Name: אופטימיזציה של השימוש של רובוט טיפול נוזלי לנהל גבוהה תפוקה קדימה כימי גנטיקה מסך של תודרנית לבנה (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-30T13:30:00.000+00:00
Duration: 11 min 58 s
Description: חקור גנטיקה כימית קדימה בנבטי Arabidopsis thaliana באמצעות רובוט טיפול נוזלי. שיטה זו מאפשרת גילוי יעיל של מולקולות קטנות חדשות המשפיעות על הפיזיולוגיה הצמחית.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

אנו מודים Jozsef החסידה, מיטשל ריצ'מונד, לג'רד Gollihue, אנדריאה סאנצ'ס לדיון ביקורתי ובונה. ד ר פרי Sharyn עבור הצילומים פנוטיפי. חומר זה מתבסס על עבודה הנתמכים על ידי הקרן הלאומית למדע תחת שיתופית הסכם מס 1355438.

1. יצירת ספריה דילול
<ol><li>תווית 625 דילול ספריית לוחות בכתב יד, ולהבטיח כי הם תואמים צלחת המקביל שלהם מהספריה כימי. בנוסף, להתחבר זרימה ולצאת צינורות זרימה רב-ערוצי עצה לשטוף כלים אוטומטיים מכשור מעבדתי Positioner (ALP) על ידי הכנסתם הכונן מסוף לטנק 5 המאגר (ראה טבלה של חומרים).</li>
	<li>גישה למחשב והפעל המשאבה שטיפת דרך החיבור של בקר התקן האלפ שטיפת עצה רב-ערוצי כדי לזרום מים. פעולה זו תבטל את באופן אוטומטי בסוף הפרוטוקול.</li>
	<li>עומס, בעבודת יד, ה-10 מערם המצורפת הקרוסלה מערם, לפי הסדר הבא במלונות A - D (איור 4, מערם); קופסא אחת של AP96 P20 פיפטה טיפים מקום 1, 4 V 96-ובכן-לוחות בחדרים 2-5 עם שתי צלחות העליון המכיל ריכוזים מניות מן הספרייה מסודרת והלוחיות התחתון שני ריק (איור 5, מערם). בנוסף, טען קופסא אחת של AP96 P20 פיפטה טיפים בחדר 6, וכן ארבעת V 96-ובכן-לוחות בחדרים 7-9 עם שתי צלחות העליון המכיל ריכוזים מניות של הספרייה מסודרת והלוחיות התחתון שני ריק (איור 5, מערם).</li>
	<li>הגדר, בכתב יד, הסיפון עם מאגר מים 300 מ ב- P3, אמבטיה EtOH 300 מ ל-70% P7, עצה מטעין ALP (TL1), ו ALP שטיפת עצה רב-ערוצי (TW1) (איור 4, הסיפון ו איור 5, הסיפון).</li>
	<li>שימוש בתוכנת ההפעלה, מתנה AP96 P20 פיפטה טיפים 10 מערם ולהעבירם האלפ מטעין עצה. הערה: 1.5 דרך 1.12 כל נעשים עם הנוזל טיפול תוכנת של הרובוט ההפעלה; ראה טבלה של חומרים.</li>
	<li>להציג את 2 חדר מלון א ולהפריד בין כל ארבעת 96-ובכן V-התחתון צלחות על הסיפון, הצבת התחתון 2 P4, P8 ו העליון שני על P5 ו- P9 (איור 4).</li>
	<li>לטעון AP96 P20 פיפטה טיפים עם מטעין עצה אלפ אל 200 96-ערוץ µL הראש. האחות µL 90 מן המאגר 300 מ ל מים, מדבקות/ברקודים לתוך המבקר 96-ובכן-צלחת דילול התחתון-P4. חזור על שלב זה עבור הלוחית P8.</li>
	<li>מערבבים על הלוחית ספריית כימי P5 שוב ושוב כ רפה בעברית, מחלק 15 µL שלוש פעמים. בנוסף, האחות µL 10 מ הלוחית ספריית כימי P5, לוותר על 10 µL המשקולת דילול ב P4.</li>
	<li>מערבבים הפתרונות של הצלחת על P4 שוב ושוב כ רפה בעברית, מחלק 50 µL בסך הכל שלוש פעמים. ברגע מעורב, לנקות הטיפים פיפטה P20 AP96 על ידי כ רפה בעברית dispensing µL 70 70% EtOH מ- P7, ואז מכבסת אותם ב- ALP שטיפת עצה רב-ערוצי על ידי כ רפה בעברית dispensing נפח 110% של המים ארבע פעמים.</li>
	<li>חזור על שלבים 1.8-1.9 עבור זוג צלחות על P8 ו- P9 השני. בעת יצירת המבקר 96-ובכן השני-צלחת דילול התחתון, מחסנית הלוחות לפי הסדר הבא מן התחתון אל העליון: P9, P5, P8 ו- P4. אז, במקום הערימה על אחד ריק ALP סטטי; P1, P2, P6, P10, P11, P12 או P13.</li>
	<li>חזור על שלבים 1.6-1.10 עד 5 חדר ב- Hotel מלון ריקה. חזור על שלב 1.5 להגיע 6 חדרים, חדשה AP96 P20 פיפטה טיפים לעבור האלפ מטעין עצה ועל הצבת העצות פיפטה P20 AP96 בשימוש על סלע סטטי ריק.</li>
	<li>חזור על שלבים 1.6-1.10 עד 9 חדרים של מלון A ריקה. עם זאת, על מנת להמשיך Hotel B, צלחות וטיפים על הסיפון חייב להיטען לתוך המלון א</li>
	<li>למלא מחדש, בכתב יד, מאגר המים 300 מ. שלב זה הוא קריטי, התוכנית המחשב ניתן לשלב עצירה המפרט את ההודעה, המחייב את המשתמש ללחוץ 'המשך', לפני ביצוע השלב הבא.</li>
	<li>חזור על הצעדים 1.5-1.13 למלונות הנותרים, הקפדה מלאה 300 מ ל מים עצמאים בכל פעם לפני שתמשיך למלון הבא.</li>
</ol>2. להוסיף את תערובת מדיה-זרע כדי הקרנת לוחות
<ol><li>להפוך את ½ Murashige Skoog (MS) מדיה עם 0.1% אגר על ידי התוספת של 4.3 g MS מלחי, 0.50 g MES, 1.0 g אגר L DI H 12או להתאים את ה-pH ל 5.7 למרות התוספת של 5 מ' אשלגן הידרוקסידי תוך מעקב אחר עם מכשיר בדיקה pH.</li>
	<li>לחטא זרעים ע י ניעור אותם בין 1% מלבין מרחביות בין 15 ל 30 דקות ולאחר מכן לשטוף 4 פעמים עם אמצעי אחסון שווה של מים על ידי צנטריפוגה. לאחר זרעים סטרילי, למקם אותם ב 4 ° C מ- 24 שעות עד 7 ימים עבור vernilization. מרכז המשאבים ביולוגית תודרנית מתאר שיטות נוספות של עיקור וסירוס, vernilization גידול22.</li>
	<li>להוסיף זרעים מדיה בעבודת יד-צפיפות של 0.1 גרם/100 mL. צפיפות זו התוצאה ממוצע של 3-10 זרעים לכל טוב של צלחת 96-ובכן.</li>
	<li>במקום, בעבודת יד, ארבעה שטוח 96-ובכן-לוחות חדרים 1 ו- 2 של המלון (איור 6, Hotel מלון). מקום קופסת AP96 P250 פיפטה עצות האלפ מטעין עצה, מאגר 300 מ"ל מלא עם התערובת מדיה-זרע שנוצרו בשלבים P3 על 2.1-2.3 ו 300 מ"ל מאגר מלא 70% EtOH-P7 (איור 4, הסיפון, איור 6 הסיפון). הערה: 2.5 עד 2.8 נעשים עם תוכנת הפעלה.</li>
	<li>להציג חדרים 1 ו- 2 Hotel מלון, ולהפריד בין ערמות של ארבעה לוחות. במקום לוח אחד על אחד של האלפים סטטי ריק (P4, P5, P6, P8, P9, P10, P11 ו P12). לטעון AP96 P250 פיפטה טיפים על 200 96-ערוץ µL הראש.</li>
	<li>האחות µL 90 מן המאגר מדיה-זרע 300 מ ב- P3, לוותר על לגור בדירה 96-ובכן הראשונה-צלחת התחתון. חזור על תהליך זה עד שמונה צלחות כל להכיל את התערובת מדיה-זרע.</li>
	<li>לנקות את הטיפים פיפטה P250 AP96 על ידי כ רפה בעברית dispensing 70 µL מן המאגר 300 מ"ל מלא 70% EtOH-P7. לשטוף את הטיפים ב רב-ערוצי עצה לשטוף ALP על ידי כ רפה בעברית dispensing נפח 110% של המים ארבע פעמים, לפרוק את הטיפים-TL1, לאסוף את הצלחות בעבודת יד.</li>
</ol>3. הוספת את מולקולות קטנות כדי הקרנת לוחות
<ol><li>עומס, ביד, קופסה של AP96 P250 פיפטה טיפים למלון. החדר 1 של A, שני V 96-ובכן-דילול לוחות ספריית לתוך החדרים 2, 4, 6 ו- 8, ו 96 שני טוב שטוח התחתונה הקרנת לוחות לחדרים 3, 5, 7 ו- 9 (איור 4 מערם ו- איור 7, Hotel מלון). בנוסף, לחבר את הצינורות את רב-ערוצי עצה שטיפת ALP לטנק 5 אגירה וממנה. הערה: 3.2 דרך 3.10 נעשים עם תוכנת הפעלה.</li>
	<li>קביעת תצורה של החפיסה כדי להכיל מאגר לשטוף EtOH של 70% 300 מ"ל-P7; מאגר מדיה-זרע יכול להישאר על הסיפון-P3 (איור 4, הסיפון, איור 7, הסיפון). בנוסף, להפעיל את הכונן מסוף דרך חיבור של בקר התקן לזרום מים דרך האלפ שטיפת עצה רב-ערוצי. פעולה זו תבטל את באופן אוטומטי בסוף הפרוטוקול.</li>
	<li>להציג AP96 P250 פיפטה עצה תיבת Hotel א והעברתו האלפ מטעין עצה.</li>
	<li>להציג את V 96-ובכן-ספריית דילול לוחות 2 חדר של מלון A הסיפון, במקום אחד על ALP סטטי P4 ואחד על P8. להציג את הדירה 96-ובכן-לוחות הקרנה של חדר 3 של מלון לסיפון ומניחים אחד ב- ALP סטטי P5 ואחד על P9.</li>
	<li>לטעון AP96 P250 פיפטה טיפים עם מטעין עצה אלפ אל 200 96-ערוץ µL הראש.</li>
	<li>לערבב את V 96-ובכן-צלחת דילול התחתון-P4 על ידי כ רפה בעברית dispensing 50 µL שלוש פעמים. בעקבות זאת, תשאף µL 10 מן הצלחת הזו, לוותר על תוך הדירה 96-ובכן-הצלחת התחתונה הקרנה על P5.</li>
	<li>מערבבים את הפתרונות בצלחת-P5 על ידי כ רפה בעברית dispensing 50 µL שלוש פעמים. לנקות את הטיפים פיפטה P250 AP96 עם אתנול כ רפה בעברית, מחלק µL 70 70% EtOH מן המאגר-P7 ולאחר מכן לשטוף הטיפים ב רב-ערוצי עצה שטיפת ALP על ידי כ רפה בעברית dispensing נפח 110% של מים ארבע פעמים.</li>
	<li>חזור על הצעדים 3.5 ו 3.6 V 96-ובכן השני-ספריית הצלחת התחתונה דילול (P8), 96-ובכן שטוח-צלחת ההקרנה התחתון (P9).</li>
	<li>מחסנית השניים 96-ובכן V-ספריית דילול לוחות יחד, שתי צלחות של ההקרנה התחתון שטוח 96-ובכן ביחד. להעביר את הצלחות סטטי האלפים P1, P2, P6, P10, P11, P12 או P13.</li>
	<li>חזור על השלבים 3.4-3.9 שלוש פעמים, הוספת כימיקלים מדולל הקרנת פלטות בסך הכל שמונה פעמים. לבסוף, בדוק את המספר של זרעים של כל טוב של הלוחות הקרנה באמצעות אישור חזותי, תוספת מאותן בארות עם פחות משלושה זרעים על ידי זרעים סטיריליים ו vernalized נוספים.</li>
</ol>4. דגירה והדמיה של הקרנת לוחות
<ol><li>דגירה הלוחות הקרנת 96-ובכן שטוח התחתונה במשך ארבעה ימים ב חדר סביבתי ב 22 ° C על מחזור 16/8/כהה במיכל הוכחה לייבוש. דמיינו את 96-ובכן שטוח התחתונה הקרנת פלטות תחת מיקרוסקופ ויבתר. לתעד את כל חריגה פנוטיפים לחקירה נוספת.</li>
</ol>

<ol><li>Blackwell, H. E., Zhao, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+genetic+approaches+to+plant+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Chemical genetic approaches to plant biology.</a> Plant Physiol. 133 (2), 448-455 (2003).</li>
<li>Dejonghe, W., Russinova, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+chemical+genetics%3A+From+phenotype-based+screens+to+synthetic+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Plant chemical genetics: From phenotype-based screens to synthetic biology.</a> Plant Physiol. 174 (1), 5-20 (2017).</li>
<li>McCourt, P., Desveaux, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+chemical+genetics%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Plant chemical genetics.</a> New Phytol. 185 (1), 15-26 (2010).</li>
<li>Lumba, S., Cutler, S., McCourt, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+nuclear+hormone+receptors%3A+A+role+for+small+molecules+in+protein-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Plant nuclear hormone receptors: A role for small molecules in protein-protein interactions.</a> Annu Rev Cell Dev Biol. 26, 445-469 (2010).</li>
<li>Hicks, G. R., Raikhel, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Opportunities+and+challenges+in+plant+chemical+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Opportunities and challenges in plant chemical biology.</a> Nat Chem Biol. 5 (5), 268-272 (2009).</li>
<li>De Rybel, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+role+for+the+root+cap+in+root+branching+revealed+by+the+non-auxin+probe+naxillin%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">A role for the root cap in root branching revealed by the non-auxin probe naxillin.</a> Nat Chem Biol. 8 (9), 798-805 (2012).</li>
<li>Koornneef, M., Meinke, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+development+of+Arabidopsis+as+a+model+plant%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+J%22%5BJournal%5D)">The development of Arabidopsis as a model plant.</a> Plant J. 61 (6), 909-921 (2010).</li>
<li>Serrano, M., Kombrink, E., Meesters, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Considerations+for+designing+chemical+screening+strategies+in+plant+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Considerations for designing chemical screening strategies in plant biology.</a> Front Plant Sci. 6, 131(2015).</li>
<li>Yoshitani, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+structure-based+strategy+for+discovery+of+small+ligands+binding+to+functionally+unknown+proteins%3A+Combination+of+in+silico+screening+and+surface+plasmon+resonance+measurements%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">A structure-based strategy for discovery of small ligands binding to functionally unknown proteins: Combination of in silico screening and surface plasmon resonance measurements.</a> Proteomics. 5 (6), 1472-1480 (2005).</li>
<li>Macarron, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Impact+of+high-throughput+screening+in+biomedical+research%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Impact of high-throughput screening in biomedical research.</a> Nat Rev Drug Discov. 10 (3), 188-195 (2011).</li>
<li>DeBolt, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Morlin%2C+an+inhibitor+of+cortical+microtubule+dynamics+and+cellulose+synthase+movement%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Morlin, an inhibitor of cortical microtubule dynamics and cellulose synthase movement.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (14), 5854-5859 (2007).</li>
<li>Christian, M., Hannah, W. B., Luthen, H., Jones, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+auxins+by+a+chemical+genomics+approach%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Identification of auxins by a chemical genomics approach.</a> J Exp Bot. 59 (10), 2757-2767 (2008).</li>
<li>Drakakaki, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clusters+of+bioactive+compounds+target+dynamic+endomembrane+networks+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22PNAS%22%5BJournal%5D)">Clusters of bioactive compounds target dynamic endomembrane networks in vivo.</a> PNAS. 108 (43), 17850-17855 (2011).</li>
<li>Armstrong, J. I., Yuan, S., Dale, J. M., Tanner, V. N., Theologis, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+inhibitors+of+auxin+transcriptional+activation+by+means+of+chemical+genetics+in+Arabidopsis%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Identification of inhibitors of auxin transcriptional activation by means of chemical genetics in Arabidopsis.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (41), 14978-14983 (2004).</li>
<li>Brown, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+small+molecule+with+differential+effects+on+the+PTS1+and+PTS2+peroxisome+matrix+import+pathways%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+J%22%5BJournal%5D)">A small molecule with differential effects on the PTS1 and PTS2 peroxisome matrix import pathways.</a> Plant J. 65 (6), 980-990 (2011).</li>
<li>De Rybel, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+inhibition+of+a+subset+of+Arabidopsis+thaliana+GSK3-like+kinases+activates+brassinosteroid+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Chemical inhibition of a subset of Arabidopsis thaliana GSK3-like kinases activates brassinosteroid signaling.</a> Chem Biol. 16 (6), 594-604 (2009).</li>
<li>Arkin, M. R., Tang, Y., Wells, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small-molecule+inhibitors+of+protein-protein+interactions%3A+progressing+toward+the+reality%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: progressing toward the reality.</a> Chem Biol. 21 (9), 1102-1114 (2014).</li>
<li>St Onge, R., Schlecht, U., Scharfe, C., Evangelista, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Forward+chemical+genetics+in+yeast+for+discovery+of+chemical+probes+targeting+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">Forward chemical genetics in yeast for discovery of chemical probes targeting metabolism.</a> Molecules. 17 (11), 13098-13115 (2012).</li>
<li>Vassilev, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+activation+of+the+p53+pathway+by+small-molecule+antagonists+of+MDM2%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">In vivo activation of the p53 pathway by small-molecule antagonists of MDM2.</a> Science. 303 (5659), 844-848 (2004).</li>
<li>Zhao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+genetic+interrogation+of+natural+variation+uncovers+a+molecule+that+is+glycoactivated%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Chemical genetic interrogation of natural variation uncovers a molecule that is glycoactivated.</a> Nat Chem Biol. 3 (11), 716-721 (2007).</li>
<li>Walsh, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+emerging+field+of+chemical+genetics%3A+Potential+applications+for+pesticide+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Pest+Manag+Sci%22%5BJournal%5D)">The emerging field of chemical genetics: Potential applications for pesticide discovery.</a> Pest Manag Sci. 63 (12), 1165-1171 (2007).</li>
<li>Center, A. B. R. Seed Handling. , The Ohio State University. Available from:
 <a target="_blank" href="https://abrc.osu.edu/seed-handling">https://abrc.osu.edu/seed-handling</a> (2013).</li>
<li>Knoth, C., Salus, M. S., Girke, T., Eulgem, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+synthetic+elicitor+3%2C5-dichloroanthranilic+acid+induces+NPR1-dependent+and+NPR1-independent+mechanisms+of+disease+resistance+in+Arabidopsis%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">The synthetic elicitor 3,5-dichloroanthranilic acid induces NPR1-dependent and NPR1-independent mechanisms of disease resistance in Arabidopsis.</a> Plant Physiol. 150 (1), 333-347 (2009).</li>
<li>Conway, M. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scalable+96-well+Plate+based+iPSC+culture+and+production+using+a+robotic+liquid+handling+system%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Scalable 96-well Plate based iPSC culture and production using a robotic liquid handling system.</a> J Vis Exp. , (2015).</li>
<li>Daniszewski, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+cell+culture+systems+and+their+applications+to+human+pluripotent+stem+cell+studies%5BTitle%5D)+AND+%22SLAS+Technol%22%5BJournal%5D)">Automated cell culture systems and their applications to human pluripotent stem cell studies.</a> SLAS Technol. , (2017).</li>
<li>Popa-Burke, I., Russell, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Compound+precipitation+in+high-concentration+DMSO+solutions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomol+Screen%22%5BJournal%5D)">Compound precipitation in high-concentration DMSO solutions.</a> J Biomol Screen. 19 (9), 1302-1308 (2014).</li>
<li>Partridge, F. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+automated+high-throughput+system+for+phenotypic+screening+of+chemical+libraries+on+C.+elegans+and+parasitic+nematodes%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Protoc%22%5BJournal%5D)">An automated high-throughput system for phenotypic screening of chemical libraries on C. elegans and parasitic nematodes.</a> Cold Spring Harb Protoc. , (2017).</li>
</ol>

המחברים מצהירים כי יש להם אינטרסים כלכליים אין מתחרים.

פרוטוקול זה תוכנן כדי לסייע לחוקרים שישותו מסך קדמי גנטיקה כימי על תודרנית. אנו מספקים תוצאות נציג ממסך של תרכובות 50,000 (איור 2 , איור 3), באחד המסכים הקדמיים גנטיקה כימי הגדול ביותר לבצע תודרנית עד כה9,13,23. השימוש של רובוט טיפול בנוזלים מופעלת ספריית דילול יעיל יותר, הקרנת ספריית הדור, לשפר את המהירות והיעילות של זיהוי של תרכובות הרומן. הגדלת הקיבולת למסך בטבע תפוק...

ב- 20 השנים האחרונות החוקרים בתחום ביולוגית הצמח עשו צעדים גדולים באמצעות גישות גנטיקה כימי, ויוצאים, שיפור ההבנה שלנו של דופן התא ביוסינטזה, שלד התא, הורמון ביוסינטזה והאיתות, gravitropism, פתוגנזה, ביוסינטזה פורין ו endomembrane סחר1,2,3,4,5. העסקת גנטיקה כימי קדימה טכניקות מאפשר זיהוי פנוטיפים עניין ומאפשר לחוקרים להבין את היסודות genotypic של תהליכים מסוימים. לעומת זאת, גנטיקה כימית הפוכה מחפש כימיקלים המקיימים אינטראקציה עם היעד שנקבע מראש חלבון6. תודרנית כבר בחוד החנית של תגליות אלה בביולוגיה צמח כי הגנום שלו הוא קטן, מיפוי, מבואר. יש לו זמן דור קצר, ויש מספר שורות חשבונאי/כתב זמין להקל על הזיהוי של חריגה מכונות subcellular7.
ישנם שני צווארי בקבוק גדול כי להאט התקדמות קדימה מסכי גנטי כימי הראשונית סינון, קביעת היעד של המתחם של ריבית8. מכשיר מרכזי להגדיל את המהירות של מולקולה קטנה הבחירה הוא השימוש אוטומציה, ציוד אוטומטי9. טיפול בנוזלים רובוטים היה אינסטרומנטלי שנסע התקדמות מדעי הביולוגיה10הינם כלי מצוין לטיפול ספריות גדולות של מולקולות קטנות. פרוטוקול המובאת כאן נועד להקל על צוואר הבקבוק המשויך תהליך המיון, הפעלת הזיהוי של מולקולות קטנות ביואקטיביות בקצב מהיר. טכניקה זו מקטינה את נטל העבודה ואת זמן מטעם המפעיל תוך כדי גם הפחתת העלות הכלכלית לחוקר עקרון.
עד כה, ספריות כימי רוב ניתח להחזיק בין תרכובות 10,000 ו- 20,000, חלקם עם כמה שיותר 150,000 וחלק עם כמה כמו 709,11,12,13,14, 15 , 16. פרוטוקול הציג במסמך זה יושם על ספריה מולקולה קטנה של תרכובות 50,000 (ראה טבלה של חומרים), אחד של הגנטיקה כימי קדמי גדול יותר מסכי תודרנית מתנהל על תאריך. פרוטוקול זה מתאים עם המגמה הנוכחית לקראת התייעלות ומהירות לגבי גנטיקה כימי קדימה, במיוחד כאשר זה נוגע גם גילוי קוטל עשבים, חרקים גילוי, פטריות לגלות, סמים גילוי, וביולוגיה סרטן17 ,18,19,20,21. למרות מיושמת כאן עם תודרנית, פרוטוקול זה, יכול בקלות להיות מותאם תרביות תאים, נבגים וחרקים שעלולים אפילו בינוני נוזלי בתוך 96, 384- או צלחות 1536-. טוב. בגלל גודלו הקטן, תודרנית הוא נוטה הקרנה ב- 96 צלחות היטב. עם זאת, הפצת זרעים באופן שווה בין וולס הוא אתגר. יד זריעה מדויקת אבל עבודה אינטנסיבית, למרות קיימים התקנים שנועדו לוותר על זרעים לוחות 96-ובכן, הם יקרים לרכוש. כאן, אנו מראים איך שלב זה אוכל מצויין עם רק הפסד קטן ברמת הדיוק.
המטרה הכוללת של שיטה זו היתה ההקרנה ספריה גדולה כימי נגד תודרנית יותר לניהול, מבלי להתפשר על דיוק, באמצעות השימוש של רובוט טיפול בנוזלים. השימוש בשיטה זו משפרת את היעילות של החוקר על ידי הפחתת לוקחים את הזמן כדי להשלים את סדרת דילול ראשוני וניהול במסכים הבאים פנוטיפי, המאפשר ויזואליזציה מהירה של דגימות תחת מיקרוסקופ ויבתר, ומהירה זיהוי של הרומן ביואקטיביות מולקולות קטנות. איור 1 מציג התוצאות של פרוטוקול זה מפתח ב- 4 שלבים.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57393/57393fig1.jpg"> איור 1: זרימת העבודה הכולל של המסך גנטיקה כימי קדימה. מבט כולל על פרוטוקול מכדי לתארו כמה פרטים עבור כל אחד השלבים המפתח 4. 1: קבלת הספרייה כימי, 2: ביצוע הספרייה דילול, 3: מכין את הצלחות הקרנת ו- 4: המקננת והצגה של הלוחות ההקרנה. <a href="/files/ftp_upload/57393/57393fig1large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של הדמות הזאת.</a>

<table><tbody><tr><td>מקלדת</td><td>ספק מקומי</td> N<td>/A</td><td>משמש לתכנון פרוטוקול ותפעול הספק המקומי של Biomek FX</td></tr><tr><td>Mouse</td><td></td><td>N/A</td><td>משמש לתכנון ותפעול הפרוטוקול Biomek</td></tr><tr><td>FX</td><td>הספק המקומי</td><td>N/A</td><td>משמש לתכנון ותפעול הפרוטוקול Biomek FX</td></tr><tr><td></td><td>הספק המקומי</td><td></td><td>המשמש לתכנון ותפעול פרוטוקול ספריית הסינון המגוונת של Biomek FX</td></tr><tr><td>DIVERSet</td><td>ChemBridge</td><td>N/A</td><td>הספרייה הכימית</td></tr><tr>תוכנת<td>Biomek</td><td>בקמן קולטר</td><td>N/A</td><td>מפעילה ומתכננת את בקר ההתקן Biomek FX</td></tr><tr><td></td><td>בקמן קולטר</td><td>719366</td><td>מפעילה את משאבת המים/תחנת שטיפת הקצה</td></tr><tr><td>קרוסלת מערם תליון</td><td>בקמן קולטר</td><td>148240</td><td>הפעלה ידנית של Biomek קרוסלת מערם</td></tr><tr><td>ביומק קרוסלה</td><td>בקמן קולטר</td><td>148520</td><td>יחידה סיבובית המאכלסת את כל מערם FX של FX Stacker 10</td></tr><tr><td></td> יחידת מעלית <td>148522 בקמן קולטר</td><td></td><td>המאכלסת רכיבים למסך</td></tr><tr><td>FX Stacker 10</td><td>בקמן קולטר</td><td>148522</td><td>יחידת מעלית המאכלסת רכיבים למסך</td></tr><tr><td>FX Stacker 10</td><td>בקמן קולטר</td><td>148522</td><td>יחידת מעלית המאכלסת רכיבים למסך</td></tr><tr><td>FX Stacker 10</td><td>Beckman Coulter</td><td>148522</td><td>יחידת מעלית המאכלסת רכיבים למסך</td></tr><tr><td>Biomek FX</td><td>Beckman Coulter</td><td></td><td>https://www.beckman.com/liquid-handlers Robot המבצע את הפעולות הרצויות</td></tr><tr><td>Accuframe</td><td>Artisan Technology Group</td><td>76853-4</td><td>זרוע מסגרות להצבת רכיבים באופן מתאים</td></tr><tr><td>מתקן מסגור</td><td>בקמן קולטר</td><td>719415</td><td>זרוע מרכזית ב-Accuframe</td></tr><tr><td>Multichannel Tip Wash ALP</td><td>Beckman Coulter</td><td>719662</td><td>שוטף את הקצוות לאחר מעמיס הקצה של אמבט האתנול</td></tr><tr><td>ALP</td><td>Beckman Coulter</td><td>719356</td><td>טוען באופן פנאומטי טיפים על הזרוע</td></tr><tr><td>מדחס אוויר</td><td>מקומי</td><td>N/A</td><td>מספק אוויר לטעינת קצה פנאומטי</td></tr><tr><td>כונן קונסולת MasterFlex</td><td>משאבה Cole-Parmer</td><td>77200-65</td><td>המשמשת להפצת מים דרך צינור האוויר הרב-ערוצי של מכונת הכביסה הרב-ערוצית</td></tr><tr><td></td><td>ספק מקומי</td><td>N/A</td><td>מספק אוויר ממדחס אוויר לצינור מים של מעמיס קצה</td></tr><tr><td></td><td>ספק מקומי</td><td>N/A</td><td>מספק מים ממאגר 5 ליטר למכונת כביסה</td></tr><tr><td>סטטית של ALP</td><td>בקמן קולטר</td><td>מגיע עם ציוד תומך ב-Biomek FX</td><td>למסך</td></tr><tr><td>5 ליטר מילואים</td><td>ספק מקומי</td><td>N/A</td><td>ממחזר את המים המלוכלכים מניקוי הקצוות</td></tr><tr><td>Grippers</td><td>Beckman Coulter</td><td>מגיע עם Biomek FX</td><td>Grabs ומעביר את הציוד למקומות הנכונים</td></tr><tr><td>96-Channel 200 ומיקרו; L Head</td><td>Beckman Coulter</td><td>מגיע עם Biomek FX</td><td>מחזיק את 96 הטיפים המשמשים במסך</td></tr><tr><td>AP96 P200 טיפים לפיפטה</td><td>בקמן קולטר</td><td>717251</td><td>משמש לייצור ספריית ההקרנה</td></tr><tr><td>96 צלחת תחתונה שטוחה היטב</td><td>Costar</td><td>9018</td><td>מסייע בוויזוליזציה של המסך</td></tr><tr><td>96 Well V-Bottom Plate</td><td>Costar</td><td>3897</td><td>מסייע באחסון ספריית דילול</td></tr><tr><td>AlumaSeal 96 סרט איטום</td><td>MedSci</td><td>F-96-100</td><td>אטמים לאחסון הן ספריית הכימיה והן ספריית הדילול</td></tr><tr><td>שקיות סנדוויץ' רוכסן מפלסטיק</td><td>ספק מקומי</td><td>N/A</td><td>משמש להבטחת סביבה לחה למסך</td></tr><tr><td>AP96 P20 טיפים לפיפטה</td><td>בקמן קולטר</td><td>717254</td><td>משמש ביצירת ספריית הדילול</td></tr><tr><td>תא צמיחה</td><td>Percival</td><td>AR36L3</td><td>מנביט זרעים לפנוטיפ מרית ויזוליזציה</td></tr><tr><td></td><td>ספק מקומי</td><td>N/A</td><td>מחזיק זרעים להוספה לבארות שבהן זרע נוזלי נכשל כראוי</td></tr><tr><td>קיסם</td><td>מקומי</td><td>ספק N/A</td><td>דוחף זרעים ממרית לבארות</td></tr><tr><td>Murashige ו-Skoog תערובת מלח בזאלי</td><td>PhytoTechnology Laboratories</td><td>M524</td><td>הוסף לתערובת מדיה</td></tr><tr><td>MS חומצה חופשית MES מונוהידראט</td><td>פישר מדעי</td><td>ICN19483580</td><td>נוסף למדיה MS כדי להפחית את ה-pH</td></tr><tr><td>אבקת אגר</td><td>Alfa Aesar</td><td>9002-18-0</td><td>מגדיל את עובי המדיה לתמיכה בתרחיף זרעים</td></tr><tr><td>5M KOH</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>484016</td><td>מגביר את ה-pH לרמות נאותות</td></tr><tr><td>בקבוק אחסון מדיה 1 ליטר</td><td>קורנינג</td><td>1395-1L</td><td>מחזיק מספיק מדיה למסך</td></tr><tr><td>צינורות צנטריפוגה מפוליפרופילן</td><td>קורנינג</td><td>431470</td><td>מעקר זרעים לפני ורניליזציה</td></tr><tr><td>בדיקת pH</td><td>דייוויס אינסטרומנטס</td><td>YX-58825-26</td><td>משמש לייצור מדיה</td></tr><tr><td>ALPs (ממקמי מעבדה אוטומטיים) מדריך למשתמש</td><td>בקמן קולטר</td><td>PN</td><td>987836 מסייע בהגדרת הציוד הנלווה לקרוסלת Biomek</td></tr><tr><td>FX Biomek 2000 Stacker Carousel מדריך למשתמש</td><td>בקמן קולטר</td><td>609862-AA</td><td>מסייע בהגדרת קרוסלת</td></tr> <tr><td>המערםBiomek FX ו-FXP מדריך למשתמש של תחנות עבודה לאוטומציה במעבדה</td><td>Beckman Coulter</td><td>PN 987834</td><td>משמש למסגרת הפוד הרב-ערוצי</td></tr><tr><td>Biomek FXP אוטומציה של תחנת עבודה מדריך הפעלה ללקוח</td><td>בקמן קולטר</td><td>PN B32335AB</td><td>משמש לסיוע בהגדרת המדריך למשתמש של תוכנת Biomek FX</td></tr><tr><td>Biomek</td><td>Beckman Coulter</td><td>PN 987835</td><td>משמש להגדרה והבנה של תוכנה</td></tr></tbody></table>

אופטימיזציה של השימוש של רובוט טיפול נוזלי לנהל גבוהה תפוקה קדימה כימי גנטיקה מסך של תודרנית לבנה

Optimizing the Use of a Liquid Handling Robot to Conduct a High Throughput Forward Chemical Genetics Screen of Arabidopsis thaliana

גנטיקה כימי יותר ויותר מתבצעים לפענח את תכונות בצמחים שעשויים להיות עקשניים על גנטיקה מסורתי הגן יתירות או הקטלניות. עם זאת, ההסתברות של מולקולה קטנה סינתטי להיות ביו היא נמוכה; לכן, אלפי מולקולות חייב להיבדק על מנת למצוא עניין. נוזלי טיפול רובוטיקה מערכות נועדו להתמודד עם מספר רב של דוגמאות, הגדלת המהירות שבה ספרייה כימיים יכולים להיות מוקרן בנוסף מזעור/סטנדרטיזציה של שגיאה. כדי להשיג מסך גנטיקה כימי קדימה תפוקה גבוהה של ספריה של 50,000 מולקולות קטנות על תודרנית לבנה (תודרנית), פרוטוקולים באמצעות נוזל רב-ערוצי ספסל-העליון טיפול רובוט פותחו הדורשים מינימלי טכנאי מעורבות. אותם פרוטוקולים, התגלו מולקולות קטנות 3,271 שגרם פנוטיפי שינויים הנראים לעין. תרכובות 1,563 המושרה שורשים קצרים, תרכובות 1,148 שינו צבע, תרכובות 383 גרם שורש השיער שינויים אחרים, שאינם-מחולק לקטגוריות, ואת תרכובות 177 עכבות נביטה.

היכולת בדייקנות וביעילות לאפיין פנוטיפים בהתבסס על התוספת של מולקולות קטנות-הקרנת ריכוזים תחת מיקרוסקופ ויבתר היא היעד הסופי של שיטת העברה כימית גנטיקה על תודרנית. הפנוטיפים נצפו כל התרכובות 50,000 היו הוקרנו מגוונים, יכול להיות שבור לתוך כמה כיתות נפרדות (איור 2). איור 3 א -F מציג דוגמאות של פנוטיפים אשר נצפו בהגדלה נמוכה תחת מיקרוסקופ ויבתר. כמה פנוטיפים סיפק תוצאות חד משמעיות (איו...

מסך תפוקה גבוהה של מולקולות קטנות סינתטי נערך על מודל צמח מינים, תודרנית לבנה. פרוטוקול זה, שפותח עבור רובוט טיפול בנוזלים, מגביר את המהירות של גנטיקה כימי קדמי מסכים, האצת גילוי הרומן מולקולות קטנות המשפיעים על פיזיולוגיה של הצמח.

Chemical genetics is increasingly being employed to decode traits in plants that may be recalcitrant to traditional genetics due to gene redundancy or ...

המטרה הכוללת של פרוטוקול זה היא לבצע סקר גנטיקה כימית בתפוקה גבוהה קדימה על שתילי Arabidopsis. בשיטה זו אנו יכולים לגלות ביעילות וביעילות מולקולות קטנות חדשות המשפיעות על הפיזיולוגיה של הצמח. תגליות אלו יספקו את הבסיס למחקרים נוספים בתהליכים פיזיולוגיים, כגון סינתזת דופן התא.היתרון העיקרי של טכניקה זו הוא שניתן לסנן עשרות אלפי מולקולות קטנות בפרק זמן קצר. אף על פי שפרוטוקול זה מיועד למין צמח המודל Arabidopsis, ניתן להתאים אותו בקלות לאורגניזמים אחרים, כגון חרקים, מיקרואורגניזמים או תרבית תאים. הרעיון לפרוטוקול הזה עלה לנו לראשונה כשלמדנו שהמרכז הגנומי של האוניברסיטה צריך למצוא בית לרובוט לטיפול בנוזלים עודפים.מיד התנדבנו להוריד את זה מהידיים שלהם. הכן את ספריית הדילול ואת Multichannel Tip Wash Automated Labware Positioner או ALP כמתואר בפרוטוקול הטקסט. טען ידנית את ה-Stacker 10s המחוברים לקרוסלת המערם.במלונות A עד D, טען תחילה קופסה אחת של קצות פיפטה AP96 P20 בחדר 1. לאחר מכן, טען ארבע צלחות V תחתונות של 96 בארות בחדרים 2 עד 5 עם שתי לוחות עליונים המכילים ריכוזי מלאי מהספרייה המסודרת ושתי הלוחות התחתונים האחרים ריקים. בנוסף, טען קופסה אחת של קצות פיפטה AP96 P20 בחדר שש.טען ארבע צלחות תחתונות V בעלות 96 בארות בחדרים שבע עד תשע כאשר שתי הלוחות העליונים מכילים ריכוזי מלאי של הספרייה המסודרת ושתי הלוחות התחתונים ריקים. הגדר את הסיפון עם 300 מיליליטר מים במאגר ב-P3, אמבט אתנול של 300 מיליליטר 70% ב-P7, ה-Tip Loader ALP וה-Multichannel Tip Wash ALP. באמצעות תוכנת ההפעלה של הרובוט לטיפול בנוזלים, הצג קצות פיפטה AP96 P20 מה-Stacker 10 והעבר אותם ל-Tip Loader ALP.הציגו את חדר 2 ממלון A והפרידו את כל ארבעת לוחות ה-V התחתונים עם 96 בארות על הסיפון, והניחו את השניים התחתונים על P4 ו-P8 ואת השניים העליונים על P5 ו-P9. טען את קצות הפיפטה AP96 P20 עם ה-Tip Loader ALP על ראש 96 ערוצים בנפח 200 מיקרוליטר. שאפו 90 מיקרוליטר ממאגר המים של 300 מיליליטר והוציאו לתוך צלחת הדילול של 96 בארות עם תחתית V ב-P4. חזור על השלב עבור הצלחת ב- P8. מערבבים את לוחית הספרייה הכימית על P5 על ידי שאיבה חוזרת ונשנית של 15 מיקרוליטר שלוש פעמים. בנוסף, שאפו 10 מיקרוליטר מלוח הספרייה הכימית ב-P5 והוציאו 10 מיקרוליטר לתוך לוחית הדילול ב-P4. מערבבים את תמיסות הצלחת ב-P4 על ידי שאיבה חוזרת ונשנית של 50 מיקרוליטר בסך הכל שלוש פעמים.לאחר הערבוב, נקו את קצות הפיפטה AP96 P20 על ידי שאיבה והוצאה של 70 מיקרוליטר של 70% אתנול מ-P7, ולאחר מכן שטפו אותם ב-Multichannel Tip Wash ALP על ידי שאיבה והוצאה של 110% נפח מים ארבע פעמים. חזור על שלבים אלה עבור זוג הלוחות השני ב- P8 ו- P9. עם יצירת צלחת הדילול השנייה עם 96 בארות V-bottom, ערמו את לוחות P9, P5, P8 ו-P4 בסדר זה מלמטה למעלה. לאחר מכן, מקם את המחסנית על ALP סטטי ריק אחד.השתמש ב- P1, P2, P6, P10, P11, P12 או P13. חזור על שלבים אלה עד שחדר חמש במלון A יתרוקן, ולאחר מכן התחל את התהליך שוב עם ההגעה לחדר שש, העבר את קצות הפיפטה החדשים של AP96 P20 ל-Tip Loader ALP והנח את קצות הפיפטה המשומשים AP96 P20 על ALP סטטי ריק. חזור על ההליך עד שחדר 9 במלון A יתרוקן.על מנת להמשיך למלון B, יש לטעון מחדש את הצלחות והטיפים על הסיפון למלון A.למרות שהרובוט יכול לעבוד ללא השגחה, יש צורך למלא מחדש את מאגר המים לאחר כל מחזור דילול. אם המחזור יתחיל מחדש עם מים לא מספיקים, הרובוט ישאב אוויר והכימיקלים לא ידוללו. מלא ידנית את מאגר המים בנפח 300 מיליליטר.תוכנת המחשב יכולה לשלב הפסקה המפרטת הודעה זו, המחייבת את המשתמש ללחוץ על המשך לפני ביצוע השלב הבא. חזור על שלבי הדילול עבור שלושת המלונות הנותרים. הוסף ידנית זרעים למדיה בצפיפות של 0.1 גרם ל 100 מיליליטר.צפיפות זו מביאה לממוצע של 3-10 זרעים לבאר של צלחת של 96 בארות. הנח ידנית ארבע צלחות עם תחתית שטוחה של 96 בארות בחדרים 1 ו-2 של מלון A.הנח קופסה של קצות פיפטות AP96 P250 על מעמיס הקצה ALP, מאגר של 300 מיליליטר מלא בתערובת זרעי המדיה ב-P3, ומאגר של 300 מיליליטר מלא באתנול 70% ב-P7. באמצעות תוכנת ההפעלה, הציגו את חדרים 1 ו-2 במלון A והפרידו את ערימות ארבע הלוחות. הנח צלחת אחת על כל אחד מה-ALPs הסטטיים הריקים, ולאחר מכן טען את קצות הפיפטה AP96 P250 על ראש 96 ערוצים של 200 מיקרוליטר.שאפו 90 מיקרוליטר ממאגר זרעי המדיה בנפח 300 מיליליטר ב-P3 והוציאו אותו לצלחת התחתונה השטוחה הראשונה של 96 בארות. חזור על תהליך זה עד שכל שמונה הצלחות מכילות את תערובת זרעי המדיה. נקה את קצות הפיפטה AP96 P250 על ידי שאיבה והוצאה של 70 מיקרוליטר ממאגר ה-300 מיליליטר המלא ב-70% אתנול ב-P7. שטפו את הקצוות ב-Multichannel Tip Wash ALP על ידי שאיבה והוצאה של 110% נפח מים ארבע פעמים, ולאחר מכן פרקו את הקצוות ב-TL1.לבסוף, אספו את הצלחות ביד. טען ידנית קופסה של קצות פיפטה AP96 P250 לחדר הראשון של מלון A.כמו כן, טען שתי צלחות ספריית דילול תחתית V של 96 בארות לחדרים שתיים, ארבע, שש ושמונה. טען שתי לוחות סינון עם תחתית שטוחה של 96 בארות לחדרים שלוש, חמש, שבע ותשע.באמצעות תוכנת ההפעלה, הגדר את הסיפון כך שיכיל מאגר שטיפה של 300 מיליליטר של 70% אתנול ב-P7. ניתן להשאיר את מאגר זרעי המדיה על הסיפון ב-P3. בנוסף, הפעל את כונן הקונסולה באמצעות חיבור בקר ההתקן כדי להזרים מים דרך Multichannel Tip Wash ALP. פעולה זו תכבה באופן אוטומטי בסוף הפרוטוקול. הציגו את קופסת קצה הפיפטה AP96 P250 ממלון A והעבירו אותה ל-Tip Loader ALP.לאחר מכן, הציגו את לוחות ספריית הדילול של 96 בארות V מחדר 2 של מלון A לסיפון. הנח צלחת אחת על ALP P4 סטטי וצלחת אחת על P8. לאחר מכן, הציגו את לוחות ההקרנה עם 96 בארות עם תחתית שטוחה מחדר 3 של מלון A לסיפון. הנח צלחת אחת על ALP P5 סטטי ואחת על P9. טען את קצות הפיפטה AP96 P250 עם ה-Tip Loader ALP על ראש 96 ערוצים של 200 מיקרוליטר.מערבבים את צלחת הדילול התחתונה V עם 96 בארות ב-P4 על ידי שאיבה וחלוקה של 50 מיקרוליטר שלוש פעמים. לאחר מכן, שאפו 10 מיקרוליטר מהצלחת הזו והוציאו לתוך צלחת הסינון התחתונה השטוחה עם 96 בארות ב-P5. מערבבים את התמיסות בצלחת ב-P5 על ידי שאיבה וחלוקה של 50 מיקרוליטר שלוש פעמים. נקה את קצות הפיפטה AP96 P250 עם אתנול על ידי שאיבה וחלוקה של 70 מיקרוליטר של 70% אתנול מהמאגר ב-P7. לאחר מכן, שטפו את הקצוות ב-Multichannel Tip Wash ALP על ידי שאיבה והוצאה של 110% נפח מים ארבע פעמים.חזור על שלבים אלה עבור צלחת ספריית הדילול השנייה של 96 בארות V וצלחת הקרנה עם תחתית שטוחה של 96 בארות. ערמו את שתי צלחות ספריית הדילול בתחתית V עם 96 בארות יחד ואת שתי לוחות ההקרנה עם תחתית שטוחה של 96 בארות יחד. העבר את הלוחות ל- ALPs הסטטיים.לאחר מכן, חזור על התהליך שלוש פעמים, הוסף כימיקלים מדוללים לצלחות ההקרנה בסך הכל שמונה פעמים. לבסוף, בדוק את מספר הזרעים בכל באר של לוחות ההקרנה באמצעות אישור חזותי. השלם את הבארות בפחות משלושה זרעים על ידי תוספת זרעים מעוקרים וורנליים.חשוב לוודא שהמדיה בה גדלים השתילים לא תתייבש, מכיוון שהדבר יביא לנביטה לקויה. יש לשמור צלחות המכילות שתילים בלחות גבוהה או לאחסן במיכלים עמידים בפני ייבוש. דגרו את לוחות הסינון עם 96 בארות עם תחתית שטוחה למשך ארבעה ימים בתא סביבתי בטמפרטורה של 22 מעלות צלזיוס במחזור אור / חושך של 16/8 במיכל חסין ייבוש.דמיין את לוחות הסינון עם תחתית שטוחה של 96 בארות תחת מיקרוסקופ מנתח ורשום את כל הפנוטיפים החריגים להמשך חקירה. דוגמאות לפנוטיפים נורמליים וחריגים אינם חריגות מורפולוגיות נראות לעין, שערות שורש חומות, שורש מעוכב, שורש מעוכב קשות, מולבן, ריר ירוק, נביטה לא שלמה וללא נביטה. פנוטיפים גלויים לפי אחוזים מוצגים בתרשים עוגה.שתילים הראו חריגות במורפולוגיה של שורשים, פיגמנטציה, שערות שורש ונביטה. כלול גם מגוון אחרים, הכוללים ייצור ריר ירוק. לאחר שליטה, טכניקה זו יכולה להגביר מאוד את היעילות והדיוק של מסכים גנטיים כימיים גדולים קדימה.בעת ניסיון הליך זה, חשוב לזכור לעקר ולהפוך זרעים לוורנליזציה, למלא מחדש את מאגר המים במהלך שלבי הדילול, לוודא שהדגימות מאוחסנות במיכלים עמידים בפני ייבוש, ושכל ההדמיה נעשית בצלחות עם תחתית שטוחה. בהתאם לתהליך הפיזיולוגי שאתה מעוניין לחקור, ניתן לעקוב אחר הבדיקה הראשונית הזו עם בדיקות נוספות שיעזרו לקבוע את אופן הפעולה של כל כימיקל. לאחר צפייה בסרטון זה, אתה אמור להבין היטב כיצד להשתמש ברובוט לטיפול בנוזלים כדי לשפר את היעילות והדיוק של מסך גנטי כימי.

optimizing-use-liquid-handling-robot-to-conduct-high-throughput

Research

JoVE Journal

Bioengineering

הנדסה ביולוגית

אנו מדווחים על שיטה הקדמה, מעקב וניתוח כמותי של ה-GFP ביטוי בתאי הצמח. שיטה זו משתמשת מערכת אישית מעוצבת רובוטיקה לאיסוף חצי תמונה רציפה של מספר גדול של דגימות, לאורך זמן. אנחנו גם מדגימים את השימוש ImageJ ו ImageReady ניתוח של סדרת תמונות.

רובוטיקה ניתוח תמונה דינאמית ללימודים של ביטוי גנים ברקמות הצמח

הליך culturing נוזלי מבוסס מחלק...

תפוקה גבוהה הקרנת ו biosensing עם פלורסנט ג elegans מתחים

פרוטוקול לביטוי כמותית, תפוקה הגבוהה הקרנה וטיהור אנליטי של חלבוני היתוך מתרבויות חיידקי Escherichia בקנה מידה קטנה מתואר ומוחל על הביטוי של מטרות חלבון הארס של בעלי החיים דיסולפיד עשיר.

הקרנת תפוקה גבוהה ביטוי כמותי וטיהור יישומים לחלבוני ארס רקומביננטי דיסולפיד עשירים הופק ב<em&gt; א coli</em

כאן אנו מתארים בדיקת גן מדווח מבוססת תאים ככלי רב ערך לסינון ספריות כימיות עבור תרכובות המווסתות מנגנוני בקרה פוסט-שעתוק המופעלים באמצעות 3' UTR.

הקרנת תפוקה גבוהה עבור כימית מאפננים של גני Post-תעתיק מוסדר

A-תפוקה גבוהה, אוטומטית, מתודולוגיה ייצור וטרנספורמציה טבק פרוטופלאסט מתוארת. המערכת הרובוטית מאפשרת ביטוי גנים מקביל מסיבי וגילוי במודל BY-2 המערכת שאמורה להיות לתרגום לגידולים שאינם מודל.

פלטפורמה רובוטית עבור תפוקה גבוהה בידוד פרוטופלאסט וההשנאה

. הנה, זרימת עבודה אוטומטית לבצע הרכבה "התקן" DNA מודולרי, באמצעות שיטה מודולרית DNA שיבוט הרכבה על רובוטים נוזלי-טיפול מוצג. הפרוטוקול משתמשת כלי תוכנה אינטואיטיבית ליצירת רשימות המטפל נוזלי לדור קומבינטורית DNA התקן הספרייה, אשר נדגים באמצעות שתי פלטפורמות טיפול בנוזלים.

אוטומטית רובוטית טיפול בנוזלים הרכבה של התקנים DNA מודולרי

כאן נתאר פרוטוקול פשוט להפקת במהירות מאות צמיחה נמטודות מדיה אגר, 96-ובכן תרבות צלחות עם מספרים עקביים של Caenorhhabditis elegans לכל טוב. תרבויות אלה שימושיים להקרנה פנוטיפי של אורגניזם שלם. אנו מתמקדים כאן באמצעות תרבויות אלה לכימיקלים מסך עבור אפקטים פרו-אריכות ימים.

שיטה פשוטה להקרנה כימי תפוקה גבוהה ב Caenorhabditis Elegans

פרוטוקול תפוקה גבוהה לעיקור פני השטח של זרעי Arabidopsisthaliana (Arabidopsis) מסופק, אופטימיזציה של שלבי הטיפול בנוזל עם מכשיר יניקה פשוט שנבנה עם משאבת ואקום. מאות דגימות זרעים יכולות להיות מעוקרות על פני השטח ביום אחד.

שיטה חזקה וגמישה מאוד לעיקור פני השטח של זרעי ערבידופסיס

פרוטוקול זה מספק שיטה לאופטימיזציה גלובלית שיטתית של חיישנים ביולוגיים מקודדים גנטית באמצעות יצירה והערכה של ספריות גנטיות בסיוע אוטומציה. זה משולב עם מתודולוגיות תכנון ניסוי כדי לייעל את הניסויים ולאפשר בחירת רכיבים גנטיים כדי לכוונן את החיישנים הביולוגיים לתוצאות תכנון ספציפיות.

דגימה יעילה של מרחב תכנון חיישנים ביולוגיים מקודדים גנטית מתאפשרת עם תכנון ניסויים וזרימת עבודה של אוטומציה

פרוטוקול זה מציג תהליך סינון סטנדרטי עם תפוקה גבוהה עבור מיקרואורגניזמים תעשייתיים. הוא כולל בניית ספריית מוטנטים באמצעות מוטגנזה של ARTP, ביצוע סקר חיובי לטיפות באמצעות מיקרופלואידיקה אוטומטית, ולאחר מכן אימות התוצאות. אמינות זרימת העבודה אושרה על ידי סינון זני B. coagulans בעלי תפוקה גבוהה.

סקר מהיר של מוטנטים של חיידקים קואגולנס המופרזים בחומצה L-לקטית באמצעות פלטפורמה מיקרופלואידית אוטומטית של טיפות

חקור גנטיקה כימית קדימה בנבטי Arabidopsis thaliana באמצעות רובוט טיפול נוזלי. שיטה זו מאפשרת גילוי יעיל של מולקולות קטנות חדשות המשפיעות על הפיזיולוגיה הצמחית.

אופטימיזציה של השימוש של רובוט טיפול נוזלי לנהל גבוהה תפוקה קדימה כימי גנטיקה מסך של תודרנית לבנה

גלה סרטונים נוספים