Name: Cartografia molecolare a doppia modalità: integrazione del rilevamento multiplex dellmRNA con la citometria di massa per imaging proteico (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-14T12:45:00.000+00:00
Duration: 6 min 51 s
Description: Scopri la cartografia molecolare a doppia modalità per l'oncologia, integrando il rilevamento multiplex dell'mRNA con la citometria di massa per imaging proteico su tessuti FFPE. Questo metodo identifica nuovi target terapeutici e biomarcatori per il cancro ovarico.

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<ol><li>Cai, S., Allam, M., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+spatial+bioimaging+for+combination+therapy+design%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Cancer%22%5BJournal%5D)">Multiplex spatial bioimaging for combination therapy design.</a> Trends Cancer. 6 (10), 813-818 (2020).</li>
<li>Lu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+biomarker+modalities+for+predicting+response+to+PD-1%2FPD-L1+checkpoint+blockade%3A+a+systematic+review+and+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22JAMA+Oncol%22%5BJournal%5D)">Comparison of biomarker modalities for predicting response to PD-1/PD-L1 checkpoint blockade: a systematic review and meta-analysis.</a> JAMA Oncol. 5 (8), 1195-1204 (2019).</li>
<li>Parolini, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microplastic+contamination+in+snow+from+western+Italian+Alps%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Environ+Res+Public+Health%22%5BJournal%5D)">Microplastic contamination in snow from western Italian Alps.</a> Int J Environ Res Public Health. 18 (2), 768(2021).</li>
<li>Carstens, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stabilized+epithelial+phenotype+of+cancer+cells+in+primary+tumors+leads+to+increased+colonization+of+liver+metastasis+in+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Stabilized epithelial phenotype of cancer cells in primary tumors leads to increased colonization of liver metastasis in pancreatic cancer.</a> Cell Rep. 35 (2), 108990(2021).</li>
<li>Allam, M., Cai, S., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+bioimaging+of+single-cell+spatial+profiles+for+precision+cancer+diagnostics+and+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Precis+Oncol%22%5BJournal%5D)">Multiplex bioimaging of single-cell spatial profiles for precision cancer diagnostics and therapeutics.</a> NPJ Precis Oncol. 4 (1), 1-12 (2020).</li>
<li>Ferri-Borgogno, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((metabolic%2C+and+subcellular+mapping+of+the+tumor+immune+microenvironment+via+3D+targeted+and+non-targeted+multiplex+multi-omics+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">metabolic, and subcellular mapping of the tumor immune microenvironment via 3D targeted and non-targeted multiplex multi-omics analyses.</a> Cancers (Basel). 16 (5), 846(2024).</li>
<li>Schulz, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+multiplexed+imaging+of+mRNA+and+proteins+with+subcellular+resolution+in+breast+cancer+tissue+samples+by+mass+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">Simultaneous multiplexed imaging of mRNA and proteins with subcellular resolution in breast cancer tissue samples by mass cytometry.</a> Cell Syst. 6 (1), 25-36.e25 (2018).</li>
<li>Kochan, J., Wawro, M., Kasza, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+detection+of+mRNA+and+protein+in+single+cells+using+immunofluorescence-combined+single-molecule+RNA+FISH%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Simultaneous detection of mRNA and protein in single cells using immunofluorescence-combined single-molecule RNA FISH.</a> Biotechniques. 59 (4), 209-221 (2015).</li>
<li>Ferri-Borgogno, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomics+depict+ligand-receptor+cross-talk+heterogeneity+at+the+tumor-stroma+interface+in+long-term+ovarian+cancer+survivors%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomics depict ligand-receptor cross-talk heterogeneity at the tumor-stroma interface in long-term ovarian cancer survivors.</a> Cancer Res. 83 (9), 1503-1516 (2023).</li>
<li>Mok, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+gene+signature+predictive+for+outcome+in+advanced+ovarian+cancer+identifies+a+survival+factor%3A+microfibril-associated+glycoprotein+2%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">A gene signature predictive for outcome in advanced ovarian cancer identifies a survival factor: microfibril-associated glycoprotein 2.</a> Cancer Cell. 16 (6), 521-532 (2009).</li>
<li>Yeung, T. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anticancer+immunotherapy+by+MFAP5+blockade+inhibits+fibrosis+and+enhances+chemosensitivity+in+ovarian+and+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Anticancer immunotherapy by MFAP5 blockade inhibits fibrosis and enhances chemosensitivity in ovarian and pancreatic cancer.</a> Clin Cancer Res. 25 (21), 6417-6428 (2019).</li>
<li>Ogura, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interleukin-17+promotes+autoimmunity+by+triggering+a+positive-feedback+loop+via+interleukin-6+induction%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">Interleukin-17 promotes autoimmunity by triggering a positive-feedback loop via interleukin-6 induction.</a> Immunity. 29 (4), 628-636 (2008).</li>
<li>Murakami, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Local+microbleeding+facilitates+IL-6-+and+IL-17-dependent+arthritis+in+the+absence+of+tissue+antigen+recognition+by+activated+T+cells%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Med%22%5BJournal%5D)">Local microbleeding facilitates IL-6- and IL-17-dependent arthritis in the absence of tissue antigen recognition by activated T cells.</a> J Exp Med. 208 (1), 103-114 (2011).</li>
<li>Hou, W., Jin, Y. -H., Kang, H. S., Kim, B. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interleukin-6+%28IL-6%29+and+IL-17+synergistically+promote+viral+persistence+by+inhibiting+cellular+apoptosis+and+cytotoxic+T+cell+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Interleukin-6 (IL-6) and IL-17 synergistically promote viral persistence by inhibiting cellular apoptosis and cytotoxic T cell function.</a> J Virol. 88 (15), 8479-8489 (2014).</li>
<li>Geskin, L. J., Viragova, S., Stolz, D. B., Fuschiotti, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interleukin-13+is+overexpressed+in+cutaneous+T-cell+lymphoma+cells+and+regulates+their+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Blood%22%5BJournal%5D)">Interleukin-13 is overexpressed in cutaneous T-cell lymphoma cells and regulates their proliferation.</a> Blood. 125 (18), 2798-2805 (2015).</li>
<li>Aspord, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Breast+cancer+instructs+dendritic+cells+to+prime+interleukin+13-secreting+CD4%2B+T+cells+that+facilitate+tumor+development%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Med%22%5BJournal%5D)">Breast cancer instructs dendritic cells to prime interleukin 13-secreting CD4+ T cells that facilitate tumor development.</a> J Exp Med. 204 (5), 1037-1047 (2007).</li>
<li>Votava, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+expression+profiles+of+CD47+in+the+tumor+microenvironment+of+salivary+gland+cancers%3A+a+next+step+in+histology-driven+immunotherapy%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Cancer%22%5BJournal%5D)">The expression profiles of CD47 in the tumor microenvironment of salivary gland cancers: a next step in histology-driven immunotherapy.</a> BMC Cancer. 22 (1), 1-12 (2022).</li>
<li>Liu, X., Kwon, H., Li, Z., Fu, Y. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Is+CD47+an+innate+immune+checkpoint+for+tumor+evasion%5BTitle%5D)+AND+%22J+Hematol+Oncol%22%5BJournal%5D)">Is CD47 an innate immune checkpoint for tumor evasion.</a> J Hematol Oncol. 10 (1), 1-10 (2017).</li>
<li>Salerno, F., Guislain, A., Cansever, D., Wolkers, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TLR-mediated+innate+production+of+IFN-%CE%B3+by+CD8%2B+T+cells+is+independent+of+glycolysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Immunol%22%5BJournal%5D)">TLR-mediated innate production of IFN-γ by CD8+ T cells is independent of glycolysis.</a> J Immunol. 196 (9), 3695-3705 (2016).</li>
<li>Kalia, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prolonged+interleukin-2R%CE%B1+expression+on+virus-specific+CD8%2B+T+cells+favors+terminal-effector+differentiation+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">Prolonged interleukin-2Rα expression on virus-specific CD8+ T cells favors terminal-effector differentiation in vivo.</a> Immunity. 32 (1), 91-103 (2010).</li>
<li>Cancino-Díaz, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interleukin-13+receptor+in+psoriatic+keratinocytes%3A+overexpression+of+the+mRNA+and+underexpression+of+the+protein%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Interleukin-13 receptor in psoriatic keratinocytes: overexpression of the mRNA and underexpression of the protein.</a> J Invest Dermatol. 119 (5), 1114-1120 (2002).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAscope%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Diagn%22%5BJournal%5D)">RNAscope.</a> J Mol Diagn. 14 (1), 22-29 (2012).</li>
<li>Marlin, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+process+for+H%26E%2C+immunofluorescence%2C+and+imaging+mass+cytometry+on+a+single+slide+with+a+concise+analytics+pipeline%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">A novel process for H&E, immunofluorescence, and imaging mass cytometry on a single slide with a concise analytics pipeline.</a> Cytometry A. 103 (12), 1010-1018 (2023).</li>
<li>Pemberton, J., Kala, S., Dikshit, A., Hupple, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regular+and+young+investigator+award+abstracts%5BTitle%5D)+AND+%22Thorax%22%5BJournal%5D)">Regular and young investigator award abstracts.</a> Thorax. 72 (Suppl 3), A1654(2017).</li>
<li>Hu, K., Harman, A., Baharlou, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+mass+cytometry+for+in+situ+immune+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Imaging mass cytometry for in situ immune profiling.</a> Methods Mol Biol. 2779, 407-423 (2024).</li>
<li>Chevrier, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Compensation+of+signal+spillover+in+suspension+and+imaging+mass+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">Compensation of signal spillover in suspension and imaging mass cytometry.</a> Cell Syst. 6 (5), 612-620.e15 (2018).</li>
<li>Shi, S. R., Imam, S. A., Young, L., Cote, R. J., Taylor, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antigen+retrieval+immunohistochemistry+under+the+influence+of+pH+using+monoclonal+antibodies%5BTitle%5D)+AND+%22J+Histochem+Cytochem%22%5BJournal%5D)">Antigen retrieval immunohistochemistry under the influence of pH using monoclonal antibodies.</a> J Histochem Cytochem. 43 (2), 193-201 (1995).</li>
<li>Duncan, J. S., Elliott, K. L., Kersigo, J., Gray, B., Fritzsch, B. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aDuncan%2C+JS+%22In+situ+hybridization+methods%22">In situ hybridization methods</a>. , Springer. New York, NY. (2015).</li>
<li>Rivest, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fully+automated+sequential+immunofluorescence+%28seqIF%29+for+hyperplex+spatial+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Fully automated sequential immunofluorescence (seqIF) for hyperplex spatial proteomics.</a> Sci Rep. 13 (1), 1-12 (2023).</li>
<li>Sans, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomics+of+intraductal+papillary+mucinous+neoplasms+of+the+pancreas+identifies+NKX6-2+as+a+driver+of+gastric+differentiation+and+indolent+biological+potential%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomics of intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas identifies NKX6-2 as a driver of gastric differentiation and indolent biological potential.</a> Cancer Discov. 13 (8), 1844-1861 (2023).</li>
<li>Glasson, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+high-dimensional+imaging+mass+cytometry%3A+one+step+beyond+in+oncology%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Immunopathol%22%5BJournal%5D)">Single-cell high-dimensional imaging mass cytometry: one step beyond in oncology.</a> Semin Immunopathol. 46 (1), 1-12 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>&nbsp; https://www.protocols.io/view/oligonucleotide-polymer-conjugation-for-imaging-ma-dm6gpjz91gzp/v2.</td><td>Protocols.IO</td><td>dx.doi.org/10.17504/protocols.io.dm6gpjz91gzp/v2</td><td>Coniugazione oligonucleotide-polimero per la citometria di massa di imaging V.2&nbsp;</td></tr><tr><td>10 TBS senza RNAsi</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>J62780. K7</td><td>Per lavaggi intermittenti tra una fase e l'altra</td></tr><tr><td>Sistema di ibridazione ACD HybEZ II</td><td>ACD Biotechne</td><td>321711</td><td>Forno per lame da cuoca</td></tr><tr><td>Diluente anticorpale</td><td>Dako</td><td>S0809&nbsp;</td><td>Tampone diluente anticorpale</td></tr><tr><td>Anticorpo: B7-H3</td><td>Bethyl</td><td>A700-025CF, A700-026CF</td><td>Clone: BLR025F, BLR026F</td></tr><tr><td>Anticorpi: B7-H4</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>14-5949-82</td><td>Clone: H74</td></tr><tr><td>Anticorpo: BRD4(6F11)</td><td>Bethyl</td><td>A700-005CF</td><td>Clone: BL-151-6F11</td></tr><tr><td>Anticorpo: CCR6</td><td>R& D</td><td>MAB195-100</td><td>Clone: 53103</td></tr><tr><td>Anticorpo: CD11b</td><td>Abcam&nbsp;</td><td>ab209970</td><td>Clone: EPR1344</td></tr><tr><td>Anticorpo: CD25</td><td>Abcam&nbsp;</td><td>ab215378</td><td>Clone: EPR6452</td></tr><tr><td>Anticorpi: CD278/ICOS</td><td>CST&nbsp;</td><td>89601BF</td><td>Clone: D1K2T</td></tr><tr><td>Anticorpo: CD31</td><td>Abcam&nbsp;</td><td>ab207090</td><td>Clone: EPR3094</td></tr><tr><td>Anticorpo: CD33</td><td>Abcam&nbsp;</td><td>ab238784</td><td>Clone: SP266</td></tr><tr><td>Anticorpi: CD3e e nbsp;</td><td>CST</td><td>85061BF</td><td>Clone: D7A6E</td></tr><tr><td>Anticorpo: CD4</td><td>Abcam</td><td>ab181724</td><td>Clone: EPR6855</td></tr><tr><td>Anticorpo: CD44</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>MA1-10225</td><td>Clone: IM7</td></tr><tr><td>Anticorpo: CD45</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>14-9457-82</td><td>Clone: CD45-2B11</td></tr><tr><td>Anticorpo: CD8a</td><td>CST&nbsp;</td><td>85336BF</td><td>Clone: D8A8Y</td></tr><tr><td>Anticorpo: CXCL13</td><td>R& D</td><td>AF801</td><td>Clone: Policlonale</td></tr><tr><td>Anticorpo: CXCR5</td><td>R& D</td><td>MAB190-100</td><td>Clone: CXCR5</td></tr><tr><td>Anticorpi: gamma-H2AX</td><td>Bethyl</td><td>A700-053CF</td><td>Clone: BLR053F</td></tr><tr><td>Anticorpo: Granzyme B</td><td>Santa Cruz</td><td>SC-8022 X</td><td>Clone: 2C5</td></tr><tr><td>Anticorpo: KAP1</td><td>Bethyl</td><td>A700-014CF</td><td>Clone: BL-248-2G6</td></tr><tr><td>Anticorpo: Ki67</td><td>Bethyl</td><td>A700-021CF</td><td>Clone: BLR021E</td></tr><tr><td>Anticorpi: LCK&nbsp;</td><td>CST</td><td>2984BF</td><td>Clone: D88</td></tr><tr><td>Anticorpo: MFAP5</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>PMID: 31332047 / Clone: 130A&nbsp; (Nota: progettato su misura)&nbsp;</td></tr><tr><td>Anticorpo: SMA</td><td>CST</td><td>56856BF</td><td>Clone: 1A4</td></tr><tr><td>Anticorpo: VEGF</td><td>STB-Fluidigm</td><td>3163028D</td><td>Clone: G153-494</td></tr><tr><td>Anticorpo: VISTA</td><td>CST</td><td>64953BF</td><td>Clone: D1L2G</td></tr><tr><td>AZ-AR1 Elegance Citra&nbsp;</td><td>BioGeneX</td><td>HK546-XAK</td><td>Buffer di recupero dell'antigene</td></tr><tr><td>Alcol etilico 100% (200 proof)</td><td>Pharmco</td><td>111000200</td><td>Per la deparaffinizzazione</td></tr><tr><td>EZ & ndash; Retriever IR</td><td>BioGeneX</td><td>MW016-IR</td><td>Sistema di prelievo antigenico per sezioni tissutali FFPE</td></tr><tr><td>Sistema di ibridazione HybEZ II</td><td>ACD Biotechne</td><td>321710</td><td>Il sistema comprende: forno HybEZ (PN 321710/321720), una teglia per il controllo dell'umidità (PN 310012), carta umidificante HybEZ (2 fogli PN 310025), vassoio per lavaggio EZ-Batch (PN 321717), portavetri EZ-Batch (PN 321716)</td></tr><tr><td>Penna PAP&nbsp;</td><td>VectorLabs</td><td>H-4000</td><td>Recinto barriera idrofobico</td></tr><tr><td>Soluzione Intercalatore IR</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>NC1038184</td><td>Utilizzato per identificare cellule nucleate</td></tr><tr><td>KERATIN 18/8</td><td>CST&nbsp;</td><td>4546BF</td><td>Clone: C51</td></tr><tr><td>Metal Oligos</td><td>Vari</td><td>Vari</td><td>Tag metallico che varia da T1 a T12 a seconda di quale serve</td></tr><tr><td>Acqua priva di nucleasi (NFW)</td><td>Corning&nbsp;</td><td>46-000-CM&nbsp;</td><td>Pulire e preparare tutta l'attrezzatura, e utilizzarli come diluente quando necessario</td></tr><tr><td>RNAscope Protease Plus&nbsp;</td><td>ACD Biotechne</td><td>322331&nbsp;</td><td>Utilizzato per permeabilizzare le membrane cellulari dei campioni</td></tr><tr><td>Portavetri RNAscope EZ-Batch</td><td>ACD Biotechne</td><td>310017</td><td>Progettato per processare manualmente fino a 20 vetrine in modo efficiente</td></tr><tr><td>RNAscope HiPlex12 Reagents Kit v2&nbsp;</td><td>ACD Biotechne</td><td>324409</td><td>Reagenti per RNAScope</td></tr><tr><td>Sonda RNAscope HiPlex - Sonde bersaglio</td><td>ACD Biotechne</td><td>Vari</td><td>Intervalli da T1 a T12 a seconda di quale sia necessario</td></tr><tr><td>Soluzione di decontaminazione RNase RNaseZap</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM9782</td><td>Una soluzione di decontaminazione superficiale che distrugge le RNasi</td></tr><tr><td>Portavetri per portavetri per microscopio a grigliera per le tintine, 24 posti in plastica resistente ai prodotti chimici</td><td>Scientifico ottimale</td><td>3028</td><td>Per la tintura di più vedute</td></tr><tr><td>Preadolescenti 20</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>AAJ20605AP</td><td>Per lavaggi intermittenti tra una fase e l'altra</td></tr><tr><td>Blocco proteico per ultravisione</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>TA125PBQ</td><td>Buffer di blocco</td></tr></tbody></table>

cartografia molecolare a doppia modalità: integrazione del rilevamento multiplex dell'mrna con la citometria di massa per imaging proteico

Dual-modality Molecular Cartography: Integrating Multiplex mRNA Detection with Protein Imaging Mass Cytometry

Cartografia molecolare a doppia modalità: integrazione del rilevamento multiplex dell'mRNA con la citometria di massa per imaging proteico

The ability to detect protein and mRNA in the same assay helps us understand how the cell is priming for an arrival and what cues it receives as it ...

dual-modality-molecular-cartography-integrating-multiplex-mrna

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L'immunoistochimica è una potente tecnica di laboratorio per valutare la localizzazione e l'espressione delle proteine all'interno dei tessuti. Gli attuali metodi semi-automatici per la quantificazione introducono soggettività e spesso creano risultati irriproducibili. In questo articolo, descriviamo i metodi per l'immunoistochimica multiplexata e la quantificazione oggettiva dell'espressione proteica e della co-localizzazione mediante imaging multispettrale.

La quantificazione di espressione della proteina e co-localizzazione Usando multiplex immunoistochimica di colorazione e multispettrale Imaging

Abbiamo dimostrato un metodo per l'immagine di molteplici molecole all'interno di nano-strutture eterogenee alla precisione di una singola molecola utilizzando il legame sequenziale e l'eluzione di anticorpi a fluorescenza.

Molto multiplo, la risoluzione super-risoluzione delle celle T utilizzando la madSTORM

Descriviamo un metodo di colorazione rapida per eseguire l'imaging multispettrale sui tessuti congelati.

Un metodo rapido per l'imaging della fluorescenza multispettrale delle sezioni dei tessuti congelati

Qui, descriviamo un protocollo per la messa a punto delle regioni di interesse (ROI) per le tecnologie di omiche spaziali per caratterizzare meglio il microambiente tumorale e identificare specifiche popolazioni cellulari. Per i saggi di proteomica, i protocolli personalizzati automatizzati possono guidare la selezione del ROI, mentre i saggi di trascrittomica possono essere ottimizzati utilizzando ROI di soli 50 μm.

Profilazione spaziale dell'espressione di proteine e RNA nei tessuti: un approccio alla messa a punto della microdissezione virtuale

Nell'era dell'immunoterapia del cancro, l'interesse nel chiarire le dinamiche del microambiente tumorale è aumentato in modo sorprendente. Questo protocollo descrive in dettaglio una tecnica di imaging con spettrometria di massa rispetto alle sue fasi di colorazione e imaging, che consentono un'analisi spaziale altamente multiplexata.

Espansione della comprensione del microambiente tumorale mediante spettrometria di massa Imaging di campioni di tessuto fissati in formalina e incorporati in paraffina

L'analisi delle immagini con codici a barre multiplexed ha recentemente migliorato la caratterizzazione del microambiente tumorale, consentendo studi completi sulla composizione cellulare, sullo stato funzionale e sulle interazioni cellula-cellula. Qui, descriviamo un protocollo di colorazione e imaging che utilizza il codice a barre di anticorpi coniugati con oligonucleotidi e l'imaging ciclico, che consente l'uso di una tecnica di analisi delle immagini ad alta dimensionalità.

Analisi di immagini di codici a barre multiplexed per l'immunoprofilazione e la caratterizzazione della mappatura spaziale nell'analisi a singola cellula di campioni di tessuto di paraffina

Questo protocollo delinea un metodo completo di analisi della citometria di massa (citometria a tempo di volo [CyTOF]) per valutare le risposte immunitarie sistemiche e locali nel carcinoma epatocellulare (HCC). L'approccio mira a fornire informazioni sul panorama immunitario dell'HCC, offrendo una comprensione più profonda del microambiente tumorale e dei meccanismi immunitari associati.

Analisi della citometria di massa delle risposte immunitarie sistemiche e locali nel carcinoma epatocellulare

Questo rapporto descrive un protocollo automatizzato per saggi di immunofluorescenza multiplex (mIF) su un coloratore automatico per vetrini. Dimostra l'elevata riproducibilità della proteomica spaziale su autocoloratori tissutali standard ad alto rendimento e imager a fluorescenza su vetrini interi, ideale per saggi mIF personalizzati su un gran numero di vetrini tissutali nella ricerca traslazionale.

Saggi automatizzati di immunofluorescenza multiplex ad alto rendimento per la ricerca traslazionale

Questo protocollo fornisce una guida passo passo per la progettazione di un pannello di anticorpi in immunofluorescenza multiplex per l'imaging basato su codici a barre del DNA di tessuti murini di melanoma FFPE. Descriviamo anche una pipeline di analisi delle immagini utilizzando strumenti open-source per generare approfondimenti di proteomica spaziale nel microambiente immunitario del tumore del melanoma murino.

Imaging multiplex a immunofluorescenza basato su codice a barre del DNA per analizzare campioni FFPE da melanoma murino geneticamente riprogrammato

Orthotopic iniezione intracranico delle cellule del tumore è stato utilizzato nella ricerca sul cancro per studiare la biologia del tumore di cervello, la progressione, evoluzione e risposta terapeutica. Qui presentiamo la tomografia molecolare fluorescenza degli xenotrapianti del tumore, che fornisce in tempo reale videomicroscopia imaging e quantificazione di un tumore di massa in modelli preclinici di glioblastoma.

Fluorescenza tomografia molecolare per l'Imaging In Vivo di Glioblastoma xenotrapianti

Scopri la cartografia molecolare a doppia modalità per l'oncologia, integrando il rilevamento multiplex dell'mRNA con la citometria di massa per imaging proteico su tessuti FFPE. Questo metodo identifica nuovi target terapeutici e biomarcatori per il cancro ovarico.

Cartografia molecolare a doppia modalità: integrazione del rilevamento multiplex dellmRNA con la citometria di massa per imaging proteico (Video) | JoVE Journal

Cartografia molecolare a doppia modalità: integrazione del rilevamento multiplex dell'mRNA con la citometria di massa per imaging proteico

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