Her præsenterer vi en optimeret protokol til billeddannelse af hele æggestokke til kvantitative og kvalitative analyser ved hjælp af helmonteret immunstaining, multifotonmikroskopi og 3D-visualisering og analyse. Denne protokol rummer høj gennemstrømning, pålidelig og repeterbar behandling, der gælder for toksikologi, klinisk diagnostik og genomiske assays af ovariefunktionen.