使用结构DNA改变分析和患者衍生异种移植测试癌症的靶向疗法

此处描述的协议旨在演示一种使用体内癌症模型测试治疗效果的算法。该协议由多种技术组合组成。人类肿瘤标本的全基因组生物测序用于识别基因组变化。

这些包括基因重排和基因拷贝数的变化。因此，对已识别的改动进行分析，以选择潜在的可药物变化。然后，根据基因组分析选择的药物用于免疫功能低下小鼠体内治疗相应的肿瘤。

开发的算法是帮助癌症患者治疗决策的一种有希望的方法。使用 Panda 工具或类似软件确定可定位的更改。我们可以列出通过微序列识别而识别的基因，这些基因使用标准接受的基因符号作为一个简单的选项卡描述文件。

将磅符号添加到列表的页眉行，以确保表标题传输到软件的路径级别 U。单击相应的导航选项卡上传文件。通过单击选择的图标，然后单击最终选项卡，指定单个图标来表示基础数据。

然后上传患者文件后，预览页面以标识显示每个通路带注释基因数的列。这是右侧的最后一列。使用主窗口左上角的通路过滤器将显示的通路数限制为包含感兴趣的基因的通路数。

要识别具有比偶然预期更多的基因的通路，请使用位于富集选项卡下的函数。然后将一列添加到主表中，该列显示费舍尔精确测试中的相应 p 值。通过检查主窗口左侧的适当图标，选择数据库以显示预设注释中潜在的可药物基因。

要选择可视化路径，请单击路径查看器页面中显示的名称。表示每个注释集的图标显示在关联基因旁边。单击路径中的任何基因将打开相应的基因卡页面。

选择显示感兴趣的注释基因和命中的潜在药物的通路，以便进一步分析。在层流罩中执行组织工作，以保持无菌条件。将肿瘤组织放在含有冷 PBS 或组织培养基的培养皿中，如含有抗生素的 RPMI、DMEM。

在病理学家的帮助下，从相邻的正常组织和坏死组织中识别和分离可行的肿瘤物质。使用无菌钳子和手术刀去除病理学家指出的坏死物质。要进行皮下移植，用无菌钳子、手术刀或手术剪刀将肿瘤组织切成小碎片，大小约为 2 x 2 x 2 毫米。

将碎裂的组织转移到冰上预先冷却的培养皿中。让冷母细胞与碎裂的组织进入盘中，每10块组织大约200微升。混合好，让组织碎片浸泡在母体中10分钟。

使用无菌手术剪刀和钳子在鼠标的两侧进行 5-10 毫米垂直皮肤切口。将直钳轻轻地插入皮下空间，以创建一个足够大的口袋，使肿瘤片段被放置在脂肪垫下。使用无菌直钳将肿瘤片段插入五只小鼠中每个小鼠的口袋中。

使用组织胶水关闭皮肤切口。植入后，为了抑制淋巴细胞增殖，给每只小鼠注射100微升利特西马。通过捏住背部的皮肤并向后弯曲鼠标，使鼠标的头部和嘴唇固定不动，为口腔护具做好准备。

将球垫探针插入小鼠喉咙的背面，直到探针到达食道。确保探头未插入太远，因为小鼠的肺部可能会穿孔导致死亡。代表性的基因组浮子说明了一个肿瘤基因组变化的格局。

典型的高品位血清子型肿瘤，多增益蓝线和损失红线，被识别表明高水平的基因组不稳定性。OC101肿瘤治疗干预的发展趋势变化是17号染色体的扩增，涉及ERBB2，一种编码为 HER2受体的基因。为了验证DNA水平的结果，为放大区域的边缘设计了几组特定的底向器。

和PCR被执行。使用控制人类DNA时，未吸收扩增产品。为OC101肿瘤DNA确定了特定的波段。

在另一个变异肿瘤T14中，观察到了许多DNA增益。其中包括在RICTOR基因中的阿克特2。在蛋白质水平上进行的验证，使用免疫印迹显示，在RICTOR中，AKT水平很高。

到第六周结束时，化疗治疗组观察到肿瘤负担显著减轻。在接受联合治疗的组中，单独化疗有额外的好处。在治疗试验结束时，收集了肿瘤组织进行治疗反应的分子分析。

使用免疫印迹确定S6、AKT和mTOR的总和磷酸化水平。对未经治疗、化疗治疗和用KT或mTOR抑制剂治疗的这些蛋白质水平的比较表明后两种蛋白质的含量明显下降。该方法对PDX模型的临床试验非常有用。

它利用基因组分析获得的肿瘤分子特性来确定最佳检测药物选择。