Name: 発見駆動型宿主間相互作用のためのラベルフリー定量プロテオミクスワークフロー (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2020-10-20T14:30:00.000+00:00
Duration: 5 min 37 s
Description: 学ぶラベルフリー定量プロテオミクスによる宿主マクロファージとCryptococcus neoformansの相互作用解析。質量分析で感染関連タンパク質を同定し、真菌感染症の新規治療標的発見に貢献する。

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著者らは、バイオインフォマティクス・ソリューションズ社のジョナサン・クリーガー博士が代表的な実験のために質量分析計を操作してくれたことに感謝し、Geddes-McAlisterグループのメンバーが実験的なセットアップと原稿フィードバックを支援してくれたことに感謝する。著者らは、バンティング研究財団-ジャリスロウスキー・フェローシップ・ディスカバリー賞、ニューフロンティア研究基金-探査(NFRFE-2019-00425)、.M カナダイノベーション財団(JELF 38798)、NsERCカナダ大学院奨学金奨学金、オンタリオ州卒業奨学金B..B

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<li>Yeung, J., Gadjeva, M., Geddes-McAlister, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Label-Free+Quantitative+Proteomics+Distinguishes+General+and+Site-Specific+Host+Responses+to+Pseudomonas+aeruginosa+Infection+at+the+Ocular+Surface%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Label-Free Quantitative Proteomics Distinguishes General and Site-Specific Host Responses to Pseudomonas aeruginosa Infection at the Ocular Surface.</a> Proteomics. , (2020).</li>
<li>Yeung, J., Lamb, J., Krieger, J. R., Gadjeva, M., Geddes-McAlister, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+Proteomic+Profiling+ofMurine+Ocular+Tissue+and+theExtracellular+Environment%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Protocols+in+Mouse+Biology%22%5BJournal%5D)">Quantitative Proteomic Profiling ofMurine Ocular Tissue and theExtracellular Environment.</a> Current Protocols in Mouse Biology. 10 (83), (2020).</li>
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著者らは利益相反を宣言しない。

プロトコルの重要なステップには、マクロファージ細胞の調製および細胞への中断を最小限に抑えたタンパク質処理のための共培養サンプルの収集が含まれる。採取前に細胞の不必要なリシスを防ぐために、洗浄、接種、および接着性マクロファージ細胞を穏やかに慎重に除去する手順を実行することが重要です。実験に対して正しいMOIを確立することは、過度に高いMOIを接種すると、急速なマクロファージ細胞死を引き起こし、MS.のサンプルの収集と処理が困難になる可能性もあるので、MOI数が少ないと貪食細胞が少なくなり、生物学的系における真菌タンパク質の検出が制限される可能性があります。このような制限を克服するために、細胞死アッセイ(例えば、LDH定量)でサポートされる様々なMOIを用いて試験実験を行い、宿主応答を開始するが、収集前に宿主細胞を殺さない真菌細胞の数を定義することを推奨します。実験では、感染に関連する真菌タンパク質の同定を目指し、高いMOI(100:1)を必要とし、豊富な宿主タンパク質の中から真菌タンパク質を適切に検出することを目指しています。実験全体を行う前に、マクロファージ細胞傷害アッセイを日常的に行い、宿主細胞死に対するMOIの影響を評価する。C.<...

侵襲性真菌感染症の有病率は非常に増加しており、容認できないほど高い死亡率と相関しており、免疫不全素因を有する個体で最も一般的に報告される1。クリプトコッカス・ネオフォーマンは、宿主マクロファージ細胞内で細胞内生存が可能な悪名高い日和見真菌病原体である。不十分な抗真菌介入は、真菌の播種およびクリプトコッカス髄膜炎および髄膜脳炎の生命を脅かす症状をもたらす 2,3.免疫不全状態の世界的な増加は、C.ネオフォーマンを含む多くの真菌種が4、5、6に対する耐性をますます進化させた抗真菌剤の使用の並行増加を要求している。したがって、宿主の防御応答と微生物の病因に関する重要な生物学的質問に答えるために、堅牢で効率的な技術を実装することが不可欠です。
強力な計算およびバイオインフォマティクスパイプラインの生成を含む質量分析(MS)の技術進歩の新時代は、宿主病原体研究7,8の大規模分析のための統合的ビジョンの基礎を提供する。従来の病原体主導のプロテオミクス解析は、タンパク質相関プロファイリング、プロテオミクスと結合したアフィニティークロマトグラフィー、およびインタークトミクス9などの包括的な方法論を含む、宿主または病原体の観点から感染の見解を一般的にプロファイルする。ホストシステムにおける危険病原体の病原性に関する調査は、非常に臨床的に重要である。しかし、単一の実験での二重遠近解析の適用は、以前は達成不可能と考えられていました。例えば、感染に対する病原体の視点は、多くの場合、低い豊富な真菌タンパク質の検出のための感度を低下させる豊富な宿主タンパク質によって圧倒される7。さらに、高いサンプルの複雑さは、単一の実験システムで調査するために多くのターゲットを招き、特定の病原体タンパク質の作用機序を解明する挑戦を証明する。
ボトムアッププロテオミクスは、管理しやすいサンプル調製を可能にする一般的なMS技術であり、その後に液体クロマトグラフィー分離、同定、定量をMS10、11で配列特異的酵素消化してペプチドを生成する。ここでは、感染に基づくプロテオームまたは「感染性」の公平なカバレッジを達成することを目的としたデータ依存的な取得戦略を示す方法を提示する。具体的には、ラベルフリー定量(LFQ)は、複数のプロテオーム間でタンパク質レベル変化を確実かつ正確に同定するための化学的または代謝ラベルへの依存性を低下させ、サンプル処理および処理ステップ12、13を低減する。この普遍的なアプリケーションは、任意の予想されるタンパク質産生とは無関係に細胞内の特定の瞬間に産生されたタンパク質を尋問します。したがって、感染に不可欠な新しい洞察が発見される可能性があります。
本明細書に記載されているワークフローは、宿主免疫細胞を用いた感染模倣状態の間の C.ネオフォーマン のタンパク質レベル変化を探索するために最適化される(図1)。このアプローチは、細胞型の分離と分離に頼るのではなく、宿主と病原体プロテオームを一緒に抽出し、生物特異的な2つのデータベースを用いた生物情報分離を利用して、種特異的タンパク質産生を区別する。この方法は、同位体ベースのラベリング研究または分画に必要な余分なコストのかかる準備ステップなしで処理されるサンプルの無制限の数のための利点を提供します。さらに、このワークフローは、宿主の免疫細胞を標的化し感染させることができる幅広い真菌および細菌病原体に伝達可能な最適化されたタンパク質抽出プロトコルをサポートします。全体として、このプロトコルは、高分解能MSのための公平なタンパク質抽出とサンプル処理を完了するための手順を概説し、続いて、感染に有意な真菌タンパク質に関する豊富な知識を提供し、宿主防御応答の包括的なプロファイリングを行うことができるデータおよび統計分析を行う。

<table><tbody><tr><td>100 mM Tris-HCl、pH 8.5</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP152-1</td><td>4°C;C</td></tr><tr><td>60 x 15 mm ディッシュ、Nunclon Delta</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>174888</td><td></td></tr><tr><td>6 ウェル細胞培養プレート</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>140675</td><td></td></tr><tr><td>アセトニトリル、MS グレード</td><td>Pierce</td><td>TS-51101</td><td></td></tr><tr><td>酢酸</td><td>Sigma Aldrich</td><td>1099510001</td><td></td></tr><tr><td>Acetone</td><td>Sigma Aldrich</td><td>34850-1L</td><td></td></tr><tr><td>アンモニウム重炭酸塩(ABC)</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>A643-500</td><td>室温で最大1ヶ月間安定なストック50 mM ABC溶液を調製します。</td></tr><tr><td>ベルアート&貿易;HiFlow真空吸引器収集システム</td><td>フィッシャーサイエンティフィック</td><td>13-717-300</td><td>必須ではありませんが、血清学的ピペットを使用して媒体を除去することができます。</td></tr><tr><td>C18樹脂</td><td>3M Empore</td><td>3M2215</td><td></td></tr><tr><td>細胞スクレー</td><td>パーVWR</td><td>10062-906</td>必須<td>ではありませんが、マクロファージ細胞を放出する他の方法を使用することができます。</td></tr><tr><td>遠心真空濃縮器</td><td>エッペンドルフ</td><td>07-748-15</td><td></td></tr><tr><td>コンプリートろ過ユニット</td><td>VWR</td><td>10040-436</td><td></td></tr><tr><td>円錐形ファルコンチューブ (15 mL)</td><td>フィッシャー・サイエンティフィック</td><td>05-539-12</td><td></td></tr><tr><td>カウンテス II 自動セルカウンター</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィ</td>ック <td>AMQAX1000</td><td>必須ではありませんが、血球計算盤は代替品として使用することができます。</td></tr><tr><td>CytoTox 96 Non-Radioactive Cytotoxicity Assay</td><td>Promega</td><td>G1780</td><td></td></tr><tr><td>Dithiothreitol (DTT)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>R0861</td><td>1 M DTTのバルクストック溶液を調製し、急速冷凍して-20°Cで保存します。使用までC。使用後は毎回廃棄してください(凍結融解を繰り返し行わないでください)。</td></tr><tr><td>DMEM、高グルコース、GlutaMAX サプリメント</td><td>サーモフィッシャー サイエンティフィック</td><td>10566016</td><td></td></tr><tr><td>ウシ胎児血清 (FBS)</td><td>サーモフィッシャー サイエンティフィ</td>ック <td>12483020</td><td>60°Cでインキュベートすることにより熱不活化;Cを30分間。50mlのアリコートを準備し、急速冷凍します。培地調製前に解凍する</td></tr><tr><td>血球計算盤</td><td>VWR</td><td>15170-208</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Sigma Aldrich</td><td>H3375</td> バルク<td>ストック溶液中の40 mM HEPES/8 M尿素を調製し、急速冷凍し、-20°Cで保存します。使用までC。使用後は毎回廃棄してください(凍結融解を繰り返し行わないでください)。</td></tr><tr><td>高速液体クロマトグラフィーシステム</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>LC140</td><td>グラジエントの長さはサンプルの複雑さに基づいており、感染性サンプルには120分のグラジエントを推奨しています。</td></tr><tr><td>高分解能質量分析計</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>726042</td><td></td></tr><tr><td>ヨードアセトアミド (IAA)</td><td>シグマ アルドリッチ</td><td>I6125</td><td>0.55 Mバルクストック溶液を調製し、急速冷凍、-20°Cで保存。使用までC。使用後は毎回廃棄してください(凍結融解を繰り返し行わないでください)。</td></tr><tr><td>L-グルタミン</td><td>サーモフィッシャー サイエンティフィック</td><td>25030081</td><td>アリコートして冷凍保存することができます。培地調製の前に解凍します。</td></tr><tr><td>LoBind微量遠心チューブ</td><td>Eppendorf</td><td>13-698-794</td><td></td></tr><tr><td>MaxQuant</td><td>https://maxquant.org/</td><td></td> <td>MaxQuantは、大規模なMSデータセットの計算解析ステップを概説するMaxQuant Summer Schoolなどのチュートリアルを提供する公開プラットフォームです</td></tr><tr><td>微量遠心分離機</td><td>エッペンドルフ</td><td>13864457</td><td></td></tr><tr><td>ペニシリン:ストレプトマイシン10k/10k</td><td>VWR</td><td>CA12001-692</td><td>アリコートして冷凍して保存することができます。培地調製の前に解凍します。</td></tr><tr><td>ペプチド分離カラム</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>ES803</td><td></td></tr><tr><td>Perseus Software</td><td>http://maxquant.net/perseus/</td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Phosphate Buffered Saline</td><td>VWR</td><td>CA12001-676</td><td>Puchase 不要。PBSも調製できますが、使用前に滅菌ろ過を行う必要があります。</td></tr><tr><td>Pierce BCA Protein Assay</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>&nbsp;23225</td><td></td></tr><tr><td>ピペット、使い捨て血清学的 (10 mL)</td><td>フィッシャー・サイエンティフィック</td><td>13-678-11E</td><td></td></tr><tr><td>ピペット、使い捨て血清学的 (25 mL) バシックス</td><td>フィッシャー・サイエンティフィ</td>ック <td>14955235</td><td></td></tr><tr><td>プローブ・ソシエーター</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィ</td>ック <td>100-132-894</td><td></td></tr><tr><td>プロテアーゼ阻害剤カクテル錠</td><td>ロシュ</td><td>4693159001</td><td></td></tr><tr><td>ドデシル硫酸ナトリウム</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>28364</td><td>20% (w/v)</td></tr><tr><td>分光光度計 (ナノドロップ)</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>ND-2000</td><td></td></tr><tr><td>STAGE 転倒遠心分離機</td><td>ソネーション</td><td>STC-V2</td><td></td></tr><tr><td>サーマルシェーカー</td><td>VWR</td><td>NO89232-908</td><td></td></tr><tr><td>トリフルオロ酢酸</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>85183</td><td></td></tr><tr><td>トリプシン/リス-Cプロテアーゼミックス,MSグレード</td><td>ピアス</td><td>A40007</td> -<td>20°Cに維持します。</td></tr><tr><td>超音波浴</td><td>Bransonic</td><td>A89375-450</td><td>冷蔵室に保管 (4C)</td></tr><tr><td>尿素</td><td>シグマ Aldrich</td><td>U1250-1KG</td><td>バルクストック溶液で40 mM HEPES/8 M尿素を準備し、急速冷凍、-20 °Cで保管します。使用までC。使用後は毎回廃棄してください(凍結融解を繰り返し行わないでください)。</td></tr><tr><td>酵母抽出物ペプトンデキストロースブロス</td><td>BD Difco</td><td>BM20</td><td></td></tr></tbody></table>

発見駆動型宿主間相互作用のためのラベルフリー定量プロテオミクスワークフロー

Label-Free Quantitative Proteomics Workflow for Discovery-Driven Host-Pathogen Interactions

質量分析(MS)ベースの定量プロテオミクスの技術的成果は、様々な条件下で生物のグローバルプロテオームを分析するための多くの未知の道を開きます。この強力な戦略は、微生物病原体と所望の宿主との相互作用に適用され、感染に対する両方の視点を包括的に特徴付ける。本明細書において、ワークフローは、不滅のマクロファージ細胞の存在下で、致命的な疾患クリプトコッカス症の原因物質である真菌性の栄養性細胞内病原体である クリプトコッカス・ネオフォルマンの 感染者のラベルフリー定量(LFQ)について説明する。このプロトコルは、単一の実験で病原体細胞と哺乳類細胞の両方に適切なタンパク質調製技術を詳述し、液体クロマトグラフィー(LC)-MS/MS分析のための適切なペプチドサブミッションをもたらす。LFQの高スループットの一般的な性質は、タンパク質の同定と定量の広いダイナミックレンジだけでなく、任意の宿主病原体感染設定への転写性を可能にし、極度の感受性を維持する。この方法は、感染模倣条件内の病原体の広範で公平なタンパク質豊富プロファイルをカタログ化するために最適化されています。具体的には、ここで示す方法は、毒性に必要なタンパク質産生などの C.ネオフォルマン病 原発病に関する重要な情報を提供し、微生物の侵入に応答する重要な宿主タンパク質を特定する。

上記で概説したプロトコルは、真菌病原体、C.ネオフォーマンおよび宿主であるマクロファージ細胞の両方から得られたタンパク質を単一の実験で同定し、定量化する。共培養後、細胞は、各種に特異的なペプチドプロファイルに基づいて、一緒に収集および処理され、生物的に分離される。これは、感染時の宿主病原体関係の相互作用を定義するための強力なアプローチである。実験から同定されるタンパク質の数は、出発物質、サンプル調製、勾配長、MS計測、バイオインフォマティクスワークフローによって異なります。本明細書に記載されたプロトコルを用いて、我々は通常、1,500 C. ネオフォーマンタンパク質および6,500個の宿主タンパク質を用いて実験から約8,000個のタンパク質を同定する。データセットの処理に続いて、分析を推進する重要な要因を観察するための主成分分析(PCA)プロットを生成します(図2A)。ここでは、実験計画(成分1、79.8%)から予想されるように、データ間の分離の最大の成分が感染しているのと非感染サンプルが観測され、サンプルの第2の特徴は生物学的変動性(成分2...

ここでは、質量分析ベースのプロテオミクスによる感染時の宿主と病原体の相互作用をプロファイルするプロトコルを提示する。このプロトコルは、標識のない定量を使用して、1回の実験で、宿主(例えばマクロファージ)と病原体(例えば クリプトコッカス・ネオフォルマン)の両方のタンパク質の存在量の変化を測定する。

The technological achievements of mass spectrometry (MS)-based quantitative proteomics opens many undiscovered avenues for analyzing an organism&#8217;s ...

私たちのプロトコルは、宿主と病原体の両方の観点から真菌感染症を調査し、病気にとって重要な生物学的システム間の相互作用を特定します。1回の実験で真菌タンパク質と宿主タンパク質の両方を検出し、感染時にのみ生成される真菌タンパク質、つまり新規感染関連タンパク質を同定できます。私たちは、治療のための新しい抗毒性戦略を明らかにすることにより、真菌感染症の治療に焦点を当てていますが、私たちのプロテオミクスとバイオインフォマティクスのパイプラインは普遍的であり、多くの生物学的システムに適用できる可能性があります。私たちのアプローチは、さまざまな病原体と多数の免疫応答の研究の基礎を築き、クリプトコッカスと自然免疫系との関係に関する新たな洞察を提供するために使用できます。病原体に対するマクロファージの応答と、十分な真菌タンパク質の検出は重要です。したがって、各種のMOIと時点をテストして最適化することをお勧めします。マクロファージと真菌細胞の培養は困難な場合があるため、共培養後に何を期待すべきかを知ることが重要です。視覚化により、研究者は手順の実装に自信を持つことができます。マクロファージ感染用の真菌細胞を調製するには、中長相培養からC neoformans細胞を採取して遠心分離し、続いて同じ遠心分離条件下で1ミリリットルの室温PBSで3回穏やかに洗浄します。最後の洗浄後、真菌細胞を抗生物質を含まない細胞培養、中濃度の1ミリリットルあたり1.2倍10〜8番目の細胞で再懸濁し、70%〜80%コンフルエントの6ウェルマクロファージ培養プレートの4つのウェルのそれぞれに1ミリリットルの真菌細胞懸濁液を添加します。その後、プレートを細胞培養インキュベーターに3時間置きます。プレートを慎重に傾けて、各ウェルを1回の洗浄につき1ミリリットルのPBSで3回優しく洗浄できるようにします。最後の洗浄後の感染能力を測定するには、6ウェルプレートの各ウェルに1ミリリットルの抗生物質を含まない培地を追加し、プレートを細胞培養インキュベーターに入れます。適切な実験時点で、各ウェルから上清を収集し、標準プロトコルに従って各ウェルのLDH量を測定します。同時に、感染していないマクロファージ細胞を溶解して、最大の細胞毒性の値を決定します。その後、細胞毒性は、示されている式を使用して計算できます。未感染のマクロファージの収集と共培養のためには、未感染のマクロファージの各ウェルに1ミリリットルの冷たいPBSを添加します。1分後、プレートを軽くたたいてウェルの底から細胞を剥がし、細胞懸濁液を1本の15ミリリットルチューブにプールします。遠心分離によって細胞を回収し、上清を完全に除去して、ペレットを液体窒素ですぐに瞬間凍結し、マイナス80度で保存できるようにします。データセットへのプロセスの主成分分析により、予想通り、データ間の分離の最大の要素は感染したサンプルと感染していないサンプルであることが明らかになりました。サンプルの2つ目の際立った特徴は、その生物学的多様性です。ピアソン相関とユークリッド距離による階層クラスタリングを組み合わせると、感染サンプルと非感染サンプルの明確なクラスタリングが示され、再現再現性は95%から96%の範囲ですBenjamini-Hochberg False Discovery Rateを使用して複数の仮説検定を補正したStudents'Tテストは、非感染対照と比較して感染中の存在量に有意差があるタンパク質を特定するために実行できます。この解析では、感染時に発現に有意な変化を示す117の宿主タンパク質が同定されました。特に、感染中に予想されるように、真菌タンパク質の存在量の大幅な増加も観察されました。マクロファージは、共培養、洗浄、サンプル採取の際に優しく取り扱うことが重要です。病原体が宿主にどのように適応し、宿主が感染からどのように防御するかを定義することで、微生物学と免疫学の分野に新たな知見がもたらされます。

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Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

免疫学と感染症

この記事では、ホストと二つの直交の方法を組み合わせて使用​​して病原体のタンパク質間の高い自信インタラクションデータセットの識別に焦点を当てています：酵母ツー​​ハイブリッドHT-GPCA呼ばれる哺乳動物細胞におけるハイスループット相互作用アッセイが続く。...

ホスト病原体のタンパク質 - タンパク質相互作用の風景を特徴づけるために比較的アプローチ

正確に高分解能質量分析計を接続した液体クロマトグラフィーによる定圧ラベリング、広範な分別、バイオインフォマティクス...

定圧ラベリング、豊富な液体クロマトグラフィー、質量分析法、およびソフトウェアによる定量化して深いプロテオームをプロファイリング

記載されているプロテオミクスワークフローは、目的とするタンパク質の免疫親和性濃縮と標識フリー質量分析法を用いて核細胞内分画からタンパク質相互作用パートナーを同定するためのプロテオミクスワークフローである。このワークフローには、細胞内分画、免疫沈降、フィルター支援サンプル調製、オフラインクリーンアップ、質量分析、下流バイオインフォマティクスパイプラインが含まれます。...

大規模核インターロームプロファイリングのためのラベルフリー免疫沈降質量分析ワークフロー

ここで示すプロトコルは、高度な統計分析アプローチへの品質管理と前処理のステップを含む、生の読み取りから機能分析までのRNAシーケンシングトランスクリプトームデータを分析するための完全なパイプラインを説明しています。...

宿主と病原体の相互作用を調するためのハイスループットトランスクリプトーム解析

我々は、データの前処理、共発現クラスタリング、経路濃縮、タンパク質間相互作用ネットワーク解析を含む詳細なプロトコルを用いて、定量的プロテオミクスデータのネットワーク解析を実行および視覚化するためのシステム生物学ツールJUMPnを提示する。...

JUMPn:プロテオミクスにおけるタンパク質共発現クラスタリングとネットワーク解析のための合理化されたアプリケーション

臨床メタプロテオミクスは、ヒトのマイクロバイオームとその疾患への寄与についての洞察を提供します。Galaxyプラットフォームの計算能力を活用して、複雑な質量分析ベースのメタプロテオミクス解析と疾患研究に関連する多様な臨床サンプルタイプの特性評価を容易にするモジュール式バイオインフォマティクスワークフローを開発しました。...

Galaxy Bioinformatics Platformに実装された臨床メタプロテオミクスワークフローにより、ヒト疾患の根底にある宿主とマイクロバイオームの相互作用を解析

ここでは、ホルマリン固定パラフィン包埋組織切片の単離関心領域を用いた質量分析法に基づくプロテオミクス法を確立します。このプロトコールは、アーカイブされたホルマリン固定パラフィン包埋組織切片の特定の組織領域からのプロテオームを解析するために使用されます。...

選択した組織領域を用いた質量分析ベースのプロテオミクスのための合理化されたアプローチ

質量分析ベースのプロテオミクスデータは、オープンデータベースで利用でき、無料のツールを使用してアクセスできます。データベースの検索と説明が複雑であることを考えると、多くの生物学者はこれらのデータセットを利用するための知識を欠いています。ここでは、基本的なプロテオミクスデータ検索に無料のツールを使用するためのガイドを提供します。...

無料の計算ツールを使用した質量分析ベースのプロテオミクスデータのナビゲート

ここでは、化学プローブと質量分析を使用して、天然細胞および組織からの疾患特異的タンパク質間相互作用の捕捉と同定を可能にするプロトコルを提示します。得られた相互作用データセットは、専用のWebベースのプラットフォームを介して分析され、動的なネットワーク機能不全と疾患に関連する経路の変化を明らかにします。...

疾患における機能不全タンパク質間相互作用のマッピング

メソッドは、個別に、選択した操作、および回転するディスクの顕微鏡に結合される光トラップを使用して画像ライブの病原体に記述されています。光トラップは、生物の空間的、時間的な制御を提供し、宿主細胞にそれらが隣接して配置されます。蛍光顕微鏡は、細胞への最小限の摂動で動的な細胞間相互作用をキャプチャします。...

動的な生細胞イメージングのための宿主 - 病原体相互作用の研究のための光トラップの使用

学ぶラベルフリー定量プロテオミクスによる宿主マクロファージとCryptococcus neoformansの相互作用解析。質量分析で感染関連タンパク質を同定し、真菌感染症の新規治療標的発見に貢献する。

発見駆動型宿主間相互作用のためのラベルフリー定量プロテオミクスワークフロー

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