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Sequenciamento de Amplicon usando as tecnologias de sequenciamento de leitura longa
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JoVE Journal Biochemistry
Amplicon Sequencing using the Long-Read Sequencing Technologies

Sequenciamento de Amplicon usando as tecnologias de sequenciamento de leitura longa

Full Text
554 Views
08:57 min
August 29, 2025

DOI: 10.3791/68370-v

Morwasehla Modjadji1, Brendon Coenrad Mann1, Johannes Loubser1, Jennifer Williams1, Janré Steyn1, Elizabeth Maria Streicher1, Melanie Grobbelaar1, Robin Mark Warren1

1Department of Science and Innovation - National Research Foundation Centre of Excellence for Biomedical Tuberculosis Research, South African Medical Research Council Centre for Tuberculosis Research, Division of Molecular Biology and Human Genetics, Faculty of Medicine and Health Sciences,Stellenbosch University

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Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Este protocolo foi otimizado para sequenciamento profundo direcionado de 18 regiões de resistência a medicamentos em Mycobacterium tuberculosis usando uma plataforma de sequenciamento de leitura longa, seguida de análise com um pipeline de bioinformática específico para tuberculose projetado para dados de leitura longa.

Investigo se o sequenciamento portátil de leitura longa pode fornecer resultados de suscetibilidade à tuberculose resistentes a medicamentos em ambientes com recursos limitados, com precisão comparável ao método dos padrões ouro, avançando diagnósticos acessíveis e de alta qualidade para tuberculose. Utilizando sequenciamento direcionado de próxima geração como ferramenta diagnóstica para tuberculose resistente a medicamentos, oferecendo um perfil abrangente de resistência diretamente de amostra clínica sem expertise em bioinformática. Nosso protocolo, utilizando sequenciamento de leituras longas, tem potencial para fornecer tempos de resposta mais rápidos, fluxo de trabalho mais simples do que na detecção de resistência em tempo real, facilitando diagnósticos abrangentes de TB e aprimorando o rastreamento de surtos em ambientes com recursos limitados e infraestrutura mínima.

Para começar, calcule 100 nanogramas de cada amostra de amplicão com base na concentração e transfira o volume necessário para um tubo PCR limpo. Para determinar a massa total dos amplicons na amostra, use a fórmula fornecida. Ajuste o volume total de cada amostra para 12,5 microlitros usando água sem nuclease.

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