Un protocole expérimental et de la bioinformatique pour les analyses d'ARN-Seq de la photopériode diapause dans le Asian Tiger Mosquito, Aedes albopictus

L’objectif général de l’expérience suivante est d’identifier les composantes transcriptionnelles de la réponse photopériodique à la diapause. Dans un pictus de coude des années 80 non modèle, cela est réalisé en produisant d’abord des échantillons biologiquement répliqués d’œufs de diapause et de non-diapause via différents traitements photopériodiques. Dans un deuxième temps, l’ARN est extrait de chaque réplication pour un séquençage de l’ARN à haut débit.

Les séquences d’ARN sont ensuite traitées par calcul pour les assembler en congs et les annoter. En fin de compte, des variations dans l’expression des gènes en réponse à des photopériodes induisant une diapause par rapport à des photopériodes non induisant une diapause peuvent être déduites de la MAP de Reeds à l’assemblage de l’ARN. Le principal avantage de cette technique par rapport aux méthodes existantes, telles que l’analyse micrologique, est qu’il n’est pas nécessaire d’utiliser des ressources génétiques préalables, telles que la séquence du génome ou une puce à ADN, pour obtenir des estimations globales de l’expression génique en réponse à des conditions de diapause.