Name: ダイヤモンド光源での固定ターゲットシリアルデータ収集 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-02-26T14:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 19 s
Description: 学ぶ固定ターゲットシリアルシンクロトロン結晶学の手法。シリコンチップの準備・整列からリアルタイムデータ処理まで、限られたサンプル量でタンパク質動態を可視化する実験プロトコルを解説。

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この研究は、欧州委員会のHorizon 2020プログラムが資金を提供するiNEXT-Discovery(グラント871037)によって支援されました。

シリアルシンクロトロンデータ収集は、MXビームラインで比較的新しい技術であり、XFELsで現在行われている超高速データ収集と従来のシンクロトロンベースのMXとの間のギャップを埋めています。この原稿は、ビームラインI24、ダイヤモンド光源、低線量、線量シリーズ、および時間分解実験で固定ターゲットシリアルデータを正常に収集する方法の概要を示すことを目的としています。標準的な結晶学と同様に、サンプル調製物は構造の主要なボトルネックの解決である。SSXは変わらないし、十分な量の均質な結晶スラリーの調製は、単一の大きなタンパク質結晶の成長のような研究と洗練の数十年の恩恵をまだ受けていない。しかし、これらのスラリーの調製はこの論文の範囲外であり、他の場所で要約されている36.ここで説明するアプローチの重要なステップは、GUI インターフェイスを使用して利用可能なサンプルを注意深く使用する (ステップ 3) と自動化されたデータ処理パイプライン (ステップ 6) チップの読み込み (ステップ 1) と実験の進め方を通知します。
高速フィードバック パイプラインは、データ収集中に最初のヒット率を評価し、後続のチップ読み込みプロトコルにデータ収集を成功させるための通知を行う強力なツールです。ヒット率が低い(<5%)に直面すると、ユーザーは不完全なデータを収集したり、追加のコレクションでビームタイムを無駄にしたりするリスクがあります。この場合、サンプルをプールし、穏やかな遠心分離によって濃縮し、さらに/またはより大きなボリュームをステップ1.5でロードすることができます。一般的にヒット率が高いほど好ましいが、オーバーロードが同じ井戸内の複数の結晶につながるリターンを減少させる点がある。DIALSは、多格子回折データ50を扱うことができるが、インデックスおよび統合よりも大きな懸念は、結晶のグループ化が正確な時間分解実験のためにレーザー光または急速混合によって結晶の活性化に及ぼす有害な影響である。したがって、時間解決実験の固定ターゲットの過負荷を避けるために、特に注意する必要があります。
インデックス作成と積分処理ステップは、ビーム方向を表す中心十字、個々の格子のhkl 001反射の方向を表す各点、およびビーム軸から90°離れた回転を表す円の外輪を持つプロットを生成します。これは、お使いのクリスタルが優先する向きを持っているかどうかを示します, データの完全性に影響を与える可能性があり、より多くのデータを収集する必要性を示すか、負荷プロトコルを変更します. 図7cの左側のパネルには、HEWL結晶を用いたチップの過負荷の効果が示されています。開口部がより多くの結晶で満たされると、ランダムな向きでベースにくさぶるのではなく、開口部の斜めの壁に固執します。2つの直交楕円は、ビーム方向に〜35°にあるチップの内部壁に横たわっている結晶の結果である。これにより、ロードされる結晶の体積を減らし、ヒット率を下げ、これらの好ましい平面に横たわる結晶の割合を劇的に減らします。
なお、LCP押出機やマイクロ流体チップなど、I24では他のシリアルアプローチが利用可能です。これらは同様の GUI を使用し、同じ処理パイプラインを使用するので、別の手法を使用しても適用可能です。ここで説明する固定ターゲットアプローチを超えて、SSXとSFXの両方に対して多くのシリアルアプローチが存在し、それぞれが実行される実験および実験に使用されるビームラインに応じて、他の方よりも一定の利点を有する。シリアルアプローチが急速に進化しているので、最近のアップデートについてビームラインウェブページ(https://www.diamond.ac.uk/Instruments/Mx/I24.html)をチェックし、ビームタイムを計画する際にできるだけ早い段階でビームラインスタッフと話すことをお勧めします。標準およびシリアル実験用のI24へのアクセスは、使用時点で無料です。英国とEUのユーザーの旅行と宿泊費は、部分的にiNEXTディスカバリーを通じてカバーされています。

シリアルシンクロトロン結晶学(SSX)は、X線自由電子レーザー(XFEL)1、2、3に触発されたデータ収集の新しい方法です。XFELでは、極めて明るいX線パルスによって結晶が破壊される前に、通常非常に小さなタンパク質結晶から単一の回折パターンが記録される。これは、通常、新しい結晶をX線ビームに導入して別の回折パターン4を得なければならないことを意味する。これは、結晶を継続的に補充する必要があり、多くのシリアルサンプル配送技術5の開発を推進しています。
シンクロトロンでは、古典的な(非シリアル)回転結晶学法が広く適用され、ゴニオメーターを使用してX線ビームで回転する単一の大きな結晶を利用して、構造溶液6の完全なデータセットを収集する。結晶の寿命を長くして、完全なデータセットを7、8、および出荷と自動サンプル転送を容易にするために、結晶はデータ収集のために〜100 Kまで凍結冷却されます。強烈なマイクロフォーカスビームラインでは、放射線損傷が単結晶9、10、11からの完全なデータセットの収集を禁止することができるため、多結晶戦略が頻繁に採用されています。放射線損傷による制限にもかかわらず、使用される結晶の数は比較的控えめなままであり、使用されるアプローチは本質的に単結晶実験と同じです。
一方、SSXはシリアルサンプル配信を使用して、何千ものランダム配向結晶から単一のまだ回折パターンを取得し、完全なデータセットを生成します。結晶回転を組み込んだシリアル技術は、まだゼロ回転、アプローチに焦点を当てていますが、開発中12、13に注目されています。異なる長所と短所を持つサンプル配信システムは多種多様で、流れに焦点を当てた/粘性ジェット機15、16、17、マイクロ流体チップ18、19、またはエッチングされたシリコンチップ20、21などの固定ターゲット上の結晶の流れに結晶を送達することから、さまざまなものがあります。.典型的には、結晶は室温で保持され、より大きな立体構造多様性が観察され、より生理学的に関連する環境22を提供することを可能にする。SSXは、データセットの総投与量が1つの結晶の単一の短いX線暴露に相当するので、非常に低い線量データセット23の収集を可能にする。SSXが提供するもう一つの大きな利点は、時間分解された方法によるタンパク質ダイナミクスの研究であり、レーザー光への曝露によって引き起こされる反応24、25、26、27、または結晶とリガンド/基質28、29の混合によって引き起こされる。より小さい結晶を用いると、レーザー光が結晶全体を貫通し、多光子吸収を伴わずに反応を均一に起用し、異なる時点27で撮影された回折データに対して適切に定義された反応中間体を提供する。より大きな結晶および回転ベースのデータ収集方法の使用は、レーザーの貫通深度、不均一または多光子の活性化、放射線損傷、およびデータスイープ内の機械的オーバーヘッド時間に苦しんでおり、より速い反応速度で解釈することが困難または不可能な反応中間体の組み合わせにつながります。小さい結晶は、混合実験において同様の利点を提供し、リガンドが結晶全体に迅速かつ均一に拡散することができるように、再び異なる時間遅延30、31、32で記録される定義された反応中間体を可能にする。
ダイヤモンドのマイクロフォーカスビームラインI24では、従来の回転とSSXの両方の実験が行えます。ここでは、I24で固定ターゲットを使用したSSXサンプル調製とデータ収集のための包括的なプロトコルと、Diamondでのシリアルデータのデータ分析プロトコルを紹介します。原稿と付随するビデオは、ユーザーがI24で成功したSSX実験を行うことを可能にするべきですが、これは急速に発展している分野であり、アプローチは絶えず進化しています。また、シリアル方式は、ペトラIII(P14-TREXX)、MAX IV(BioMAX)33、SLS(PXIおよびPXII)34、およびNSLS(FMX)35を含むがこれらに限定されない他のシンクロトロン源で利用可能であることを留意すべきである。シリアルデータの収集と処理の詳細はソースによって異なりますが、コア原則は変わりません。以下のプロトコルは、達成される可能性のあるサミットではなく、ベースキャンプへの出発点と経路を表すものと見なされるべきです。
このプロトコルは、ユーザーがタンパク質または小分子結晶系を有し、そこからmL当たりの微小結晶の密度が良好な0.5〜2.0 mLの微結晶スラリーが生成されていることを前提とする。結晶スラリーを得るためのプロトコルは、先に説明した36.多くの異なるタイプの固定ターゲットが利用可能であり、I24で最も一般的に使用されるシリコンチップを正確に利用する。他のチップレイアウトと区別するために、ビームラインインターフェースの下とビームラインでは、これは「オックスフォードチップ」と呼ばれています。オックスフォードチップレイアウトは、前に述べたように8×8 '都市ブロック'で構成され、それぞれ20×20開口を含み、合計25,600開口20,21を有する。

<table><tbody><tr><td>チップホルダー</td><td>カスタムビルド</td><td>N/A</td><td>2つの磁気ベースプレート、2つの金属リング、キネマティックマウントで構成される社内カスタムメイドの金属チップホルダーです。</td></tr><tr><td>チップレスチップスペーサー</td><td>SWISCII</td><td>N/A</td><td>LCP 接着シート LCPモジュラーシリーズの一部として利用可能</td></tr><tr><td>ジオブリック LV-IMS-II</td><td>デルタタウ</td><td>N/A</td><td>A&nbsp;カスタムDiamond Light Sourceハードウェア構成の多軸コントローラー/アンプ</td></tr><tr><td>キネマティックマウント</td><td>ThorLabs</td><td>KB25/M</td><td>スクエアベースに、チップホルダーに三角形に配置された3つの磁石を備えています。</td></tr><tr><td>KNF Laboport 真空ポンプ</td><td>Merck</td><td>Z262285-1EA</td><td>固体 PTFE 真空ポンプ、排気速度 10 l/min。</td></tr><tr><td>マイラーシート6 & マイクロ;m</td><td>フィッシャーサイエンティフィック</td><td>15360562</td><td>300フィートロール 6 & マイクロ;SPEX SamplePrep</td></tr><tr><td>Mylar Sheets 3 & micro による厚さのマイラー XRF フィルム。m</td><td>フィッシャーサイエンティフィック</td><td>04-675-4</td><td>300フィートロール 3 & マイクロ;SPEX SamplePrep</td></tr><tr><td>Pelco easiGlow Glow Discharge System</td><td>Ted Pella, INC.</td> による厚さのマイラー XRF フィルム<td>91000</td><td>親水性の表面を製造するために使用されるコンパクトなスタンドアローングロー放電システム</td></tr><tr><td>シリコンチップ</td><td>サウサンプトン大学</td><td>N/A</td><td>さまざまなサイズで利用可能な25,6000の開口部を持つカスタムエッチングシリコンチップ。</td></tr><tr><td>トランスレーションステージ</td><td>SmarAct</td><td>N/A</td><td>XYZサンプルステージは、Diamond Light SourceとSmarActによる共同設計で、SmarActがカスタムビルドしたもので、3つのリニアトランスレーション50mmトラベルステージ、精密なクロスローラーガイドウェイ、最大1nmの分解能を持つ統合センサーを使用しています</td></tr><tr><td>1byOne Humidifier (701UK-0003)</td> <td>1byOne</td><td>B01DENO0EQ</td><td>市販の1.3リットル超音波加湿器</td></tr></tbody></table>

ダイヤモンド光源での固定ターゲットシリアルデータ収集

Fixed Target Serial Data Collection at Diamond Light Source

シリアルデータ収集は、シンクロトロンユーザーにとって比較的新しい手法です。I24での固定ターゲットデータ収集のユーザーマニュアル、ダイヤモンド光源は、スムーズなデータ収集のための詳細なステップバイステップの手順、図、およびビデオを提示されています。

低線量データ収集とシリーズ 低用量(ステップ5.1:シナリオ1)および用量系列(ステップ5.2:シナリオ2)データをI24で亜硝酸還元酵素マイクロ結晶の銅に収集し、以前に42を公表した。すべてのサンプルは、ステップ1で説明したように調製し、ステップ3、4、および5に従って収集したデータを、ステップ6の方法を用いて処理した。この研究では、迅速な線量系列を、新鮮なサンプルに移る前に、各開口で撮影された20回折像(すなわち、上記のデータ収集GUIでn=20)で収集した。これらのデータから、空間群P213の単位細胞の双型分布を同定した(a=b=c=97.25 Å、a=b=c=96.38Å)。これらの単位細胞多形を同定して分離して処理を行うと、データ品質指標が著しい改善を示し、全データを一緒に処理する際に観察される混合状態ではなく、残基189〜193の間の柔軟なループで2つの異なる構造を明らかにした。このような多形の同定は、小さな構造変化のみが予想される繊細な時間分解構造研究のすべての違いを生み出す可能性がある。さらに、採取された用量シリーズは、結晶中の用量依存単位細胞変化を明らかにし、より大きな単位細胞を支持して集団をシフトする用量の増加を伴った。
同様の作業は、SSX(ステップ5.1:シナリオ1)の低用量構造をSFXを使用して測定されたものと比較するために、ストレプトマイセス・リビダン(DtpAa)から色素型ヘムペルオキシダーゼから用量シリーズ(ステップ5.2:シナリオ2)から採取されたEbrahim et al(2019)47によって行われた。SFXデータは、10フェムト秒のパルス長と30Hzの繰り返しレートでSACLAビームラインBL2 EH3で収集されました。10フェムト秒パルス持続時間は、SFXデータに線量依存効果が存在しないことを保証します。SFXデータをビームラインI24で収集したSSXデータと比較し、各サンプル位置(すなわち、n=10)で10の順次10ミリ秒の露光を測定した。鉄から離れたヘム鉄協調水分子の用量依存性移動が観察されただけでなく、SSX用量系列におけるヘムプロピオン酸基の1つの立体構造変化も観察された。SFX構造のようにダメージを受けにくいわけではないが、用量系列はゼロ用量データセットのFe-O結合長(フェリックヘム)を外挿することを可能にし、これはSFXから得られた値と実験的誤差内で一致した。
ここで説明する逐次結晶学データ収集方法は、例えば室温での嫌気性タンパク質構造の研究に新しいサンプル環境を提供するように容易に適応することができる。Rabe et al 2020 48で概説されているように、無酸素室に異なるシールフィルムを備えた「シートオンシート」サンプル、または「チップレスチップ」をロードすると、二酸素感受性サンプルからの構造データの室温収集が可能になります。
ポンププローブ 以下の代表的な結果はダイヤモンドビームラインI24では収集されなかったが、これらの方法は、iNEXTプログラムの施設間の緊密な連携で開発され、逐次結晶学法の開発における標準的な方法に向けて取り組む。ビームラインI24は、上記のプロトコルで説明した方法を用いてそのような実験を行うために、以下に説明するものに対して同等の収集方法を提供するか、または提供する予定である。
ポンププローブ:急速な混合 急速混合SSXは、固定標的に対する反応を開始するためにピエゾ駆動液滴注入器を用いて、メヘラビら(2019)28によってPETRA IIIのビームラインT-REXXで行われた。 この研究は、GlcNac3をリソチームマイクロ結晶に結合するチップ混合実験に関する原理の証明を提示し、75pL滴の50ms以内に結合がサンプルに適用される。この研究は、7構造の時間分解一連のキシロースイソメラーゼ活性を追跡し、15ms以内のグルコース結合と60秒遅延後のグルコース分子における開いた環の立体構造の形成を実証した。液滴注入の同等のセットアップは、現在、I24で使用するために開発中です。
ポンププローブ:光の活性化 光活性化ポンププローブ連続実験はシュルツら (2018) 49で提示されます。フルオロアセテートデヒドロゲナーゼを光カチズクロ酢酸で浸し、320-360 nmレーザー光でポンピングし、4つの時点(t=0、30、752、および2,052 ms)で構造を生成しました。静止状態構造(0 ms)は、いくつかの水分子を除く空の活性部位と、両タンパク質サブユニットのキャップドメイン間の等価な密度を示す。光活性化後30msおよび752msは、サブユニットAに対するサブユニットBのキャップドメインにおいて電子密度の有意な減少を観察することができる。サブユニットBのキャップドメインにおける電子密度の低下は、サブユニットAの活性部位における752msにおけるフルオロアセテートの出現と一致する。2,052 msの最終データセットは、リガンドのさらなる構造再配置を示し、SN2攻撃に対する正しい形状を促進すると疑われ、反応中の中間状態の潜在的な形成を示す。I24では、フェムト秒パルスを提供する210〜2500 nmから調整可能なポータブルファロスレーザーシステムを光活性化に使用できます。初期の実験は、放出されたリガンドを標的タンパク質に結合した308nmの励起を用いてフォトケージの活性化に成功したことを示した。ビームラインの人員安全システムへの統合を書いている時点で進行中であり、定期的なユーザー実験は2021年初めに予想されます。より強い光パルスが必要な場合の実験では、TTL制御LEDによる光活性化が成功しています。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62200/62200fig01.jpg"> 図1:ダイヤモンド光源での設置機器のサンプル セットアップは真空ポンプ(a)、グローブボックス(b)、加湿器(c)で構成されています。グローブボックス内の真空圧は、サンプルブロック(d)に取り付けられた水晶スラリーを搭載したチップ(d)に取り付けられ、圧力調整器(f、黄色の矢印)を介してストップコック(g、青矢印)に取り付けられた圧力調整器を介して作動する。湿気の多い空気は、加湿器(h)に取り付けられたプラスチックチューブを介してテントに送り込まれ、湿度計(i)を使用して測定される。コンポーネントはクランプスタンド(j)を使用して所定の位置に保持されます。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62200/62200fig01large.jpg" target="_blank">この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62200/62200fig02.jpg"> 図2:サンプルホルダー彼らは金属Oリング(a)を使用して、サンプルホルダーをサンプルステージに取り付けるために使用される下半分のスポーツ磁気マウント(d)で、ポリエステルフィルムを上(b)と下半分にクランプします。ポリエステルフィルム(6μm(e)または3μm(f)))とゴム製Oリング(白矢印)は、六六重ボルト(g)で密閉されたサンプルホルダーで結晶を積んだチップが急速に乾燥するのを防ぎます。チップは、dH2O、1 M HCl、およびdH2O(h)の順次15分浴場を使用して洗浄されます。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62200/62200fig02large.jpg" target="_blank">この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62200/62200fig03.jpg"> 図3:I24での固定ターゲットデータ収集用のデータ収集GUI. (a) チップの整列とデータ収集パラメータの定義に使用されるメインインタフェースを示し、 (b)はデータ収集用チップのサブ領域を定義するために使用されるマッピングライトインタフェースであり、 (c)はレーザー照明のパラメータを定義するためのインタフェースである。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62200/62200fig03large.jpg" target="_blank">この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62200/62200fig04.jpg"> 図4:ステップ3、ポイント1で説明したように、チップホルダーをステージに取り付けるプロセス<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62200/62200fig04large.jpg" target="_blank"></a>。
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62200/62200fig05.jpg"> 図5:チップアライメント。チップは、チップ上の3つの受託マーカーをクリックして整列します( a )。ビームラインオン軸表示システムを通る受託者0、1、2のビューは、(b)、(c)および(d)に示されています。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62200/62200fig05large.jpg" target="_blank">この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62200/62200fig06.jpg"> 図6: 自動処理結果は、ステップ6.1で説明したように起動された表示です。 更新ヒット率プロットが表示されます(a、inset)。「ヒット」がクリックされた場合は、対応する回折画像がダイヤル画像ビューアに表示されます。現在のデータ収集のヒット率が表示されます (この例では 29.6%)パネル (b) は、リアルタイムで更新された、これまで収集されたデータの現在のインデックス作成と統合率を示すウィンドウの例を示しています。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62200/62200fig06large.jpg" target="_blank">この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62200/62200fig07.jpg"> 図7:より詳細なデータ分析ユニットセルパラメータの可視化は、多形(a)を明らかにすることができます。平均単位セルパラメータが計算されます。しかし、これはポリモーフの個々の平均にはまだ及びません。小さなデータのサブセットの視覚化(示されたデータは、Ebrahim et al 2019で説明したデータから793個の亜硝酸還元酵素結晶のサブセットである)は、しばしば傾向を明らかにするのに十分である。有用なパラメータの2次元プロットを作成して、今後のデータ収集に対処できるロードまたは脱水効果によって生じる変動を明らかにすることもできます (b)。ステレオグラフィック投影は、負荷プロトコル(c)にフィードバックする優先方向の有無を明らかにすることができます。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62200/62200fig07large.jpg" target="_blank">この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。</a>

ダイヤモンドビームラインI24でのシリアルシンクロトロン結晶学用の固定対象サンプル調製、データ収集、データ処理に関する包括的なガイドを提供します。

Serial data collection is a relatively new technique for synchrotron users. A user manual for fixed target data collection at I24, Diamond Light Source is ...

シリアルシンクロトロン結晶学(SSX)は、MXの比較的新しく急速に発展している領域です。それは低用量および室温実験に非常によく適していますが、おそらく最も重要なのは、ダイナミクスに従うのに本当に適しています。これにより、実際のタンパク質のストップモーションムービーを作成できます。I24では、SSXの複数のモードが利用可能です。このプロトコルは固定ターゲット SSX に焦点を当てており、限られた量のサンプルを使用して広範囲のシリアル実験が可能です。シリコンチップは、シリコンチップをロードしてクリーニングするときに、それらに慣れていない場合に損傷を受ける可能性があります。また、チップアライメントプロトコルは多くの結晶学者にはまったく新しく、データ処理は標準的な回転データとは若干異なります。チップホルダーを準備するには、ポリエステル箔の2枚を約6〜6センチメートルの正方形に切り、2つのベースプレートの上にシートを置きます。金属シールリングを使用して、シートを所定の位置に固定し、余分なホイルを慎重に引っ張って折り目を取り除きます。次に、分析する結晶の大きさに対して適切なサイズの開口を有するシリコンチップを選択する。グローは、15ミリアンペア電流で0.39ミリバールで25秒間チップを排出します。ピンセットを使用して、チップローディングステージにシリコンチップを配置し、上げられたバーを下に向けます。次いで、ピペットを用いて、チップの平坦側に200マイクロクリスタルスラリーを塗布し、チップのすべての都市ブロックをカバーするためにスラリーを広げる。チップが破損している場合は、ポリエステル箔の小片で任意の穴をカバーし、真空を均一に適用できることを確認します。その後、チップを介して余分な液体のすべてを吸引するために穏やかな真空を適用します。チップローディング段階からチップを取り出し、余分な液体を取り除くために慎重にフィルターペーパーでチップの下側をブロットします。チップホルダーの大きな半分に、チップホルダーの大きな半分に、取り付けたチップをガイドマークの間に置き、平らな側を下に置きます。チップホルダーの小さい半分をチップの上に置き、それを密封します。チップホルダーの2つの半分は所定の位置にスナップする必要があります。次に、六進ボルトを使用してチップを固定します。チップを整列させるには、チップホルダーを30度の角度で持ち、マウントに近づいてください。次に、キネマティックマウントを使用して、ビームラインのXYZステージにロードされたチップを配置します。磁石が接触したら、チップホルダーが流れに平行に回転し、所定の位置をクリックします。チップを配置したら、ビームラインオン軸表示システムとチップアライメントグラフィカルユーザインターフェイスを使用して、チップの左上の受託者を見つけます。X、Y、Z の受託者 0 を中心に、フォーカスの出入りを行って Z を整列させ、上下に Y を揃え、左右に X を揃えます。次に「ブロックチェック」をクリックして、XYZステージを各都市ブロックの最初の井戸に移動します。X線のクロスヘアが開口部と並ぶ場合、チップは整列されます。このグラフィック表示では、DIALS のスポット検索結果を更新するヒット率プロットを観察できます。ヒットがクリックされると、対応する回折画像がDIALSイメージビューアに表示されます。この表では、訪問中にデータが収集される際にリアルタイムで更新される現在のインデックス作成と統合率を視覚化できます。単位細胞パラメータの可視化は、多形を明らかにすることができる。また、有用なパラメータの2次元プロットを作成して、荷重や脱水効果によって生じる変動を明らかにすることもできます。ステレオグラフィック投影は、負荷プロトコルにフィードバックできる優先方向の有無を明らかにすることができます。例えば、この投影では、リソチーム結晶でチップをオーバーロードする効果が観察される。チップをロードするときは、ピペットをゆっくりと指で使用してチップの上にピペットを置きます。チップに触れたり、シリコンの穴を誤って刺したりするのを防ぎます。データを処理する場合は、自動化されたパイプラインを利用できるようにします。これは、実験がどのように進行しているかについて、そして何かを変える必要がある場合に、良いアイデアを与えるでしょう。この方法は、大量に結晶化することができる任意のタンパク質系に適用することができる。そして、反応は、光X線または急速な混合によって引き起こされ得る。一連の構造に関する動的研究は、タンパク質がどのように機能するかについての洞察を提供することができます。

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