इस प्रोटोकॉल में उन्नत सुविधा निष्कर्षण और जैव सूचना विश्लेषण सॉफ्टवेयर के साथ युग्मित तरल क्रोमैटोग्राफी मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग करके पेप्टिडोग्लाइकन संरचना का विस्तृत विश्लेषण शामिल है।