Name: Saccharomyces cerevisiae에서 신생 및 성숙 전사체의 RNA 구조 비교 분석 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-02-27T13:20:00.000+00:00
Duration: 9 min 12 s
Description: 학습하세요 CoSTseq를 이용해 Saccharomyces cerevisiae에서 신생 RNA 2차 구조와 RNA 폴리머라제 위치를 동시에 분석하는 방법을. DMS-MaPseq와 병행하여 전사 중 RNA 폴딩과 성숙 과정의 구조적 변화를 연구할 수 있습니다.

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<ol><li>Zhang, J., Fei, Y., Sun, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+and+opportunities+in+RNA+structure+experimental+determination+and+computational+modeling%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Advances and opportunities in RNA structure experimental determination and computational modeling.</a> Nature Methods. 19 (10), 1193-1207 (2022).</li>
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<li>Tomezsko, P., Swaminathan, H., Rouskin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS-MaPseq+for+Genome-Wide+or+Targeted+RNA+Structure+Probing+In+Vitro%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">DMS-MaPseq for Genome-Wide or Targeted RNA Structure Probing In Vitro.</a> Methods in Molecular Biology. 2254, 219-238 (2021).</li>
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<li>Lopes, R., Agami, R., Korkmaz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GROseq%2C+A+Tool+for+Identification+of+Transcripts+Regulating+Gene+Expression%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+molecular+biology+%28Clifton%2C+N.J%29%22%5BJournal%5D)">GROseq, A Tool for Identification of Transcripts Regulating Gene Expression.</a> Methods in molecular biology (Clifton, N.J). 1543, 45-55 (2017).</li>
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<li>Hawley, D. K., Roeder, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+steps+in+transcription+initiation+and+reinitiation+from+the+major+late+promoter+in+a+HeLa+nuclear+extract%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Functional steps in transcription initiation and reinitiation from the major late promoter in a HeLa nuclear extract.</a> Journal of Biological Chemistry. 262 (8), 3452-3461 (1987).</li>
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<li>Tijerina, P., Mohr, S., Russell, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS+foot-printing+of+structured+RNAs+and+RNA-protein+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">DMS foot-printing of structured RNAs and RNA-protein complexes.</a> Nature Protocols. 2 (10), 2608-2623 (2007).</li>
<li>Liebig, A., Waldsich, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probing+RNA+structure+within+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+enzymology%22%5BJournal%5D)">Probing RNA structure within living cells.</a> Methods in enzymology. 468, 219-238 (2009).</li>
<li>Pelechano, V., Chávez, S., Pérez-Ortín, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Complete+Set+of+Nascent+Transcription+Rates+for+Yeast+Genes%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+ONE%22%5BJournal%5D)">A Complete Set of Nascent Transcription Rates for Yeast Genes.</a> PLOS ONE. 5 (11), (2010).</li>
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<li>Wang, L. K., Lima, C. D., Shuman, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+mechanism+of+T4+polynucleotide+kinase%3A+an+RNA+repair+enzyme%5BTitle%5D)+AND+%22The+EMBO+Journal%22%5BJournal%5D)">Structure and mechanism of T4 polynucleotide kinase: an RNA repair enzyme.</a> The EMBO Journal. 21 (14), 3873-3880 (2002).</li>
<li>Köster, J., Rahmann, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Snakemake+a+scalable+bioinformatics+workflow+engine%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Snakemake a scalable bioinformatics workflow engine.</a> Bioinformatics. 28 (19), 2520-2522 (2012).</li>
<li>Chen, S., Zhou, Y., Chen, Y., Gu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((fastp%3A+an+ultrafast+all-in-one+FASTQ+preprocessor%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics+%28Oxford%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">fastp: an ultrafast all-in-one FASTQ preprocessor.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 34 (17), i884-i890 (2018).</li>
<li>Dobin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STAR%3A+ultrafast+universal+RNA-seq+aligner%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics+%28Oxford%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 29 (1), 15-21 (2013).</li>
<li>Liu, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Algorithms+for+efficiently+collapsing+reads+with+Unique+Molecular+Identifiers%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Algorithms for efficiently collapsing reads with Unique Molecular Identifiers.</a> PeerJ. 7, (2019).</li>
<li>Spasic, A., Assmann, S. M., Bevilacqua, P. C., Mathews, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+RNA+secondary+structure+folding+ensembles+using+SHAPE+mapping+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Modeling RNA secondary structure folding ensembles using SHAPE mapping data.</a> Nucleic Acids Research. 46 (1), 314-323 (2018).</li>
<li>Saldi, T., Fong, N., Bentley, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcription+elongation+rate+affects+nascent+histone+pre-mRNA+folding+and+3%E2%80%B2+end+processing%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+%26+Development%22%5BJournal%5D)">Transcription elongation rate affects nascent histone pre-mRNA folding and 3′ end processing.</a> Genes & Development. 32 (3-4), 297-308 (2018).</li>
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<li>Yu, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computationally+reconstructing+co-transcriptional+RNA+folding+from+experimental+data+reveals+rearrangement+of+nonnative+folding+intermediates%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Computationally reconstructing co-transcriptional RNA folding from experimental data reveals rearrangement of nonnative folding intermediates.</a> Molecular Cell. 81 (4), 870-883 (2021).</li>
<li>Yu, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+probing+of+eukaryotic+nascent+RNA+structure+elucidates+cotranscriptional+folding+and+its+antimutagenic+effect%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+communications%22%5BJournal%5D)">Genome-wide probing of eukaryotic nascent RNA structure elucidates cotranscriptional folding and its antimutagenic effect.</a> Nature communications. 14 (1), (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>10mM ATP</td><td>인비트로젠</td><td>18330019</td><td></td></tr><tr><td>10mM 비오틴-11-CTP</td><td>예나 생명과학</td><td>NU-831-바이오옥스</td><td></td></tr><tr><td>10mM GTP</td><td>인비트로젠</td><td>18332015</td><td></td></tr><tr><td>10mM UTP</td><td>인비트로젠</td><td>18333013</td><td></td></tr><tr><td>10X NEBuffer 1</td><td>뉴잉글랜드 바이오랩스</td><td>B7001S</td><td>7.2.1단계에서 사용</td></tr><tr><td>10배 인산염 완충식염수(PBS)</td><td>깁코</td><td>70011-044</td><td></td></tr><tr><td>SDS 20%</td><td>RPI&nbsp;</td><td>L23100-500</td><td></td></tr><tr><td>산성 페놀: 클로로포름 &nbsp;</td><td>암비온</td><td>AM9722</td><td></td></tr><tr><td>크기 선택을 위한 AMPure XP 비즈</td><td>벡먼 쿨터와 nbsp;</td><td>A63880</td><td>7.5.1 단계에서 크기 선택에 사용됨</td></tr><tr><td>박토 펩톤</td><td>깁코</td><td>211677</td><td></td></tr><tr><td>백토 효모 추출물</td><td>깁코</td><td>212750</td><td></td></tr><tr><td>비신</td><td>시그마 올드리치</td><td>B3876-100G</td><td></td></tr><tr><td>클로로포름</td><td>시그마 올드리치</td><td>319988</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-포도당</td><td>시그마 올드리치</td><td>G5767-500G</td><td></td></tr><tr><td>디프코 아가르</td><td>BD 디프코</td><td>214010</td><td></td></tr><tr><td>디메틸 설페이트</td><td>시그마 올드리치</td><td>D186309-5ML</td><td></td></tr><tr><td>다이나비즈 및 무역; MyOne 스트렙타비딘 C1 비즈 &nbsp;</td><td>인비트로젠</td><td>65001</td><td>4.1절에서 비오틴 풀다운에 사용됨</td></tr><tr><td>다이나비즈 및 무역; mRNA DIRECT&trade; 정화 키트</td><td>인비트로젠</td><td>61011</td><td>5.1절에서 폴리 A 선택에 사용됨</td></tr><tr><td>EDTA, pH 8, 0.5M</td><td>시그마 올드리치&nbsp;</td><td>03690-100ML</td><td></td></tr><tr><td>에탄올</td><td>시그마 올드리치</td><td>E7023-500ML</td><td></td></tr><tr><td>글리코블루</td><td>인비트로젠</td><td>AM9516</td><td>4.2.7 및 5.2.4 단계에서 사용된 공중 침전</td></tr><tr><td>인듀로&레그; 그리고 nbsp; 역전사효소</td><td>뉴잉글랜드 바이오랩스</td><td>M0681S</td><td>6.3.1단계에서 사용된 RT 효소</td></tr><tr><td>아이소아밀 알코올</td><td>시그마 올드리치&nbsp;</td><td>W205710-1KG-K</td><td></td></tr><tr><td>이소프로판올</td><td>JT-베이커</td><td>9084-05-01</td><td></td></tr><tr><td>KAPA 하이파이 핫스타트 PCR 키트 &nbsp; 그리고 nbsp;</td><td>로슈</td><td>07958889001</td><td>PCR 반응을 위한 7.3.2 및 7.4.1에서 사용된 고충실도 DNA Pol</td></tr><tr><td>염화마그네슘</td><td>시그마 올드리치</td><td>SLCM2154</td><td></td></tr><tr><td>MinElute PCR 정제 키트</td><td>치아겐</td><td>28004</td><td>6.3.3 및 7.2.2 단계에서 DNA 정화에 사용됨</td></tr><tr><td>Mth RNA 리가제</td><td>뉴잉글랜드 바이오랩스</td><td>M2611A</td><td></td></tr><tr><td>올리고 클린 & 집중기</td><td>자이모 리서치</td><td>D4060</td><td>7.1.2 단계에서 DNA 올리고 정화를 위해 권장됩니다</td></tr><tr><td>아세트산 칼륨 & nbsp;</td><td>시그마 올드리치</td><td>236497-500G</td><td></td></tr><tr><td>염화칼륨</td><td>JT 베이커</td><td>3040-01</td><td></td></tr><tr><td>수산화칼륨</td><td>아반토르</td><td>6984-04-01</td><td></td></tr><tr><td>RNA 클린 & 컨센트레이터-5</td><td>자이모 리서치</td><td>R1014</td><td>PNK 치료 후 5.3.2단계에서 사용한 RNA 정화 키트</td></tr><tr><td>RNaseOUT&trade; 재조합 리보뉴클레아제 억제제</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>10777019</td><td>PNK 치료 중 5.3.1단계에서 사용된 RNase 억제제</td></tr><tr><td>사르코실</td><td>IBI 사이언티픽</td><td>IB07080</td><td></td></tr><tr><td>아세테이트 나트륨</td><td>퀄리티 바이오컬리컬</td><td>351-035-721</td><td></td></tr><tr><td>염화나트륨</td><td>시그마 올드리치</td><td>S5150-1L</td><td></td></tr><tr><td>수산화나트륨 &nbsp;</td><td>마크롱</td><td>7708-10</td><td></td></tr><tr><td>SUPERase&middot; 인&트레이드; RNase 억제제 (20 U/&mu; L)</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>AM2696</td><td>6.3.1단계에서 사용된 RNase 억제제</td></tr><tr><td>T4 폴리뉴클레오타이드 키나제</td><td>뉴잉글랜드 바이오랩스</td><td>M0201S</td><td></td></tr><tr><td>온도 안정성 5피트 앱 DNA/RNA 리가제</td><td>뉴잉글랜드 바이오랩스</td><td>M0319L</td><td></td></tr><tr><td>트리스-HCl, pH 7.4, 1M</td><td>써모 사이언티픽</td><td>J60202. K2</td><td></td></tr><tr><td>트리톤 X-100</td><td>테크노바</td><td>T1105</td><td></td></tr><tr><td>트리조르와 무역; 시약</td><td>인비트로젠</td><td>15596-026</td><td>4.2절의 초기 RNA 용출에 대해; 4절에서는 "RNA 시약"이라고도 불립니다</td></tr><tr><td>&beta;-머캡토에탄올</td><td>시그마 올드리치</td><td>M6250-1L</td><td></td></tr></tbody></table>

saccharomyces cerevisiae에서 신생 및 성숙 전사체의 rna 구조 비교 분석

Comparative RNA Structure Analysis of Nascent and Mature Transcripts in Saccharomyces cerevisiae

Saccharomyces cerevisiae에서 신생 및 성숙 전사체의 RNA 구조 비교 분석

During transcription, nascent RNA starts base pairing as it exits RNA polymerases (Pols). This base pairing permits the formation of RNA structures that ...

comparative-rna-structure-analysis-nascent-mature-transcripts

Research

연구

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Biochemistry

생화학

효모에서이 프로토콜에서 유전자 발현...

Microarray 분석을위한 Saccharomyces cerevisiae</em

이 프로토콜은 형광을 수행하기위한 실험 절차를...

형광을 사용하여 mRNA의 분자의 시각화 및 분석<em&gt; 제자리에서</em에서&gt; 하이브리드<em&gt; 사카 cerevisiae의</em

특정의 mRNA의 정상 수준은 mRNA의 합성과 부패의 속도에 의해 결정된다. 전체 게놈 mRNA의 분해율 또는 특정의 mRNA 붕괴 속도는 mRNA의 반감기를 측정함으로써 측정 할 수있다. 이 프로토콜은 사카로 미세스 세 레비 시아에서 mRNA의 붕괴 속도의 측정에 초점을 맞추고있다.

mRNA의 붕괴 요금의 측정에<em&gt; 사카로 미세스 세 레비 시아</em사용&gt;<em&gt; rpb1-1</em&gt; 균주

여기, 우리를 mRNA 수준 S. cerevisiae 세포의 hypoxic 응답 시간 모니터링 RNA-seq를 사용 하 여 프로토콜을 제시. 이 메서드는 어떤 세포 응답 중 유전자 발현 분석을 적용할 수 있습니다.

효 모 S. cerevisiae Hypoxic 응답 하는 동안 시간이 지남에 mRNA 수준 측정

여기에 설명 된 프로토콜 4-thiouracil으로 표시 하는 효 모 세포에서 정화 하는 새로 합성된 mRNA의 게놈 넓은 정량화를 기반으로 합니다. 이 방법은 mRNA 합성 mRNA 감퇴에서 연결을 측정할 수 있게 그리고, 따라서, RNA 중 합 효소 II 전사의 정확한 측정을 제공 합니다.

Saccharomyces cerevisiae 4-thiouracil와의 정량화로 대사 새로 합성 mRNA로 RNA 중 합 효소 II 활동에 대 한 프록시

여기에서 우리는 RNA의 DNAzyme 의존적인 절단을 위한 프로토콜을 제시합니다. 이를 통해 RNA 2'-O-메틸화의 신속하고 현장 의존적인 분석을 가능하게 합니다. 이러한 접근법은 스노RNA 활성의 예비 또는 주요 평가를 위해 사용될 수 있다.

RRNA 2'-O-메틸화의 DNAzyme 의존분석

cDNA의 키네틱 가교 및 분석은 높은 시간 분해능에서 살아있는 세포에서 단백질-RNA 상호작용의 역학을 조사할 수 있는 방법입니다. 여기에서 프로토콜은 효모 세포의 성장, UV 가교, 수확, 단백질 정제 및 차세대 시퀀싱 라이브러리 준비 단계를 포함하여 자세히 설명됩니다.

χCRAC를 사용하여 높은 시간 분해능에서 생체 내 단백질-RNA 상호 작용 역학 모니터링

이 프로토콜은 자동화된 그래디언트 메이커 또는 그래디언트 분별 시스템을 사용하지 않고 폴리솜 프로파일을 생성하는 방법을 설명합니다.

그래디언트 메이커 또는 분획 시스템이 없는 폴리솜 프로파일링

이 프로토콜은 돌연변이 프로파일링 실험을 위해 디메틸 설페이트로 RNA를 변형하기 위한 지침을 제공합니다. 여기에는 두 가지 대체 라이브러리 준비 방법을 사용한 시험관 내 및 생체 내 프로빙이 포함됩니다.

디메틸 설페이트를 사용한 RNA 구조 프로빙 시험관 내 및 세포에서 시퀀싱을 사용한 돌연변이 프로파일링

이 프로토콜은 악티노마이신 D 처리, RT-qPCR, 비선형 회귀분석을 사용하여 마우스 배아 줄기세포 내 유전자 간 및 유전자 내 강화자 RNA의 안정성과 반감기를 정량적으로 측정합니다. 위치별 정규화 전략이 eRNA 붕괴 역학을 맥락 의존적으로 정확하게 모델링하기 위해 도입됩니다.

마우스 배아 줄기세포에서 증강제 RNA 안정성의 최적화된 정량적 평가

우리는 5-에티닐-우리딘(5-EU)을 사용하여 Xenopus 초기 배아에서 전사체 분석을 위해 신생 전사체를 대사적으로 표지하고 정제하는 상세한 방법을 제공합니다.

백발유 초기 배아 발생에서 신생 전사체의 대사 표지

학습하세요 CoSTseq를 이용해 Saccharomyces cerevisiae에서 신생 RNA 2차 구조와 RNA 폴리머라제 위치를 동시에 분석하는 방법을. DMS-MaPseq와 병행하여 전사 중 RNA 폴딩과 성숙 과정의 구조적 변화를 연구할 수 있습니다.

Saccharomyces cerevisiae에서 신생 및 성숙 전사체의 RNA 구조 비교 분석

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