Name: 3DNA과 핵산의 구조를 분석하고 구축 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-04-26T12:00:00.000+00:00
Duration: 16 min 24 s
Description: 배우세요 3DNA 소프트웨어를 활용한 DNA 및 RNA 3차원 구조 분석, 수정, 시각화 방법입니다. 개별 구조와 앙상블 분석을 통해 핵산의 공간적 조직을 연구할 수 있습니다.

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우리는 분자 역학 시뮬레이션에서 생성 된 DNA 이중 나선의 좌표를 공유하기위한 지리산 Šponer에 감사합니다. 우리는 또한 이러한 구조를 다운로드에 도움 나다 Spackova을 인정합니다. USPHS 연구 보조금을 통해이 작업을 지원 GM34809 및 GM096889은 기꺼이 인정 받고 있습니다.

<ol><li>Lu, X. -J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3DNA%3A+a+software+package+for+the+analysis%2C+rebuilding%2C+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic+acid+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">3DNA: a software package for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic acid structures.</a> Nucleic Acids Res. 31, 5108-5121 (2003).</li>
<li>Lu, X. -J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3DNA%3A+a+versatile%2C+integrated+software+system+for+the+analysis%2C+rebuilding%2C+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">3DNA: a versatile, integrated software system for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nature Protocols. 3, 1213-1227 (2008).</li>
<li>Zheng, G., Lu, X. -J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Web+3DNA-a+web+server+for+the+analysis%2C+reconstruction%2C+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids.+Res%22%5BJournal%5D)">Web 3DNA-a web server for the analysis, reconstruction, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nucleic Acids. Res. 37, W240-W246 (2009).</li>
<li>Xin, Y., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BPS%3A+a+database+of+RNA+base-pair+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">BPS: a database of RNA base-pair structures.</a> Nucleic Acids Res. 37, D83-D88 (2009).</li>
<li>Zheng, G., Colasanti, A. V., Lu, X. -J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3DNALandscapes%3A+a+database+for+exploring+the+conformational+features+of+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">3DNALandscapes: a database for exploring the conformational features of DNA.</a> Nucleic Acids Res. 38, 267-274 (2010).</li>
<li>Tolstorukov, M. Y., Colasanti, A. V., McCandlish, D., Olson, W. K., Zhurkin, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+%27roll-and-slide%27+mechanism+of+DNA+folding+in+chromatin.+Implications+for+nucleosome+positioning%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">A novel 'roll-and-slide' mechanism of DNA folding in chromatin. Implications for nucleosome positioning.</a> J. Mol. Biol. 371, 725-738 (2007).</li>
<li>Lu, X. -J., Olson, W. K., Bussemaker, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RNA+backbone+plays+a+crucial+role+in+mediating+the+intrinsic+stability+of+the+GpU+dinucleotide+platform+and+the+GpUpA%2FGpA+miniduplex%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The RNA backbone plays a crucial role in mediating the intrinsic stability of the GpU dinucleotide platform and the GpUpA/GpA miniduplex.</a> Nucleic Acids Res. 38, 4868-4876 (2010).</li>
<li>Mouw, K. W., Rice, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shaping+the+Borrelia+burgdorferi+genome%3A+crystal+structure+and+binding+properties+of+the+DNA-bending+protein+Hbb%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Shaping the Borrelia burgdorferi genome: crystal structure and binding properties of the DNA-bending protein Hbb.</a> Mol. Microbiol. 63, 1319-1339 (2007).</li>
<li>Burgdorfer, W., Barbour, A. G., Hayes, S. F., Benach, J. L., Grunwaldt, E., Davis, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lyme+disease-a+tick-borne+spirochetosis%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Lyme disease-a tick-borne spirochetosis?</a> Science. 216, 1317-1319 (1982).</li>
<li>Benach, J. L., Bosler, E. M., Hanrahan, J. P., Coleman, J. L., Habicht, G. S., Bast, T. F., Cameron, D. J., Ziegler, J. L., Barbour, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spirochetes+isolated+from+the+blood+of+two+patients+with+Lyme+disease%5BTitle%5D)+AND+%22N.+Engl.+J.+Med%22%5BJournal%5D)">Spirochetes isolated from the blood of two patients with Lyme disease.</a> N. Engl. J. Med. 308, 740-742 (1983).</li>
<li>Lankaš, F., Špačková, N., Moakher, M., Enkhbayar, P., Šponer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+measure+of+bending+in+nucleic+acids+structures+applied+to+A-tract+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A measure of bending in nucleic acids structures applied to A-tract DNA.</a> Nucleic Acids Res. 38, 3414-3422 (2010).</li>
<li>Romanuka, J., Folkers, G. E., Biris, N., Tishchenko, E., Wienk, H., Bonvin, A. M. J. J., Kaptein, R., Boelens, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Specificity+and+affinity+of+Lac+repressor+for+the+auxiliary+operators+O2+and+O3+are+explained+by+the+structures+of+their+protein-DNA+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Specificity and affinity of Lac repressor for the auxiliary operators O2 and O3 are explained by the structures of their protein-DNA complexes.</a> J. Mol. Biol. 390, 478-489 (2009).</li>
<li>Berman, H. M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Weissig, H., Shindyalov, I. N., Bourne, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Protein+Data+Bank%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids.+Res%22%5BJournal%5D)">The Protein Data Bank.</a> Nucleic Acids. Res. 28, 235-242 (2000).</li>
<li>Joint, I. U. P. A. C. -I. U. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Commission+on+Biochemical+Nomenclature+%28JCBN%29+Abbreviations+and+symbols+for+the+description+of+conformations+of+polynucleotide+chains%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+J.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN) Abbreviations and symbols for the description of conformations of polynucleotide chains.</a> Eur. J. Biochem. 131, 9-15 (1983).</li>
<li>Altona, C., Sundaralingam, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Conformational+analysis+of+the+sugar+ring+in+nucleosides+and+nucleotides.+A+new+description+using+the+concept+of+pseudorotation%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Conformational analysis of the sugar ring in nucleosides and nucleotides. A new description using the concept of pseudorotation.</a> J. Am. Chem. Soc. 94, 8205-8212 (1972).</li>
<li>Dickerson, R. E., Bansal, M., Calladine, C. R., Diekmann, S., Hunter, W. N., Kennard, O., von Kitzing, E., Lavery, R., Nelson, H. C. M., Olson, W. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Definitions+and+nomenclature+of+nucleic+acid+structure+parameters%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Definitions and nomenclature of nucleic acid structure parameters.</a> J. Mol. Biol. 205, 787-791 (1989).</li>
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<li>Lavery, R., Moakher, M., Maddocks, J. H., Petkeviciute, D., Zakrzewska, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Conformational+analysis+of+nucleic+acids+revisited%3A+Curves%2B%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Conformational analysis of nucleic acids revisited: Curves+.</a> Nucleic Acids Res. 37, 5917-5929 (2009).</li>
<li>Franklin, R. E., Gosling, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+configuration+in+sodium+thymonucleate%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Molecular configuration in sodium thymonucleate.</a> Nature. 171, 740-741 (1953).</li>
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<li>Stella, S., Cascio, D., Johnson, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+shape+of+the+DNA+minor+groove+directs+binding+by+the+DNA-bending+protein+Fis%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Dev%22%5BJournal%5D)">The shape of the DNA minor groove directs binding by the DNA-bending protein Fis.</a> Genes Dev. 24, 814-826 (2010).</li>
<li>Swigon, D., Coleman, B. D., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+the+Lac+repressor-operator+assembly%3A+the+influence+of+DNA+looping+on+Lac+repressor+conformation%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Modeling the Lac repressor-operator assembly: the influence of DNA looping on Lac repressor conformation.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 9879-9884 (2006).</li>
<li>Czapla, L., Swigon, D., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+the+nucleoid+protein+HU+on+the+structure%2C+flexibility%2C+and+ring-closure+properties+of+DNA+deduced+from+Monte-Carlo+simulations%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Effects of the nucleoid protein HU on the structure, flexibility, and ring-closure properties of DNA deduced from Monte-Carlo simulations.</a> J. Mol. Biol. 382, 353-370 (2008).</li>
<li>Czapla, L., Peters, J. P., Rueter, E. M., Olson, W. K., Maher, L. J. 3rd <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Understanding+apparent+DNA+flexibility+enhancement+by+HU+and+HMGB+proteins%3A+experiment+and+simulation%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Understanding apparent DNA flexibility enhancement by HU and HMGB proteins: experiment and simulation.</a> J. Mol. Biol. 409, 278-289 (2011).</li>
<li>Auffinger, P., Hashem, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SwS%3A+a+solvation+web+service+for+nucleic+acids%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">SwS: a solvation web service for nucleic acids.</a> Bioinformatics. 23, 1035-1037 (2007).</li>
<li>Dror, O., Nussinov, R., Wolfson, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ARTS+web+server+for+aligning+RNA+tertiary+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The ARTS web server for aligning RNA tertiary structures.</a> Nucleic Acids Res. 34, 412-415 (2006).</li>
<li>Dixit, S. B., Beveridge, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+bioinformatics+of+DNA%3A+a+web-based+tool+for+the+analysis+of+molecular+dynamics+results+and+structure+prediction%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Structural bioinformatics of DNA: a web-based tool for the analysis of molecular dynamics results and structure prediction.</a> Bioinformatics. 22, 1007-1009 (2006).</li>
<li>de Vries, S. J., van Dijk, M., Bonvin, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+HADDOCK+web+server+for+data-driven+biomolecular+docking%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">The HADDOCK web server for data-driven biomolecular docking.</a> Nat. Protoc. 5, 883-897 (2010).</li>
<li>Capriotti, E., Marti-Renom, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SARA%3A+a+server+for+function+annotation+of+RNA+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">SARA: a server for function annotation of RNA structures.</a> Nucleic Acids Res. 37, 260-265 (2009).</li>
<li>van Dijk, M., Bonvin, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D-DART%3A+a+DNA+structure+modelling+server%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">3D-DART: a DNA structure modelling server.</a> Nucleic Acids Res. 37, W235-W239 (2009).</li>
<li>Contreras-Moreira, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D-footprint%3A+a+database+for+the+structural+analysis+of+protein-DNA+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">3D-footprint: a database for the structural analysis of protein-DNA complexes.</a> Nucleic Acids Res. 38, D91-D97 (2010).</li>
<li>Popenda, M., Szachniuk, M., Blazewicz, M., Wasik, S., Burke, E. K., Blazewicz, J., Adamiak, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+FRABASE+2.0%3A+an+advanced+web-accessible+database+with+the+capacity+to+search+the+three-dimensional+fragments+within+RNA+structures%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">RNA FRABASE 2.0: an advanced web-accessible database with the capacity to search the three-dimensional fragments within RNA structures.</a> BMC Bioinformatics. 11, 231(2010).</li>
<li>Čech, P., Svozil, D., Hoksza, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SETTER%3A+web+server+for+RNA+structure+comparison%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">SETTER: web server for RNA structure comparison.</a> Nucleic Acids Res. , (2012).</li>
</ol>

관심 없음 충돌 선언하지 않습니다.

이 문서에 제시된 프로토콜의 집합은 프로그램의 3DNA 제품군의 기능에 터치합니다. 도구 등 같은 페어링이 발생하는 이차 구조 컨텍스트를 결정하는 나선형 조각의 공간적 배치를 정량화하기 위해, 체인 백본을 따라 기지의 중복을 측정하기 위해, 비정규 기본 쌍을 식별하는 구조를 RNA에 적용 할 수 rebuild 명령은 사용자가 1 그림 삽입에 표시된 것과 기지와 기지 쌍의 간단하고 유익한 블록 표현을 생성 할 수 있습니다. 구축 도구는 여러 번, 트리플, 4 좌초 된 DNA 구조의 모델을 생성하기 위해, 주어진 구조 템플릿의 &#39;스레드&#39;다른 시퀀스 기능을 포함, 특정 방향으로 방향을 모델로, 등 마지막으로, 3DNA에는 ;에 대한 ARTS 웹 서버 핵산 27 SWS의 용 매화 (solvation) 웹 서비스 : 같은 다른 프로젝트의 숫자에 중요한 역할을정렬 RNA 차 구조 28, 분자 역학 결과 및 구조 예측 (29)의 분석을위...

DNA, RNA, 단백질, 마약, 그리고 다른 리간드와의 착물의 입체 구조를 이해하는 것은 그들의 다양한 생물학적 기능을 해독 매우 중요하며, 치료의 합리적인 디자인을 허용합니다. 분석 (모양과 상호 작용 패턴을 추출하는), 모델링 (에너지 론과 분자 역학을 평가하기 위해), 및 시각화 : 같은 구조의 탐사 별도의 세 가지 아직 밀접하게 관련 구성 요소를 수반한다. 구조 분석 및 모델 구축은 동전 본질적으로 두 가지 측면, 그리고 시각화 둘 다 보완한다. 컴퓨터 프로그램의 3DNA 제품군은 세 가지 차원 핵산 구조를 분석 구성 및 시각화하는 기능을 점점 더 인기를 구조 생물 정보학 툴킷입니다. 이전 출판물 조리법 선택한 작업 2를 수행하기 위해 제공되는 소프트웨어 1의 기능을 설명, 웹 기반 인터페이스를 도입소프트웨어 3의 인기있는 기능으로, 구조 기능을 제공 데이터베이스를 사용하여 수집 3DNA 4, 5는 DNA와 RNA의 구조 6, 7 모두 분석 소프트웨어의 유틸리티를 설명합니다. 이 문서의 목적은 DNA와 최첨단 전산 도구를 사용하여 RNA 공간 조직을 조사하기 위해 이익 및 / 또는 필요로하는 실험실 과학자와 다른 사람에게 3DNA 소프트웨어 키트를 가지고있다. 여기에 제시 프로토콜은 단계별 지침 (I) 맥 OS X 시스템에서 소프트웨어를 다운로드하고 설치하려면 (II-III) 구성 기본 쌍 단계의 수준에서 DNA 구조를 분석하고 수정하는 방법 (포함 IV-V) 분석 및 관련 DNA 구조의 집합을 정렬하고 (VI) 사용자 친화적 w3DNA 웹 인터페이스 단백질 장식 DNA 사슬의 모델을 구성 할 수 있습니다. 소프트웨어는 각각의 구조뿐만 아니라 큰 X-선 결정학 방법을 사용하여 해결할 분석하는 기능을 가지고 있습니다핵 자기 공명 (NMR) 방법으로 측정 또는 컴퓨터 시뮬레이션 기술에 의해 생성 된 구조의 앙상블. 구조 (I) 보렐리 아 burgdorferi 8 (인간 9, 10에서 라임 병을 일으키는 원인이되는 진드기 매개 박테리아), (ⅱ)에서 HBB 단백질에 바인딩 DNA의 고해상도 결정 구조를 포함 여기에 순차적으로 두 개의 큰 세트를 검토 D 4,500 스냅 샷 (GGCAAAATTTTGCC 2)와 D (CCGTTTTAAAACGG 2) 계산시 100 psec로 단위에서 수집하고, O3의 DNA 연산자의 NMR 기반 구조 (III) 작은 앙상블 - 분자 시뮬레이션을 11로 생산 관련 DNA 분자 대장균 락 억제 단백질 (12)의 투구에 바인딩됩니다. 아래의 지침은 이러한 구조의 각각뿐만 아니라 방법 3DNA (이 파일의 복사본을 찾을 수 있습니다 사용하는 연결된 원자 좌표 파일에 액세스하는 방법에 대한 정보를 포함에서 3DNA 포럼 <a href="http://forum.x3dna.org/jove" target="_blank">http://forum.x3dna.org/jove</a> ) 이러한 구조를 검사하고 수정합니다.

3dna과 핵산의 구조를 분석하고 구축

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

3DNA 소프트웨어 패키지, 분석 구축, 3 차원 핵산 구조를 시각화하는 기능을 갖춘 인기있는 다양한 생물 정보학 도구입니다. 이 문서에서는 각각의 구조 및 관련 구조의 앙상블에 모두 적용 3DNA에서 사용할 수있는 새로운 대중적인 기능의 하위 집합에 대한 상세한 프로토콜을 제공합니다. 프로토콜 1은 소프트웨어를 다운로드하고 설치하는 데 필요한 지침의 집합을 나열합니다. 이 기본 쌍의 할당 및 구조를 설명 강체 매개 변수의 결정을 포함하는 핵산 구조의 분석의 프로토콜 2에 따르고, 프로토콜 3, 원자의 재건에 대해 설명합니다 의 강체 매개 변수와 구조의 모델입니다. 3DNA, 버전 2.1의 가장 최근 버전은 핵 자기 공명 (NMR) 측정 및 분자 동적 (MD에서 추론 것과 같은 구조의 앙상블의 분석 및 조작을위한 새로운 기능을 가지고 있습니다) 시뮬레이션, 이러한 기능은 프로토콜 4와 5에 제시되어있다. 3DNA 독립형 소프트웨어 패키지 외에도,에 위치한 w3DNA 웹 서버, <a href="http://w3dna.rutgers.edu" target="_blank">http://w3dna.rutgers.edu는</a> , 소프트웨어의 선택 기능과 사용자 친화적 인 인터페이스를 제공합니다. 프로토콜 6 사용자가 지정한 위치에 바인딩 단백질과 장식 긴 DNA 분자의 모델을 구축하는 사이트의 새로운 기능을 보여줍니다.

3DNA 소프트웨어 도구는 정기적으로 핵산의 구조를 분석하는 데 사용됩니다. 예를 들어, 기본 쌍의 신원과 DNA와 RNA 구조의 이중 나선형 조각의 염기 배열을 특징 강체 매개 변수가 자동 핵산 데이터베이스 22의 세계적인 저장소의 각 새 항목에 대해 계산 및 저장 핵산 구조 정보를 제공합니다. 프로토콜 2 결정 강체 매개 변수의 값은 쉽게에서 발견, 대형 긍정적 인 롤 각도 (64.95 °, 60.93 °)로, 주요 홈으로 구부리는 극단적 인 DNA의 두 사이트로, 3 차원 구조의 왜곡을 공개 보렐리 아 burgdorferi HBB 단백질 8 (그림 1) 크리스탈 단지에 13 단계 22 AT · AT. 프로토콜 3에서 이러한 수량의 구조를 재 구축하는 소프트웨어의 기능 여부를 판단 할 수있게하는 방법에분리 된베이스와베이스 쌍 단계는 전체 분자 배에 기여한다. 그림 2에</s...

3DNA 소프트웨어 패키지, 분석 구축, 3 차원 핵산 구조를 시각화하는 기능을 갖춘 인기있는 다양한 생물 정보학 도구입니다. 이 문서에서는 각각의 구조 및 관련 구조의 앙상블에 모두 적용 3DNA에서 사용할 수있는 새로운 대중적인 기능의 하위 집합에 대한 상세한 프로토콜을 제공합니다.

3DNA과 핵산의 구조를 분석하고 구축

3DNA 소프트웨어 패키지는 3차원 핵산 구조를 분석, 구축 및 시각화할 수 있는 기능을 갖춘 대중적이고 다재다능한 생물정보학 도구입니다.

이 절차의 전반적인 목표는 실험실 과학자 및 기타 연구자들이 최첨단 계산 도구를 사용하여 DNA 및 RNA의 공간적 조직을 조사할 수 있도록 3D NA 프로그램 제품군을 제공하는 것입니다. 이를 위해 먼저 3D NA 포럼에서 소프트웨어를 다운로드하여 로컬 컴퓨터에 설치합니다. 두 번째 단계는 구성 염기쌍 단계 수준에서 대표적인 DNA 구조를 분석하는 것입니다.다음으로, 동일한 DNA 구조를 염기쌍 단계 수준에서 수정하고, 새로 정의된 염기쌍 단계 파라미터를 사용하여 재구축합니다. 이어지는 단계는 관련된 구조들의 거대한 앙상블을 분석하는 것입니다. 마지막 단계는 구조의 전반적인 왜곡을 시각화하기 위해 일련의 관련 DNA 구조들을 공통 참조 프레임에 정렬하는 것입니다.궁극적으로 3D NA 도구는 약물 및 단백질과 결합된 염기쌍 단계를 포함하여 개별 염기쌍 단계가 DNA의 전체적인 폴딩에 어떻게 기여하는지 조사하고, 상당한 수준의 전역적 왜곡이 발생하는 부위와 방향을 식별하는 데 사용됩니다. 기존 방법과 비교하여 이 기술의 주요 장점은 소프트웨어가 견고하며 다양한 핵산 함유 구조에 광범위하게 적용 가능하다는 점입니다. 이 방법은 게놈이 3차원적으로 어떻게 구성되는지, 그리고 DNA가 어떤 종류의 변형을 일으킬 수 있는지와 같은 생화학 및 생물물리학의 핵심 질문에 답하는 데 도움을 줄 수 있습니다.소프트웨어 패키지 설치를 시작하려면, three DA 웹사이트(xthreed. org)에 접속하여 3D NA 포럼 링크를 클릭하십시오. 포럼 내에서 가입 링크를 선택하고 안내 지침에 따라 새 계정을 생성하십시오.사용자 이름과 비밀번호가 설정되면 포럼에 로그인하여 환영 섹션의 다운로드 링크를 선택하고, 새 페이지에서 3D NA download를 선택하십시오. tar gz 파일을 더블 클릭하여 3D NA 소프트웨어가 포함된 X 3D NA dash V 2.1이라는 이름의 폴더를 생성하십시오. Macintosh의 유틸리티 항목에서 일반적으로 찾을 수 있는 터미널 애플리케이션을 열고 X 3D NA dash V 2.1 디렉토리로 이동하십시오.3D NA가 제대로 작동하는 데 필요한 설정 스크립트를 실행하십시오. 이 비디오에서 사용된 모든 명령어는 텍스트 프로토콜에서 확인할 수 있습니다. 다음으로, 화면에 출력되는 두 줄의 내보내기 설정을 복사하십시오.사용자가 소프트웨어를 애플리케이션 디렉토리에 배치했다면, 두 줄이 여기 보이는 것과 같이

analyzing-and-building-nucleic-acid-structures-with-3dna

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연구

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생물학

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배우세요 3DNA 소프트웨어를 활용한 DNA 및 RNA 3차원 구조 분석, 수정, 시각화 방법입니다. 개별 구조와 앙상블 분석을 통해 핵산의 공간적 조직을 연구할 수 있습니다.

3DNA과 핵산의 구조를 분석하고 구축

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