分子動力学シミュレーションによるEGFR体型変異の活性化の構造効果の解読
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2020年5月20日
DOI :10.3791/61125-v
2020年5月20日
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1Structural Bioinformatics Laboratory, Biochemistry, Faculty of Science and Engineering, Åbo Akademi University, 2Medicity Research Laboratories and Institute of Biomedicine, University of Turku, 3Turku Bioscience Centre, University of Turku and Åbo Akademi University, 4Department of Oncology and Radiotherapy, University of Turku and Turku University Hospital
このプロトコルの目的は、分子動力学シミュレーションを用いて、EGFRキナーゼタンパク質の活性化変異に起因する動的構造変化を調べることである。
Chapters in this video
0:04
Introduction
0:47
Structure Preparation
4:12
System Setup
5:17
Molecular Dynamics Simulation
7:15
Visual Inspection Analysis
8:29
Root-Mean Square Deviation (RMSD) and Root-Mean Square Fluctuation (RMSF) Analysis
9:58
Hydrogen Bond Analysis
10:57
Free Energy Calculations
12:25
Representative Results: Molecular Dynamics Simulation of EGFR Somatic Mutations
14:23
Conclusion
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