תרכובות אורגניות מכילות עמוד שדרה מבני של אטומי פחמן, המכונה השלד הפחמני. היסוד יכול ליצור עד ארבעה קשרים, מה שתורם לגמישותו. למשל, מתאן, בעל פחמן אחד בלבד, וארבעה קשרי מימן בודדים, הינו הפחמימן הפשוט ביותר.ככל שמתווספים פחמנים נוספים, השרשרת מתארכת, ונוצרות מולקולות חדשות. עם כל תוספת, השלד יכול ליצור הסתעפויות של שרשראות צדדיות, כמו במקרה של איזוהקסאן, או להמשיך בקו ישר לא מסועף, כמו בהקסאן. יתר על כן, מבנים אלה יכולים להכיל קשרים כפולים במיקומים שונים, וליצור הקסֵנים, ואפילו להתארגן בטבעות, למשל, בציקלוהקסֵן.