Name: 상피 - 간엽 전환시 선택적 스 플라이 싱 (alternative splicing)의 검출 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-10-09T14:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 48 s
Description: 배우세요 상피-간엽 전환(EMT) 중 선택적 스플라이싱 변화를 검출하는 방법을 인간 유방 상피세포 유도 모델과 정량적 RT-PCR, 면역블로팅 기법을 활용하여. 이 기법은 암 침윤 및 전이 연구에 중요한 통찰을 제공합니다.

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저자는 세포 이미징에 귀중한 도움을 준 Wensheng Liu에게 감사를 표합니다. 이 작업은 미국 국립보건원(R01 CA182467), 미국 암 학회(RSG-09-252-01-RMC), 린 세이지 재단 및 자매의 희망 재단의 보조금으로 지원되었습니다.

EMT 유도의 1 세포 배양 참고 : EMT는 TGFβ의 치료 또는 상피 세포에서 전사 인자 트위스트, 달팽이, 또는 Zeb1 / 2의 이소성 발현에 의해 유도 될 수있다. 불후의 인간의 유방 상피 세포 (HMLE / 트위스트 - ER 박사는 J 양의 선물, UCSD) 9,11,29의 트위스트 - ER 융합 단백질의 발현을 통해 유도 EMT 시스템은이 프로토콜에 설명한다. 4 hydroxytamoxifen (TAM) 처리시, 융합 단백질 트위스트-ER은 12-14일 9,11,29에 전체 EMT 전환에 전사 및 성과를 위해 핵 옭. 같은 HMLE / 달팽이-ER, HMLE / TGFβ 및 MCF10A / TGFβ 등의 추가 EMT 유도 시스템은 이전 출판물 11,30에서 찾을 수 있습니다. <ol><li> 5 % CO 2와 37 ° C 배양기에서 무 혈청 유방 상피 세포 성장 매체 (MEGM)에서 HMLE / 트위스트 - ER 세포를 유지한다. 통로 세포는 2-3 일마다 그들은 80 %의 합류에 도달하면. 5 % 혈청 / DMEM과 트립신을 비활성화 한 후 5 ~ 10 분 동안 37 ° C에서 0.15 % 트립신으로 세포를 품어합니다. 세포를 스핀 다운 및 MEGM에서 그들을 재현 탁. 1 내지 4의 비율로 새로운 조직 배양 접시에 접시 세포. </li><li> 200 μM 솔루션을 만들기 위해 에탄올에 TAM을 녹인다. -20 ° C에서 빛과 상점에서 TAM를 보호합니다. 20 nM의 TAM의 최종 농도를 희석하기 위해 10,000 : 사용 전에 갓 1에서 MEGM 매체를 추가로 TAM. </li><li> EMT의 유도를 들어, 중복에 10cm 조직 배양 접시에 1.6 × 10 6 HMLE / 트위스트 - ER 세포를 접시. 20 nM의 TAM 함유 MEGM 미디어와 문화 세포. </li><li> 중복에 10cm 접시에 플레이트 1.6 × 10 6 HMLE / 트위스트 - ER 세포와 비 TAM 처리 제어와 같은 0.01 % 에탄올로 치료 세포. </li><li> 두 일 배양 한 후, 세포의 형태 학적 변화를 기록하기 위해 10 배 배율의 광학 현미경 사진을 찍을. </li><li> 제어 또는 TAM 처리의 한 접시에서 매체를 기음세포. RNA 분리 및 단백질 분석 RIPA 버퍼 내의 다른 절반 RNA 용해 완충액 플레이트의 절반을 폐기하여 차가운 PBS와 세포 및 세포 수확을 씻는다. </li><li> 중복에 10cm 접시에 재 도금 1.6 × 10 6 세포에 의한 제어 또는 TAM 처리 된 요리에서 통과 세포. 연속 20 nM의 TAM 또는 차량 세포를 취급합니다. </li><li> 반복 차량 처리 된 대조군 세포는 조약돌 모양의 상피 세포 형태를 유지하는 반면, 어떤 시간에, TAM 처리 트위스트 - ER 세포, 방추형 중간 엽 형태를 보여, 14 일까지 5 회 매일 7 단계를 반복합니다. </li></ol> EMT의 2 특성 참고 : EMT의 완료가로 표시됩니다 : 스핀들 모양의 섬유 모세포와 같은 외관 조약돌 모양의 상피 형태에서 (1) 셀 형태 학적 변화; (2) 세포 - 세포 접합에서 E-cadherin의 현지화 패, 손실에 의해 정의 EMT 마커 및 (3) 식 스위치,상피 마커 및 중간 엽 마커의 이득. 세포 형태 학적 변화는이 절에 설명되어 세포 접합부에서 E-cadherin의 제 1 면역 형광 검출에 설명, EMT 유도의 시간 경과시 10 배 배율의 광학 현미경에 의해 캡처됩니다. EMT 마커의 발현은 발현 수준에 의해 검출된다. 일반적인 상피 마커는 E-cadherin의, γ-catenin이, 그리고 occludin, 그리고 중간 엽 마커 피브로넥틴, N-cadherin의 및 멘틴을 포함한다. 면역 블로의 일반 절차는 4 절에 설명되어 있습니다. <ol><li> TAM 처리, 시드 24 - 웰 플레이트에 넣고 잘 12mm 원형 유리 커버 슬립에 1 × 105 세포에서 12 일. </li><li> 미리 예열 PBS와 시드, 흡인 매체 및 세척 세포 후 48 시간. </li><li> 15 분 동안 미리 예열 4 % 파라 포름 알데히드로 세포를 고정합니다. </li><li> PBS로 세포를 세 번 씻으십시오. </li><li> 15 PBS에서 0.2 % 트리톤 X-100으로 세포를 부화RT에서 분. </li><li> PBS로 세포를 세 번 씻으십시오. </li><li> 비특이적 결합 차단 RT에서 1 시간 동안 5 % BSA / PBS에서 세포를 배양한다. </li><li> 4 ° C에서 1:50 희석 1 %의 BSA / 가습 챔버 O에서 PBS / N에 차 항체 E-cadherin의와 세포를 품어. 참고 : 차 항체의 희석 범위는 1:50 일 사이에 일반적입니다 : 200, 각 항체에 대한 최적의 희석은 실험적으로 결정되어야한다. </li><li> 차 항체를 가만히 따르다하고 PBS로 세포를 세 번 씻는다. </li><li> 실온에서 1 시간 동안 500 희석 : 1에 형광 표지 된 이차 항체와 세포를 품어. 에서이 단계에서 빛으로부터 세포를 보호합니다. </li><li> 차 항체를 가만히 따르다하고 PBS로 3 회 씻는다. </li><li> 를 10 분 동안 0.1 g / ㎖ DAPI 또는 훽스트와 얼룩 셀. </li><li> PBS로 3 회 세포를 씻어. </li><li> 마운트 매니큐어와 장착 매체의 드롭 및 밀봉 된 커버로 된 커버. </li><li> 세포를 관찰하고 수행63X 형광 현미경 이미지. </li></ol> 추가 항체로 염색하는 EMT 표현형을 확인하기 위해 수행 할 수 있습니다. 예를 들어, N-cadherin의 및 α-평활근 액틴은 중간 엽 표현형 29,31,32 스테인드 할 수 있습니다. 골격 구조의 개편은 F-액틴 11 phalloidin으로 세포를 염색하여 모니터링 할 수 있습니다. 또한, 세포 운동성 및 세포 사멸에 대한 저항성 분석법 EMT (11)의 특성을 조사하기 위해 수행 될 수있다. QRT-PCR 분석 실험을 사용하여 검출 스플 라이스 동종의 3 <ol><li> 프라이머 디자인 NOTE : 프라이머 쌍은 신중 구별 동종 접합을 증폭하도록 설계되어야한다. 스킵 엑손, 가장 일반적으로 관찰 대안 접합 이벤트, 프라이머 디자인 전략을 설명하기 위해 예로서 여기에 도시되어있다.도 1a는 가변 엑손로서 제 엑손으로, 네 엑손 사전의 mRNA를 도시한다. 엑손의 포함 3 결과엑손 3의 스킵 반면 긴 스플 라이스 이소 형의 생산은, 스플 라이스 짧은 이소 형을 생성한다. 프라이머는 엑손-3-이소 포함하고 엑손-3-이소 스킵를 구별하고,이 전체의 mRNA 전 사체를 검출하도록 설계 될 필요가있다. <ol><li> 엑손 개재물의 검출을 위해, 신중하게 가변 엑손 포함 이소 형의 비 증폭을 허용 변수 엑손 3 및 인근 항시 엑손 4 내부 역방향 프라이머 안에 순방향 프라이머를 설계한다. 순방향 설계 및 게놈 DNA 또는 전-mRNA의 PCR 증폭에서 제품을 피하기 위하여 동일한 변수 엑손 내의 역방향 프라이머하지 않도록주의. </li><li> 특히 엑손 건너 뛰는 이벤트, 디자인을 증폭하려면 변수 엑손 3가 포함 된 경우, 그렇지 않으면 파괴 될 것이다 구성 적 엑손 2 엑손 4의 교차점에 걸쳐 프라이머 중 하나. 이와 같이 항시 적 엑손 4 안에 다른 프라이머를 설계, PCR 제품 변수 엑손 3 exclud 때만 생성된다ED 및 엑손 2, 엑손 사이어서 서로 결합 항시. </li><li> , 유전자의 전체 전 사체를 검출이 항시 엑손 1 및 2에서 프라이머를 설계하기 때문에, PCR 생성물은 모든 아형에서 증폭된다. </li><li> 반드시 모든 프라이머에 대한 융해 온도 (TM)는 약 55 ° C, 각 프라이머의 길이는 약 18-22 뉴클레오타이드이다 확인하고, PCR 생성물의 크기는 80 내지 150 염기쌍이다. </li></ol></li><li> RNA 추출 (재료의 표 참조) 총 RNA 분리 키트를 사용하여 RNA를 추출합니다. <ol><li> 350 ㎕의 RNA의 용해 완충액에 세포를 수집한다. </li><li> 해물을 70 % 에탄올 350 μl를 첨가하고 잘 섞는다. </li><li> RNA 정제 컬럼에 샘플을 전송합니다. </li><li> 1 분 및 폐기의 흐름을 통해 10,000 XG에 원심 분리기. </li><li> RNA의 세척 버퍼 II 회 RNA 세척 버퍼 I의 500 μL와 배의 열을 씻으십시오. </li><li> 잔류 RNA 세척 버퍼를 제거2 분 동안 최대 속도에서 원심 분리에 의해 컬럼으로부터 II. </li><li> , 새로운 1.5 ㎖의 튜브에 열을 이동시켜 열 행렬의 중심에 50 μL 클레아없는 물을 첨가하고 최대 속도로 원심 분리하여 RNA를 용출시킨다. </li></ol></li><li> 첫 번째 가닥의 cDNA 합성 <ol><li> UV 흡수 측정에 의한 농도와 RNA의 품질을 결정합니다. 참고 : 좋은 품질의 RNA는 약 2.0의 260 나노 미터 / 280 nm의 흡광도 비율을 가지고 있어야합니다. </li><li> 20 μL의 최종 볼륨에서 250 NG 총 RNA, 0.05 μg 랜덤 헥사 머 프라이머, 50 pmol의 MgCl2를, 10 pmol의의의 dNTP, 2 ㎕의 5 × GoScript 버퍼, 1 μL RT 효소를 포함하는 역전사 효소 (RT) 반응을 설정합니다. </li><li> RT 효소를 불 활성화하기 위해 5 분 동안 70 ° C에서 배양 한 다음 1 시간, 42 ° C에서 RT 반응을 수행합니다. </li></ol></li><li> 실시간 PCR <ol><li> 10 μL의 SYBR 녹색 마스터 믹스로 구성되어 20 ㎕의 반응을 설정,0.1 ~ 1.0 ㎕의 cDNA를 템플릿, 5 pmol의 앞으로 및 역방향 프라이머. </li><li> 다음 단계의 40주기 실시간 PCR을 실행하여 95 ° C 변성을 10 초, 10 초 동안 58 ° C 어닐링, 30 초 동안 60 ° C의 확장을 위해. 세중에서 PCR 반응을 수행합니다. </li><li> 해리 곡선을 확인하고 하나의 피크가 각각의 프라이머 세트에 대한 관찰되어 있는지 확인합니다. </li><li> 증폭 곡선의 이차 미분 값을 계산하여 정량화 사이클 (Cq와) 값을 얻습니다. </li><li> '델타 델타 Cq와 (ΔΔCq)'다음의 화학식으로 나타낸 바와 같이 방법을 사용하여 유도되지 않은 샘플과 비교하여 샘플에서 유도 된 대상의 mRNA의 상대적 양 (RQ)를 계산한다. 참고로, 같은 GAPDH 또는 TBP 등의 하우스 키핑 유전자를 사용합니다. </li></ol></li></ol><img alt="식 (1)" fo:content-width="3in" src="/files/ftp_upload/51845/51845eq1.jpg"> 더 정확하게 스플 라이스 동종의 상대 값을 계산하려면 t그는 고려되어야 여러 참조 유전자의 사용합니다. 결과 Pfaffl 외 33,34 설명 변성 절대치 정량 방법을 사용하여 분석 할 수있다. 단백질 수준에서 스플 라이스 동종의 4 시험 <ol><li> 100 ㎕의 얼음처럼 차가운 RIPA 버퍼에 세포를 수집합니다. </li><li> 약 10 분 동안 얼음에 해물을 설정합니다. </li><li> 4 ° C에서 10 분 동안 14,000 XG에 원심 분리하고, 상층 액을 수집합니다. </li><li> 브래드 포드 분석에 의해 단백질 농도를 측정한다. </li><li> SDS 로딩 버퍼에 단백질 시료를 희석하고 10 % SDS-PAGE 젤에 단백질의 20 ~ 40 μg을로드합니다. </li><li> 1.5 시간 동안 20mA에서 SDS-PAGE 젤을 실행합니다. </li><li> 85 V.에서 3 시간 동안 4 ° C에서 젖은 전송 시스템에서 PVDF 멤브레인에 전송 단백질은 목적 단백질의 분자량에 따라 전송 시간을 조정합니다. </li><li> 30 분 실온에서 1 시간에 5 % 무 지방 우유에 차단 막. </li><li> 막 위스콘신 품어4 ° CO / N에 차 항체를 일. (200)와 1 : 5000, 실험적 각 항체에 대한 최적의 희석을 결정 차 항체 희석의 범위는 일반적으로 (1) 사이에있다. 이 프로토콜에서 사용되는 항체의 희석은 "특정 시약 및 장비의 테이블"에서 찾을 수있다. <ol><li> 스플 라이스 아형을 검출하기 위해, 특히 특정한 이소 형을 인식하는 항체를 사용한다. 대안 적으로, 구성 적 코딩 엑손 영역의 에피토프를 인식하는 항체를 사용하여 서로 다른 크기의 단백질을 기반으로 동시에 접합 아형을 검출한다. </li><li> 동시에, EMT 마커에 대한 발현 수준에 의해 EMT를 모니터링 할 수 있습니다. 중간 엽 마커로 사용하여 E-cadherin의, γ-catenin이, 상피 마커로 occludin 및 피브로넥틴, N-cadherin의 및 멘틴. </li></ol></li><li> 5 분 간격으로 TBS-T (50 mM 트리스, 150 mM의 염화나트륨, 0.05 % 트윈 20, 산도 7.4)로 세척 막 세 번. </li><li> HRP-결합 된 보조 개미와 멤브레인을 품어실온에서 1 시간 동안 만 희석 : 1 ibody. </li><li> 5 분 간격으로 TBS-T로 세척 막 세 번. </li><li> 화학 발광 검출 계와 단백질을 시각화하고 오토 라디오 그래피 막에 막을 노출. </li></ol>

<ol><li>Thiery, J. P., Sleeman, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complex+networks+orchestrate+epithelial-mesenchymal+transitions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Complex networks orchestrate epithelial-mesenchymal transitions.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 7, 131-142 (2006).</li>
<li>Yang, J., Weinberg, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epithelial-mesenchymal+transition+at+the+crossroads+of+development+and+tumor+metastasis%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Epithelial-mesenchymal transition at the crossroads of development and tumor metastasis.</a> Dev Cell. 14, 818-829 (2008).</li>
<li>Yang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((a+master+regulator+of+morphogenesis%2C+plays+an+essential+role+in+tumor+metastasis%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">a master regulator of morphogenesis, plays an essential role in tumor metastasis.</a> Cell. 117, 927-939 (2004).</li>
<li>Batlle, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+transcription+factor+snail+is+a+repressor+of+E-cadherin+gene+expression+in+epithelial+tumour+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">The transcription factor snail is a repressor of E-cadherin gene expression in epithelial tumour cells.</a> Nat Cell Biol. 2, 84-89 (2000).</li>
<li>Cano, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+transcription+factor+snail+controls+epithelial-mesenchymal+transitions+by+repressing+E-cadherin+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">The transcription factor snail controls epithelial-mesenchymal transitions by repressing E-cadherin expression.</a> Nat Cell Biol. 2, 76-83 (2000).</li>
<li>Comijn, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+two-handed+E+box+binding+zinc+finger+protein+SIP1+downregulates+E-cadherin+and+induces+invasion%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">The two-handed E box binding zinc finger protein SIP1 downregulates E-cadherin and induces invasion.</a> Mol Cell. 7, 1267-1278 (2001).</li>
<li>Bolos, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+transcription+factor+Slug+represses+E-cadherin+expression+and+induces+epithelial+to+mesenchymal+transitions%3A+a+comparison+with+Snail+and+E47+repressors%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Sci%22%5BJournal%5D)">The transcription factor Slug represses E-cadherin expression and induces epithelial to mesenchymal transitions: a comparison with Snail and E47 repressors.</a> J Cell Sci. 116, 499-511 (2003).</li>
<li>Eger, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DeltaEF1+is+a+transcriptional+repressor+of+E-cadherin+and+regulates+epithelial+plasticity+in+breast+cancer+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">DeltaEF1 is a transcriptional repressor of E-cadherin and regulates epithelial plasticity in breast cancer cells.</a> Oncogene. 24, 2375-2385 (2005).</li>
<li>Shapiro, I. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+EMT-driven+alternative+splicing+program+occurs+in+human+breast+cancer+and+modulates+cellular+phenotype%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">An EMT-driven alternative splicing program occurs in human breast cancer and modulates cellular phenotype.</a> PLoS Genet. 7, e1002218(2011).</li>
<li>Warzecha, C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+ESRP-regulated+splicing+programme+is+abrogated+during+the+epithelial-mesenchymal+transition%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">An ESRP-regulated splicing programme is abrogated during the epithelial-mesenchymal transition.</a> EMBO J. 29, 3286-3300 (2010).</li>
<li>Brown, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CD44+splice+isoform+switching+in+human+and+mouse+epithelium+is+essential+for+epithelial-mesenchymal+transition+and+breast+cancer+progression%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Invest%22%5BJournal%5D)">CD44 splice isoform switching in human and mouse epithelium is essential for epithelial-mesenchymal transition and breast cancer progression.</a> J Clin Invest. 121, 1064-1074 (2011).</li>
<li>Wang, E. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alternative+isoform+regulation+in+human+tissue+transcriptomes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes.</a> Nature. 456, 470-476 (2008).</li>
<li>Pan, Q., Shai, O., Lee, L. J., Frey, B. J., Blencowe, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deep+surveying+of+alternative+splicing+complexity+in+the+human+transcriptome+by+high-throughput+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Deep surveying of alternative splicing complexity in the human transcriptome by high-throughput sequencing.</a> Nat Genet. 40, 1413-1415 (2008).</li>
<li>Liu, S., Cheng, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alternative+RNA+splicing+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Wiley+Interdiscip+Rev+RNA%22%5BJournal%5D)">Alternative RNA splicing and cancer.</a> Wiley Interdiscip Rev RNA. 4, 547-566 (2013).</li>
<li>Shtivelman, E., Lifshitz, B., Gale, R. P., Roe, B. A., Canaani, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alternative+splicing+of+RNAs+transcribed+from+the+human+abl+gene+and+from+the+bcr-abl+fused+gene%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Alternative splicing of RNAs transcribed from the human abl gene and from the bcr-abl fused gene.</a> Cell. 47, 277-284 (1986).</li>
<li>Krangel, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Secretion+of+HLA-A+and+-B+antigens+via+an+alternative+RNA+splicing+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Med%22%5BJournal%5D)">Secretion of HLA-A and -B antigens via an alternative RNA splicing pathway.</a> J Exp Med. 163, 1173-1190 (1986).</li>
<li>Brickell, P. M., Latchman, D. S., Murphy, D., Willison, K., Rigby, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Activation+of+a+Qa%2FTla+class+I+major+histocompatibility+antigen+gene+is+a+general+feature+of+oncogenesis+in+the+mouse%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Activation of a Qa/Tla class I major histocompatibility antigen gene is a general feature of oncogenesis in the mouse.</a> Nature. 306, 756-760 (1983).</li>
<li>Barbaux, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Donor+splice-site+mutations+in+WT1+are+responsible+for+Frasier+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Donor splice-site mutations in WT1 are responsible for Frasier syndrome.</a> Nat Genet. 17, 467-470 (1997).</li>
<li>Charlet, B. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Loss+of+the+muscle-specific+chloride+channel+in+type+1+myotonic+dystrophy+due+to+misregulated+alternative+splicing%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Loss of the muscle-specific chloride channel in type 1 myotonic dystrophy due to misregulated alternative splicing.</a> Mol Cell. 10, 45-53 (2002).</li>
<li>Hutton, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Association+of+missense+and+5%27-splice-site+mutations+in+tau+with+the+inherited+dementia+FTDP-17%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Association of missense and 5'-splice-site mutations in tau with the inherited dementia FTDP-17.</a> Nature. 393, 702-705 (1998).</li>
<li>Kohsaka, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exon+9+mutations+in+the+WT1+gene%2C+without+influencing+KTS+splice+isoforms%2C+are+also+responsible+for+Frasier+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Hum+Mutat%22%5BJournal%5D)">Exon 9 mutations in the WT1 gene, without influencing KTS splice isoforms, are also responsible for Frasier syndrome.</a> Hum Mutat. 14, 466-470 (1999).</li>
<li>Philips, A. V., Timchenko, L. T., Cooper, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Disruption+of+splicing+regulated+by+a+CUG-binding+protein+in+myotonic+dystrophy%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Disruption of splicing regulated by a CUG-binding protein in myotonic dystrophy.</a> Science. 280, 737-741 (1998).</li>
<li>Savkur, R. S., Philips, A. V., Cooper, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aberrant+regulation+of+insulin+receptor+alternative+splicing+is+associated+with+insulin+resistance+in+myotonic+dystrophy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Aberrant regulation of insulin receptor alternative splicing is associated with insulin resistance in myotonic dystrophy.</a> Nat Genet. 29, 40-47 (2001).</li>
<li>Spillantini, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mutation+in+the+tau+gene+in+familial+multiple+system+tauopathy+with+presenile+dementia%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Mutation in the tau gene in familial multiple system tauopathy with presenile dementia.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 95, 7737-7741 (1998).</li>
<li>Wang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Myotonic+dystrophy+evidence+for+a+possible+dominant-negative+RNA+mutation%5BTitle%5D)+AND+%22Hum+Mol+Genet%22%5BJournal%5D)">Myotonic dystrophy evidence for a possible dominant-negative RNA mutation.</a> Hum Mol Genet. 4, 599-606 (1995).</li>
<li>Graubert, T. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recurrent+mutations+in+the+U2AF1+splicing+factor+in+myelodysplastic+syndromes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Recurrent mutations in the U2AF1 splicing factor in myelodysplastic syndromes.</a> Nat Genet. 44, 53-57 (2012).</li>
<li>Papaemmanuil, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Somatic+SF3B1+mutation+in+myelodysplasia+with+ring+sideroblasts%5BTitle%5D)+AND+%22N+Engl+J+Med%22%5BJournal%5D)">Somatic SF3B1 mutation in myelodysplasia with ring sideroblasts.</a> N Engl J Med. 365, 1384-1395 (2011).</li>
<li>Yoshida, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Frequent+pathway+mutations+of+splicing+machinery+in+myelodysplasia%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Frequent pathway mutations of splicing machinery in myelodysplasia.</a> Nature. 478, 64-69 (2011).</li>
<li>Mani, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+epithelial-mesenchymal+transition+generates+cells+with+properties+of+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The epithelial-mesenchymal transition generates cells with properties of stem cells.</a> Cell. 133, 704-715 (2008).</li>
<li>Reinke, L. M., Xu, Y., Cheng, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Snail+represses+the+splicing+regulator+epithelial+splicing+regulatory+protein+1+to+promote+epithelial-mesenchymal+transition%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Snail represses the splicing regulator epithelial splicing regulatory protein 1 to promote epithelial-mesenchymal transition.</a> J Biol Chem. 287, 36435-36442 (2012).</li>
<li>Serini, G., Gabbiani, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+myofibroblast+activity+and+phenotypic+modulation%5BTitle%5D)+AND+%22Exp+Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of myofibroblast activity and phenotypic modulation.</a> Exp Cell Res. 250, 273-283 (1999).</li>
<li>Zavadil, J., Bottinger, E. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TGF-beta+and+epithelial-to-mesenchymal+transitions%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">TGF-beta and epithelial-to-mesenchymal transitions.</a> Oncogene. 24, 5764-5774 (2005).</li>
<li>Pfaffl, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+mathematical+model+for+relative+quantification+in+real-time+RT-PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR.</a> Nucleic Acids Res. 29, e45(2001).</li>
<li>Hellemans, J., Mortier, G., De Paepe, A., Speleman, F., Vandesompele, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((qBase+relative+quantification+framework+and+software+for+management+and+automated+analysis+of+real-time+quantitative+PCR+data%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">qBase relative quantification framework and software for management and automated analysis of real-time quantitative PCR data.</a> Genome Biol. 8, R19(2007).</li>
<li>Boutz, P. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+post-transcriptional+regulatory+switch+in+polypyrimidine+tract-binding+proteins+reprograms+alternative+splicing+in+developing+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Dev%22%5BJournal%5D)">A post-transcriptional regulatory switch in polypyrimidine tract-binding proteins reprograms alternative splicing in developing neurons.</a> Genes Dev. 21, 1636-1652 (2007).</li>
<li>Salomonis, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alternative+splicing+regulates+mouse+embryonic+stem+cell+pluripotency+and+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Alternative splicing regulates mouse embryonic stem cell pluripotency and differentiation.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 107, 10514-10519 (2010).</li>
<li>Calarco, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+vertebrate+nervous+system+alternative+splicing+and+development+by+an+SR-related+protein%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Regulation of vertebrate nervous system alternative splicing and development by an SR-related protein.</a> Cell. 138, 898-910 (2009).</li>
<li>Grabowski, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alternative+splicing+takes+shape+during+neuronal+development%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Genet+Dev%22%5BJournal%5D)">Alternative splicing takes shape during neuronal development.</a> Curr Opin Genet Dev. 21, 388-394 (2011).</li>
<li>Seol, D. W., Billiar, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+caspase-9+variant+missing+the+catalytic+site+is+an+endogenous+inhibitor+of+apoptosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">A caspase-9 variant missing the catalytic site is an endogenous inhibitor of apoptosis.</a> J Biol Chem. 274, 2072-2076 (1999).</li>
<li>Srinivasula, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+an+endogenous+dominant-negative+short+isoform+of+caspase-9+that+can+regulate+apoptosis%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Identification of an endogenous dominant-negative short isoform of caspase-9 that can regulate apoptosis.</a> Cancer Res. 59, 999-1002 (1999).</li>
<li>Akgul, C., Moulding, D. A., Edwards, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alternative+splicing+of+Bcl-2-related+genes+functional+consequences+and+potential+therapeutic+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Alternative splicing of Bcl-2-related genes functional consequences and potential therapeutic applications.</a> Cell Mol Life Sci. 61, 2189-2199 (2004).</li>
<li>Cooper, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+minigene+systems+to+dissect+alternative+splicing+elements%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Use of minigene systems to dissect alternative splicing elements.</a> Methods. 37, 331-340 (2005).</li>
<li>Cheng, C., Sharp, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+CD44+alternative+splicing+by+SRm160+and+its+potential+role+in+tumor+cell+invasion%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Regulation of CD44 alternative splicing by SRm160 and its potential role in tumor cell invasion.</a> Mol Cell Biol. 26, 362-370 (2006).</li>
</ol>

저자는 경쟁하는 금전적 이해관계가 없음을 선언합니다.

여기에 설명 된 절차를 유도 EMT 모델에서 스 플라이 싱의 검출을 가능하게한다. 스플 라이스 이소 형의 발현의 이러한 동적 변화가 EMT의 시간 경과에 걸쳐 캡처 할 수있다. UN 관련 세포주 구별 유전 배경 부당 대체 스 플라이 싱에 영향을 미칠 수 있기 때문에이 방법은 다른 스 플라이 싱의 비교를위한 상이한 epithelial- 또는 간엽-나타내는 세포주의 사용에 이점을 갖는다. 그러나, EMT의 성공적인 유도 신중하게 선택적 스 플라이 싱 (alternative splicing)의 변화에​​ 어떤 결론을하기 전에 다양한 EMT 마커를 그릴 수 있습니다 사용하여 확인해야합니다. 또한, 여기에 설명 된 트위스트 - ER-유도 EMT 시스템에 추가하여, 이러한 달팽이-ER 또는 TGFβ에 의해 유도 된 것과 같은 다른 EMT 시스템은 실험 결과 11,30의 검증을 위해 사용하는 것이 좋습니다. EMT 동안 동종 접합의 스위칭 모두 RNA 및 단백질 수준에...

상피 - 간엽 전환 (EMT)의 배 발생시 기관의 형태 형성 및 조직 리모델링을 구동하는 발달 프로그램입니다. 비정상적으로 활성화되면, EMT는 종양 전이 및 장기 섬유화 1,2를 촉진한다. 강제적 인 연구 cobble-의 유실있는 adherens 접합 단백질 E-카드 헤린의 발현을 억제 그러한 트위스트, 달팽이 및 ZEB 여러 전사 인자,,,로 정의, EMT 과정에서 전사 조절의 중요성을 설명 하였다 상피 형태와 스핀들 모양의 중간 엽 표현형 3-8의 이득과 같은 돌. RNA를 게놈 차원의 분석을 통해 최근의 연구 접합 패턴 상피 또는 중간 엽 표현형 9, 10 중 하나와 관련된 유전자의 그룹이 존재하는 것으로 나타났습니다. 우리가 실험실에서 작업 기능적 선택적 스 플라이 싱 (alternative splicing)와 EMT 연결. 세포 표면 부착 분자 CD44을 연구함으로써 CD44의 altern 시연극상의 접합이 긴밀하게 EMT 동안 규제하고, 더 중요한 것은, 인과 적으로 전환하는 CD44 스플 라이스 이소 11 EMT에 기여한다. 대안 12-14을 접합하는 인간의 다중 엑손 유전자의 95 %까지로 대체 접합은 유전자 조절의 광범위하고 보존 모델을 나타냅니다. 단일 유전자로부터 다중 단백질 제품을 생성함으로써, 대안적인 스 플라이 싱은 인간 게놈에 또 다른 층의 복잡성을 추가 단백질 다양성 필수기구를 구성한다. 따라서, 선택적 스 플라이 싱 (alternative splicing)의 조절 이상이 잠재적으로 인간의 질병을 일으키는 원인이 심오한 생물학적 효과가 발생할 수 있습니다. 사실, 질병에서 벗어난 대안으로 연결할 수는 spliceosome 기계를 코딩하는 유전자의 돌연변이는 일반적으로 골수 형성 이상 증후군 26 ~ 28에서 발견되는 최근의 연구 결과를 포함, 10 년 이상 15 ~ 25에 설명되어 있습니다. 따라서, 다르게 스 플라이 싱 된 난의 검출을위한 신뢰성있는 방법을 개발soforms는 EMT 등 다양한 생물학적 과정의 연구에 매우 중요하다. 여기서 우리는 유도 EMT 모델을 사용하여 대체 스 플라이 싱의 변화를 검출하는 프로토콜을 제공한다. 스플 라이스 이소 폼을 PCR 프라이머를 설계 및 검출하기위한 방법이 EMT 대체 스 플라이 싱 동안의 연구뿐만 아니라 다른 생물학적 과정에서 대체 스 플라이 싱의 연구뿐만 아니라 적합하다. EMT 동안 대체 스 플라이 싱을 더 조사하면, 따라서 암 전이를 치료하기위한 효과적인 전략의 개발을 촉진 EMT 및 종양 전이의 메커니즘을 이해하기 위해 필수적이다.

<table><tbody><tr><td>4-hydroxytamoxifen</td><td>Sigma</td><td>H7904</td><td>4-hydroxytamoxifen을 에탄올에 200 &#956;M에 용해하여 원액을 만듭니다. 용액을 -20 &#176으로 유지합니다. C는 빛으로부터 보호됩니다.</td></tr><tr><td>E.Z.N.A. 총 RNA 분리 키트</td><td>Omega Bio-Tek</td><td>R6731</td><td>총 RNA 분리 키트</td></tr><tr><td>GoScript 역전사 시스템</td><td>Promega</td><td>A5001</td><td>qRT-PCR 분석용 시약</td></tr><tr><td>GoTaq qPCR 마스터 믹스</td><td>Promega</td><td>A6002</td><td>qRT-PCR 분석용 시약</td></tr><tr><td>LightCycler 480 Real-Time PCR 시스템</td><td>qRT-PCR 분석용</td><td>Roche</td><td></td> 장비</tr><tr><td>CD44 항체</td><td>R& D Systems</td><td>BBA10</td><td>1:1,000 희석</td></tr><tr><td>E-cadherin 항체</td><td>세포 신호 전달 기술</td><td>4065</td><td>면역 블로팅을 위한 1:2,500 희석; 면역 형광 및 감마를 위한 1:50 희석</td></tr><tr><td>;-카테닌 항체</td><td>세포 신호 전달 기술</td><td>2309</td><td>1:1,000 희석</td></tr><tr><td>오클루딘 항체</td><td>Santa Cruz Biotechnology Inc.</td><td>sc-5562</td><td>1:500 희석</td></tr><tr><td>Fibronectin 항체</td><td>BD Transduction Laboratories</td><td>610077</td><td>1:5,000 희석</td></tr><tr><td>N-cadherin 항체</td><td>BD Transduction Laboratories</td><td>610920</td><td>1:2,000 희석</td></tr><tr><td>Vimentin 항체</td><td>NeoMarkers</td><td>MS-129-p1</td><td>1:500 희석</td></tr><tr><td>GAPDH 항체</td><td>Millipore Corporation</td><td>MAB374</td><td>1:10,000 희석</td></tr><tr><td>Amasham ECL 웨스턴 블로팅 검출 시약</td><td>GE Health Life Science</td><td>RPN2209</td><td>화학발광 시스템</td></tr></tbody></table>

상피 - 간엽 전환시 선택적 스 플라이 싱 (alternative splicing)의 검출

Detection of Alternative Splicing During Epithelial-Mesenchymal Transition

선택적 접합은 다양한 생리학적 및 병리학적 과정에서 발생하는 필수 세포 프로그램인 상피-중간엽 전이(EMT)에서 중요한 역할을 합니다. 여기에서는 전사 억제자 Twist를 발현하여 유도성 EMT 모델을 사용하여 EMT 중 선택적 스플라이싱을 감지하는 전략을 설명합니다. EMT는 세포 형태의 변화, 세포-세포 접합부에서 E-cadherin 국소화 손실, 상피 마커 E-cadherin 및 γ-catenin의 손실 및 중간엽 마커 N-cadherin 및 vimentin의 획득과 같은 EMT 마커의 전환된 발현에 의해 모니터링됩니다. isoform-specific primer sets를 사용하여 관심 있는 mRNA의 선택적 스플라이싱을 정량적 RT-PCR로 분석합니다. 해당 단백질 동형의 생산은 면역 블로팅 분석에 의해 검증됩니다. 여기에 설명 된 스플라이스 이소 폼을 검출하는 방법은 다른 생물학적 과정에서 대체 스플라이싱 연구에도 적합합니다.

상술 한 절차는 EMT 동안 대체 스 플라이 싱을 검출하는 강력한 방법을 제공한다. 트위스트에 의한 EMT 동안 CD44 스플 라이스 이소 전환의 대표적인 결과는 예를 들어 다음과 같습니다. HMLE / 트위스트 - ER 세포에서 트위스트에 의한 EMT는 가늘고 긴 섬유 모세포 표현형 상피 표현형 같은 자갈 돌에서 전환 (그림 2A), 상피 마커 E-cadherin의, γ-catenin이와 occludin과의 부재에 의해 특징했다 중간 엽 마커 피브로넥틴, N-cadherin의 및 멘틴 (그림 2B)의 상향 조절. 또한, EMT는 세포 - 세포 접합 (그림 2C)에서 E-cadherin의 현지화의 손실에 의해 평가되었다. EMT 동안 CD44 스플 라이스 동종의 전환 표현은 QRT-PCR과 면역 블로에 의해 조사 하였다. 인간 CD44...

선택적 접합 조절은 다양한 생리학적 및 병리학적 과정에서 필수적인 세포 프로그램인 상피-중간엽 전이(EMT)에 기여하는 것으로 나타났습니다. 여기에서는 EMT 중 선택적 접합을 감지하기 위해 유도 가능한 EMT 모델을 사용하는 방법에 대해 설명합니다.

Alternative splicing plays a critical role in the epithelial-mesenchymal transition (EMT), an essential cellular program that occurs in various ...

다음 실험의 전반적인 목표는 EMT 중 대체 접합의 변화를 감지하는 것입니다. 이것은 융합 단백질의 발현이 뒤틀리는 유도 가능한 EMT 모델을 활용하여 달성됩니다. 인간의 유방 상피 세포에서는 세포가 두 번째 단계로 타목시펜 치료에 EMT를 겪게 됩니다.스플라이스 이소폼의 발현은 이소폼 특이적 프라이머 세트를 사용하여 정량적 R-T-P-C-R에 의해 분석되며, 이는 RNA 수준에서 선택적 스플라이싱 변화를 나타냅니다. 다음으로, 단백질 수준에서 스플라이스 이소형의 발현을 확인하기 위해 면역 블로팅에 의해 각 동형에 해당하는 단백질의 풍부도를 측정하고, 정량적 R-T-P-C-R 및 면역 블로팅 분석을 기반으로 EMT 중 관심 유전자의 선택적 스플라이싱의 변화를 보여주는 결과를 얻고, 이 방법은 RN 대체 스플라이싱 및 EMT 분야의 주요 질문에 답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 예를 들어 EMT 중에 선택적 접합이 어떻게 조절되는지, 이 규정이 EMT 및 EMT 관련 병리학적 과정에 어떤 영향을 미치는지 등. 이 기술의 함의는 EMT가 종양 침습 및 전이를 촉진하는 데 중요한 역할을 하기 때문에 암 치료에 대한 의미입니다.이 방법은 EMT 중 대체 접합에 대한 통찰력을 제공할 수 있습니다. 동형 특이적 MRA 검출 방법은 뉴런 분화 및 프로그램 세포 사멸에서 선택적 접합 연구와 같은 다른 시스템에도 적용할 수 있습니다. 첫번째 단계는 강선전도 ER 융해 단백질을 표현하는 격판덮개 세포에 세포를 씨를 뿌리고, 중복에 있는 10 센티미터 조직 배양 접시로 세포를 씨를 뿌리기 위한 것이고, 다음으로, 준비하고 빛은 상피 mesenchymal 전이를 유도하기 위하여 Tamoxifen 해결책을 보호하고 비 tamoxifen에 의하여 대우된 통제 그룹을 위한 매체를 가진 20의 nanomolar tamoxifen 포함 매체를 가진 EMT 대우 세포는 외양 후에 2 일 후에 세포의 추가 세트에 0.01%ethanol를 추가합니다.형태학적 변화를 기록하기 위해 10배 배율로 광학 현미경으로 사진을 찍습니다. 다음으로, 차가운 PBS로 세포를 씻으십시오. RNA 분리를 위해 플레이트의 절반에서 RNA 용해 완충액으로 세포를 긁어내고 단백질 분석 통로를 위해 다른 절반을 100마이크로리터의 얼음 저온 리파 완충액에서 앞서 보여준 것처럼 두 그룹의 세포를 긁어내고 20나노몰 타목시펜 또는 비히클로 지속적으로 처리합니다.14일까지

detection-alternative-splicing-during-epithelial-mesenchymal

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

간단한 방법은 세포 유형의 다양한 중간 엽 전이 (EMT)에 상피의 유도에 대해 설명한다. 면역 세포에 의한 EMT 상태에있는 세포의 분석 방법이 포함되어 있습니다.

간엽 전환을 유도하고 상피의 분석

여기에서 우리는 고형 종양 및 혈액 악성 종양에서 약물 내성에 비정상적인 스 플라이 싱의 영향을 조사하기위한 프로토콜을 설명합니다. 이 목표를 위해, 우리는 RNA-서열을 통해 부모와 체외에서 저항 모델의 transcriptomic 프로필을 분석 후보 유전자를 확인하기 위해 QRT-PCR 기반의 방법을 설립했다.

에 약물 저항 관련 소설 스플 라이스 변종을 감지하는 RNA 시퀀싱을 사용하여<em&gt; 체외</em&gt; 암 모델

이 보고서는 특히 포유 동물 세포에서 표적 유전자의 스 플라이 싱을 조절하는 신규 한 인공 접합 인자 (ASFs)를 설계하고 구성하는 생명 공학 방법을 설명한다. 이 방법은 RNA 대사의 다른 측면을 조작하는 다양한 인공 요소를 엔지니어에게 확장 할 수 있습니다.

인공 요소 엔지니어 것은 특히 인간 세포에서의 스 플라이 싱을 조작 할

우리는 여기에서 마이크로 RNA-200의 가족과 같은 grainyhead 2 (GRHL2)의 결합에 기초 이소성 발현 육종 세포에서 중간 엽 상피 전환 (MET)을 유도하는 세포 배양 방법을 제시한다. 이 방법은 암의 공격성과 치료에 대한 표현형 가소성의 생물학적 영향을 이해하기 더 적합합니다.

육종 세포의 중간 엽 상피 전환 유도

현장에서 교 잡 (ISH) 사용 하는 프로토콜 짧은 센스 oligonucleotides 마우스 뇌 섹션에 대체 이전 mRNA 접합 패턴을 감지 하는 설명 되어 있습니다.

대체 사전 mRNA 접합 교 잡 시험 현장에서 RNA를 사용 하 여 마우스 뇌 섹션에서의 정량 분석

우리는 이 신호 통로에 관련시킨 단백질 및 유전자 발현을 공부해서 TGF β 신호 및 TGF-β 유도한 EMT를 조사하기 위하여 체계적인 워크플로우를 기술합니다. 방법은 서양 블로팅, 루시파라제 기자 분석, qPCR 및 면역 불피스테인링을 포함한다.

유방암과 정상 세포에서 TGF β 신호 및 TGF β 유도 된 상피 - 중간 엽 전환 연구

이 프로토콜은 화학 요법 치료 후 대체 접합 조절에서 특징이 없는 기능을 가진 단백질의 역할을 평가하기 위한 신속하고 유용한 도구를 제공합니다.

E1A 미니진 도구를 사용하여 mRNA 접합 변화를 연구합니다.

대체 스플라이싱(AS) 및 대체 폴리아데닐화(APA)는 전사체 이소형과 그 생성물의 다양성을 확장합니다. 여기에서는 실험 조건에 따라 다양한 AS 및 APA를 검출하고 시각화하기 위해 벌크 RNA-seq 및 3' 말단 시퀀싱 분석을 분석하는 생물정보학 프로토콜을 설명합니다.

RNA-seq 데이터에서 대체 스플라이싱 및 폴리아데닐화 식별

이 프로토콜은 5'splice 사이트 돌연변이가 접합에 미치는 영향을 모니터링하기 위한 미니유전자 기자 분석체를 설명하고 돌연변이 유발 접합 억제를 위한 억제기 U1 snRNA를 개발한다. 리포터 및 억제기 U1 snRNA 구조는 HeLa 세포에서 발현되고, 접합은 프라이머 확장 또는 RT-PCR에 의해 분석된다.

접합 효율 모니터링을 위한 기자 기반 셀룰러 분석

어둠 / 빛으로 전환 시험은 마우스의 동작과 같은 불안을 측정하기 위하여 가장 널리 사용되는 검사 중 하나입니다. 여기, 우리가 테스트를 실시하는 방법에 대한 자세한 절차를 보여주는 동영상을 제시한다.

마우스에 대한 진한 / 라이트 전환 테스트

배우세요 상피-간엽 전환(EMT) 중 선택적 스플라이싱 변화를 검출하는 방법을 인간 유방 상피세포 유도 모델과 정량적 RT-PCR, 면역블로팅 기법을 활용하여. 이 기법은 암 침윤 및 전이 연구에 중요한 통찰을 제공합니다.

상피 - 간엽 전환시 선택적 스 플라이 싱 (alternative splicing)의 검출

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