January 2nd, 2018
우리 성적 감소율, 모니터링 및 차동 부패 유전자 식별 생성 확산 및 무부하 기본 인간 피부 섬유 아 세포 프로토콜을 설명 합니다.
이 절차의 전반적인 목표는 증식 및 정지 섬유아세포에서 전사체 붕괴 속도를 모니터링하는 것입니다. 이 방법은 유전자 발현의 변화가 전사체 붕괴율의 변화로 인해 발생하는지 여부와 같은 분자 생물학 분야의 주요 질문에 답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 이 기술의 주요 장점은 전사체 풍부도뿐만 아니라 전사체 붕괴 속도에 대한 정보를 제공한다는 것입니다.
프로토콜을 시작하려면 섬유아세포의 증식 및 정지 배양을 확립합니다. 증식하는 섬유아세포는 정기적으로 트립신화해야 합니다. 정지 배양은 플레이트가 규칙적인 매체 변화와 합류점에 도달하도록 함으로써 확립될 수 있습니다.
모든 생물학적 복제 세포 배양 플레이트에 대해 예열된 매체 10ml에 ActD 150마이크로리터를 추가합니다. 매체 밀리리터당 15마이크로그램의 농도로 ActD를 추가합니다. 용액을 잘 섞으십시오.
기존 배지를 흡인하고 ActD를 포함하는 배지를 세포에 추가합니다. 제로 타임 포인트 샘플을 수집하려면 ActD 배지와 피펫을 5-10mL의 예열된 PBS를 100mm 플레이트, 100mm 플레이트의 경우 5ml의 용액, 6웰 플레이트의 웰에는 2ml, 12웰 플레이트의 웰에는 1ml로 부드럽게 흡인합니다. PBS를 부드럽게 흡인합니다.
그런 다음 페놀-구아니딘 이소티오시아네이트 용액을 조직 배양 플레이트에 직접 첨가합니다. 페놀-구아니딘 이소티오시아네이트 용액 세포 혼합물을 여러 번 위아래로 피펫팅하여 균일한 혼합물을 만듭니다. 앞에서 설명한 방법을 사용하여 적절한 시간이 경과한 후 각 시점을 수집합니다.
RNA 단백질 복합체의 완전한 용해를 보장하기 위해 실온에서 샘플을 5분 동안 배양합니다. 다음으로, 사용된 방법론으로 검출할 수 있는 스파이크인 제어 전사체를 소개합니다. 이러한 대조군을 알려진 양과 농도로 각 샘플에 도입합니다.
피펫을 사용하여 페닐구아니딘 이소티오시아네이트 용액 혼합물을 2.0ml 마이크로 원심분리 튜브로 옮깁니다. 그런 다음 사용되는 페닐 구아니딘 이소 티오 시아네이트 용액 1 밀리리터마다 페닐 구아니딘 이소 티오 시아네이트 용액 혼합물에 0.2 밀리리터의 클로로포름을 첨가한다. 마이크로 원심분리기 튜브를 15초 동안 세게 흔든 다음 클로로포름 페닐구아니딘 이소티오시아네이트를 배양합니다.
배양 후에, 12, 000 시간 g에 4 섭씨 온도에 20 분 동안 견본을 회전시키십시오. 샘플은 세 개의 층으로 분리되어야 합니다. 마이크로피펫을 사용하여 수성층을 새로운 2.0ml 마이크로 원심분리 튜브로 옮기고 이 과정에서 계면을 방해하지 않도록 주의하십시오.
계면 및 유기 분획을 폐기합니다. 그런 다음 수성 분획에 동일한 부피의 2-프로판올을 첨가하고 튜브를 10회 반전시킵니다. 특히 수율이 낮을 것으로 예상되는 경우 샘플 20마이크로리터당 20밀리그램 당 20밀리그램을 최대 1마이크로리터까지 추가합니다.
샘플을 실온에서 10분 동안 배양합니다. 배양 후 샘플을 회전시킵니다. 스핀이 끝날 때 RNA가 침전되어 튜브 바닥에 펠릿을 형성했는지 확인하십시오.
피펫을 사용하여 상층액을 제거하고 버리고 흰색 RNA 펠릿을 방해하지 않도록 특별히주의하십시오. 펠릿을 세척하기 위해 페닐구아니딘 이소티오시아네이트 용액 시약 1밀리리터당 75% 에탄올 1밀리리터를 첨가합니다. 12, 000 시간 g에 10 분 동안 샘플을 회전시킵니다.
대부분의 상등액을 제거한 후 피펫을 사용하여 가능한 한 많은 에탄올을 제거하되 펠릿을 방해하지 마십시오. 샘플을 회전시켜 모든 초과 에탄올을 펠릿화합니다. RNA 펠릿은 이 단계에서 덜 조밀하고 움직이는 경향이 있습니다.
탈수 후 펠릿을 방해하지 않고 튜브에서 과도한 에탄올을 모두 제거하십시오. RNA 펠릿을 5분 동안 자연 건조시킵니다. RNA 펠릿에 50마이크로리터의 뉴클레아제가 없는 물을 추가하고 펠릿을 뉴클레아제가 없는 물에 재현탁합니다.
DNA를 제거하고 그 후에 Deanase 및 양이온을 비활성화하기 위하여 1마이크로리터 Deanase의 표본을 대우하십시오. RNA 샘플을 섭씨 영하 80도의 2.0ml 마이크로 원심분리기 튜브에 보관하십시오. 분광광도계를 사용하여 RNA를 정량화하고 RNA의 순도를 확인합니다.
순도를 확인한 후 1% 아가로스 겔로 RNA를 분석하여 분해 정도를 시각화합니다. 18S 및 28S rRNA를 나타내는 두 개의 투명한 띠가 명확하게 보여야 합니다. 이러한 띠가 보이지 않으면 RNA가 분해될 수 있습니다.
다음으로, Real-Time qPCR을 사용하여 스파이크인 내부 표준물질과 비교하여 RNA의 수집 분취액에서 전사체 존재량을 모니터링합니다. 마이크로어레이, RNA 염기서열분석 또는 노던 블롯도 사용할 수 있습니다. 시간 경과에 따른 형광 강도는 유전자 발현에 해당합니다.
섬유아세포는 접촉 억제 상태가 되는 반면, 상처 치유 중에 축적된 세포외 기질을 생성하는 데 매우 중요한 유전자인 전사체를 암호화하는 콜라겐 3A1은 더 안정되고 빠르게 부패하지 않습니다. 페놀로 작업하는 것은 매우 위험할 수 있으며 피부에 닿지 않도록 하는 것이 중요하다는 것을 잊지 마십시오. 이 비디오를 시청한 후에는 증식 및 정지 섬유아세포에서 전사체 붕괴 속도를 모니터링하는 방법을 잘 이해하게 될 것입니다.
전사체 붕괴율의 변화는 유전자 삼각 측량의 중요한 메커니즘이 될 수 있습니다.
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이 문서는 증식 및 휴지 상태의 일차 인간 진피 섬유아세포를 생성하기 위한 프로토콜을 설명합니다. 이는 전사체 분해 속도를 모니터링하고 차등 분해 유전자를 식별하는 데 중점을 두며, 유전자 발현 동태에 대한 통찰을 제공합니다.
Genome-wide measurement of transcript decay rates in proliferating and quiescent human fibroblasts enables biopharma teams to distinguish regulatory mechanisms driving gene expression changes beyond transcriptional control. This approach supports mechanistic de-risking and enhances predictive confidence in target validation by clarifying whether observed gene expression differences are due to altered mRNA stability or transcriptional activity. Integrating transcript decay profiling at early discovery inflection points informs portfolio triage and prioritization of disease-relevant targets.
This method integrates into the discovery continuum from early hypothesis testing through lead identification and preclinical validation, providing a reusable capability for transcriptomic analysis.