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DOI: 10.3791/65930-v
Jacqueline Leidner1,2, Heidi Theis3, Michael Kraut3, Alice Ragogna1, Marc Beyer1,3,4, Joachim Schultze1,2,3, Jonas Schulte-Schrepping1,2, Caterina Carraro1,2, Lorenzo Bonaguro1,2
1Systems Medicine,German Center for Neurodegenerative Diseases (DZNE) eV., 2Genomics & Immunoregulation, LIMES Institute,University of Bonn, 3PRECISE Platform for Single Cell Genomics and Epigenomics,DZNE and University of Bonn, 4Immunogenomics & Neurodegeneration,German Center for Neurodegenerative Diseases (DZNE) eV.
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
This study presents a cost-effective transcriptome-based drug screening workflow utilizing ex vivo or in vitro cell cultures. The innovative minibug protocol combines miniaturized perturbation cultures with advanced transcriptomics to identify new drug targets effectively.
Este protocolo descreve um fluxo de trabalho de culturas de células ex vivo ou in vitro para pré-processamento de dados transcriptômicos para triagem de drogas baseada em transcriptoma custo-efetivo.
A transcriptômica nos permite obter uma compreensão profunda do programa celular e sua reação a mudanças externas. No entanto, apesar da considerável redução dos custos de produção e sequenciamento das bibliotecas nas últimas décadas, a aplicação dessa tecnologia, na escala necessária para a triagem de medicamentos, ainda é inacessível, dificultando o grande potencial desses métodos. Nosso estudo apresenta um sistema custo-efetivo para triagem de drogas baseada em transcriptomas, combinando culturas de perturbação miniaturizadas com transcriptômica mini-massal.
O protocolo otimizado de mini-bulk fornece sinal biológico informativo em profundidade de sequenciamento econômica, permitindo uma extensa triagem de drogas conhecidas e novas moléculas. Um dos principais benefícios da combinação de transcriptômica com triagem imparcial de drogas é o potencial para identificar novos alvos de drogas que não foram considerados anteriormente. As abordagens convencionais de triagem de drogas geralmente se concentram em moléculas ou vias alvo estabelecidas, dificultando a identificação de novos alvos e potencialmente resultando em drogas com efeitos colaterais imprevistos e eficácia restrita.
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