛上。将泵带到振动筛上, 使其在晃动时不摇晃。
2. 微流控环境的制备
注: 在实验中, 四注射器通过注射器管连接到微流控装置, 如图 1所述。这一步描述了这些注射器的制备。除非另有提及, 保持注射器管尽可能短, 而不使其绷紧。
- 准备一个出口注射器和一个注射器管。此注射器 (图 1中的 S1) 稍后将通过注射器管连接到设备的出口, 并用于临时存储从设备中流出的液体。
- 通过去除20克 x 1/2 英寸注射器尖端的塑料部件来制作适配器针, 只保留针 (金属部分)。这样做, 通过持有的塑料和金属的部分钳子和拉他们分开。针上残留的塑料残渣可以用本生燃烧器烧掉。
- 根据实验装置的几何形状弯曲针头, 同时用钳子握住两端。在这里描述的设计中, 弯曲的针在它的中间到一个角度的〜110°是最方便的。
- 将适配器针插入到管子的一半。另一半稍后将插入设备。注射器管应与20克无泄漏的注射器尖端兼容 (例如, 油管内径为0.86 毫米, 外径为1.32 毫米)。推荐的管长为50厘米。
- 通过20克 x 1/2 英寸的注射器尖, 将10毫升鲁尔锁注射器连接到注射器管的另一端 (打开) 端。
- 准备缓冲入口注射器和注射器管。其中一个注射器 (在图 1中的 S2) 被用作进入设备并控制注入流的流体的蓄水池。另一个注射器 (图 1中的 S3) 是缓冲区交换所必需的, 如步骤3.2 所述。
- 将10毫升鲁尔锁注射器 (S2) 直接连接到3通阀, 并通过注射器管将另一注射器 (S3) 连接到同一阀门上 (图 1): 通过注射器尖端连接 S3 到管, 并通过另一个注射器提示连接到阀门的管。
注: 这些材料的连接顺序无关紧要。 - 将注射器管连接到3路阀门的剩余端口。在步骤2.1.2 中准备另一个适配器针, 并将针插入到注射器管的另一端 (打开) 端。
- 设置阀门, 使步骤2.2.2 和 S2 中的注射器管在 S3 关闭时连接 (图 1)。
- 将10毫升鲁尔锁注射器 (S2) 直接连接到3通阀, 并通过注射器管将另一注射器 (S3) 连接到同一阀门上 (图 1): 通过注射器尖端连接 S3 到管, 并通过另一个注射器提示连接到阀门的管。
- 准备一个蠕虫入口注射器和一个注射器管。此注射器 (图 1中的 S4) 用于将蠕虫加载到设备中。
- 连接一个长的注射器管到一个10毫升鲁尔锁注射器 (S4)。从将用于装货的液体体积中确定该管的长度;例如, 100 厘米的油管支持超过2毫升的液体 (也见步骤 4.2)。
- 在步骤2.1.2 中准备另一个适配器针, 并将一针的一半插入注射器管的另一端 (打开) 端。
- 用 s-介质12冲洗所有注射器和油管两次。用 s-介质填充注射器和管子, 注意去除所有气泡。
- 将插座注射器管连接至设备插座。
- 将注射器管末端的适配器针插入插座端口。
- 通过插座注入少量的 s-介质, 以填满设备, 直到从缓冲入口和蠕虫入口中取出一点 s-介质。
- 将缓冲入口注射器管连接到设备的缓冲入口端口, 同时用一个销 (不锈钢定位销, 直径为1/32 英寸) 堵塞蜗杆入口。
- 向设备中注入恒定的缓冲区流。将缓冲入口注射器 S2 到注射器泵上13, 并设置泵, 使 S2 中的介质连续注入到设备中, 流速为3µL/分钟。
3. 将细菌装入微流控装置
- 准备大肠杆菌 OP50 悬浮在 s-中等的 12中。
- 按照标准的协议, 接种一个250毫升瓶与50毫升磅和一个单一的殖民地, 并孵化过夜37摄氏度。
- 离心机的隔夜文化在 4000 rpm 10 分钟, 并并用重悬颗粒在30毫升的 s-培养基。
- 通过5µm 注射器过滤器过滤悬浮液。以 600 nm (od600) 的光学密度测量细菌浓度, 并将浓度调整为 OD600 3。这种高密度是为了保持蠕虫的良好喂养。
- 将设备中的缓冲区与 OP50 暂停交换。
- 准备一个干净的注射器 (S5), 填充 OP50 悬浮液。垂直地按住注射器, 多次敲击, 收集顶部的气泡。
- 打开缓冲入口注射器的3路阀, 关闭与设备的连接, 并连接两个注射器、S2 和 S3。从注射器泵中脱离 S2。
- 从阀门上拔下 S2 并将 S5 连接至阀门。把所有在 S5 顶部收集的空气推到 S3 通过阀门, 直到 OP50 的缓冲区进入 S3。在这样做的时候, 确保没有气泡留在 S5 或阀门。
- 将3路阀门恢复到原来的位置, 以关闭 S3 和 S5 之间的连接, 并将 S5 连接到设备。将 S5 加载到注射器泵上。打开支撑泵的轨道振动筛。将震动速度设置为大约 200 rpm。
- 将流量设置为100µL/分钟。新缓冲区到达设备中的蠕虫所需的时间取决于缓冲入口注射器管的长度 (大约5分钟, 上面描述的油管)。如果需要更快的缓冲交换, 则可以使用更高的流量。
- 一旦 OP50 缓冲区在整个设备中传播, 将流速率设置回3µL/分钟。
4. 将蠕虫装入微流控装置
- 准备一个小的低结合离心管 (650 µL), 并填补它与100µL OP50 悬浮。转移大约 20-30 年龄同步的年轻成人蠕虫 (46 小时后 L1 幼虫拘捕在25°c) 从 NGM (线虫生长培养基) 琼脂板到管通过采摘他们一个与蠕虫采摘。可以在标准协议12之后执行年龄同步。
- 用 OP50 悬浮液填充蠕虫入口注射器和注射器管 (在图 1中的 S4)。将500µL 的液体注入离心管中。用蠕虫将悬浮液抽出到蠕虫入口注射器管中。请确保注射器管足够长 (> 1 米), 并使被拉的蠕虫留在注射器管, 并没有使所有的方式对注射器 S4。
- 将 S4 连接到蠕虫入口。将蠕虫入口注射器管中的所有蠕虫注入微流控装置。拔下 S4 和注射器管。用大头针将蠕虫入口堵塞。
- 从机械泵 (图 1) 中松开缓冲入口注射器 S2, 并手动控制 S1 和 S2, 将所有蠕虫推入不同的通道。按下 S2 将蠕虫移动到通道中, 而按下 S1 将移动它们的反向方向。一旦加载了通道, 每个通道中的蠕虫就会阻止其他蠕虫的进入。
- 让蠕虫适应新的环境 2-3 小时。
5. 建立成像协议
- 查找安全位于设备中的所有蠕虫, 并在控制您的显微镜的图像采集软件中为它们各自设置一个成像位置。请注意, 在某些情况下 (例如当需要更高的放大倍数时, 或者在使用较小的 CCD 传感器的摄像机时), 每个通道都需要多个成像位置。
注意: 虽然可以手动完成此操作, 但某些购置软件包可以加载一个文本文件, 其中列出了应该拍摄图像的位置。由于这些位置是在 WormSpa 中定期订购的, 因此用户可以编写一个小的脚本 (例如Python 或商业软件中的) 来自动创建这样的列表。此脚本的精确格式取决于购置软件所需的文件格式 (请参见辅助材料 1中的示例)。 - 设置所需的延时成像频率。例如, 对感染的免疫基因反应的成像是以每帧10分钟的频率进行的。确保所有必要的通道 (例如明亮字段和 GFP 荧光) 都在每个时间点获得。
6. 寄主对铜绿假单胞菌感染的反应
注意: 这一步是专门研究寄主-病原体相互作用的。或者, 你可以准备一个缓冲区, 其中包含其他感兴趣的环境提示 (生物和非物质的压力源, 药物, 信号分子,等等)。
- 准备铜绿假单胞菌 PA14 悬浮在 SK 中14中。
- 接种一个250毫升的烧瓶, 50 毫升磅和一个单一的殖民地, 并孵化过夜37摄氏度。
- 接种另一250毫升的烧瓶, 50 毫升磅和整除的文化, 并在37摄氏度一夜之间孵化。
- 离心机的隔夜文化在 4000 rpm 10 分钟, 并并用重悬颗粒在10毫升的 SK 培养基。测量细菌浓度并将浓度调整为 OD600 = 4。
- 将悬浮液转移到干净的瓶子上, 在37摄氏度时孵育24小时, 在25摄氏度时晃动24小时。这一步模仿标准杀戮化验中的板块孵化步骤14。
- 通过5µm 注射器过滤器过滤悬浮液。这是为了防止细菌聚集堵塞设备。
- 按照与步骤3.2 相同的步骤, 将设备中的 OP50 悬浮液替换为 PA14 悬架。保持成像10小时。
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Representative Results
年龄同步的年轻成人蠕虫 (46 小时后 L1 幼虫拘捕在25°c)12已加载到设备中, 如协议中所述。蠕虫单独位于单独的渠道, 使动物对病原体的反应进行纵向测量。当实验成功时, 大多数蠕虫在实验期间仍留在其通道中。在这种情况下, 单个蠕虫的图像只是通过将其通道放置在成像路径中, 从而避免了主动定位该动物的需要。图 2A显示在设备10小时的过程中单个代表蠕虫的明亮字段图像。虽然蠕虫被限制在他们的渠道, 他们可以移动向上和下游, 并可以自由地转动他们的头。这是至关重要的, 以保证设备本身不会造成压力或伤害动物。
我们监测蠕虫对细菌感染的反应, 由铜绿假单胞菌, 其中一个最研究的细菌病原体的C. 线虫。它也是一种机会性的人类病原体, 导致囊性纤维化和免疫缺陷患者的感染。喂养蠕虫与特殊菌株的铜绿假单胞菌, 如临床隔离 PA14, 导致致命的肠道感染, 并参与这一过程中的毒力因素也牵连到哺乳动物宿主的感染。14,15
为了研究细菌感染过程中基因表达的变化规律, 可以使用荧光记者。在显示对感染的动态反应的许多基因中, 我们监测了irg-1 (感染反应基因 1) 的转录反应, 通过表达irg-1::GFP (AU0133 [agIs17 (pirg-1::GFP;pmyo-2::mCherry)], 从奥苏贝尔实验室获得)。已知的irg-1是在感染动物的肠道中强烈诱发的, 其早期是由铜绿假单胞菌PA14。16,17图 2B显示具有代表性的蠕虫的时间间隔图像 (与图 2a中的相同的动物)。每个荧光图像都是在相应的亮场图像后立即拍摄的。在感染后的头5小时内, GFP 荧光仅在中体和尾部轻微增加。然后, 从中体开始观察到荧光的大量增加。在图 2C中, 将每个蠕虫中的总荧光绘制为时间后感染的功能。这些数据不仅说明了先前描述的irg-1对 PA14 感染的诱导, 而且还表明了在诱导的时间和程度上蠕虫对蠕虫的变异性。
WormSpa 微流控装置的设计包括收集每个蠕虫5所放置的卵的过滤器。一旦卵孵化, L1 幼虫被洗涤通过过滤器和入出口管。这使我们能够手动监测细菌感染过程中单个蠕虫的产卵动力学。图 3A中显示与图 2中相同蠕虫所放置的卵的时间间隔图像。这些图像是在图 2A中相应的明亮字段图像之后拍摄的。每个蠕虫所放置的卵子的累计数量在图 3B中显示为时间后感染的函数, 在图 3C中显示了整个人口的平均和标准偏差。这些数据捕获动物对动物的变异, 以及先前描述的产卵下降, 随着感染的进展。相比之下, 在未感染动物产卵率不下降, 直到它峰值在54小时后 L1 在25摄氏度5,18。
图 1:微流控设备中蠕虫的实时成像实验方案.蠕虫通过蠕虫入口加载到设备中, 随后被推入单独的通道。通过安装在轨道振动筛上的机械泵将细菌悬浮液从缓冲入口注入设备。缓冲区通过设备的出口端口退出。四注射器 (S1、S2/S5、S3 和 S4) 用于操作该设备。红色虚线是注射器管连接注射器和设备。请单击此处查看此图的较大版本.
图 2:代表性基因表达动力学.由(a)明亮字段和(B) GFP 荧光显微镜所采取的具有代表性的蠕虫的时间推移图像。最左边的图像是在病原体被引入之前拍摄的, 而最右侧的图像是在 PA14 感染10小时后拍摄的。图像之间的时间间隔为1小时。(C)总计irg-1的时间过程:: 单个蠕虫中的 GFP 荧光。每行对应于一个动物。行按平均荧光降序排列。荧光强度为彩色编码, 颜色刻度显示在右侧。请单击此处查看此图的较大版本.
图 3:代表性产卵动力学。(A)由同一蠕虫所放置的卵数的时间间隔图像图 2A和B。最左边的图像是在病原体被引入之前拍摄的, 而最右侧的图像是在 PA14 感染10小时后拍摄的。图像之间的时间间隔为1小时。(B)单个蠕虫中卵子累积数的时间过程。每行对应于一个动物。行按每个蠕虫产卵的总数量降序排列。鸡蛋的数量是彩色编码的, 颜色刻度显示在右边。(C)作为时间函数, 每个蠕虫所放置的卵的平均数量。灰色区域表示一标准偏差。请单击此处查看此图的较大版本.
辅助材料 1: 创建包含 WormSpa 设备中所有通道的图像位置的文本文件的示例脚本.请单击此处下载此文件.
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Discussion
微流控工具为研究蠕虫提供了多种好处。与标准的 NGM 琼脂平板相比, 在一台聚甲基硅器件中成像具有更高的成像质量。多个图像可以从一个单一的蠕虫, 与传统的方法, 在这些动物是从板块采摘和安装在显微镜幻灯片的成像。此外, 蠕虫所驻留的微环境可以保持恒定或根据需要进行调制, 允许在环境的构成和动物的反应之间进行精确的映射。
在这里, 我们演示了如何通过一个自定义微流控装置 (WormSpa), 通过成像多个体蠕虫对机会病原体 (PA14) 的反应, 对宿主对细菌感染的反应进行纵向测量. 在不扰动正在进行的实验的情况下多次拍摄明亮场和荧光图像。特别是, 每10分钟探索一次产卵的动力学和irg-1基因表达, 在传统方法的时间分辨率上显著增加14,15。
在该设备中, 可以通过在任何给定时间重新检查每个蠕虫的保存位置来执行多个蠕虫的纵向测量。这在图 2C和3B中进行了演示, 在这里我们量化irg-1:: GFP 荧光和单个蠕虫所放置的卵。这些数据表明, 蠕虫显示了广泛的动力学剖面。如前所示的单细胞研究19,20,21, 这个个性可以用来理解遗传电路的设计, 以及不同的路径19,之间的关系22。
对于成功的实验, 快速地将蠕虫加载到微流控设备中是至关重要的。当蠕虫在琼脂表面爬行时, 它们倾向于在液体环境中进行鞭打, 这种行为导致了一个基因程序, 其中安培活化蛋白激酶涉及23,24。为了尽量减少这种不受欢迎的扰动, 重要的是把蠕虫放在各自的房间里, 迅速地, 因为室内的微结构和硅烷的透气性为蠕虫提供了一个模拟固体表面的环境。5虽然应用更高的压力有助于更快地加载蠕虫, 但过多地加压设备可能会诱发蠕虫的机械应力。严重压力的蠕虫不喂养或产卵, 导致明显可见的套袋表型25。加载后, 蠕虫被喂食大肠杆菌OP50 2-3 小时, 使蠕虫能够适应微流控的环境, 并为研究者提供一个观察动物并丢弃那些被破坏者的机会。
每室的显微组织的大小和间距, 优化为46小时从 L1 逮捕25°c 蠕虫。这些结构可以扩大到研究较老的蠕虫或减少, 以检查 L4 幼虫的规模较小。然而, 蠕虫无法成功地在室内蜕皮, 排除了研究后胚胎发育的这一装置。对于此类应用程序, 可以考虑诸如 WorMotel26之类的方法。由于蠕虫是密闭的, 但不固定在 WormSpa, 一个成功的持久实验取决于动物是否留在房间里。我们发现这对早期幼虫、雄性成虫和某些雌雄同体突变体都有挑战性。
而不是使用单个缓冲区入口 (在顶部的中心,图 1), 两个倒向下气球状的入口可以同时使用。用不同的缓冲器填充两个注射器, 你可以在不同的时间按不同的注射器产生世俗的结构化环境。例如, 这允许研究适应变化的环境。27,28
如上所述, 这里描述的微流控装置可以用于广泛的其他应用。其中包括研究对其他环境线索的反应。这种反应可能包括基因表达和产卵行为的变化, 如下所示, 但也改变代谢和脂肪积累 (例如通过脂肪染色的尼罗河红色), 神经生理学和信号 (例如由钙成像和 optogenetic 扰动), 运动行为的变化, 如抽水, 排便和头部运动 (通过自动定量成像的时间推移序列), 等等。
最后, 这种方法在很大程度上是自动化的, 减少了长时间实验所需的劳动, 甚至是几天。一旦将单个蠕虫的位置保存在数据采集软件中, 实验就会自动记录图像, 而机械泵控制器则保持缓冲区的恒定通量到设备中。重要的是, 制作一个 WormSpa 设备不需要任何超过标准的软光刻协议, 它的设计和操作都很简单, 甚至对没有以前的经验在微流体的研究人员。通过以上讨论的各种优点和相对简单的准备步骤, 这种方法对那些考虑在精确控制条件下对活蠕虫进行纵向测量的人是有帮助的。
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Disclosures
作者没有什么可透露的。
Acknowledgments
这项研究得到了国家科学基金会的支持, 通过赠款 PHY-1205494 和 MCB-1413134 (EL) 和韩国国家研究基金会 2017R1D1A1B03035671 (库特勒)。
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| WormSpa | N/A | N/A | The CAD file for WormSpa is available from the Levine lab. |
| Compound Microscope | Zeiss | AxioObserver Z1 | An inverted fluorescence microscope with a motorized stage |
| Syringe Pump | New Era Pump Systems | NE-501 | |
| Tubing | SCI Scientific Commodities Inc. | BB31695-PE/5 | 0.034” (0.86 mm) I.D. x 0.052” (1.32 mm) O.D |
| Syringe Tip | CMLsupply | 901-20-050 | 20 Gauge x 1/2” blunt tip stainless steel canula |
| Syringe Filter | PALL | 4650 | Acrodisc 32 mm Syringe Filter with 5 um Supor Membrane |
| Syringe | Qosina | C3307 | 10 mL Male Luer Lock Syringe |
| 3 Way Valve | ColeParmer | FF-30600-23 | Large-bore 3-way, male-lock, stopcocks, 10/pack, Non-sterile |
| Dowel Pin | McMaster-Carr | 90145A317 | 18-8 Stainless Steel Dowel Pins (1/32" Dia. x 1/2" Lg.) |
| Low Binding Microcentrifuge Tube | Corning | CL S3206 | 0.65 mL low binding snap cap microcentrifuge tube |
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