Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

Andrew V. Colasanti; Xiang-Jun Lu; Wilma K. Olson

doi:10.3791/4401

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Biology

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Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

3DNA과 핵산의 구조를 분석하고 구축

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16:24 min

April 26, 2013

DOI: 10.3791/4401-v

Andrew V. Colasanti¹, Xiang-Jun Lu², Wilma K. Olson¹

¹Department of Chemistry & Chemical Biology and BioMaPS Institute for Quantitative Biology,Rutgers - The State University of New Jersey, ²Department of Biological Sciences,Columbia University

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

3DNA 소프트웨어 패키지, 분석 구축, 3 차원 핵산 구조를 시각화하는 기능을 갖춘 인기있는 다양한 생물 정보학 도구입니다. 이 문서에서는 각각의 구조 및 관련 구조의 앙상블에 모두 적용 3DNA에서 사용할 수있는 새로운 대중적인 기능의 하위 집합에 대한 상세한 프로토콜을 제공합니다.

이 절차의 전반적인 목표는 실험실 과학자 및 기타 사람들에게 3D NA 프로그램 제품군을 제공하여 최첨단 계산 도구로 DNA 및 RNA 공간 조직을 조사하는 것입니다. 이것은 먼저 3D NA 포럼에서 소프트웨어를 다운로드하고 로컬 컴퓨터에 설치하면 수행됩니다. 두 번째 단계는 구성 염기쌍 단계 수준에서 대표적인 DNA 구조를 분석하는 것입니다.

다음으로, 동일한 DNA 구조가 염기쌍 단계 수준에서 수정된 다음 새로 정의된 염기쌍 단계 매개변수를 사용하여 재구축됩니다. 다음 단계는 관련 구조의 대규모 앙상블을 분석하는 것입니다. 마지막 단계는 구조의 전체 왜곡을 시각화하기 위해 공통 참조 프레임에서 관련 DNA 구조 세트를 정렬하는 것입니다.

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