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核小体是真核生物染色质的基本重复单位,由缠绕在组蛋白核心上的DNA缠绕构成。
为了通过静态原子力显微镜(AFM)观察组装好的核小体,首先准备一条经过功能化处理、使表面带正电荷的薄云母片。将云母片切割成小方块。用移液器吸取组装好的核小体悬浮液。
核小体中带负电荷的 DNA 通过静电相互作用与功能化云母条上带正电荷的基团结合。用缓冲液洗涤以防止核小体过度聚集。
将云母条固定在样品支撑圆盘上,并将其安装到原子力显微镜仪器的载物台上。
将探针支架连接到仪器的光学头。该支架包含一个预先安装好的原子力显微镜悬臂,其顶端带有探针尖端。
将激光束对准悬臂梁背面,以实现精确的偏转测量。将探针尖端直接接触含有核小体的表面。
在接触模式成像过程中,当悬臂针尖扫描核小体表面时,针尖原子与样品原子相互作用会产生排斥力,导致悬臂发生弯曲。激光束的反射方向随之改变,并被导向位置敏感型光电探测器。
反馈回路通过在扫描过程中调节垂直扫描器的运动,以维持悬臂梁偏转的恒定。该反馈信号进一步用于生成核小体的形貌图像。核小体核心呈现为明亮的斑点,其细长的臂状结构代表两侧的连接DNA。
为静态原子力显微镜成像准备云母表面。首先,用去离子水配制50毫摩尔的APS储备液。将1毫升该溶液分装后,于4摄氏度保存,直至使用。
从储备液中,通过将50微升50毫摩尔的APS储备液溶解于15毫升去离子蒸馏水中,制备用于云母修饰的工作用APS溶液。混匀溶液后,用该溶液填充比色皿。
接下来,从高质量的云母片上切割出 1 × 3 厘米的云母条。检查云母条是否可斜向放入比色皿中。然后剥离云母的层状结构,直至两侧均新鲜剥离,且厚度薄至 0.1 毫米。
立即将云母片放入盛有APS的比色皿中,孵育30分钟。将云母片转移至装有去离子蒸馏水的比色皿中,浸泡30秒。随后,用氩气彻底吹干APS修饰的云母片两侧。
将双面胶带贴在多个磁性样品托上,并将其放置在旁边。然后,将APS-云母基底切割成1厘米×1厘米的正方形,并放入干净的培养皿中覆盖备用。接下来,使用孔径为0.22微米、含有10毫摩尔HEPES和4毫摩尔氯化镁(pH为7.5)的过滤缓冲液,制备组装好的核小体的三种不同稀释液。
为限制在低终浓度下核小体的丢失,应在沉积到APS云母片之前逐个进行稀释。
取每种核小体样品5至10微升,滴加在APS-云母片的中心,孵育2分钟。然后用2至3毫升去离子蒸馏水轻轻冲洗样品,以去除缓冲液成分,并在氩气轻流下干燥样品。
首先,在原子力显微镜(AFM)装置的探针夹持器上安装一个探针尖端。然后,将第一个样品放置在AFM载物台上,注意避免接触样品表面。调整激光位置,使其照射在悬臂上,直到信号总和达到最大值,并将垂直和横向偏转值调节至接近0。接着,调节AFM探针以确定其共振频率。调整驱动振幅,并将成像尺寸设置为100乘以100纳米。设置完成后,点击Engage按钮开始接近样品。
当接近完成后,逐渐优化振幅设定值,直至清晰看到样品表面。然后,将扫描尺寸增大至1微米×1微米,分辨率提高至512×512像素。最后,点击采集按钮以开始图像采集。