Name: RNA-geassocieerde chromatine DNA-DNA interactie methode (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-30T13:10:00.000+00:00
Duration: 11 min 1 s
Description: Verken de RDD-methode voor het in kaart brengen van chromatine-interacties verankerd door specifieke RNA's. Deze techniek biedt inzicht in driedimensionale genoomarchitectuur en regulerende mechanismen.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Rao, S. S. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+3D+map+of+the+human+genome+at+kilobase+resolution+reveals+principles+of+chromatin+looping%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping.</a> Cell. 159 (7), 1665-1680 (2014).</li>
<li>Fullwood, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+oestrogen-receptor-%CE%B1-bound+human+chromatin+interactome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An oestrogen-receptor-α-bound human chromatin interactome.</a> Nature. 462 (7269), 58-64 (2009).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GRID-seq+reveals+the+global+RNA-chromatin+interactome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">GRID-seq reveals the global RNA-chromatin interactome.</a> Nat Biotechnol. 35 (10), 940-950 (2017).</li>
<li>Tian, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+chromatin+structures+associated+with+ncRNA+roX2+for+hyperactivation+and+coactivation+across+the+entire+X+chromosome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">3D chromatin structures associated with ncRNA roX2 for hyperactivation and coactivation across the entire X chromosome.</a> Sci Adv. 10 (30), eado5716(2024).</li>
<li>Rinn, J., Guttman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+and+dynamic+nuclear+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">RNA and dynamic nuclear organization.</a> Science. 345 (6202), 1240-1241 (2014).</li>
<li>Chu, C., Qu, K., Zhong, F. L., Artandi, S. E., Chang, H. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+Maps+of+Long+Noncoding+RNA+Occupancy+Reveal+Principles+of+RNA-Chromatin+Interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Genomic Maps of Long Noncoding RNA Occupancy Reveal Principles of RNA-Chromatin Interactions.</a> Mol Cell. 44 (4), 667-678 (2011).</li>
<li>Simon, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genomic+binding+sites+of+a+noncoding+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">The genomic binding sites of a noncoding RNA.</a> Proc Natl Acad Sci. 108 (51), 20497-20502 (2011).</li>
<li>Yan, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+colocalization+of+RNA-DNA+interactions+and+fusion+RNA+pairs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Genome-wide colocalization of RNA-DNA interactions and fusion RNA pairs.</a> Proc Natl Acad Sci. 116 (8), 3328-3337 (2019).</li>
<li>Quinodoz, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+promotes+the+formation+of+spatial+compartments+in+the+nucleus%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">RNA promotes the formation of spatial compartments in the nucleus.</a> Cell. 184 (23), 5775-5790 (2021).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-read+ChIA-PET+for+base-pair-resolution+mapping+of+haplotype-specific+chromatin+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Long-read ChIA-PET for base-pair-resolution mapping of haplotype-specific chromatin interactions.</a> Nat Protoc. 12 (5), 899-915 (2017).</li>
<li>Fang, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+of+long-range+chromatin+interactions+by+proximity+ligation-assisted+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Mapping of long-range chromatin interactions by proximity ligation-assisted ChIP-seq.</a> Cell Res. 26 (12), 1345-1348 (2016).</li>
<li>Mumbach, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HiChIP%3A+efficient+and+sensitive+analysis+of+protein-directed+genome+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.</a> Nat Meth. 13 (11), 919-922 (2016).</li>
<li>Lee, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChIA-PIPE%3A+A+Fully+Automated+Pipeline+for+Comprehensive+ChIA-PET+Data+Analysis+and+Visualization%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">ChIA-PIPE: A Fully Automated Pipeline for Comprehensive ChIA-PET Data Analysis and Visualization.</a> Sci Adv. 6 (28), eaay2078(2020).</li>
<li>Meller, V. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ordered+Assembly+of+roX+RNAs+into+MSL+Complexes+on+the+Dosage-Compensated+X+Chromosome+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Ordered Assembly of roX RNAs into MSL Complexes on the Dosage-Compensated X Chromosome in Drosophila.</a> Curr Biol. 10 (3), 136-143 (2000).</li>
<li>Egloff, S., Studniarek, C., Kiss, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((7SK+small+nuclear+RNA%2C+a+multifunctional+transcriptional+regulatory+RNA+with+gene-specific+features%5BTitle%5D)+AND+%22Transcription%22%5BJournal%5D)">7SK small nuclear RNA, a multifunctional transcriptional regulatory RNA with gene-specific features.</a> Transcription. 9 (2), 95-101 (2018).</li>
<li>Tian, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Landscape+of+the+Epstein-Barr+virus-host+chromatin+interactome+and+gene+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Landscape of the Epstein-Barr virus-host chromatin interactome and gene regulation.</a> EMBO J. 44 (13), 3872-3915 (2025).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,5 M EDTA</td><td>Invitrogen</td><td>AM9260G</td><td></td></tr><tr><td>1 M Magnesiumacetaat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>63052-100ML</td><td></td></tr><tr><td>1 M Tris-HCl pH 7,0</td><td>Invitrogen</td><td>AM9851</td><td></td></tr><tr><td>1 M Tris-HCl pH 8,0</td><td>Invitrogen</td><td>AM9856</td><td></td></tr><tr><td>1,5-mL buisjes</td><td>Eppendorf</td><td>30108051</td><td></td></tr><tr><td>10 mM dATP</td><td>Invitrogen</td><td>18252015</td><td></td></tr><tr><td>10% SDS (wt/vol)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9822</td><td></td></tr><tr><td>10 × A-tailing buffer</td><td>NEB</td><td>B7002S</td><td></td></tr><tr><td>10 × End-repair buffer</td><td>NEB</td><td>B6002S</td><td></td></tr><tr><td>10 × T4 DNA ligase buffer</td><td>NEB</td><td>B0202S</td><td></td></tr><tr><td>10 × TBE buffer</td><td>Invitrogen</td><td>AM9863</td><td></td></tr><tr><td>14-mL ronde bodem testbuisjes</td><td>Corning</td><td>352057</td><td></td></tr><tr><td>2 × PCR master mix</td><td>NEB</td><td>M0541</td><td></td></tr><tr><td>20 × SSC buffer</td><td>Invitrogen</td><td>AM9770</td><td></td></tr><tr><td>200-μL PCR buisjes</td><td>Sangon Biotech</td><td>F611541-0010</td><td></td></tr><tr><td>250-mL vierkante PET-opslagflessen</td><td>Corning</td><td>431531</td><td></td></tr><tr><td>2-Mercaptoethanol (β-ME)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M6250-100mL</td><td>! WAARSCHUWING β-ME is giftig; gebruik het altijd in een afzuigkap.</td></tr><tr><td>2-mL buisjes</td><td>Eppendorf</td><td>22431048</td><td></td></tr><tr><td>3 M Natriumacetaat pH 5,5</td><td>Invitrogen</td><td>AM9740</td><td></td></tr><tr><td>5 M NaCl</td><td>Invitrogen</td><td>AM9759</td><td></td></tr><tr><td>5 M Kaliumacetaat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>95843-100ML-F</td><td></td></tr><tr><td>500-mL vierkante PET-opslagflessen</td><td>Corning</td><td>431532</td><td></td></tr><tr><td>Analytische weegschaal</td><td>Sartorius</td><td>BP211D</td><td></td></tr><tr><td>Automatische celteller</td><td>Counterstar</td><td>IC1000</td><td></td></tr><tr><td>Automatisch capillaire elektroforesesysteem</td><td>Bioptic</td><td>C100100</td><td></td></tr><tr><td>Gelabelde sondes</td><td>GENEWIZ</td><td></td><td>Zie Tabel 1</td></tr><tr><td>Blockingpoeder</td><td>Invitrogen</td><td>T2015</td><td></td></tr><tr><td>Bridge linker oligo's</td><td>GENEWIZ</td><td></td><td>Zie Tabel 1</td></tr><tr><td>CO2 incubator</td><td>Thermo Scientific</td><td>51033549</td><td></td></tr><tr><td>Dimethylsulfoxide (DMSO)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D2650-100mL</td><td></td></tr><tr><td>DNA bibliotheekvoorbereidingskit V2 voor Illumina</td><td>Vazyme</td><td>TD501</td><td></td></tr><tr><td>DNA zuiveringskit</td><td>Zymo</td><td>D4013</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco’s fosfaat gebufferde zoutoplossing (DPBS) (1 ×)</td><td>Gibco</td><td>14190250</td><td></td></tr><tr><td>EDTA-vrije protease inhibitor cocktail</td><td>Roche</td><td>11836170001</td><td></td></tr><tr><td>EGS (Ethyleenglycol bis[succinimidylsuccinaat])</td><td>Thermo Scientific</td><td>21565</td><td></td></tr><tr><td>Elutie buffer</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>Ethyl alcohol, puur</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023-500mL</td><td></td></tr><tr><td>Formaldehyde oplossing</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>47608-250mL-F</td><td>! WAARSCHUWING Formaldehyde is giftig; gebruik het altijd in een afzuigkap.</td></tr><tr><td>Formamide</td><td>Invitrogen</td><td>AM9342</td><td></td></tr><tr><td>Gel beeldvormingssysteem</td><td>Tanon</td><td>3500R</td><td></td></tr><tr><td>Glycine</td><td>Invitrogen</td><td>50046-1kg</td><td></td></tr><tr><td>Glycogen met blauwe kleurstof</td><td>Invitrogen</td><td>AM9516</td><td></td></tr><tr><td>Hoge gevoeligheid cartridge</td><td>Bioptic</td><td>C105105</td><td></td></tr><tr><td>Hoog-dichtheids fase-lockbuisjes (1,5 mL)</td><td>Qiagen</td><td>129046</td><td></td></tr><tr><td>Hoge gevoeligheid dsDNA fluorimetrische assaykit</td><td>Invitrogen</td><td>Q32851</td><td></td></tr><tr><td>Indexkit V2 voor Illumina</td><td>Vazyme</td><td>TD202</td><td></td></tr><tr><td>Iodoacetyl-PEG2-Biotin (IPB)</td><td>Thermo Scientific</td><td>21334</td><td></td></tr><tr><td>Isopropyl alcohol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I9030</td><td>! WAARSCHUWING Isopropyl alcohol is giftig; gebruik het altijd in een afzuigkap.</td></tr><tr><td>Kilo base cartridge</td><td>Bioptic</td><td>C105106</td><td></td></tr><tr><td>Klenow fragment (3’→5’ exo-)</td><td>NEB</td><td>M0212L</td><td></td></tr><tr><td>Magnetische kralen</td><td>Beckman</td><td>A63881</td><td></td></tr><tr><td>Magnetische scheidingsstandaard voor 15-mL buisje</td><td>Invitrogen</td><td>12301D</td><td></td></tr><tr><td>Magnetische scheidingsstandaard voor 2-mL buisje</td><td>Invitrogen</td><td>12321D</td><td></td></tr><tr><td>Magnetische scheidingsstandaard voor PCR buisje</td><td>NEB</td><td>S1515S</td><td></td></tr><tr><td>Microbiologische incubator</td><td>Thermo Scientific</td><td>IMH180</td><td></td></tr><tr><td>Microscoop</td><td>Nikon</td><td>Eclipse TS2</td><td></td></tr><tr><td>Mixer</td><td>ELMI</td><td>RM-2L</td><td></td></tr><tr><td>N,N-Dimethylformamide (DMF)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>227056-100ML</td><td>! WAARSCHUWING DMF is giftig; gebruik het altijd in een afzuigkap.</td></tr><tr><td>Niet gekoelde microcentrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>5405000204</td><td></td></tr><tr><td>Nuclease-vrij water (niet DEPC-behandeld, 1000 mL)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9932</td><td></td></tr><tr><td>Nuclease-vrij water (niet DEPC-behandeld, 50 mL)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9937</td><td></td></tr><tr><td>Nucleïnezuur kwantificator</td><td>Invitrogen</td><td>Q33226</td><td></td></tr><tr><td>Orbitale shaker</td><td>Crystal</td><td>SYC-2102</td><td></td></tr><tr><td>Fenol:Chloroform:IAA</td><td>Solarbio</td><td>P1012-100mL</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K oplossing</td><td>Invitrogen</td><td>AM2548</td><td></td></tr><tr><td>Gekoelde centrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>22628180</td><td></td></tr><tr><td>Gekoelde incubator</td><td>Thermo Scientific</td><td>IMP180</td><td></td></tr><tr><td>Gekoelde microcentrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>5404F1621754</td>

rna-geassocieerde chromatine dna-dna interactie methode

RNA-Associated Chromatin DNA-DNA Interaction Method

RNA-geassocieerde chromatine DNA-DNA interactie methode

RNA-Associated Chromatin DNA-DNA Interaction Method (RDD) is a targeted strategy for mapping chromatin interactions anchored by a specific RNA. It ...

rna-associated-chromatin-dna-dna-interaction-method

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

De Hi-C methode maakt het mogelijk onpartijdige, genoom-brede identificatie van chromatine interacties (1). Hi-C paren nabijheid ligatie en massaal parallelle sequencing. De resulterende gegevens kunnen worden gebruikt om de genomische architectuur studeren op meerdere schalen: eerste resultaten geïdentificeerd functies zoals chromosoom gebieden, scheiding van open en gesloten chromatine, en chromatine structuur op de megabase schaal.

Hi-C: een methode om de driedimensionale architectuur van genoom-onderzoek.

De bijbehorende chromosoom val (ACT) assay is een nieuwe onpartijdige methode voor het identificeren van lange-afstands-DNA interacties. De karakterisering van de lange reeks DNA-interacties zal ons toelaten om de relatie van de nucleaire architectuur vast te stellen om genexpressie in zowel de normale fysiologie en in zieke staten.

Associated Chromosoom Trap voor het vaststellen van lange afstand DNA-interacties

Chromatine Interactie Analyse door Gekoppeld-End Tag Sequencing (Chia-PET) is een methode...

Chromatine Interactie Analyse met gepaarde-End Tag Sequencing (Chia-PET) voor het in kaart brengen van chromatine Interacties en begrijpen Transcriptie Verordening

This video describes protocol for chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay, which is a classic technique to demonstrate protein-DNA interactions.This technique is used to identify target genes in human chronic lymphocytic leukemia cells.

Chromatin Immunoprecipitation Assay: A Technique to Study Protein-DNA Interactions in Cells

Hier beschrijven we een protocol voor gelijktijdige detectie van histonmodificaties door immunofluorescentie en DNA-sequenties van DNA FISH gevolgd door 3D microscopie en analyses (3D-immuno DNA FISH).

Gecombineerd Immunofluorescentie en DNA FISH op 3D-bewaarde interfase kernen aan veranderingen in 3D Nuclear Organisatie Studie

Chromatine immunoprecipitatie is een krachtige techniek voor de identificatie van DNA-bindingsplaatsen van Arabidopsis eiwitten in vivo. Deze procedure omvat chromatine verknoping en fragmentatie, selectieve immunoprecipitatie met antilichamen tegen het eiwit van belang en qPCR analyse van gebonden DNA. We beschrijven een eenvoudige ChIP assay geoptimaliseerd voor Arabidopsis planten.

Chromatine immunoprecipitatie assay voor de identificatie van Arabidopsis eiwit-DNA interacties<em&gt; In Vivo</em

Sequentiële zout winning van chromatine gebonden eiwitten is een nuttig instrument voor het bepalen van de bindende eigenschappen van grote eiwitcomplexen. Deze methode kan worden gebruikt om te evalueren van de rol van individuele subeenheden of domeinen in de algehele affiniteit van een eiwit complex om te bulk chromatine.

Sequentiële zout extracties uit te voeren voor de analyse van Bulk chromatine bindende eigenschappen van chromatine complexen wijzigen

Dit protocol richt zich op chromatinepreparatie uit snap bevroren weefsels en is geschikt voor Crosslinking Chromatin Immunoprecipitation (X-ChIP) gevolgd door kwantitatieve PCR-analyse (X-ChIP-qPCR) of next generation sequencing-benaderingen (X-ChIP-seq).

Chromatine-extractie uit bevroren chimere leverweefsel voor chromatine-immunoprecipitatieanalyse

De interactie van een ATP-afhankelijke chromatine remodeller met een DNA-ligand wordt beschreven met behulp van CD-spectroscopie. De geïnduceerde conformatieveranderingen op een genpromotor geanalyseerd door de gegenereerde pieken kunnen worden gebruikt om het mechanisme van transcriptionele regulatie te begrijpen.

CD-spectroscopie om DNA-eiwitinteracties te bestuderen

DNA-gordijn, een high-throughput single-molecule beeldvormingstechniek, biedt een platform voor real-time visualisatie van diverse eiwit-DNA-interacties. Het huidige protocol maakt gebruik van de DNA-gordijntechniek om de biologische rol en het moleculaire mechanisme van Abo1 te onderzoeken, een Schizosaccharomyces pombe bromodomein-bevattend AAA+ ATPase.

Het ontcijferen van moleculair mechanisme van histonassemblage door DNA-gordijntechniek

We presenteren een driekleurig chromatine single molecule localization microscopy (SMLM) kleurings- en analyseprotocol dat reproduceerbare mapping van euchromatine, heterochromatine en RNAP II mogelijk maakt voor ruimtelijke analyse. Dit protocol maakt efficiënte meerkleurige etikettering mogelijk in dichte nucleaire omgevingen, inclusief chromatine-geassocieerde doelen, waardoor betrouwbare gelijktijdige detectie mogelijk is.

Een multilabel Single Molecule Localization Microscopieprotocol voor het Onderzoek van Chromatine in de dichte nucleaire omgeving

Verken de RDD-methode voor het in kaart brengen van chromatine-interacties verankerd door specifieke RNA's. Deze techniek biedt inzicht in driedimensionale genoomarchitectuur en regulerende mechanismen.

RNA-geassocieerde chromatine DNA-DNA interactie methode

Meer video's verkennen