Name: Bijgewerkt protocol voor de assemblage en het gebruik van de Minibioreactor Array (MBRA) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-09-05T14:10:00.000+00:00
Duration: 9 min 38 s
Description: Leer de Minibioreactor Array (MBRA) te assembleren en te gebruiken voor hoogdoorvoeronderzoek naar darmmicrobioomdynamiek en kolonisatieresistentie tegen pathogenen. Dit protocol verbetert de reproduceerbaarheid van microbiële gemeenschappen.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Gilbert, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+understanding+of+the+human+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Med%22%5BJournal%5D)">Current understanding of the human microbiome.</a> Nat Med. 24 (4), 392-400 (2018).</li>
<li>Sarkar, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perspective%3A+simple+state+communities+to+study+microbial+interactions%3A+examples+and+future+directions%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Perspective: simple state communities to study microbial interactions: examples and future directions.</a> Front Microbiol. 13, 801864(2022).</li>
<li>Van de Wiele, T., Van den Abbeele, P., Ossieur, W., Possemiers, S., Marzorati, M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aVan+de+Wiele%2C+T+%22The+impact+of+food+bioactives+on+health%3A+in+vitro+and+ex+vivo+models%22">The impact of food bioactives on health: in vitro and ex vivo models</a>. , Springer. Cham. (2015).</li>
<li>McDonald, J. A. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+microbial+community+reproducibility%2C+stability+and+composition+in+a+human+distal+gut+chemostat+model%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">Evaluation of microbial community reproducibility, stability and composition in a human distal gut chemostat model.</a> J Microbiol Methods. 95 (2), 167-174 (2013).</li>
<li>Feria-Gervasio, D., Denis, S., Alric, M., Brugère, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+maintenance+of+a+human+proximal+colon+microbiota+using+the+continuous+fermentation+system+P-ECSIM%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">In vitro maintenance of a human proximal colon microbiota using the continuous fermentation system P-ECSIM.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 91 (5), 1425-1433 (2011).</li>
<li>Auchtung, J. M., Robinson, C. D., Farrell, K., Britton, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MiniBioReactor+arrays+%28MBRAs%29+as+a+tool+for+studying+C.+difficile+physiology+in+the+presence+of+a+complex+community%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">MiniBioReactor arrays (MBRAs) as a tool for studying C. difficile physiology in the presence of a complex community.</a> Methods Mol Biol. 1476, 235-258 (2016).</li>
<li>Robinson, C. D., Auchtung, J. M., Collins, J., Britton, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epidemic+Clostridium+difficile+strains+demonstrate+increased+competitive+fitness+compared+to+nonepidemic+isolates%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Epidemic Clostridium difficile strains demonstrate increased competitive fitness compared to nonepidemic isolates.</a> Infect Immun. 82 (7), 2815-2825 (2014).</li>
<li>Auchtung, J. M., Robinson, C. D., Britton, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cultivation+of+stable%2C+reproducible+microbial+communities+from+different+fecal+donors+using+minibioreactor+arrays+%28MBRAs%29%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Cultivation of stable, reproducible microbial communities from different fecal donors using minibioreactor arrays (MBRAs).</a> Microbiome. 3 (1), 42(2015).</li>
<li>Auchtung, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+simplified+microbial+communities+that+inhibit+Clostridioides+difficile+infection+through+dilution%2Fextinction%5BTitle%5D)+AND+%22mSphere%22%5BJournal%5D)">Identification of simplified microbial communities that inhibit Clostridioides difficile infection through dilution/extinction.</a> mSphere. 5 (4), e00387-e00320 (2020).</li>
<li>Hobson, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MiniBioReactor+array+%28MBRA%29+in+vitro+gut+model%3A+A+reliable+system+to+study+microbiota-dependent+response+to+antibiotic+treatment%5BTitle%5D)+AND+%22JAC+Antimicrob+Resist%22%5BJournal%5D)">MiniBioReactor array (MBRA) in vitro gut model: A reliable system to study microbiota-dependent response to antibiotic treatment.</a> JAC Antimicrob Resist. 4 (4), dlac077(2022).</li>
<li>Auchtung, T. A., Lerma, A. I., Schuchart, K., Auchtung, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluating+effects+of+antibiotics+across+preclinical+models+of+the+human+gastrointestinal+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiologyopen%22%5BJournal%5D)">Evaluating effects of antibiotics across preclinical models of the human gastrointestinal microbiota.</a> Microbiologyopen. 14 (4), e70030(2025).</li>
<li>Naimi, S., Viennois, E., Gewirtz, A. T., Chassaing, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+impact+of+commonly+used+dietary+emulsifiers+on+human+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Direct impact of commonly used dietary emulsifiers on human gut microbiota.</a> Microbiome. 9 (1), 66(2021).</li>
<li>Bolyen, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((interactive%2C+scalable+and+extensible+microbiome+data+science+using+QIIME+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2.</a> Nat Biotechnol. 37 (8), 852-857 (2019).</li>
<li>Hobson, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+microbiota-dependent+response+to+anticancer+treatment+in+an+in+vitro+human+microbiota+model%3A+a+pilot+study+with+hydroxycarbamide+and+daunorubicin%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Infect+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A microbiota-dependent response to anticancer treatment in an in vitro human microbiota model: a pilot study with hydroxycarbamide and daunorubicin.</a> Front Cell Infect Microbiol. 12, 886447(2022).</li>
<li>Jensen, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dietary+fiber+monosaccharide+content+alters+gut+microbiome+composition+and+fermentation%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Dietary fiber monosaccharide content alters gut microbiome composition and fermentation.</a> Appl Environ Microbiol. 90 (8), e00964-e01024 (2024).</li>
<li>Ghimire, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Positive+synergistic+effects+of+quercetin+and+rice+bran+on+human+gut+microbiota+reduces+Enterobacteriaceae+family+abundance+and+elevates+propionate+in+a+bioreactor+model%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Positive synergistic effects of quercetin and rice bran on human gut microbiota reduces Enterobacteriaceae family abundance and elevates propionate in a bioreactor model.</a> Front Microbiol. 12, 751225(2021).</li>
<li>Hu, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Minibioreactor+arrays+to+model+microbiome+response+to+alcohol+and+tryptophan+in+the+context+of+alcohol-associated+liver+disease%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Biofilms+Microbiomes%22%5BJournal%5D)">Minibioreactor arrays to model microbiome response to alcohol and tryptophan in the context of alcohol-associated liver disease.</a> NPJ Biofilms Microbiomes. 10 (1), 132(2024).</li>
<li>Jens, J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MBRA-2%3A+A+modified+chemostat+system+to+culture+biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Spectr%22%5BJournal%5D)">MBRA-2: A modified chemostat system to culture biofilms.</a> Microbiol Spectr. 11 (1), e02928-e03022 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>&nbsp;V-Tap Guide, Standard Sizes 0-80 to 5/8"</td><td>Big Gator Tools</td><td>STD500NP&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>0.22 &mu;m syringe filter</td><td>Fisher</td><td>SLGVR33RS</td><td></td></tr><tr><td>2mag MIXdrive 60 Stirring Drive (drive only)</td><td>2MAG</td><td>MF 41060</td><td></td></tr><tr><td>Air-tite Hypodermic Needles, 22G x3"</td><td>VWR</td><td>89219-274</td><td></td></tr><tr><td>BD 1mL Slip Tip Sterile Syringes Sterile</td><td>Fisher</td><td>14-823-434</td><td></td></tr><tr><td>Bioreactor</td><td>Proto-Labs</td><td>NA</td><td>3D printed uit DMS Somos Watershed Plastic. Zie aanvullend bestand 1 voor sjabloon</td></tr><tr><td>Bioreactor Holders</td><td>Proto-Labs</td><td>NA</td><td>3D printed uit PA 12 Black. Zie aanvullend bestand 2 voor sjabloon.</td></tr><tr><td>Diba Omnifit Q-Series Solvent Bottle Cap, GL38/38-430 (glas), 2 UNF(F) Poorten zonder kleppen, Blauw</td><td>Cole Parmer</td><td>EW-21942-86</td><td></td></tr><tr><td>Diba Omnifit Tubing, PTFE, 1/8" (3,2 mm) OD x 1,5 mm ID</td><td>Cole Parmer</td><td>EW-21942-76</td><td></td></tr><tr><td>Dibafit Adapter, 1/4"-28 UNF(M) platte bodem naar 3,2 mm ID, PEEK</td><td>Cole Parmer</td><td>EW-21941-49</td><td></td></tr><tr><td>IRWIN 12001ZR Tap Wrench #0-1/4" T-Handle</td><td>Amazon</td><td>B00004YOB0</td><td></td></tr><tr><td>Irwin Hanson High Carbon Steel SAE Fraction Tap 1/4 inch 1 stuk</td><td>Zoro</td><td>G7695682</td><td></td></tr><tr><td>Loctite Heavy Duty Epoxy Quick Set 8-Fluid Ounce Fles</td><td>Amazon</td><td>B0044F59N0</td><td></td></tr><tr><td>Male to Male Luer Lock Connector</td><td>Darwin Microfluidics</td><td>DM-MM-LUER-PP&nbsp;</td><td>Alternatief: Strategic Applications Inc Male to Male Luer Connector - 10/pk - Fisher - NC9876577</td></tr><tr><td>Masterflex Adapter Fittings, Luer naar Luer, Nylon, Avantor</td><td>VWR</td><td>MFLX45502-56</td><td></td></tr><tr><td>Masterflex Fitting, Nylon, Straight, Female Luer to Hose Barb Adapter, 1/16" ID</td><td>VWR</td><td>MFLX45502-00</td><td></td></tr><tr><td>Masterflex Fitting, Nylon, Straight, Female Luer to Hose Barb Adapter, 3/32" ID</td><td>VWR</td><td>MFLX45502-02</td><td></td></tr><tr><td>Masterflex Fitting, Nylon, Straight, Female Luer to Hose Barb Adapters, 1/8"</td><td>VWR</td><td>MFLX45502-04</td><td></td></tr><tr><td>Masterflex Fitting, Nylon, Straight, Male Luer Lock to Hose Barb Adapter, 1/8</td><td>VWR</td><td>MFLX45505-04</td><td></td></tr><tr><td>Masterflex Fitting, Nylon, Straight, Male Luer x 1/4-28 UNF</td><td>VWR</td><td>MFLX45505-82</td><td></td></tr><tr><td>Masterflex Fitting, Polypropylene, Elbow, Female Luer to Female Luer Adapter</td><td>VWR</td><td>MFLX45508-26</td><td></td></tr><tr><td>Masterflex Ismatec Pump Tubing, 2-Stop, Tygon S3 E-Lab, 0,89 mm ID</td><td>VWR</td><td>MFLX96460-26</td><td></td></tr><tr><td>Masterflex Ismatec Pump Tubing, 2-Stop, Tygon S3 E-Lab, 1,14 mm ID</td><td>VWR</td><td>MFLX96460-30</td><td></td></tr><tr><td>Masterflex&reg; Transfer Tubing, C-Flex, Opaque White, 1/8" ID x 1/4" OD; 25 Ft</td><td>VWR</td><td>MFLX06424-67</td><td></td></tr><tr><td>Mohr&rsquo;s Pinchcock voor Tubing&nbsp;</td><td>VWR</td><td>470201-374</td><td></td></tr><tr><td>Neopreen Rubber Fender Washers &frac12;&rdquo; OD x &frac14;&rdquo; ID x 1/16&rdquo; Dikte&nbsp;</td><td>Amazon</td><td>B01A29F1R0</td><td></td></tr><tr><td>Precision Seal Rubber Septa</td><td>Sigma Aldrich</td><td>Z553905</td><td></td></tr><tr><td>Spinbar Micro Stir Bars</td><td>VWR</td><td>58948-375</td><td></td></tr><tr><td>Tetra-Etch</td><td>R.S. Hughest Company</td><td>TE-500</td><td></td></tr><tr><td>Tubing Holder</td><td>Proto-Labs</td><td>NA</td><td>3D printed uit PA 12 Black. Zie aanvullend bestand 3 voor sjabloon.</td></tr><tr><td>Watson-Marlow 205S Multichannel Cartridge Pump</td><td>Watson-Marlow</td><td>020.3724.00A</td><td>Uit de verkoop genomen, alternatief: Ismatec IPC Digital Peristaltic Pumps MFLX7800142 - FISHER - 113-200-014 of Masterflex Ismatec IPC Peristaltic Pump, 0,1 tot 11,25 rpm, 24-kanaals, 115/230 VAC, Avantor, VWR, MFLX78006-48-CH</td></tr></tbody></table>

bijgewerkt protocol voor de assemblage en het gebruik van de minibioreactor array (mbra)

Updated Protocol for the Assembly and Use of the Minibioreactor Array (MBRA)

Bijgewerkt protocol voor de assemblage en het gebruik van de Minibioreactor Array (MBRA)

The human microbiome comprises diverse and dynamic microbial communities that play essential roles in host health. Understanding these communities and ...

updated-protocol-for-assembly-use-minibioreactor-array

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Source: Hemmerich, J., et al. Protocol for Optimization of Heterologous Protein Production Using Automated Microbioreactor Technology. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the use of an automated microbioreactor to monitor bacterial growth and fluorescent protein secretion in response to varying media formulations. A genetically modified bacterium expressing a secretory fluorescent protein is cultured under antibiotic selection and inoculated into nutrient-varied wells. Real-time optical...

Monitoring Bacterial Growth in Distinct Media Formulations with an Automated Microbioreactor

In dit protocol wordt de fabricage, installatie en basisbediening van een microfluïdische picoliter bioreactor (PLBR) voor single-cel analyse van prokaryotische micro-organismen geïntroduceerd. Industrieel relevante micro-organismen werden geanalyseerd als bewijs van principe, waardoor inzichten in groeisnelheid, morfologie en fenotypische heterogeniteit over bepaalde tijdsperioden mogelijk werden, wat nauwelijks mogelijk is met conventionele methoden.

Microfluïdische Picoliter Bioreactor voor Microbiële Eéncellige Analyse: Fabricage, Systeemopstelling en Werking

Met behulp van een pneumatische bioreactor demonstreren we de assemblage, werking en prestaties van dit bioreactorsysteem voor eenmalig gebruik voor de groei van zoogdiercellen.

Teelt van zoogdiercellen met behulp van een Single-use Pneumatische bioreactorsysteem

Een nieuw reactorontwerp, een zogenaamde bioreactor met hoge dichtheid (HDBR), wordt gepresenteerd voor het kweken en bestuderen van microbiële gemeenschappen met hoge dichtheid. Hier wordt de HDBR met succes toegepast in een fotobioreactor (PBR) configuratie voor de studie van stikstofmetabolisme door een gemengde algengemeenschap met hoge dichtheid.

A Novel Bioreactor voor High Density Teelt van Diverse microbiële gemeenschappen

De ontwikkeling van microbiële gemeenschappen hangt af van een combinatie van factoren, waaronder milieu-architectuur, lidmaatschap, eigenschappen en interacties. Dit protocol beschrijft een synthetische microfabriek die gelijktijdig wordt bijgehouden van duizenden gemeenschappen in femtoliterputten, waar sleutelfactoren zoals nisgrootte en bevalling kunnen worden benaderd.

Montage en Tracking van Microbiële Community Development binnen een Microwell Array Platform

Dit manuscript beschrijft een algemene aanpak voor op maat gemaakte ontwerp van microbiële teelt media. Deze optie is ingeschakeld door een iteratieve werkstroom combineren Kriging gebaseerde experimentele design en microbioreactor technologie voor voldoende teelt doorvoer, die wordt ondersteund door lab robotica om betrouwbaarheid en snelheid in vloeistof behandeling van media voorbereiding.

Generic-Protocol voor optimalisatie van heterologe eiwitproductie met behulp van geautomatiseerde Microbioreactor technologie

Een gedetailleerd protocol voor de gelijktijdige werking van 48 parallelle celculturen onder uiteenlopende omstandigheden in een systeem van microbioreactor wordt gepresenteerd. Proces van de cultuur van de cel, oogst en latere antilichaam titer analyse worden beschreven.

Gebruik van High-Throughput geautomatiseerd Microbioreactor-systeem voor de productie van Model IgG1 in CHO cellen

Hier presenteren we een gedetailleerde procedure om een ontwerp van experiment uit te voeren in een geautomatiseerde micro-bioreactor gevolgd door celoogst en eiwitkwantificering met behulp van een Protein A-kolom.

Proces optimalisatie met behulp van high throughput geautomatiseerde micro-bioreactoren in de Chinese Hamster Eierstok celteelt

Hier presenteren we een protocol om de grootschalige productie van aanhangende cellen te bereiken via een volledig gesloten systeem op basis van GMP-kwaliteit oplosbare microdragers. De kweek van menselijke mesenchymale stamcellen, HEK293T cellen en Vero-cellen werd gevalideerd en voldeed aan zowel de kwantiteitseisen als de kwaliteitscriteria voor de cel- en gentherapie-industrie.

Grootschalige celproductie op basis van GMP-kwaliteit oplosbare poreuze microdragers

Dit protocol beschrijft de assemblage van mini-bioreactorarrays die moeten worden gebruikt voor continue stroomcultuur van complexe fecale gemeenschappen onder anaërobe omstandigheden. We bespreken ook de methoden voor assemblage, inoculatie en bemonstering van de reactoren voor verdere analyse.

Bioreactorassemblage voor continue cultuur van complexe fecale gemeenschappen

Er wordt een protocol beschreven voor de productie van ankerafhankelijke cellen door microcarrier-microbioreactoren als potentiële cellengebaseerde therapieën. Met een doel van acuut respiratoire noodsyndroom worden vergelijkbare celopbrengst en gunstige genexpressie ten opzichte van fles-gebaseerde procesomstandigheden geïllustreerd. Dit protocol is uitbreidbaar naar andere ankerafhankelijke cellen en doelindicaties.

Microbioreactor-gebaseerde productie van ankerafhankelijke mesenchymale stromale cellen die voorbereid zijn op acuut respiratoire distress syndroom

Leer de Minibioreactor Array (MBRA) te assembleren en te gebruiken voor hoogdoorvoeronderzoek naar darmmicrobioomdynamiek en kolonisatieresistentie tegen pathogenen. Dit protocol verbetert de reproduceerbaarheid van microbiële gemeenschappen.

Bijgewerkt protocol voor de assemblage en het gebruik van de Minibioreactor Array (MBRA)

Meer video's verkennen