הפקת דנ”א היא ההסרה והטיהור של דנ”א מהתאים. ראשית, תאים עוברים ליזיס, נפתחים, בדרך כלל בשילוב של הפרעה פיזית וטיפול בכימיקלים כגון דטרגנט, אשר ממיס את קרומי התא והגרעין. התוכן יכול אז לצוף בחופשיות לתוך התמיסה שמסביב.לאחר מכן, יש להפריד את הדנ”א מן המולקולות הנוכחות האחרות. ממיסים אורגניים, כמו פנול וכלורופורם, משמשים בדרך כלל להפרדת חומצות גרעין מחלבונים, בהתבסס על מסיסותם השונה. בנוסף, אנזימים פרוטאינאז ורנ”אז יכולים לשמש לפירוק חלבונים ורנ”א, בלי לפגוע בשלמות הדנ”א.בדרך כלל מוסיפים לדגימה מלח, אשר מייצב את קבוצות הפוספט הטעונות שלילית בעמוד השדרה של הדנ”א, ולאחר הוספת אלכוהול קר כקרח, גורם לדנ”א לשקוע מהתמיסה. המשקע הלבן נאסף על ידי סרכוז בצנטריפוגה, שם הוא שוקע לתחתית המבחנה. לאחר שטיפתו והרחפתו מחדש בתמיסת בופר, הדנ”א המופק יכול סוף סוף לשמש במחקר או ביישומים ביוטכנולוגיים.