Detección del genoma-ancha de RNAi para identificar los Host factores que modulan la terapia de Virus oncolíticos

Kristina J. Allan; Douglas J. Mahoney; Stephen D. Baird; Charles A. Lefebvre; David F. Stojdl

doi:10.3791/56913

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Artículo de método

Detección del genoma-ancha de RNAi para identificar los Host factores que modulan la terapia de Virus oncolíticos

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DOI:

10.3791/56913

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3 de abril de 2018

Kristina J. Allan¹^,² , Douglas J. Mahoney¹^,⁴ , Stephen D. Baird¹ , Charles A. Lefebvre¹ , David F. Stojdl¹^,²^,³

¹Children's Hospital of Eastern Ontario (CHEO) Research Institute, ²Department of Biology, Microbiology and Immunology, University of Ottawa, ³Department of Pediatrics, University of Ottawa, ⁴Department of Microbiology, Immunology and Infectious Diseases, Cumming School of Medicine, University of Calgary

En este artículo

Resumen

Aquí se describe un protocolo para el empleo de proyección de ARNi de alto rendimiento para descubrir destinos host que se pueden manipular para mejorar la terapia de virus oncolíticos, específicamente rhabodvirus y vaccinia virus terapia, pero puede adaptarse fácilmente a otros oncolíticos plataformas de virus o para descubrir genes de host que modulan generalmente replicación del virus.

Resumen

Tecnología de proyección de alto rendimiento genoma ARNi (ARN de interferencia) ha sido ampliamente utilizada para descubrir factores de huésped que afectan la replicación del virus. Aquí presentamos la aplicación de esta tecnología para descubrir destinos host que modulan específicamente la replicación de Maraba virus un rhabdovirus oncolíticos y virus de la vacuna con el objetivo de mejorar la terapia. Mientras que el protocolo ha sido probado para su uso con oncolíticos Maraba virus y virus de la vaccinia oncolíticos, este enfoque es aplicable a otros virus oncolíticos y también puede ser utilizado para la identificación de objetivos de host que modulan la replicación del virus en células de mamíferos en general. Este protocolo describe el desarrollo y validación de un ensayo para la detección de alto rendimiento RNAi en células mamíferas, las consideraciones claves y pasos de preparación importantes para la realización de una pantalla principal de ARNi de alto rendimiento y una guía paso a paso para realización de una pantalla principal de ARNi de alto rendimiento; Además, describen ampliamente los métodos para llevar a cabo estudios de validación terciaria y secundaria pantalla validación. El beneficio de alto rendimiento RNAi es que permite catalogar, de una manera amplia e imparcial, factores de huésped que modulan cualquier aspecto de la replicación del virus para el cual uno puede desarrollar un ensayo en vitro como la infectividad, explosión de tamaño, y la citotoxicidad. Tiene el poder para descubrir imprevistos bioterapéuticos objetivos basados en el conocimiento actual.

Introducción

Proyección de alto rendimiento genoma ARNi ha demostrado para ser una valiosa herramienta para revelar conocimientos biológicos en diversas áreas de estudio como la biología del virus. Lo largo de la última década, han realizado numerosos grupos celulares a gran escala ARNi screening para identificar ampliamente genes host que modulan la replicación del virus (revisado en¹^,²^,³^,⁴ ^, ⁵ ^, ⁶ ^, ⁷). Curiosamente, un gran número de estas pantalla....