Probing hoher Dichte Funktionale Protein-Microarrays, um Protein-Protein Wechselwirkungen erkennen

Das übergeordnete Ziel dieses Verfahrens ist es, Protein-Protein-Wechselwirkungen innerhalb eines gegebenen Proteoms parallel und unvoreingenommen zu identifizieren, was mit anderen Technologien nicht möglich ist. Dies wird erreicht, indem zunächst ein epitopmarkiertes Protein von Interesse mit einer hochgereinigten, funktionellen Proteinbibliothek in voller Länge hybridisiert wird, die in einer Koordinatenebene auf der Oberfläche eines Objektträgers abgeschieden wird. Sobald das Protein ein Gleichgewicht mit jedem seiner jeweiligen Zielproteine auf dem Array erreicht hat, wird die ungebundene Fraktion weggespült und die Proteinwechselwirkungen werden mit einem monoklonalen Antikörper gegen das Epitop nachgewiesen, der an eine fluoreszierende Einheit konjugiert ist, wobei ein Standard-Microarray-Scanner verwendet wird.

Die resultierenden Bilder sind mit Informationen über die Intensität jedes Merkmals in Bezug auf das gebundene Protein und das Fluoreszenzsignal verschachtelt. Diese Informationen werden mit Hilfe der Microarray-Analysesoftware extrapoliert, um eine Liste von Intensitätswerten für jedes Merkmal auf dem Array zu erstellen. Die Informationen über das Protein-Protein-Interaktionspaar können an eine nachgelagerte bioinformatische Analysesoftware exportiert werden, um die merkmalsspezifischen Daten zu bewerten und Protein-Protein-Wechselwirkungen zwischen dem interessierenden Protein und den Proteinen auf dem Microarray zu identifizieren.